5o2u

Llama VHH in complex with p24

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 95.0 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Capsid protein p24

Human immunodeficiency virus 1

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–500 链 C； UniProt 1–500	未记录	VHH 59H10 × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；100mM Tris base pH 8.0, Polyethylene glycol (PEG) 6000 25% Ethylene Glycol	分辨率 2.76 Å R-free 0.256

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5O2U	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1GWP STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF THE MATURE HIV-1 CAPSID PROTEIN 提交 2002-03-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 132–282（151 aa）片段：AMINO-TERMINAL CORE DOMAIN RESIDUES 132 - 282	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）10；压力 1	分辨率未提供
1HIW TRIMERIC HIV-1 MATRIX PROTEIN 提交 1996-02-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–131（131 aa）片段：CORE PROTEIN P17, RESIDUES 1 - 131 OF GAG POLYPROTEIN WITH N-TERMINAL HIS AND MET 链 B 1–131（131 aa）片段：CORE PROTEIN P17, RESIDUES 1 - 131 OF GAG POLYPROTEIN WITH N-TERMINAL HIS AND MET 链 C 1–131（131 aa）片段：CORE PROTEIN P17, RESIDUES 1 - 131 OF GAG POLYPROTEIN WITH N-TERMINAL HIS AND MET	未记录	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å R-free 0.332
1HIW TRIMERIC HIV-1 MATRIX PROTEIN 提交 1996-02-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 Q 1–131（131 aa）片段：CORE PROTEIN P17, RESIDUES 1 - 131 OF GAG POLYPROTEIN WITH N-TERMINAL HIS AND MET 链 R 1–131（131 aa）片段：CORE PROTEIN P17, RESIDUES 1 - 131 OF GAG POLYPROTEIN WITH N-TERMINAL HIS AND MET 链 S 1–131（131 aa）片段：CORE PROTEIN P17, RESIDUES 1 - 131 OF GAG POLYPROTEIN WITH N-TERMINAL HIS AND MET	未记录	SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å R-free 0.332
1UPH HIV-1 Myristoylated Matrix 提交 2003-10-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–131（131 aa）片段：RESIDUES 1-131	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.5；308 K；离子强度（mmCIF原始值）100MM NACL；压力 1	分辨率未提供
2C55 Solution Structure of the Human Immunodeficiency Virus Type 1 p6 Protein 提交 2005-10-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 448–499（52 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 3；300 K；压力 1.0 NMR样品组成 50% WATER/50% TFE-D2	分辨率未提供
2X2D acetyl-CypA:HIV-1 N-term capsid domain complex 提交 2010-01-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 133–278（146 aa）片段：RESIDUES 133-278	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.95 Å R-free 0.257
2X2D acetyl-CypA:HIV-1 N-term capsid domain complex 提交 2010-01-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 133–278（146 aa）片段：RESIDUES 133-278	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.95 Å R-free 0.257
3GV2 X-ray Structure of Hexameric HIV-1 CA 提交 2009-03-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 133–351（219 aa）片段：UNP residues 133-351 of Capsid protein p24, UNP residues 1-109 of CCMK 链 B 133–351（219 aa）片段：UNP residues 133-351 of Capsid protein p24, UNP residues 1-109 of CCMK 链 C 133–351（219 aa）片段：UNP residues 133-351 of Capsid protein p24, UNP residues 1-109 of CCMK 链 D 133–351（219 aa）片段：UNP residues 133-351 of Capsid protein p24, UNP residues 1-109 of CCMK 链 E 133–351（219 aa）片段：UNP residues 133-351 of Capsid protein p24, UNP residues 1-109 of CCMK 链 F 133–351（219 aa）片段：UNP residues 133-351 of Capsid protein p24, UNP residues 1-109 of CCMK	突变：W184A,M185A 突变：W184A,M185A 突变：W184A,M185A 突变：W184A,M185A 突变：W184A,M185A 突变：W184A,M185A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1 M imidazole, pH 6.5, 600 mM sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 7.00 Å R-free 0.323
4U0A Hexameric HIV-1 CA in complex with CPSF6 peptide, P6 crystal form 提交 2014-07-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：Dodecameric	链 A 133–363（231 aa）	突变：A14C,E45C,W184A,M185A	CL CHLORIDE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；0.6M sodium potassium tartrate tetrahydrate, 0.1M TRIS	分辨率 2.05 Å R-free 0.253
4U0B Hexamer HIV-1 CA in complex with CPSF6 peptide, P212121 crystal form 提交 2014-07-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：Dodecameric	链 A 133–363（231 aa）链 B 133–363（231 aa）链 C 133–363（231 aa）链 D 133–363（231 aa）链 E 133–363（231 aa）链 F 133–363（231 aa）	突变：yes 突变：yes 突变：yes 突变：yes 突变：yes 突变：yes	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；20% v/v PEG 300, 10% v/v glycerol, 5% w/v PEG 8K, 0.1 M TRIS	分辨率 2.80 Å R-free 0.262
4U0B Hexamer HIV-1 CA in complex with CPSF6 peptide, P212121 crystal form 提交 2014-07-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：Dodecameric	链 G 133–363（231 aa）链 H 133–363（231 aa）链 I 133–363（231 aa）链 J 133–363（231 aa）链 K 133–363（231 aa）链 L 133–363（231 aa）	突变：yes 突变：yes 突变：yes 突变：yes 突变：yes 突变：yes	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；20% v/v PEG 300, 10% v/v glycerol, 5% w/v PEG 8K, 0.1 M TRIS	分辨率 2.80 Å R-free 0.262
4U0C Hexameric HIV-1 CA in complex with Nup153 peptide, P6 crystal form 提交 2014-07-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：Dodecameric	链 A 133–363（231 aa）	突变：yes	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；290 K；30% v/v PEG 400, 0.1 M CHES	分辨率 1.77 Å R-free 0.211
4U0D Hexameric HIV-1 CA in complex with Nup153 peptide, P212121 crystal form 提交 2014-07-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：Nonameric	链 A 133–363（231 aa）链 B 133–363（231 aa）链 C 133–363（231 aa）链 D 133–363（231 aa）链 E 133–363（231 aa）链 F 133–363（231 aa）	突变：yes 突变：yes 突变：yes 突变：yes 突变：yes 突变：yes	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；290 K；10% w/v PEG 8K, 0.1M imidazole	分辨率 3.00 Å R-free 0.267
4U0D Hexameric HIV-1 CA in complex with Nup153 peptide, P212121 crystal form 提交 2014-07-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：Nonameric	链 G 133–363（231 aa）链 H 133–363（231 aa）链 I 133–363（231 aa）链 J 133–363（231 aa）链 K 133–363（231 aa）链 L 133–363（231 aa）	突变：yes 突变：yes 突变：yes 突变：yes 突变：yes 突变：yes	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；290 K；10% w/v PEG 8K, 0.1M imidazole	分辨率 3.00 Å R-free 0.267
4U0E Hexameric HIV-1 CA in complex with PF3450074 提交 2014-07-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：Hexameric	链 A 133–363（231 aa）	突变：yes	CL CHLORIDE ION × 6 1B0 N-METHYL-NALPHA-[(2-METHYL-1H-INDOL-3-YL)ACETYL]-N-PHENYL-L-PHENYLALANINAMIDE × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；0.2 M magnesium chloride, 8% w/v PEG 20K, 8% v/v PEG 550 MME, 0.1 M TRIS pH 8.5, 3% w/v 1,5-diaminopentane dihydrochloride	分辨率 2.04 Å R-free 0.239
4U0F Hexameric HIV-1 CA in Complex with BI-2 提交 2014-07-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：Hexameric	链 A 133–363（231 aa）	突变：yes	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 3A8 (4S)-4-(4-hydroxyphenyl)-3-phenyl-4,5-dihydropyrrolo[3,4-c]pyrazol-6(1H)-one × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；12% w/v PEG 4K, 0.1 M TRIS pH 8.5, 3% v/v ethylene glycol	分辨率 2.22 Å R-free 0.270
4XFX Structure of the native full-length HIV-1 capsid protein 提交 2014-12-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 133–363（231 aa）	未记录	IOD IODIDE ION × 42 CL CHLORIDE ION × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；PEG3350, NaI, MMT	分辨率 2.43 Å R-free 0.249
4XFY Structure of the native full-length dehydrated HIV-1 capsid protein 提交 2014-12-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 133–363（231 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 12 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；PEG3350, NaI, Sodium cacodylate	分辨率 2.80 Å R-free 0.250
4XFZ Structure of the native full-length HIV-1 capsid protein in complex with PF-3450074 (PF74) 提交 2014-12-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 133–363（231 aa）	未记录	IOD IODIDE ION × 36 CL CHLORIDE ION × 12 1B0 N-METHYL-NALPHA-[(2-METHYL-1H-INDOL-3-YL)ACETYL]-N-PHENYL-L-PHENYLALANINAMIDE × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；PEG3350, NaI, Sodium cacodylate	分辨率 2.70 Å R-free 0.241
4XRO Disulfide stabilized HIV-1 CA hexamer 4mut (S41A, Q67H, V165I, L172I) 提交 2015-01-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 133–363（231 aa）	突变：A14C,S41A,E45C,Q67H,V165I,L172I,W184A,M185A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；0.1 M NaCl, 12% w/v PEG 4K, 0.1 M TRIS pH 8.5, 4% v/v formamide	分辨率 2.01 Å R-free 0.226
