5nv7

Human DNMT3B PWWP domain in complex with N1-(2-hydroxyethyl)-2-methyl-1,2-propanediamine

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 74.0 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 206–355	未记录	9AK N1-(2-hydroxyethyl)-2-methyl-1,2-propanediamine × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1 M MES,0.2 M Li2SO4, 23-33% PEG 3350	分辨率 2.57 Å R-free 0.233
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 206–355	未记录	9AK N1-(2-hydroxyethyl)-2-methyl-1,2-propanediamine × 1 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1 M MES,0.2 M Li2SO4, 23-33% PEG 3350	分辨率 2.57 Å R-free 0.233

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5NV7	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3FLG The PWWP domain of Human DNA (cytosine-5-)-methyltransferase 3 beta 提交 2008-12-18	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 206–355（150 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；Purified DNMT3B was crystallized using sitting drop vapor diffusion method at 20 C by mixing 1 ul of the protein solution with 1 ul of the reservoir solution containing 30% PEG 2,000 MME, 0.2 M KBr, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.80 Å R-free 0.244
5CIU Structural basis of the recognition of H3K36me3 by DNMT3B PWWP domain 提交 2015-07-13	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 206–355（150 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；1.6M SODIUM CITRATE TRIBASIC	分辨率 2.24 Å R-free 0.259
5CIU Structural basis of the recognition of H3K36me3 by DNMT3B PWWP domain 提交 2015-07-13	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 206–355（150 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；1.6M SODIUM CITRATE TRIBASIC	分辨率 2.24 Å R-free 0.259
5NR3 Human DNMT3B PWWP domain in complex with ethambutol 提交 2017-04-21	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 218–367（150 aa）片段：UNP residues 218-367	未记录	95E Ethambutol × 1 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1 M MES,0.2 M Li2SO4, 23-33% PEG 3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.238
5NR3 Human DNMT3B PWWP domain in complex with ethambutol 提交 2017-04-21	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 218–367（150 aa）片段：UNP residues 218-367	未记录	95E Ethambutol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1 M MES,0.2 M Li2SO4, 23-33% PEG 3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.238
5NRR Human DNMT3B PWWP domain in complex with 5-[(2-Hydroxyethyl)(propyl)amino]-1-pentanol 提交 2017-04-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 218–367（150 aa）链 B 218–367（150 aa）	未记录	96E 5-[2-hydroxyethyl(propyl)amino]pentan-1-ol × 2 SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；0.1 M HEPES sodium, 2% v/v Polyethylene glycol 400, 2.0 M Ammonium sulfate	分辨率 1.70 Å R-free 0.213
5NRS Human DNMT3B PWWP domain in complex with N,N-bis(2-hydroxypropyl)ethanolamine 提交 2017-04-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 206–355（150 aa）链 B 206–355（150 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 5 962 (2~{S})-1-[2-hydroxyethyl-[(2~{S})-2-oxidanylpropyl]amino]propan-2-ol × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1 M MES,0.2 M Li2SO4, 23-33% PEG 3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.248
5NRV Human DNMT3B PWWP domain in complex with 6-dipropylamino-1-hexanol 提交 2017-04-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 218–367（150 aa）链 D 218–367（150 aa）	未记录	96K 6-dipropylamino-1-hexanol × 2 SO4 SULFATE ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1 M MES,0.2 M Li2SO4, 23-33% PEG 3350	分辨率 2.08 Å R-free 0.243
5NV0 Human DNMT3B PWWP domain in complex with 4-(dipropylamino)butyronitrile 提交 2017-05-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 206–355（150 aa）链 B 206–355（150 aa）	未记录	9AH 4-(dipropylamino)butanenitrile × 2 SO4 SULFATE ION × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1 M MES,0.2 M Li2SO4, 23-33% PEG 3350	分辨率 2.40 Å R-free 0.243
5NV2 Human DNMT3B PWWP domain in complex with N-isopropyl-1,5-dimethylhexylamine (Metron S) 提交 2017-05-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 206–355（150 aa）链 B 206–355（150 aa）	未记录	9AE (2~{S})-6-methyl-~{N}-propan-2-yl-heptan-2-amine × 2 SO4 SULFATE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1 M MES,0.2 M Li2SO4, 23-33% PEG 3350	分辨率 2.03 Å R-free 0.240
5NVO Human DNMT3B PWWP domain in complex with choline 提交 2017-05-04	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 218–367（150 aa）	未记录	CHT CHOLINE ION × 1 SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1 M MES,0.2 M Li2SO4, 23-33% PEG 3350	分辨率 2.40 Å R-free 0.244
5NVO Human DNMT3B PWWP domain in complex with choline 提交 2017-05-04	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 218–367（150 aa）	未记录	CHT CHOLINE ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1 M MES,0.2 M Li2SO4, 23-33% PEG 3350	分辨率 2.40 Å R-free 0.244
6KDA Crystal structure of human DNMT3B-DNMT3L in complex with DNA containing CpGpG site 提交 2019-07-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 571–853（283 aa）链 D 571–853（283 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；278 K；0 mM MES (pH 5.7), 160 mM KCl, 10 mM MgSO4 and 14% PEG 400	分辨率 2.91 Å R-free 0.220
6KDB Crystal structure of human DNMT3B-DNMT3L in complex with DNA containing CpGpT site 提交 2019-07-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 571–853（283 aa）链 D 571–853（283 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；278 K；50 mM MES (pH 5.6), 200 mM KCl, 10 mM MgSO4, 10% PEG 400	分辨率 2.86 Å R-free 0.202
6KDL Crystal structure of human DNMT3B-DNMT3L complex (I) 提交 2019-07-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 571–853（283 aa）链 D 571–853（283 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；278 K；20 mM Tris-HCl (pH 7.4), 200 mM NaCl, 5% glycerol, and 0.5 mM TCEP	分辨率 3.27 Å R-free 0.212
6KDP Crystal structure of human DNMT3B-DNMT3L complex (II) 提交 2019-07-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 571–853（283 aa）链 D 571–853（283 aa）	未记录	FMT FORMIC ACID × 2 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；278 K；2.7 M Sodium formate	分辨率 2.93 Å R-free 0.244
