SAXSdb — 5o7x

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN6

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN7 × 1 （P40992） RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN11 × 1 （Q04712） SULFATE ION × 5 MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN7 × 1 （P40992） RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN11 × 1 （Q04712） SULFATE ION × 5 MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN7 × 1 （P40992） RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN11 × 1 （Q04712） SULFATE ION × 5 MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN7 × 1 （P40992） RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN11 × 1 （Q04712） SULFATE ION × 5 MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN7 × 1 （P40992） RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN11 × 1 （Q04712） SULFATE ION × 5 MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN7 × 1 （P40992） RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN11 × 1 （Q04712） SULFATE ION × 5 MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RRN6_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–894； UniProt 1–894 作者链 D； PDB构建体 1–894； UniProt 1–894 作者链 G； PDB构建体 1–894； UniProt 1–894 作者链 J； PDB构建体 1–894； UniProt 1–894 作者链 M； PDB构建体 1–894； UniProt 1–894 作者链 P； PDB构建体 1–894； UniProt 1–894

RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN7

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P40992

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN6 × 1 （P32786） RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN11 × 1 （Q04712） SULFATE ION × 5 MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN6 × 1 （P32786） RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN11 × 1 （Q04712） SULFATE ION × 5 MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN6 × 1 （P32786） RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN11 × 1 （Q04712） SULFATE ION × 5 MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN6 × 1 （P32786） RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN11 × 1 （Q04712） SULFATE ION × 5 MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN6 × 1 （P32786） RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN11 × 1 （Q04712） SULFATE ION × 5 MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN6 × 1 （P32786） RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN11 × 1 （Q04712） SULFATE ION × 5 MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RRN7_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–514； UniProt 1–514 作者链 E； PDB构建体 1–514； UniProt 1–514 作者链 H； PDB构建体 1–514； UniProt 1–514 作者链 K； PDB构建体 1–514； UniProt 1–514 作者链 N； PDB构建体 1–514； UniProt 1–514 作者链 Q； PDB构建体 1–514； UniProt 1–514

RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN11

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt Q04712

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN6 × 1 （P32786） RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN7 × 1 （P40992） SULFATE ION × 5 MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN6 × 1 （P32786） RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN7 × 1 （P40992） SULFATE ION × 5 MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN6 × 1 （P32786） RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN7 × 1 （P40992） SULFATE ION × 5 MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN6 × 1 （P32786） RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN7 × 1 （P40992） SULFATE ION × 5 MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN6 × 1 （P32786） RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN7 × 1 （P40992） SULFATE ION × 5 MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN6 × 1 （P32786） RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN7 × 1 （P40992） SULFATE ION × 5 MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RRN11_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–507； UniProt 1–507 作者链 F； PDB构建体 1–507； UniProt 1–507 作者链 I； PDB构建体 1–507； UniProt 1–507 作者链 L； PDB构建体 1–507； UniProt 1–507 作者链 O； PDB构建体 1–507； UniProt 1–507 作者链 R； PDB构建体 1–507； UniProt 1–507

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5o7x
沉积日期 deposition_date	2017-06-09
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF S. CEREVISIAE CORE FACTOR AT 3.2A RESOLUTION
关键词 keywords	TRANSCRIPTION, RNA POLYMERASE I INITIATION, CORE FACTOR; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5o7x__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5o7x__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5o7x__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	37.38 Å
Rg（电子密度）	36.73 Å
总 Rg	37.15 Å
原子数	10573
残基数	1278
排除体积	189410 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5o7x__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5o7x__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`5o7x__assembly_3__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`5o7x__assembly_4__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`5o7x__assembly_5__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`5o7x__assembly_6__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN6
分子量 formula_weight	102163.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,G,J,M,P
原子数 atom_count	63438