4XRQ Disulfide stabilized HIV-1 CA hexamer 4mut (S41A, Q67H, V165I, L172I) in complex with PF-3450074 提交 2015-01-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 133–363（231 aa）	突变：A14C,S41A,E45C,Q67H,V165I,L172I,W184A,M185A	1B0 N-METHYL-NALPHA-[(2-METHYL-1H-INDOL-3-YL)ACETYL]-N-PHENYL-L-PHENYLALANINAMIDE × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；0.2 M potassium thiocyanate, 8% w/v PEG 20K, 8% v/v PEG 550 MME, 0.1 M TRIS pH 8.5, 3% 1,4-dioxane	分辨率 1.95 Å R-free 0.221
5HGL Hexameric HIV-1 CA, open conformation 提交 2016-01-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 133–363（231 aa）链 B 133–363（231 aa）链 C 133–363（231 aa）链 D 133–363（231 aa）链 E 133–363（231 aa）链 F 133–363（231 aa）	突变：C14A, C45E, A184W, A185M 突变：C14A, C45E, A184W, A185M 突变：C14A, C45E, A184W, A185M 突变：C14A, C45E, A184W, A185M 突变：C14A, C45E, A184W, A185M 突变：C14A, C45E, A184W, A185M	1B0 N-METHYL-NALPHA-[(2-METHYL-1H-INDOL-3-YL)ACETYL]-N-PHENYL-L-PHENYLALANINAMIDE × 6 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；PEG550MME (13-14%), KSCN (0.15M), TRIS (0.1M, pH 8.5)	分辨率 3.10 Å R-free 0.282
5HGM Hexameric HIV-1 CA in complex with dATP 提交 2016-01-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 133–363（231 aa）	突变：C14A, C45E, A184W, A185M	DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；PEG550MME (13-14%), KSCN (0.15M), TRIS (0.1M, pH 8.5), 10mM dATP	分辨率 2.04 Å R-free 0.263
5HGN Hexameric HIV-1 CA, apo form 提交 2016-01-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 133–363（231 aa）	突变：C14A, C45E, A184W, A185M	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；PEG550MME (13-14%), KSCN (0.15M), TRIS (0.1M, pH 8.5)	分辨率 1.90 Å R-free 0.223
5HGO Hexameric HIV-1 CA R18G mutant 提交 2016-01-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 133–363（231 aa）	突变：C14A, C45E, A184W, A185M, R18G	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；PEG550MME (13-14%), KSCN (0.15M), TRIS (0.1M, pH 8.5)	分辨率 2.00 Å R-free 0.221
5HGP Hexameric HIV-1 CA in complex with hexacarboxybenzene 提交 2016-01-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 133–363（231 aa）	突变：C14A, C45E, A184W, A185M	BHC BENZENE HEXACARBOXYLIC ACID × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；PEG550MME (13-14%), KSCN (0.15M), TRIS (0.1M, pH 8.5), Mellitic acid (1mM). Mellitic acid stock was adjusted to pH 8.0 with TRIS prior to setting up trays.	分辨率 1.95 Å R-free 0.221
5IRT Dimerization interface of the noncrystalline HIV-1 capsid protein lattice from solid state NMR spectroscopy of tubular assemblies 提交 2016-03-14	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 133–363（231 aa）链 B 133–363（231 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLID-STATE NMR NMR测量条件 pH 8；278 K；离子强度（mmCIF原始值）1；压力 1 NMR样品组成 15 mM U-15N,13C-Met and U-15N Capsid protein, water \| water NMR样品组成 15 mM 2-13C-glycerol and U-15N Capsid protein, water \| water NMR样品组成 15 mM 2-13C-glycerol, U-15N, unlabeled Tyr and Phe Capsid protein, water \| water NMR样品组成 7.5 mM Methyl-13C-Met Capsid protein-1, 7.5 mM 15N-indole Capsid protein-2, water \| water NMR样品组成 15 mM Methyl-13C-Met, 2-13C-indole, U-15N Capsid protein, water \| water	分辨率未提供
5JPA Hexameric HIV-1 CA H12Y mutant 提交 2016-05-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 133–363（231 aa）	突变：H12Y, A14C, E45C, W184A, M185A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；290 K；PEG 550MME (12% w/v), KSCN (0.15M), 0.1M TRIS	分辨率 1.70 Å R-free 0.232
5L93 An atomic model of HIV-1 CA-SP1 reveals structures regulating assembly and maturation 提交 2016-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 A 148–371（224 aa）链 B 148–371（224 aa）链 C 148–371（224 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；Virus-like particles were assembled in the presence of nucleic acid (73mer oligonucleotide, 1:10 molar ratio oligonucleotide:protein). cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；10nM colloidal gold was added to the sample prior to plunge freezing.	分辨率 3.90 Å
5TSV HIV-1 CA hexamer with NUP153 peptide - R3 crystal form 提交 2016-10-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 133–363（231 aa）链 B 133–363（231 aa）	未记录	FLU 2-(6-HYDROXY-3-OXO-3H-XANTHEN-9-YL)-BENZOIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1 M Tris, pH 8.2 12% PEG 8000 2% Tacsimate	分辨率 2.50 Å R-free 0.251
5TSX HIV-1 CA hexamer with NUP153 peptide - P1 crystal form 提交 2016-10-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 133–363（231 aa）链 D 133–363（231 aa）链 E 133–363（231 aa）链 H 133–363（231 aa）链 I 133–363（231 aa）链 K 133–363（231 aa）	未记录	FLU 2-(6-HYDROXY-3-OXO-3H-XANTHEN-9-YL)-BENZOIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1 M Tris, pH 9 12% PEG 8000	分辨率 1.90 Å R-free 0.228
5TSX HIV-1 CA hexamer with NUP153 peptide - P1 crystal form 提交 2016-10-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 B 133–363（231 aa）链 C 133–363（231 aa）链 F 133–363（231 aa）链 G 133–363（231 aa）链 J 133–363（231 aa）链 L 133–363（231 aa）	未记录	FLU 2-(6-HYDROXY-3-OXO-3H-XANTHEN-9-YL)-BENZOIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1 M Tris, pH 9 12% PEG 8000	分辨率 1.90 Å R-free 0.228
5UPW CryoEM Structure Refinement by Integrating NMR Chemical Shifts with Molecular Dynamics Simulations 提交 2017-02-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 133–353（221 aa）片段：UNP residues 133-353 链 B 133–353（221 aa）片段：UNP residues 133-353 链 C 133–353（221 aa）片段：UNP residues 133-353 链 D 133–353（221 aa）片段：UNP residues 133-353 链 E 133–353（221 aa）片段：UNP residues 133-353 链 F 133–353（221 aa）片段：UNP residues 133-353	突变：A92E 突变：A92E 突变：A92E 突变：A92E 突变：A92E 突变：A92E	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；The assembled sample (1.5 microliter) was applied to the carbon side of a glow discharged perforated Quantifoil grid, followed by application of 3 microliter of low salt buffer (100 milimolar NaCl, 50 milimolar Tris pH 8.0) on the back side of the grid, and blotting, from the back side, with a filter paper, before plunge-freezing in liquid ethane	分辨率 5.00 Å
6AYA Structure of the native full-length HIV-1 capsid protein in complex with Nup153 peptide 提交 2017-09-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 133–363（231 aa）	未记录	IOD IODIDE ION × 42 CL CHLORIDE ION × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；PEG3350, NaI, MIB, Glycerol	分辨率 2.40 Å R-free 0.274
6BHS HIV-1 CA hexamer in complex with IP6, hexagonal crystal form 提交 2017-10-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 133–363（231 aa）	突变：A146C, E177C, W316A, M317A	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；293 K；10% PEG 8,000, 2% Tacsimate, 0.1 M Tris	分辨率 1.98 Å R-free 0.284
6BHT HIV-1 CA hexamer in complex with IP6, orthorhombic crystal form 提交 2017-10-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 133–363（231 aa）链 B 133–363（231 aa）链 C 133–363（231 aa）链 D 133–363（231 aa）链 E 133–363（231 aa）链 F 133–363（231 aa）	突变：A146C, E177C, W316A, M317A 突变：A146C, E177C, W316A, M317A 突变：A146C, E177C, W316A, M317A 突变：A146C, E177C, W316A, M317A 突变：A146C, E177C, W316A, M317A 突变：A146C, E177C, W316A, M317A	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.2；290 K；8% PEG 8000, 0.1M Tris	分辨率 2.69 Å R-free 0.255
6BHT HIV-1 CA hexamer in complex with IP6, orthorhombic crystal form 提交 2017-10-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 G 133–363（231 aa）链 H 133–363（231 aa）链 I 133–363（231 aa）链 J 133–363（231 aa）链 K 133–363（231 aa）链 L 133–363（231 aa）	突变：A146C, E177C, W316A, M317A 突变：A146C, E177C, W316A, M317A 突变：A146C, E177C, W316A, M317A 突变：A146C, E177C, W316A, M317A 突变：A146C, E177C, W316A, M317A 突变：A146C, E177C, W316A, M317A	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.2；290 K；8% PEG 8000, 0.1M Tris	分辨率 2.69 Å R-free 0.255
6H09 HIV capsid hexamer with IP6 ligand 提交 2018-07-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 133–351（219 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；293 K；PEG 4K	分辨率 2.00 Å R-free 0.266
6WAP Atomic-Resolution Structure of HIV-1 Capsid Tubes by Magic Angle Spinning NMR 提交 2020-03-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 133–363（231 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLID-STATE NMR NMR测量条件 pH 6；277 K；离子强度（mmCIF原始值）2.4；压力 1 NMR样品组成 100 % [U-13C; U-15N] HIV-1 capsid protein, solid \| solid NMR样品组成 100 % [1,6-13C]-Glucose,U-15N HIV-1 capsid protein, solid \| solid NMR样品组成 100 % [2-13C]-Glucose,U-15N HIV-1 capsid protein, solid \| solid NMR样品组成 100 % 13C,15N-His HIV-1 capsid protein, solid \| solid NMR样品组成 100 % 13C,15N-Tyr HIV-1 capsid protein, solid \| solid NMR样品组成 50 % 13C,15N-Ala HIV-1 capsid protein, 50 % 13C,15N-Ile HIV-1 capsid protein, solid \| solid NMR样品组成 50 % 13C,15N-Ala HIV-1 capsid protein, 50 % 13C,15N-Val HIV-1 capsid protein, solid \| solid NMR样品组成 86 % HIV-1 capsid protein, 14 % U-13C,15N-CA HIV-1 capsid protein, solid \| solid NMR样品组成 50 % [U-13C] HIV-1 capsid protein, 50 % [U-15N] HIV-1 capsid protein, solid \| solid	分辨率未提供