6KDT Crystal structure of human DNMT3B (Q772R)-DNMT3L complex 提交 2019-07-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 571–853（283 aa）链 D 571–853（283 aa）	突变：Q772R 突变：Q772R	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 FMT FORMIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；278 K；2.2 M sodium formate	分辨率 2.87 Å R-free 0.242
6KDT Crystal structure of human DNMT3B (Q772R)-DNMT3L complex 提交 2019-07-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 571–853（283 aa）	突变：Q772R	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 FMT FORMIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；278 K；2.2 M sodium formate	分辨率 2.87 Å R-free 0.242
6KDT Crystal structure of human DNMT3B (Q772R)-DNMT3L complex 提交 2019-07-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 571–853（283 aa）	突变：Q772R	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 FMT FORMIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；278 K；2.2 M sodium formate	分辨率 2.87 Å R-free 0.242
6PA7 The cryo-EM structure of the human DNMT3A2-DNMT3B3 complex bound to nucleosome. 提交 2019-06-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric	链 N 1–770（770 aa）链 S 1–770（770 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 3 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.94 Å
6R3E Human DNMT3B PWWP domain in complex with triisopropanolamine 提交 2019-03-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 215–351（137 aa）链 A 139–275（137 aa）	未记录	96H Triisopropanolamine × 1 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1 M MES, 0.2 M Li2SO4, 23-33% PEG3350	分辨率 2.27 Å R-free 0.264
6R3E Human DNMT3B PWWP domain in complex with triisopropanolamine 提交 2019-03-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 215–351（137 aa）链 B 139–275（137 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1 M MES, 0.2 M Li2SO4, 23-33% PEG3350	分辨率 2.27 Å R-free 0.264
6U8P Crystal structure of DNMT3B-DNMT3L in complex with CpGpA DNA 提交 2019-09-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 563–853（291 aa）链 D 563–853（291 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；289.15 K；0.1 M Tris-HCl (pH 8.0), 100 mM MgCl2, 7% PEG8000	分辨率 3.05 Å R-free 0.239
6U8V Crystal structure of DNMT3B-DNMT3L in complex with CpGpT DNA 提交 2019-09-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 563–853（291 aa）链 D 563–853（291 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277.15 K；0.1 M Tris-HCl (pH 8.0), 200 mM MgCl2, 8% PEG 4000	分辨率 3.00 Å R-free 0.249
6U8W Crystal structure of DNMT3B(K777A)-DNMT3L in complex with CpGpT DNA 提交 2019-09-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 563–853（291 aa）链 D 563–853（291 aa）	突变：K777A 突变：K777A	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277.15 K；0.1 M Tris-HCl (pH 8.0), 200 mM MgCl2, 8% PEG 4000	分辨率 2.95 Å R-free 0.236
6U8X Crystal structure of DNMT3B-DNMT3L in complex with CpApG DNA 提交 2019-09-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 563–853（291 aa）链 D 563–853（291 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；289.15 K；0.1 M Tris-HCl (pH 8.0), 100 mM MgCl2, 7% PEG8000	分辨率 2.95 Å R-free 0.252
6U90 Crystal structure of DNMT3B(N779A)-DNMT3L in complex with CpGpT DNA 提交 2019-09-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 563–853（291 aa）链 D 563–853（291 aa）	突变：N779A 突变：N779A	GOL GLYCEROL × 2 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277.15 K；0.1 M Tris-HCl (pH 8.0), 200 mM MgCl2, 8% PEG 4000	分辨率 3.00 Å R-free 0.259
6U91 Crystal structure of DNMT3B(Q772R)-DNMT3L in complex with CpGpT DNA 提交 2019-09-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 563–853（291 aa）链 D 563–853（291 aa）	突变：Q772R 突变：Q772R	MG MAGNESIUM ION × 3 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277.15 K；0.1 M Tris-HCl (pH 8.0), 200 mM MgCl2, 8% PEG 4000	分辨率 3.00 Å R-free 0.259
7O45 Crystal structure of ADD domain of the human DNMT3B methyltransferase 提交 2021-04-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 404–546（143 aa）链 B 404–546（143 aa）链 C 404–546（143 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 9 BR BROMIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；288 K；0.2M NaBr; 0.1M bis-tris-propane pH 7.5; 20% PEG 3350	分辨率 2.10 Å R-free 0.228
7O45 Crystal structure of ADD domain of the human DNMT3B methyltransferase 提交 2021-04-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 404–546（143 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；288 K；0.2M NaBr; 0.1M bis-tris-propane pH 7.5; 20% PEG 3350	分辨率 2.10 Å R-free 0.228
7V0E Crystal structure of the macro-oligomeric form of DNMT3B methyltransferase domain. 提交 2022-05-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 569–853（285 aa）链 D 569–853（285 aa）链 E 569–853（285 aa）链 F 569–853（285 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.1 M MES pH6.5, 1.4 M Ammonium sulfate, 0.2 mM AdoHcy and 8% v/v 1,4-Dioxane	分辨率 3.27 Å R-free 0.235
7V0E Crystal structure of the macro-oligomeric form of DNMT3B methyltransferase domain. 提交 2022-05-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 569–853（285 aa）链 C 569–853（285 aa）链 G 569–853（285 aa）链 H 569–853（285 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.1 M MES pH6.5, 1.4 M Ammonium sulfate, 0.2 mM AdoHcy and 8% v/v 1,4-Dioxane	分辨率 3.27 Å R-free 0.235
7X9D DNMT3B in complex with harmine 提交 2022-03-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 571–853（283 aa）链 D 571–853（283 aa）	未记录	HRM 7-METHOXY-1-METHYL-9H-BETA-CARBOLINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；bis-tris propane pH 7.0, sodium formate	分辨率 3.08 Å R-free 0.245
8EIH Cryo-EM structure of human DNMT3B homo-tetramer (form I) 提交 2022-09-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 206–853（648 aa）链 B 206–853（648 aa）链 C 206–853（648 aa）链 D 206–853（648 aa）链 E 206–853（648 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 ZN ZINC ION × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.04 Å
8EII Cryo-EM structure of human DNMT3B homo-tetramer (form II) 提交 2022-09-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 206–853（648 aa）链 B 206–853（648 aa）链 C 206–853（648 aa）链 D 206–853（648 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 ZN ZINC ION × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.12 Å
