5o7a

Quinolin-6-yloxyacetamides are microtubule destabilizing agents that bind to the colchicine site of tubulin

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 178.7 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tubulin alpha-1B chain

物种未注明

UniProt P81947

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–451 链 C; UniProt 1–451 未记录 Tubulin beta-2B chain × 2 (Q6B856) Stathmin-4 × 1 (P63043) Uncharacterized protein × 1 (E1BQ43) GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 9N5 (2~{R})-2-(3-ethynylquinolin-6-yl)oxy-2-methoxy-~{N}-[(1~{E})-1-methoxyimino-2-methyl-propan-2-yl]ethanamide × 2 ACP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.7;293 K;10% PEG 4000, 20% glycerol, 30 mM CaCl2, 30 mM MgCl2, 0.1 M MES/imidazole, pH 6.7, 1 mM AMPPCP, 10 mM DTT, 0.1 mM GDP 分辨率 2.50 Å R-free 0.256

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 249 个其他 PDB 条目、251 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TBA1B_BOVIN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–451; UniProt 1–451 作者链 C; PDB构建体 1–451; UniProt 1–451

Tubulin beta-2B chain

物种未注明

UniProt Q6B856

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–445 链 D; UniProt 1–445 未记录 Tubulin alpha-1B chain × 2 (P81947) Stathmin-4 × 1 (P63043) Uncharacterized protein × 1 (E1BQ43) GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 9N5 (2~{R})-2-(3-ethynylquinolin-6-yl)oxy-2-methoxy-~{N}-[(1~{E})-1-methoxyimino-2-methyl-propan-2-yl]ethanamide × 2 ACP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.7;293 K;10% PEG 4000, 20% glycerol, 30 mM CaCl2, 30 mM MgCl2, 0.1 M MES/imidazole, pH 6.7, 1 mM AMPPCP, 10 mM DTT, 0.1 mM GDP 分辨率 2.50 Å R-free 0.256

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 273 个其他 PDB 条目、275 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TBB2B_BOVIN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–445; UniProt 1–445 作者链 D; PDB构建体 1–445; UniProt 1–445

Stathmin-4

Rattus norvegicus

UniProt P63043

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 49–189 未记录 Tubulin alpha-1B chain × 2 (P81947) Tubulin beta-2B chain × 2 (Q6B856) Uncharacterized protein × 1 (E1BQ43) GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 9N5 (2~{R})-2-(3-ethynylquinolin-6-yl)oxy-2-methoxy-~{N}-[(1~{E})-1-methoxyimino-2-methyl-propan-2-yl]ethanamide × 2 ACP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.7;293 K;10% PEG 4000, 20% glycerol, 30 mM CaCl2, 30 mM MgCl2, 0.1 M MES/imidazole, pH 6.7, 1 mM AMPPCP, 10 mM DTT, 0.1 mM GDP 分辨率 2.50 Å R-free 0.256

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 287 个其他 PDB 条目、287 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 STMN4_RAT
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 3–143; UniProt 49–189

Uncharacterized protein

Gallus gallus

UniProt E1BQ43

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 1–378 未记录 Tubulin alpha-1B chain × 2 (P81947) Tubulin beta-2B chain × 2 (Q6B856) Stathmin-4 × 1 (P63043) GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 9N5 (2~{R})-2-(3-ethynylquinolin-6-yl)oxy-2-methoxy-~{N}-[(1~{E})-1-methoxyimino-2-methyl-propan-2-yl]ethanamide × 2 ACP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.7;293 K;10% PEG 4000, 20% glycerol, 30 mM CaCl2, 30 mM MgCl2, 0.1 M MES/imidazole, pH 6.7, 1 mM AMPPCP, 10 mM DTT, 0.1 mM GDP 分辨率 2.50 Å R-free 0.256

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 241 个其他 PDB 条目、241 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 E1BQ43_CHICK
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 F; PDB构建体 1–378; UniProt 1–378

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5o7a

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5o7a
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5o7a
沉积日期 deposition_date2017-06-08
结构标题 titleQuinolin-6-yloxyacetamides are microtubule destabilizing agents that bind to the colchicine site of tubulin
关键词 keywordsMicrotubules, Tubulin, Colchicine, Quinolin-6-yloxyacetamides, motor protein; MOTOR PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier54.48
回转半径 Rg (电子) rg_electron55.52
零角强度 I(0) i0853107000.00
分子量 molecular_weight238590.0 kDa
排除体积 excluded_volume296420 ų
包络体积 envelope_volume389170 ų
水化壳体积 shell_volume64550 ų
包络直径 envelope_diameter192.7
壳层 Rg shell_rg49.40
包络 Rg envelope_rg55.62
形状 Rg shape_rg55.51
总 Rg total_rg55.35
总原子数 total_atoms16846
残基数 n_residues2089
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax178.7
Rg (实空间) rg_real55.18
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.06
I(0) (实空间) i0_real8.5310e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.8000e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal53.88
I(0) (倒空间) i0_reciprocal851500000.0000
解质量估计 total_estimate0.7299
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary37.0
偏度 Skewness skewness0.575
峰度 Kurtosis kurtosis-0.529
角度范围 angular_range— – 0.1450 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha102300000.0000
实空间数据点数 n_real_points30
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.600; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.667; Smooth: 0.017