6X63 Atomic-Resolution Structure of HIV-1 Capsid Tubes by Magic Angle Spinning NMR 提交 2020-05-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 378 PDB 声明：378-meric	链 0 133–363（231 aa）链 0A 133–363（231 aa）链 0B 133–363（231 aa）链 0C 133–363（231 aa）链 0D 133–363（231 aa）链 0E 133–363（231 aa）链 1 133–363（231 aa）链 1A 133–363（231 aa）链 1B 133–363（231 aa）链 1C 133–363（231 aa）链 1D 133–363（231 aa）链 1E 133–363（231 aa）链 2 133–363（231 aa）链 2A 133–363（231 aa）链 2B 133–363（231 aa）链 2C 133–363（231 aa）链 2D 133–363（231 aa）链 2E 133–363（231 aa）链 3 133–363（231 aa）链 3A 133–363（231 aa）链 3B 133–363（231 aa）链 3C 133–363（231 aa）链 3D 133–363（231 aa）链 3E 133–363（231 aa）链 4 133–363（231 aa）链 4A 133–363（231 aa）链 4B 133–363（231 aa）链 4C 133–363（231 aa）链 4D 133–363（231 aa）链 4E 133–363（231 aa）链 5 133–363（231 aa）链 5A 133–363（231 aa）链 5B 133–363（231 aa）链 5C 133–363（231 aa）链 5D 133–363（231 aa）链 5E 133–363（231 aa）链 6 133–363（231 aa）链 6A 133–363（231 aa）链 6B 133–363（231 aa）链 6C 133–363（231 aa）链 6D 133–363（231 aa）链 6E 133–363（231 aa）链 7 133–363（231 aa）链 7A 133–363（231 aa）链 7B 133–363（231 aa）链 7C 133–363（231 aa）链 7D 133–363（231 aa）链 7E 133–363（231 aa）链 8 133–363（231 aa）链 8A 133–363（231 aa）链 8B 133–363（231 aa）链 8C 133–363（231 aa）链 8D 133–363（231 aa）链 8E 133–363（231 aa）链 9 133–363（231 aa）链 9A 133–363（231 aa）链 9B 133–363（231 aa）链 9C 133–363（231 aa）链 9D 133–363（231 aa）链 9E 133–363（231 aa）链 A 133–363（231 aa）链 AA 133–363（231 aa）链 AB 133–363（231 aa）链 AC 133–363（231 aa）链 AD 133–363（231 aa）链 AE 133–363（231 aa）链 AF 133–363（231 aa）链 B 133–363（231 aa）链 BA 133–363（231 aa）链 BB 133–363（231 aa）链 BC 133–363（231 aa）链 BD 133–363（231 aa）链 BE 133–363（231 aa）链 BF 133–363（231 aa）链 C 133–363（231 aa）链 CA 133–363（231 aa）链 CB 133–363（231 aa）链 CC 133–363（231 aa）链 CD 133–363（231 aa）链 CE 133–363（231 aa）链 CF 133–363（231 aa）链 D 133–363（231 aa）链 DA 133–363（231 aa）链 DB 133–363（231 aa）链 DC 133–363（231 aa）链 DD 133–363（231 aa）链 DE 133–363（231 aa）链 DF 133–363（231 aa）链 E 133–363（231 aa）链 EA 133–363（231 aa）链 EB 133–363（231 aa）链 EC 133–363（231 aa）链 ED 133–363（231 aa）链 EE 133–363（231 aa）链 EF 133–363（231 aa）链 F 133–363（231 aa）链 FA 133–363（231 aa）链 FB 133–363（231 aa）链 FC 133–363（231 aa）链 FD 133–363（231 aa）链 FE 133–363（231 aa）链 FF 133–363（231 aa）链 G 133–363（231 aa）链 GA 133–363（231 aa）链 GB 133–363（231 aa）链 GC 133–363（231 aa）链 GD 133–363（231 aa）链 GE 133–363（231 aa）链 H 133–363（231 aa）链 HA 133–363（231 aa）链 HB 133–363（231 aa）链 HC 133–363（231 aa）链 HD 133–363（231 aa）链 HE 133–363（231 aa）链 I 133–363（231 aa）链 IA 133–363（231 aa）链 IB 133–363（231 aa）链 IC 133–363（231 aa）链 ID 133–363（231 aa）链 IE 133–363（231 aa）链 J 133–363（231 aa）链 JA 133–363（231 aa）链 JB 133–363（231 aa）链 JC 133–363（231 aa）链 JD 133–363（231 aa）链 JE 133–363（231 aa）链 K 133–363（231 aa）链 KA 133–363（231 aa）链 KB 133–363（231 aa）链 KC 133–363（231 aa）链 KD 133–363（231 aa）链 KE 133–363（231 aa）链 L 133–363（231 aa）链 LA 133–363（231 aa）链 LB 133–363（231 aa）链 LC 133–363（231 aa）链 LD 133–363（231 aa）链 LE 133–363（231 aa）链 M 133–363（231 aa）链 MA 133–363（231 aa）链 MB 133–363（231 aa）链 MC 133–363（231 aa）链 MD 133–363（231 aa）链 ME 133–363（231 aa）链 N 133–363（231 aa）链 NA 133–363（231 aa）链 NB 133–363（231 aa）链 NC 133–363（231 aa）链 ND 133–363（231 aa）链 NE 133–363（231 aa）链 O 133–363（231 aa）链 OA 133–363（231 aa）链 OB 133–363（231 aa）链 OC 133–363（231 aa）链 OD 133–363（231 aa）链 OE 133–363（231 aa）链 P 133–363（231 aa）链 PA 133–363（231 aa）链 PB 133–363（231 aa）链 PC 133–363（231 aa）链 PD 133–363（231 aa）链 PE 133–363（231 aa）链 Q 133–363（231 aa）链 QA 133–363（231 aa）链 QB 133–363（231 aa）链 QC 133–363（231 aa）链 QD 133–363（231 aa）链 QE 133–363（231 aa）链 R 133–363（231 aa）链 RA 133–363（231 aa）链 RB 133–363（231 aa）链 RC 133–363（231 aa）链 RD 133–363（231 aa）链 RE 133–363（231 aa）链 S 133–363（231 aa）链 SA 133–363（231 aa）链 SB 133–363（231 aa）链 SC 133–363（231 aa）链 SD 133–363（231 aa）链 SE 133–363（231 aa）链 T 133–363（231 aa）链 TA 133–363（231 aa）链 TB 133–363（231 aa）链 TC 133–363（231 aa）链 TD 133–363（231 aa）链 TE 133–363（231 aa）链 U 133–363（231 aa）链 UA 133–363（231 aa）链 UB 133–363（231 aa）链 UC 133–363（231 aa）链 UD 133–363（231 aa）链 UE 133–363（231 aa）链 V 133–363（231 aa）链 VA 133–363（231 aa）链 VB 133–363（231 aa）链 VC 133–363（231 aa）链 VD 133–363（231 aa）链 VE 133–363（231 aa）链 W 133–363（231 aa）链 WA 133–363（231 aa）链 WB 133–363（231 aa）链 WC 133–363（231 aa）链 WD 133–363（231 aa）链 WE 133–363（231 aa）链 X 133–363（231 aa）链 XA 133–363（231 aa）链 XB 133–363（231 aa）链 XC 133–363（231 aa）链 XD 133–363（231 aa）链 XE 133–363（231 aa）链 Y 133–363（231 aa）链 YA 133–363（231 aa）链 YB 133–363（231 aa）链 YC 133–363（231 aa）链 YD 133–363（231 aa）链 YE 133–363（231 aa）链 Z 133–363（231 aa）链 ZA 133–363（231 aa）链 ZB 133–363（231 aa）链 ZC 133–363（231 aa）链 ZD 133–363（231 aa）链 ZE 133–363（231 aa）链 a 133–363（231 aa）链 aA 133–363（231 aa）链 aB 133–363（231 aa）链 aC 133–363（231 aa）链 aD 133–363（231 aa）链 aE 133–363（231 aa）链 b 133–363（231 aa）链 bA 133–363（231 aa）链 bB 133–363（231 aa）链 bC 133–363（231 aa）链 bD 133–363（231 aa）链 bE 133–363（231 aa）链 c 133–363（231 aa）链 cA 133–363（231 aa）链 cB 133–363（231 aa）链 cC 133–363（231 aa）链 cD 133–363（231 aa）链 cE 133–363（231 aa）链 d 133–363（231 aa）链 dA 133–363（231 aa）链 dB 133–363（231 aa）链 dC 133–363（231 aa）链 dD 133–363（231 aa）链 dE 133–363（231 aa）链 e 133–363（231 aa）链 eA 133–363（231 aa）链 eB 133–363（231 aa）链 eC 133–363（231 aa）链 eD 133–363（231 aa）链 eE 133–363（231 aa）链 f 133–363（231 aa）链 fA 133–363（231 aa）链 fB 133–363（231 aa）链 fC 133–363（231 aa）链 fD 133–363（231 aa）链 fE 133–363（231 aa）链 g 133–363（231 aa）链 gA 133–363（231 aa）链 gB 133–363（231 aa）链 gC 133–363（231 aa）链 gD 133–363（231 aa）链 gE 133–363（231 aa）链 h 133–363（231 aa）链 hA 133–363（231 aa）链 hB 133–363（231 aa）链 hC 133–363（231 aa）链 hD 133–363（231 aa）链 hE 133–363（231 aa）链 i 133–363（231 aa）链 iA 133–363（231 aa）链 iB 133–363（231 aa）链 iC 133–363（231 aa）链 iD 133–363（231 aa）链 iE 133–363（231 aa）链 j 133–363（231 aa）链 jA 133–363（231 aa）链 jB 133–363（231 aa）链 jC 133–363（231 aa）链 jD 133–363（231 aa）链 jE 133–363（231 aa）链 k 133–363（231 aa）链 kA 133–363（231 aa）链 kB 133–363（231 aa）链 kC 133–363（231 aa）链 kD 133–363（231 aa）链 kE 133–363（231 aa）链 l 133–363（231 aa）链 lA 133–363（231 aa）链 lB 133–363（231 aa）链 lC 133–363（231 aa）链 lD 133–363（231 aa）链 lE 133–363（231 aa）链 m 133–363（231 aa）链 mA 133–363（231 aa）链 mB 133–363（231 aa）链 mC 133–363（231 aa）链 mD 133–363（231 aa）链 mE 133–363（231 aa）链 n 133–363（231 aa）链 nA 133–363（231 aa）链 nB 133–363（231 aa）链 nC 133–363（231 aa）链 nD 133–363（231 aa）链 nE 133–363（231 aa）链 o 133–363（231 aa）链 oA 133–363（231 aa）链 oB 133–363（231 aa）链 oC 133–363（231 aa）链 oD 133–363（231 aa）链 oE 133–363（231 aa）链 p 133–363（231 aa）链 pA 133–363（231 aa）链 pB 133–363（231 aa）链 pC 133–363（231 aa）链 pD 133–363（231 aa）链 pE 133–363（231 aa）链 q 133–363（231 aa）链 qA 133–363（231 aa）链 qB 133–363（231 aa）链 qC 133–363（231 aa）链 qD 133–363（231 aa）链 qE 133–363（231 aa）链 r 133–363（231 aa）链 rA 133–363（231 aa）链 rB 133–363（231 aa）链 rC 133–363（231 aa）链 rD 133–363（231 aa）链 rE 133–363（231 aa）链 s 133–363（231 aa）链 sA 133–363（231 aa）链 sB 133–363（231 aa）链 sC 133–363（231 aa）链 sD 133–363（231 aa）链 sE 133–363（231 aa）链 t 133–363（231 aa）链 tA 133–363（231 aa）链 tB 133–363（231 aa）链 tC 133–363（231 aa）链 tD 133–363（231 aa）链 tE 133–363（231 aa）链 u 133–363（231 aa）链 uA 133–363（231 aa）链 uB 133–363（231 aa）链 uC 133–363（231 aa）链 uD 133–363（231 aa）链 uE 133–363（231 aa）链 v 133–363（231 aa）链 vA 133–363（231 aa）链 vB 133–363（231 aa）链 vC 133–363（231 aa）链 vD 133–363（231 aa）链 vE 133–363（231 aa）链 w 133–363（231 aa）链 wA 133–363（231 aa）链 wB 133–363（231 aa）链 wC 133–363（231 aa）链 wD 133–363（231 aa）链 wE 133–363（231 aa）链 x 133–363（231 aa）链 xA 133–363（231 aa）链 xB 133–363（231 aa）链 xC 133–363（231 aa）链 xD 133–363（231 aa）链 xE 133–363（231 aa）链 y 133–363（231 aa）链 yA 133–363（231 aa）链 yB 133–363（231 aa）链 yC 133–363（231 aa）链 yD 133–363（231 aa）链 yE 133–363（231 aa）链 z 133–363（231 aa）链 zA 133–363（231 aa）链 zB 133–363（231 aa）链 zC 133–363（231 aa）链 zD 133–363（231 aa）链 zE 133–363（231 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLID-STATE NMR NMR测量条件 pH 6；277 K；离子强度（mmCIF原始值）2.4；压力 1 NMR样品组成 100 % [U-13C; U-15N] HIV-1 capsid protein, solid \| solid NMR样品组成 100 % [1,6-13C]-Glucose,U-15N HIV-1 capsid protein, solid \| solid NMR样品组成 100 % [2-13C]-Glucose,U-15N HIV-1 capsid protein, solid \| solid NMR样品组成 100 % 13C,15N-His HIV-1 capsid protein, solid \| solid NMR样品组成 100 % 13C,15N-Tyr HIV-1 capsid protein, solid \| solid NMR样品组成 50 % 13C,15N-Ala HIV-1 capsid protein, 50 % 13C,15N-Ile HIV-1 capsid, solid \| solid NMR样品组成 50 % 13C,15N-Ala HIV-1 capsid protein, 50 % 13C,15N-Val HIV-1 capsid, solid \| solid NMR样品组成 86 % HIV-1 capsid protein, 14 % U-13C,15N-CA HIV-1 capsid, solid \| solid NMR样品组成 50 % [U-13C] HIV-1 capsid protein, 50 % [U-15N] HIV-1 capsid, solid \| solid	分辨率未提供
