5om4

Structure of the A2A-StaR2-bRIL562-Compound 4e complex at 1.86A obtained from in meso soaking experiments (24 hour soak).

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 106.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Adenosine receptor A2a,Soluble cytochrome b562,Adenosine receptor A2a

Homo sapiens

UniProt P0ABE7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 23–128 突变:;A54L; T88A; R107A; K122A; L202A; L235A; V239A; S277A; N154A,A54L; T88A; R107A; K122A; L202A; L235A; V239A; S277A; N154A,A54L; T88A; R107A; K122A; L202A; L235A; V239A; S277A; N154A,A54L; T88A; R107A; K122A; L202A; L235A; V239A; S277A; N154A,A54L; T88A; R107A; K122A; L202A; L235A; V239A; S277A; N154A,A54L; T88A; R107A; K122A; L202A; L235A; V239A; S277A; N154A,A54L; T88A; R107A; K122A; L202A; L235A; V239A; S277A; N154A,A54L; T88A; R107A; K122A; L202A; L235A; V239A; S277A; N154A,A54L; T88A; R107A; K122A; L202A; L235A; V239A; S277A; N154A ; T4E 4-(3-amino-5-phenyl-1,2,4-triazin-6-yl)-2-chlorophenol × 1 NA SODIUM ION × 1 CLR CHOLESTEROL × 4 OLA OLEIC ACID × 16 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 11 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:LIPIDIC CUBIC PHASE;293.15 K;Crystal growth: 0.l M tri-sodium citrate pH 5.3-5.4, 0.05 M sodium thiocyanate, 29-32% PEG400, 2% (v/v) 2,5-hexanediol and 0.5 mM theophylline Compound 4e was added to the mother liquor to a concentration of 0.005 mM for the soaking experiments. 分辨率 2.00 Å R-free 0.205

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 714 个其他 PDB 条目、822 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 C562_ECOLX
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 219–324; UniProt 23–128

Adenosine receptor A2a,Soluble cytochrome b562,Adenosine receptor A2a

Homo sapiens

UniProt P29274

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–208 链 A; UniProt 219–317 突变:;A54L; T88A; R107A; K122A; L202A; L235A; V239A; S277A; N154A,A54L; T88A; R107A; K122A; L202A; L235A; V239A; S277A; N154A,A54L; T88A; R107A; K122A; L202A; L235A; V239A; S277A; N154A,A54L; T88A; R107A; K122A; L202A; L235A; V239A; S277A; N154A,A54L; T88A; R107A; K122A; L202A; L235A; V239A; S277A; N154A,A54L; T88A; R107A; K122A; L202A; L235A; V239A; S277A; N154A,A54L; T88A; R107A; K122A; L202A; L235A; V239A; S277A; N154A,A54L; T88A; R107A; K122A; L202A; L235A; V239A; S277A; N154A,A54L; T88A; R107A; K122A; L202A; L235A; V239A; S277A; N154A ; T4E 4-(3-amino-5-phenyl-1,2,4-triazin-6-yl)-2-chlorophenol × 1 NA SODIUM ION × 1 CLR CHOLESTEROL × 4 OLA OLEIC ACID × 16 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 11 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:LIPIDIC CUBIC PHASE;293.15 K;Crystal growth: 0.l M tri-sodium citrate pH 5.3-5.4, 0.05 M sodium thiocyanate, 29-32% PEG400, 2% (v/v) 2,5-hexanediol and 0.5 mM theophylline Compound 4e was added to the mother liquor to a concentration of 0.005 mM for the soaking experiments. 分辨率 2.00 Å R-free 0.205

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 185 个其他 PDB 条目、189 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 AA2AR_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 12–218; UniProt 2–208 作者链 A; PDB构建体 325–423; UniProt 219–317

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5om4

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5om4
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5om4
沉积日期 deposition_date2017-07-28
结构标题 titleStructure of the A2A-StaR2-bRIL562-Compound 4e complex at 1.86A obtained from in meso soaking experiments (24 hour soak).
关键词 keywordsG-Protein Coupled Receptor, Adenosine 2a receptor, 7 TM integral membrane protein, thermostabilizing mutations, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier30.62
回转半径 Rg (电子) rg_electron29.32
零角强度 I(0) i027733900.00
分子量 molecular_weight51079.0 kDa
排除体积 excluded_volume68488 ų
包络体积 envelope_volume82092 ų
水化壳体积 shell_volume26220 ų
包络直径 envelope_diameter110.9
壳层 Rg shell_rg32.64
包络 Rg envelope_rg29.82
形状 Rg shape_rg29.30
总 Rg total_rg29.85
总原子数 total_atoms3599
残基数 n_residues388
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax106.8
Rg (实空间) rg_real31.15
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.11
I(0) (实空间) i0_real2.7730e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.9730e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal30.93
I(0) (倒空间) i0_reciprocal27730000.0000
解质量估计 total_estimate0.7535
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary22.6
偏度 Skewness skewness0.635
峰度 Kurtosis kurtosis-0.252
角度范围 angular_range— – 0.2600 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha3372000.0000
实空间数据点数 n_real_points53
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.625; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.339; Smooth: 0.577

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)