8EIJ Cryo-EM structure of human DNMT3B homo-trimer 提交 2022-09-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 206–853（648 aa）链 B 206–853（648 aa）链 D 206–853（648 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.34 Å
8EIK Cryo-EM structure of human DNMT3B homo-hexamer 提交 2022-09-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 206–853（648 aa）链 B 206–853（648 aa）链 C 206–853（648 aa）链 D 206–853（648 aa）链 E 206–853（648 aa）链 F 206–853（648 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 3 ZN ZINC ION × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.19 Å
8XEE Human DNMT3B mutant-R823G 提交 2023-12-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 571–853（283 aa）链 D 571–853（283 aa）	突变：R823G 突变：R823G	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；HEPES (pH 7.5), MgCl2, 2-methyl-2,4-pentanediol, spermine	分辨率 3.03 Å R-free 0.236
8ZLK PWWP domain from human DNMT3B 提交 2024-05-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 206–355（150 aa）片段：PWWP domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；283 K；Lithium sulfate monohydrate, CAPS, Ammonium sulfate	分辨率 2.74 Å R-free 0.267
8ZLK PWWP domain from human DNMT3B 提交 2024-05-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 206–355（150 aa）片段：PWWP domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；283 K；Lithium sulfate monohydrate, CAPS, Ammonium sulfate	分辨率 2.74 Å R-free 0.267
9E00 Cryo-EM structure of human DNMT3A2-DNMT3B3 complex bound to di-nucleosome 提交 2024-10-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：26-meric	链 L 1–770（770 aa）链 V 1–770（770 aa）链 X 1–770（770 aa）链 Z 1–770（770 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 9 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.75 Å
9E05 The consensus model of the cryo-EM structure of human DNMT3A2-DNMT3B3 complex bound to di-nucleosome 提交 2024-10-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：26-meric	链 L 1–770（770 aa）链 V 1–770（770 aa）链 X 1–770（770 aa）链 Z 1–770（770 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 18 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 8.00 Å
9E09 Cryo-EM structure a single nucleosome (2) focus of human DNMT3A2-DNMT3B3 complex bound to di-nucleosome 提交 2024-10-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric	链 V 819–829（11 aa）链 X 819–830（12 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.72 Å
9E0F A focus of DNMT tetramer (1) of the cryo-EM structure of human DNMT3A2-DNMT3B3 complex bound to di-nucleosome 提交 2024-10-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 V 1–770（770 aa）链 Z 1–770（770 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 9 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.46 Å
9E0G A focus of tetramer (2) of the cryo-EM structure of human DNMT3A2-DNMT3B3 complex bound to di-nucleosome 提交 2024-10-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 L 1–770（770 aa）链 X 1–770（770 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 9 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.72 Å
9E0R Cryo-EM structure of a single nucleosome (1) focus of human DNMT3A2-DNMT3B3 complex bound to di-nucleosome 提交 2024-10-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric	链 K 819–829（11 aa）链 L 819–829（11 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9E2D Cryo-EM structure of human DNMT3A2-DNMT3B3 complex bound to a di-nucleosome with a five base pair linker 提交 2024-10-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：26-meric	链 L 1–770（770 aa）链 V 1–770（770 aa）链 X 1–770（770 aa）链 Z 1–770（770 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 18 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.08 Å
9E2Q Cryo-EM structure of DNMT 3A2/3B3 tetramer in complex with a di-nucleosome with a six base pair linker 提交 2024-10-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：26-meric	链 L 1–770（770 aa）链 V 1–770（770 aa）链 X 1–770（770 aa）链 Z 1–770（770 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 18 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.14 Å
9E2R Cryo-EM structure of human DNMT3A2-DNMT3B3 complex bound to a di-nucleosome and an histone-3 peptide 提交 2024-10-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：26-meric	链 L 1–770（770 aa）链 V 1–770（770 aa）链 X 1–770（770 aa）链 Z 1–770（770 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 18 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.71 Å
9E3D Cryo-EM structure of DNMT 3A2/3B3 tetramer in complex with a di-nucleosome with K120R mutant H2B 提交 2024-10-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric	链 V 1–770（770 aa）链 Z 1–770（770 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 9 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
9E3R Cryo-EM structure of PWWP domain deleted DNMT 3A2/3B3 in complex with a di-nucleosome 提交 2024-10-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：26-meric	链 L 1–770（770 aa）链 V 1–770（770 aa）链 X 1–770（770 aa）链 Z 1–770（770 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 18 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.90 Å
9E3U Cryo-EM structure of DNMT 3A2/3B3 tetramer bound to a di-nucleosome with a 25 base-pair linker 提交 2024-10-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：15-meric	链 L 1–770（770 aa）链 V 1–770（770 aa）链 Z 1–770（770 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 9 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.90 Å
9Q7U Composite map for Cryo-EM structure of DNMT3A2-DNMT3B3 tetramer bound to 167H3K36me2-nucleosome 提交 2025-08-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric	链 V 118–694（577 aa）链 Z 118–694（577 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 9 SAO 5'-S-[(3S)-3-azaniumyl-3-carboxypropyl]-5'-thioadenosine × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
9Y4P Cryo-EM structure of DNMT3A2/3B3 in complex with H3K36me2 di-nucleosome with eight base pair linker 提交 2025-09-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：26-meric	链 Z 118–694（577 aa）链 b 118–694（577 aa）链 e 118–694（577 aa）链 g 118–694（577 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 18 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.84 Å