7M9F Structure of the wild-type native full-length HIV-1 capsid protein in complex with ZW-1261 提交 2021-03-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 133–363（231 aa）	未记录	YTG N-(4-chlorophenyl)-Nalpha-[(5-hydroxy-1H-indol-3-yl)acetyl]-N-methyl-L-phenylalaninamide × 6 IOD IODIDE ION × 30	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；PEG 3350, NaI, Sodium Cacodylate, Glycerol	分辨率 2.70 Å R-free 0.253
7QDF Hexameric HIV-1 (M-group) CA R120 mutant 提交 2021-11-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 AAA 133–363（231 aa）	突变：R120	IOD IODIDE ION × 12 CL CHLORIDE ION × 30 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；9.5% PEG 3350 (v/v), 310 mM NaI, 100 mM Sodium Cacodylate. Crystals grew in 1 uL protein (3 mg/mL) + 1 uL crystallant. Cryoprotected in 20% (v/v) Glycerol.	分辨率 2.30 Å R-free 0.278
7RAO Structure of M66I mutant of disulfide stabilized HIV-1 CA hexamer 提交 2021-07-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 133–363（231 aa）链 B 133–363（231 aa）	突变：A14C, E45C, M66I, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, M66I, W184A, M185A	IOD IODIDE ION × 18 CL CHLORIDE ION × 21	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.125-0.35M Sodium Iodide, 2-8% Peg 3350, 6% glycerol, 0.1M sodium cacodylate pH 6.5	分辨率 2.29 Å R-free 0.244
7RAO Structure of M66I mutant of disulfide stabilized HIV-1 CA hexamer 提交 2021-07-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 133–363（231 aa）	突变：A14C, E45C, M66I, W184A, M185A	IOD IODIDE ION × 24 CL CHLORIDE ION × 30	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.125-0.35M Sodium Iodide, 2-8% Peg 3350, 6% glycerol, 0.1M sodium cacodylate pH 6.5	分辨率 2.29 Å R-free 0.244
7RAR Structure of Q67H mutant of disulfide stabilized HIV-1 CA hexamer 提交 2021-07-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 133–363（231 aa）	突变：A14C, E45C, Q67H, W184A, M185A	IOD IODIDE ION × 36 CL CHLORIDE ION × 24	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.425M NaI, 4% peg 3350, 6% glycerol, 0.1M sodium cacodylate trihydrate pH 6.5	分辨率 2.15 Å R-free 0.240
7RHN Co-crystal structure of Q67H mutant of disulfide stabilized HIV-1 CA hexamer and lenacapavir 提交 2021-07-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 133–363（231 aa）	突变：A14C, E45C, Q67H, W184A, M185A	QNG Lenacapavir × 6 IOD IODIDE ION × 18 CL CHLORIDE ION × 24	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.35M NaI, 4% peg 3350, 6% glycerol, 0.1M sodium cacodylate trihydrate pH 6.5	分辨率 2.46 Å R-free 0.288
7URN Structure of HIV-1 capsid declination 提交 2022-04-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric	链 A 133–363（231 aa）链 L 133–363（231 aa）链 M 133–363（231 aa）链 N 133–363（231 aa）链 O 133–363（231 aa）链 P 133–363（231 aa）链 Q 133–363（231 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 10	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Manual plunge-freezing	分辨率 3.43 Å
8EJL Structure of HIV-1 capsid declination in complex with CPSF6-FG peptide 提交 2022-09-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric	链 A 133–363（231 aa）链 L 133–363（231 aa）链 M 133–363（231 aa）链 N 133–363（231 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Manual plunge-freezing	分辨率 3.90 Å
8EJL Structure of HIV-1 capsid declination in complex with CPSF6-FG peptide 提交 2022-09-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 133–363（231 aa）链 L 133–363（231 aa）链 M 133–363（231 aa）链 N 133–363（231 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Manual plunge-freezing	分辨率 3.90 Å
8EJL Structure of HIV-1 capsid declination in complex with CPSF6-FG peptide 提交 2022-09-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 133–363（231 aa）链 L 133–363（231 aa）链 M 133–363（231 aa）链 N 133–363（231 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Manual plunge-freezing	分辨率 3.90 Å
8QUB Hexameric HIV-1 CA in complex with DDD00074110 提交 2023-10-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 133–363（231 aa）	未记录	WVZ (1~{S})-1-phenyl-2,4-dihydro-1~{H}-isoquinolin-3-one × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；0.1M Tris buffer, pH 8.0 to 9.0, 10-15% PEG550MME, 0.15M KSCN	分辨率 1.63 Å R-free 0.210
8QUH Hexameric HIV-1 CA in complex with DDD00057456 提交 2023-10-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 133–363（231 aa）	未记录	AJ2 4-methylquinolin-2-ol × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；0.1M Tris buffer, pH 8.0 to 9.0, 10-15% PEG550MME, 0.15M KSCN	分辨率 1.55 Å R-free 0.195
8QUI Hexameric HIV-1 CA in complex with DDD00024969 提交 2023-10-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 133–363（231 aa）	未记录	XXL ethyl (3-oxo-2,3-dihydro-4H-1,4-benzoxazin-4-yl)acetate × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；0.1M Tris buffer, pH 8.0 to 9.0, 10-15% PEG550MME, 0.15M KSCN	分辨率 1.69 Å R-free 0.216
8QUJ Hexameric HIV-1 CA in complex with DDD00100452 提交 2023-10-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 133–363（231 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 24 WWR 3-(phenylmethyl)-1~{H}-imidazol-2-one × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；0.1M Tris buffer, pH 8.0 to 9.0, 10-15% PEG550MME, 0.15M KSCN	分辨率 1.63 Å R-free 0.200
8QUK Hexameric HIV-1 CA in complex with DDD00100439 提交 2023-10-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 133–363（231 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 WVU (phenylmethyl) 3-oxidanylidenepiperazine-1-carboxylate × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；0.1M Tris buffer, pH 8.0 to 9.0, 10-15% PEG550MME, 0.15M KSCN	分辨率 1.38 Å R-free 0.203
8QUL Hexameric HIV-1 CA in complex with DDD00100555 提交 2023-10-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 133–363（231 aa）	未记录	3IP 3-(BENZYLOXY)PYRIDIN-2-AMINE × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；0.1M Tris buffer, pH 8.0 to 9.0, 10-15% PEG550MME, 0.15M KSCN	分辨率 1.67 Å R-free 0.210
8QUW Hexameric HIV-1 CA in complex with DDD01044153 提交 2023-10-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 133–363（231 aa）	未记录	WZR (4~{R})-7-oxidanyl-4-phenyl-3,4-dihydro-1~{H}-quinolin-2-one × 6 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；0.1M Tris buffer, pH 8.0 to 9.0, 10-15% PEG550MME, 0.15M KSCN	分辨率 2.02 Å R-free 0.230
8QUX Hexameric HIV-1 CA in complex with DDD00100333 提交 2023-10-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 133–363（231 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 S0I 4-benzyl-3,4-dihydroquinoxalin-2(1H)-one × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；0.1M Tris buffer, pH 8.0 to 9.0, 10-15% PEG550MME, 0.15M KSCN	分辨率 2.30 Å R-free 0.276
8QUY Hexameric HIV-1 CA in complex with DDD01728501 提交 2023-10-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 133–363（231 aa）	未记录	X0L 4-[(4-methylphenyl)methyl]-1~{H}-quinoxaline-2,3-dione × 6 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；0.1M Tris buffer, pH 8.0 to 9.0, 10-15% PEG550MME, 0.15M KSCN	分辨率 1.88 Å R-free 0.215
8QV1 Hexameric HIV-1 CA in complex with DDD01728505 提交 2023-10-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 133–363（231 aa）	未记录	X0H methyl 2-(2-oxidanylidene-1~{H}-quinolin-4-yl)ethanoate × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；0.1M Tris buffer, pH 8.0 to 9.0, 10-15% PEG550MME, 0.15M KSCN	分辨率 2.20 Å R-free 0.288
8QV4 Hexameric HIV-1 CA in complex with DDD01728503 提交 2023-10-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 133–363（231 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 WZX ethyl 2-(3-oxidanylidene-2,4-dihydroquinoxalin-1-yl)ethanoate × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；0.1M Tris buffer, pH 8.0 to 9.0, 10-15% PEG550MME, 0.15M KSCN	分辨率 2.70 Å R-free 0.303
8QV9 Hexameric HIV-1 CA in complex with DDD01829021 提交 2023-10-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 133–363（231 aa）	未记录	WZL 7-bromanyl-3-(phenylmethyl)-1~{H}-benzimidazol-2-one × 6 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 18	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；0.1M Tris buffer, pH 8.0 to 9.0, 10-15% PEG550MME, 0.15M KSCN	分辨率 1.76 Å R-free 0.246