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 26 domains

SCOP 2.08 (11 domains)

结构域编号 domain_idd5o7aa1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.32 — Tubulin nucleotide-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamilyc.32.1 — Tubulin nucleotide-binding domain-like
家族 Family familyc.32.1.1 — Tubulin, GTPase domain
结构域编号 domain_idd5o7aa2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.79 — Bacillus chorismate mutase-like
超家族 Superfamily superfamilyd.79.2 — Tubulin C-terminal domain-like
家族 Family familyd.79.2.1 — Tubulin, C-terminal domain
结构域编号 domain_idd5o7ab1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.32 — Tubulin nucleotide-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamilyc.32.1 — Tubulin nucleotide-binding domain-like
家族 Family familyc.32.1.1 — Tubulin, GTPase domain
结构域编号 domain_idd5o7ab2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.79 — Bacillus chorismate mutase-like
超家族 Superfamily superfamilyd.79.2 — Tubulin C-terminal domain-like
家族 Family familyd.79.2.1 — Tubulin, C-terminal domain
结构域编号 domain_idd5o7ac1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.32 — Tubulin nucleotide-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamilyc.32.1 — Tubulin nucleotide-binding domain-like
家族 Family familyc.32.1.1 — Tubulin, GTPase domain
结构域编号 domain_idd5o7ac2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.79 — Bacillus chorismate mutase-like
超家族 Superfamily superfamilyd.79.2 — Tubulin C-terminal domain-like
家族 Family familyd.79.2.1 — Tubulin, C-terminal domain
结构域编号 domain_idd5o7ad1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.32 — Tubulin nucleotide-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamilyc.32.1 — Tubulin nucleotide-binding domain-like
家族 Family familyc.32.1.1 — Tubulin, GTPase domain
结构域编号 domain_idd5o7ad2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.79 — Bacillus chorismate mutase-like
超家族 Superfamily superfamilyd.79.2 — Tubulin C-terminal domain-like
家族 Family familyd.79.2.1 — Tubulin, C-terminal domain
结构域编号 domain_idd5o7ae_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.137 — Non-globular all-alpha subunits of globular proteins
超家族 Superfamily superfamilya.137.10 — Stathmin
家族 Family familya.137.10.1 — Stathmin
结构域编号 domain_idd5o7af1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.30 — PreATP-grasp domain
超家族 Superfamily superfamilyc.30.1 — PreATP-grasp domain
家族 Family familyc.30.1.9 — Tubulin tyrosine ligase (TTL) N-terminal domain-like
结构域编号 domain_idd5o7af2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.142 — ATP-grasp
超家族 Superfamily superfamilyd.142.1 — Glutathione synthetase ATP-binding domain-like
家族 Family familyd.142.1.10 — Tubulin tyrosine ligase (TTL) C-terminal domain-like

CATH v4.4 (15 domains)

结构域编号 domain_id5o7aA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1440 — Tubulin/FtsZ, GTPase domain
结构域编号 domain_id5o7aA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Tubulin/FtsZ, C-terminal domain
结构域编号 domain_id5o7aA03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily600 — Helix hairpin bin
结构域编号 domain_id5o7aB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1440 — Tubulin/FtsZ, GTPase domain
结构域编号 domain_id5o7aB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Tubulin/FtsZ, C-terminal domain
结构域编号 domain_id5o7aB03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily600 — Helix hairpin bin
结构域编号 domain_id5o7aC01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1440 — Tubulin/FtsZ, GTPase domain
结构域编号 domain_id5o7aC02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Tubulin/FtsZ, C-terminal domain
结构域编号 domain_id5o7aC03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily600 — Helix hairpin bin
结构域编号 domain_id5o7aD01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1440 — Tubulin/FtsZ, GTPase domain
结构域编号 domain_id5o7aD02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Tubulin/FtsZ, C-terminal domain
结构域编号 domain_id5o7aD03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily600 — Helix hairpin bin
结构域编号 domain_id5o7aE01
类 Class class6 — Special
架构 Architecture architecture10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology280 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30
结构域编号 domain_id5o7aF01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily11480
结构域编号 domain_id5o7aF02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology470 — D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — ATP-grasp fold, B domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)