共 45 个其他 PDB 条目、54 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DNM3B_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–150； UniProt 206–355 作者链 B； PDB构建体 1–150； UniProt 206–355

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5nv7
沉积日期 deposition_date	2017-05-03
结构标题 title	Human DNMT3B PWWP domain in complex with N1-(2-hydroxyethyl)-2-methyl-1,2-propanediamine
关键词 keywords	DNMT3B PWWP DOMAIN, HISTONE BINDING, BETA BARREL, LIGAND, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.76 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.13 Å
零角强度 I(0) i0	15632000.00
分子量 molecular_weight	30469.0 kDa
排除体积 excluded_volume	38393 Å³
包络体积 envelope_volume	45543 Å³
水化壳体积 shell_volume	18912 Å³
包络直径 envelope_diameter	74.7 Å
壳层 Rg shell_rg	26.69 Å
包络 Rg envelope_rg	21.26 Å
形状 Rg shape_rg	21.11 Å
总 Rg total_rg	21.99 Å
总原子数 total_atoms	2147
残基数 n_residues	262
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	74.0 Å
Rg (实空间) rg_real	21.85 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.52 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5630e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3140e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.83 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	15630000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8627
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.445
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.338
角度范围 angular_range	— – 0.3650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5501000.0000
实空间数据点数 n_real_points	68
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.788; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.871; Smooth: 0.978