8QVA Hexameric HIV-1 CA in complex with DDD01829894 提交 2023-10-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 133–363（231 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 WZ9 7-azanyl-3-(phenylmethyl)-1~{H}-benzimidazol-2-one × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；0.1M Tris buffer, pH 8.0 to 9.0, 10-15% PEG550MME, 0.15M KSCN	分辨率 2.00 Å R-free 0.254
8TY6 Disulfide-stabilized HIV-1 CA hexamer in complex with PQBP1 Nt 提交 2023-08-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 133–363（231 aa）链 B 133–363（231 aa）链 C 133–363（231 aa）链 D 133–363（231 aa）链 E 133–363（231 aa）链 F 133–363（231 aa）	突变：A14C, E45C, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, W184A, M185A	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
8V17 HIV-CA Disulfide linked Hexamer with inhibitor bound - exploration of a benzothiazole 提交 2023-11-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 133–361（229 aa）	突变：A14C, E45C, W184A, M185A	Y4X N-(1,3-benzothiazol-5-yl)-3,5-difluoro-Nalpha-[(5-hydroxy-1H-indol-3-yl)acetyl]-N-methyl-L-phenylalaninamide × 6 GOL GLYCEROL × 18	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；Morpheus Condition D11	分辨率 1.50 Å R-free 0.171
8VRP HIV-CA Disulfide linked Hexamer bound to 4-Quinazolinone Scaffold inhibitor 提交 2024-01-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 133–361（229 aa）链 C 133–361（229 aa）	突变：A14C, E45C, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, W184A, M185A	A1ADQ N-[(1S)-1-[(3P,7M)-3-{4-chloro-3-[(ethanesulfonyl)amino]-1-(2,2,2-trifluoroethyl)-1H-indazol-7-yl}-7-(3-fluoro-4-formylphenyl)-4-oxo-3,4-dihydroquinazolin-2-yl]-2-(3,5-difluorophenyl)ethyl]-2-[3-(trifluoromethyl)-5,6-dihydrocyclopenta[c]pyrazol-1(4H)-yl]acetamide × 6 IOD IODIDE ION × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；Morpheus condition B2	分辨率 1.80 Å R-free 0.226
8VRP HIV-CA Disulfide linked Hexamer bound to 4-Quinazolinone Scaffold inhibitor 提交 2024-01-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 133–361（229 aa）	突变：A14C, E45C, W184A, M185A	A1ADQ N-[(1S)-1-[(3P,7M)-3-{4-chloro-3-[(ethanesulfonyl)amino]-1-(2,2,2-trifluoroethyl)-1H-indazol-7-yl}-7-(3-fluoro-4-formylphenyl)-4-oxo-3,4-dihydroquinazolin-2-yl]-2-(3,5-difluorophenyl)ethyl]-2-[3-(trifluoromethyl)-5,6-dihydrocyclopenta[c]pyrazol-1(4H)-yl]acetamide × 6 IOD IODIDE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；Morpheus condition B2	分辨率 1.80 Å R-free 0.226
9D6D Gag CA-SP1 immature lattice bound with Lenacapavir from enveloped virus like particles 提交 2024-08-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 A 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 B 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 C 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 D 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 E 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 F 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 G 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 H 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 I 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 J 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 K 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 L 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 M 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 N 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 O 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 P 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 Q 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 R 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)	突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I	QNG Lenacapavir × 18 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；This is the final buffer in which the enveloped viral like particle was resuspended. The Gag-CA-SP1 lattice is inside the viral like particle and thus not in the direct environment of this buffer. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.18 Å
9D6E Gag CA-SP1 immature lattice bound with Bevirimat from enveloped virus like particles 提交 2024-08-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 A 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 B 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 C 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 D 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 E 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 F 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 G 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 H 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 I 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 J 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 K 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 L 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 M 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 N 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 O 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 P 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 Q 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 R 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)	突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 2I4 3alpha-[(3-carboxy-3-methylbutanoyl)oxy]-8alpha,9beta,10alpha,13alpha,17alpha,19beta-lup-20(29)-en-28-oic acid × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；This is the final buffer in which the enveloped viral like particle was resuspended. The Gag-CA-SP1 lattice is inside the viral like particle and thus not in the direct environment of this buffer. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.09 Å
9D88 Gag CA-SP1 immature lattice from enveloped and perforated virus like particles 提交 2024-08-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 A 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 B 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 C 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 D 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 E 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 F 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 G 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 H 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 I 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 J 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 K 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 L 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 M 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 N 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 O 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 P 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 Q 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372) 链 R 143–371（229 aa）片段：CA-SP1 domains (UNP residues 143-372)	突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I 突变：L231I	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；This is the final buffer in which the enveloped viral-like particle was resuspended. The Gag-CA-SP1 lattice is inside the virus-like particle and not directly in the buffer environment. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.18 Å
9EDZ HIV CA - GLFG peptide (4 mM) 提交 2024-11-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 133–363（231 aa）链 B 133–363（231 aa）链 C 133–363（231 aa）链 D 133–363（231 aa）链 E 133–363（231 aa）链 F 133–363（231 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；100 mM Hepes, pH 7.4 10% PEG 4,000	分辨率 3.00 Å R-free 0.267
9EDZ HIV CA - GLFG peptide (4 mM) 提交 2024-11-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 G 133–363（231 aa）链 H 133–363（231 aa）链 I 133–363（231 aa）链 J 133–363（231 aa）链 K 133–363（231 aa）链 L 133–363（231 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；100 mM Hepes, pH 7.4 10% PEG 4,000	分辨率 3.00 Å R-free 0.267
9EE0 HIV CA - GLFG peptide (9 mM) 提交 2024-11-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 133–363（231 aa）链 B 133–363（231 aa）链 C 133–363（231 aa）链 D 133–363（231 aa）链 E 133–363（231 aa）链 F 133–363（231 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；100 mM Hepes, pH 7.4 10% PEG 4,000	分辨率 3.10 Å R-free 0.255
9EE0 HIV CA - GLFG peptide (9 mM) 提交 2024-11-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 G 133–363（231 aa）链 H 133–363（231 aa）链 I 133–363（231 aa）链 J 133–363（231 aa）链 K 133–363（231 aa）链 L 133–363（231 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；100 mM Hepes, pH 7.4 10% PEG 4,000	分辨率 3.10 Å R-free 0.255