MSEGQIPSSDVLGSQLGVGVQGASLYCPQENYTTKKQEKPQWLRPVDDTLAEDALDLHIVVKSLLCDTAIRYISDDKVLQESDADDDLITSDIDEDTDNQGDTSIVVNPVIPVVPKDVHFFKKVDVGNDSMFGVNCDTPVSFQDYIPSDLLRNLDDTLQESTNSSRPMQDAFFWDPTVANRLDSQYIQTASDLRNYRDGTEIIAYASGKTGSVLNIAVLTRQNTLHLNRHNNVTSIELHSPIKSIKIPGASESIGRRSNLVGIITENSFQIFRIESVHSRSCDVMVSSSEPLYFVEIDDLQVVDFAFNPWDLQQFAIIDIKGNWSIGRIPKNFNNNNKRKLQLIDNLHGTIFDPEELSSWKRIEWFSHFQKILVFDRSKMIEIDFMNNWQTEVVQAKAWSNIRDYKRIDDKNGILLTSREIIIVGASESNDPVRRISWKHDLDPDDTTLRITVQKVKKPDHILLVAFVYSMRHKRIYMHVFSHRKANLFQSLGCSTVLEIPGGTPTGIETILTLDHIDDESRREEDADENFELVVDFLVKLRNSSEVYYYALSNTQNSEPNKQETPIIVDHPEWASLFNNADEREKESIGALVSQIKLKERERISRVQNLIEHENSHDEDKYLQDLGYRLSIATNELLESWQKTKDESILSGSLSHSKLKNLLENSDSFASIPEFSSLLDQFFQYYQDQDVTFIGFEKLLHLFLHEDVPGLDIFYNKLLQCWVLVSPQAELLTKEIVKDIIWSLARLEKPSLFEPIQNEISRSLSGPYQDIISSWDMDDINEEDESNEFNFDSQFSAPFNGRPPFNLNSQSQIPTIKSSQSSGLARRKRILKTQSQKATPLSQSTQNLSVLPDSMTPAFTLMQPPSSQISFVNDSQPRNSQKAKKKKKRIRGFG

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN7
分子量 formula_weight	60435.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E,H,K,N,Q

MSTFIRGPICGTDNCPSRLWRIIDGRRTCQYGHVMEGDVEFNDDEDDLNGLGAGVITRRLNLTTNATGSFQSSQLTNSQLLQQQQRQSHKKFKKLIGHEAKLLFLKSFQFILKRQIRWLITEMRFPKEFEHVAKIIWLKILKTINDQPQEELKLQLHMTSTISILYLASTHLSLPVYTCDYIKWICTAKMPYFQASEILPKSWRIQLPNYYVSILEGSISPFNGQLYNKIALTCGMIHFKEFFNSEISCQGLLLKLVMQCALPPEFYFYTKQVIEFEETDIRNLTLWERTDERHTGRVSNHAELRVLSYFMLTINWMLSFDRDRQYPLKWILSLTESLTQRTTTSESIGRNIVKVVYPDKPTSSDYFQWSEEETLEFLKWMEKQFLPTQTKSLHNENGSMEMTIDQKIARRKLYKIFPLDREANHDGEFNDSTHQLTFIEDLQERYAKQTPFFESNKIRDSLNYQEANPPARKEAIGRLLTHIASQLLVDFAISKEQLKDCISRIKNACLHRMN

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN11
分子量 formula_weight	59334.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F,I,L,O,R

MFEVPITLTNRKFAQRRKLKYQYINYISRRFDRISKKSTTTDSLPTPENSAAENNDEEEGQNSEAGTYRRSVLQQKKRRRERHWRSVVGEIYSTTESETDSQEEETEEGGEHDTGIDKEDSDEERKFWKKYEKPEKSFEIWRTVSSQNKQPINKQKMTYHNFKKIEKIPLRKMEIPLLHCTKENKLYFQSISRGLEPLKTSTSEVRNYRTRHIVTLTDLLHLNVSRHNWSLAYKIFATLIRIPGVQIKSLWGIGVEILDNLSNSSSGLDFLQWMCQIYSSKSRFVQNINYRSIVPPFQTGSRTHTAKFAITYLWSSLINCQKSMEPSSNIIDKPFDTENDLLQELIDKISEWVLTPPFMEDAEVWFIYASCHLLKADTLSRQFVNDNKNNDLIGLDRDIKINQVIKHIHYVRTFLKICLDKGGFAVPSRLIENQLKSFESRLYGEAQDIQERDVANVYDSIDNSSVENSFGDVYETNAEFLDTQLMDLSPEDNGLDEMHYSDEDSSE

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	30

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;BAKER'S YEAST ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;BAKER'S YEAST ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

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晶胞边长 a length_a	109.070 Å
晶胞边长 b length_b	109.140 Å
晶胞边长 c length_c	385.640 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.02 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.01 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	59.98 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.200 Å
最低分辨率 resolution_low	54.570 Å
R 因子 r_factor	0.2553
R_work r_work	0.2544
R_free r_free	0.2828

CRYSTAL STRUCTURE OF S. CEREVISIAE CORE FACTOR AT 3.2A RESOLUTION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN11

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5o7x__assembly_1__model_1

5o7x__assembly_1__model_1 | I(q)

5o7x__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

CRYSTAL STRUCTURE OF S. CEREVISIAE CORE FACTOR AT 3.2A RESOLUTION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

RNA polymerase I-specific transcription initiation factor RRN11

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5o7x__assembly_1__model_1

5o7x__assembly_1__model_1 | I(q)

5o7x__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)