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3B
分子量 formula_weight	16698.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.37
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2192

EADSGDGDSSEYQDGKEFGIGDLVWGKIKGFSWWPAMVVSWKATSKRQAMSGMRWVQWFGDGKFSEVSADKLVALGLFSQHFNLATFNKLVSYRKAMYHALEKARVRAGKTFPSSPGDSLEDQLKPMLEWAHGGFKPTGIEGLKPNNTQP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	N1-(2-hydroxyethyl)-2-methyl-1,2-propanediamine
分子量 formula_weight	132.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	45

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d5nv7a_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.9 — Tudor/PWWP/MBT
家族 Family family	b.34.9.2 — PWWP domain

结构域编号 domain_id	d5nv7b_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.9 — Tudor/PWWP/MBT
家族 Family family	b.34.9.2 — PWWP domain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	5nv7A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 —

结构域编号 domain_id	5nv7A02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	720 — Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — PWWP, helical domain

结构域编号 domain_id	5nv7B01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 —

结构域编号 domain_id	5nv7B02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	720 — Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — PWWP, helical domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	74.680 Å
晶胞边长 b length_b	74.680 Å
晶胞边长 c length_c	157.580 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.568 Å
最低分辨率 resolution_low	40.773 Å
R 因子 r_factor	0.1996
R_work r_work	0.1979
R_free r_free	0.2329

fit	/app/data/saxs_computation/nv/5nv7/5nv7.fit
pddf	/app/data/pr_computation/nv/5nv7/5nv7.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/nv/5nv7/5nv7.dat