9EE1 HIV CA - GLFG peptide (43 mM) 提交 2024-11-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 133–363（231 aa）链 B 133–363（231 aa）链 C 133–363（231 aa）链 D 133–363（231 aa）链 E 133–363（231 aa）链 F 133–363（231 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；100 mM Hepes, pH 7.4, 10% PEG 4,000	分辨率 3.00 Å R-free 0.261
9EE1 HIV CA - GLFG peptide (43 mM) 提交 2024-11-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 G 133–363（231 aa）链 H 133–363（231 aa）链 I 133–363（231 aa）链 J 133–363（231 aa）链 K 133–363（231 aa）链 L 133–363（231 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；100 mM Hepes, pH 7.4, 10% PEG 4,000	分辨率 3.00 Å R-free 0.261
9EE2 HIV CA - FSFG peptide (14 mM) 提交 2024-11-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 133–363（231 aa）链 B 133–363（231 aa）链 C 133–363（231 aa）链 D 133–363（231 aa）链 E 133–363（231 aa）链 F 133–363（231 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；100 mM Hepes, pH 7.4, 10% PEG 4,000	分辨率 2.99 Å R-free 0.253
9EE2 HIV CA - FSFG peptide (14 mM) 提交 2024-11-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 G 133–363（231 aa）链 H 133–363（231 aa）链 I 133–363（231 aa）链 J 133–363（231 aa）链 K 133–363（231 aa）链 L 133–363（231 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；100 mM Hepes, pH 7.4, 10% PEG 4,000	分辨率 2.99 Å R-free 0.253
9EE3 HIV CA - FG peptide (14 mM) 提交 2024-11-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 133–363（231 aa）链 B 133–363（231 aa）链 C 133–363（231 aa）链 D 133–363（231 aa）链 E 133–363（231 aa）链 F 133–363（231 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；100 mM Hepes, pH 7.4, 10% PEG 4,000	分辨率 3.10 Å R-free 0.261
9EE3 HIV CA - FG peptide (14 mM) 提交 2024-11-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 G 133–363（231 aa）链 H 133–363（231 aa）链 I 133–363（231 aa）链 J 133–363（231 aa）链 K 133–363（231 aa）链 L 133–363（231 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；100 mM Hepes, pH 7.4, 10% PEG 4,000	分辨率 3.10 Å R-free 0.261
9EE4 HIV CA - FG peptide (34 mM) 提交 2024-11-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 A 133–363（231 aa）链 B 133–363（231 aa）链 C 133–363（231 aa）链 D 133–363（231 aa）链 E 133–363（231 aa）链 F 133–363（231 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；100 mM Hepes, pH 7.4, 10% PEG 4,000	分辨率 3.10 Å R-free 0.252
9EE4 HIV CA - FG peptide (34 mM) 提交 2024-11-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 G 133–363（231 aa）链 H 133–363（231 aa）链 I 133–363（231 aa）链 J 133–363（231 aa）链 K 133–363（231 aa）链 L 133–363（231 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；100 mM Hepes, pH 7.4, 10% PEG 4,000	分辨率 3.10 Å R-free 0.252
9H1P Mature HIV-1 matrix from MA-SP1 cleavage mutant 提交 2024-10-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 2–132（131 aa）链 B 433–448（16 aa）链 C 2–132（131 aa）链 D 433–448（16 aa）链 E 2–132（131 aa）链 F 433–448（16 aa）链 G 2–132（131 aa）链 H 433–448（16 aa）链 I 2–132（131 aa）链 J 433–448（16 aa）链 K 2–132（131 aa）链 L 433–448（16 aa）链 M 2–132（131 aa）链 N 433–448（16 aa）链 O 2–132（131 aa）链 P 433–448（16 aa）链 Q 2–132（131 aa）链 R 433–448（16 aa）链 S 2–132（131 aa）链 T 433–448（16 aa）链 U 2–132（131 aa）链 V 433–448（16 aa）链 W 2–132（131 aa）链 X 433–448（16 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；PBS cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.10 Å
9MNM SPA of purified HIV-1 CA protein in vitro assembled with IP6 (mature morphology). 500 uM LEN was added post assembly. 提交 2024-12-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 A 133–363（231 aa）链 B 133–363（231 aa）链 C 133–363（231 aa）链 D 133–363（231 aa）	未记录	QNG Lenacapavir × 18 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.2；25 mM MES, 2mM TCEP, 500 uM LEN cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
9MNM SPA of purified HIV-1 CA protein in vitro assembled with IP6 (mature morphology). 500 uM LEN was added post assembly. 提交 2024-12-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 133–363（231 aa）链 B 133–363（231 aa）链 C 133–363（231 aa）链 D 133–363（231 aa）	未记录	QNG Lenacapavir × 3 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.2；25 mM MES, 2mM TCEP, 500 uM LEN cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
9MNM SPA of purified HIV-1 CA protein in vitro assembled with IP6 (mature morphology). 500 uM LEN was added post assembly. 提交 2024-12-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 133–363（231 aa）链 B 133–363（231 aa）链 C 133–363（231 aa）链 D 133–363（231 aa）	未记录	QNG Lenacapavir × 3 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.2；25 mM MES, 2mM TCEP, 500 uM LEN cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
9P9L Gag CA-SP1 immature lattice bound with Lenacapavir from enveloped virus like particles 提交 2025-06-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 18 PDB 声明：18-meric	链 A 143–371（229 aa）片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region 链 B 143–371（229 aa）片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region 链 C 143–371（229 aa）片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region 链 D 143–371（229 aa）片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region 链 E 143–371（229 aa）片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region 链 F 143–371（229 aa）片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region 链 G 143–371（229 aa）片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region 链 H 143–371（229 aa）片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region 链 I 143–371（229 aa）片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region 链 J 143–371（229 aa）片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region 链 K 143–371（229 aa）片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region 链 L 143–371（229 aa）片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region 链 M 143–371（229 aa）片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region 链 N 143–371（229 aa）片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region 链 O 143–371（229 aa）片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region 链 P 143–371（229 aa）片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region 链 Q 143–371（229 aa）片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region 链 R 143–371（229 aa）片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region	未记录	QNG Lenacapavir × 18 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；This is the final buffer in which the enveloped viral like particle was resuspended. The Gag-CA-SP1 lattice is inside the viral like particle and thus not in the direct environment of this buffer. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.28 Å
9P9M CA-SP1 immature lattice assembled in vitro with inhibitor lenacapavir (dialyzed to 50nM) 提交 2025-06-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 18 PDB 声明：18-meric	链 A 143–371（229 aa）片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region 链 B 143–371（229 aa）片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region 链 C 143–371（229 aa）片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region 链 D 143–371（229 aa）片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region 链 E 143–371（229 aa）片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region 链 F 143–371（229 aa）片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region 链 G 143–371（229 aa）片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region 链 H 143–371（229 aa）片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region 链 I 143–371（229 aa）片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region 链 J 143–371（229 aa）片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region 链 K 143–371（229 aa）片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region 链 L 143–371（229 aa）片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region 链 M 143–371（229 aa）片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region 链 N 143–371（229 aa）片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region 链 O 143–371（229 aa）片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region 链 P 143–371（229 aa）片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region 链 Q 143–371（229 aa）片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region 链 R 143–371（229 aa）片段：Capsid (CA) domain and Spacer Peptide 1 (SP1) region	未记录	QNG Lenacapavir × 18 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；the initial Lenacapavir concentration is 180uM and CA-SP1 is 90uM upon particle assembly; the assembled particle is then dialyzed in same buffer, but have final Lenacapavir concentration drop to 50nM. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.93 Å

共 70 个其他 PDB 条目、88 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GAG_HV1N5
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–500； UniProt 1–500 作者链 C； PDB构建体 1–500； UniProt 1–500

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5o2u
沉积日期 deposition_date	2017-05-22
结构标题 title	Llama VHH in complex with p24
关键词 keywords	VHH Llama antibody HIV capsid protein complex, Virus; VIRUS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.77 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.31 Å
零角强度 I(0) i0	29543200.00
分子量 molecular_weight	41181.0 kDa
排除体积 excluded_volume	51259 Å³
包络体积 envelope_volume	66476 Å³
水化壳体积 shell_volume	22087 Å³
包络直径 envelope_diameter	103.1 Å
壳层 Rg shell_rg	32.31 Å
包络 Rg envelope_rg	27.98 Å
形状 Rg shape_rg	28.29 Å
总 Rg total_rg	28.81 Å
总原子数 total_atoms	2890
残基数 n_residues	371
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	95.0 Å
Rg (实空间) rg_real	29.05 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.86 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.9540e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.1280e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.93 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	29540000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8300
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.511
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.516
角度范围 angular_range	— – 0.2750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4546000.0000
实空间数据点数 n_real_points	56
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.782; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.555; Smooth: 0.884

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Capsid protein p24
分子量 formula_weight	55895.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	2898

MGARASVLSGGELDKWEKIRLRPGGKKQYKLKHIVWASRELERFAVNPGLLETSEGCRQILGQLQPSLQTGSEELRSLYNTIAVLYCVHQRIDVKDTKEALDKIEEEQNKSKKKAQQAAADTGNNSQVSQNYPIVQNLQGQMVHQAISPRTLNAWVKVVEEKAFSPEVIPMFSALSEGATPQDLNTMLNTVGGHQAAMQMLKETINEEAAEWDRLHPVHAGPIAPGQMREPRGSDIAGTTSTLQEQIGWMTHNPPIPVGEIYKRWIILGLNKIVRMYSPTSILDIRQGPKEPFRDYVDRFYKTLRAEQASQEVKNWMTETLLVQNANPDCKTILKALGPGATLEEMMTACQGVGGPGHKARVLAEAMSQVTNPATIMIQKGNFRNQRKTVKCFNCGKEGHIAKNCRAPRKKGCWKCGKEGHQMKDCTERQANFLGKIWPSHKGRPGNFLQSRPEPTAPPEESFRFGEETTTPSQKQEPIDKELYPLASLRSLFGSDPSSQ

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
通用名 common_name	HIV-1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	VHH 59H10
分子量 formula_weight	13946.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

DVQLQESGGGLVQAGGSLRLSCAASGSISRFNAMGWWRQAPGKEREFVARIVKGFDPVLADSVKGRFTISIDSAENTLALQMNRLKPEDTAVYYCFAALDTAYWGQGTQVTVSSAAADYKPGGGKPGGEPEA

来源 Source

来源生物 organism	Lama glama
通用名 common_name	Llama
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9844
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d5o2ua_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.28 — Acyl carrier protein-like
超家族 Superfamily superfamily	a.28.3 — Retrovirus capsid dimerization domain-like
家族 Family family	a.28.3.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5o2ub_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d5o2uc_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.28 — Acyl carrier protein-like
超家族 Superfamily superfamily	a.28.3 — Retrovirus capsid dimerization domain-like
家族 Family family	a.28.3.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5o2ud_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	5o2uA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1200 — Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Retrovirus capsid C-terminal domain

结构域编号 domain_id	5o2uC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1200 — Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Retrovirus capsid C-terminal domain

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8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	40.993 Å
晶胞边长 b length_b	72.228 Å
晶胞边长 c length_c	69.953 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.40 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.760 Å
最低分辨率 resolution_low	36.110 Å
R 因子 r_factor	0.2240
R_work r_work	0.2223
R_free r_free	0.2560

fit	/app/data/saxs_computation/o2/5o2u/5o2u.fit
pddf	/app/data/pr_computation/o2/5o2u/5o2u.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/o2/5o2u/5o2u.dat

Llama VHH in complex with p24

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Capsid protein p24

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)