SAXSdb — 5ssx

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Formylglycine-generating enzyme

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合单体蛋白 × 1 其他聚合物 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 73–374	突变：E130D	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CU1 COPPER (I) ION × 1 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；9.6 mg/mL protein in 20mM Tris/HCl pH8.0 mixed 1:1 with reservoir 0.1M Tris/HCl pH 8.5, 20-25% PEG4000, 0.2-0.3M CaCl2	分辨率 1.02 Å R-free 0.138

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5SSX	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1Y1E human formylglycine generating enzyme 提交 2004-11-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 X 73–374（302 aa）片段：residues 73-383	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；Tris/HCl, CaCl2, PEG4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.73 Å R-free 0.242
2AFT Formylglycine generating enzyme C336S mutant 提交 2005-07-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 X 86–371（286 aa）片段：residues 86-371	突变：C336S	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；PEG 4000, Calcium chloride, TRIS, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.66 Å R-free 0.187
2AFY Formylglycine generating enzyme C341S mutant 提交 2005-07-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 X 86–371（286 aa）片段：residues 86-371	突变：C341S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；PEG 4000, Calcium chloride, TRIS, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.49 Å R-free 0.171
2AII wild-type Formylglycine generating enzyme reacted with iodoacetamide 提交 2005-07-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 X 86–371（286 aa）片段：residues 86-371	未记录	CA CALCIUM ION × 2 ACM ACETAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；PEG 4000, Calcium chloride, TRIS, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.54 Å R-free 0.176
2AIJ Formylglycine generating enzyme C336S mutant covalently bound to substrate peptide CTPSR 提交 2005-07-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 X 86–371（286 aa）片段：residues 86-371	突变：C336S	CA CALCIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；PEG 4000, Calcium chloride, TRIS, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.55 Å R-free 0.178
2AIK Formylglycine generating enzyme C336S mutant covalently bound to substrate peptide LCTPSRA 提交 2005-07-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 X 86–371（286 aa）片段：residues 86-371	突变：C336S	CA CALCIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；PEG 4000, Calcium chloride, TRIS, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.73 Å R-free 0.174
2HI8 human formylglycine generating enzyme, C336S mutant, bromide co-crystallization 提交 2006-06-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 X 86–371（286 aa）片段：RESIDUES 86-371	突变：C336S	BR BROMIDE ION × 15 CA CALCIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；PEG 4000, Calcium chloride, TRIS, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.64 Å R-free 0.191
2HIB human formylglycine generating enzyme, C336S mutant, iodide co-crystallization 提交 2006-06-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 X 86–371（286 aa）片段：RESIDUES 86-371	突变：C336S	CA CALCIUM ION × 2 IOD IODIDE ION × 11	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；PEG 4000, Calcium iodide, TRIS, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.238
5SSY Crystal Structure of human formylglycine generating enzyme 提交 2022-08-12	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 73–374（302 aa）	未记录	CU1 COPPER (I) ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 2 UG6 methyl N-acetyl-L-cysteinate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；9.6 mg/mL protein in 20mM Tris/HCl pH8.0 mixed 1:1 with reservoir 0.1M Tris/HCl pH 8.5, 20-25% PEG4000, 0.2-0.3M CaCl2	分辨率 1.29 Å R-free 0.237
5SSZ Crystal Structure of wild-type human formylglycine generating enzyme bound to Cu(I) 提交 2022-08-12	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 73–374（302 aa）	未记录	CU1 COPPER (I) ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；9.6 mg/mL protein in 20mM Tris/HCl pH8.0 mixed 1:1 with reservoir 0.1M Tris/HCl pH 8.5, 20-25% PEG4000, 0.2-0.3M CaCl2	分辨率 1.02 Å R-free 0.142
8ARU Crystal Structure of human formylglycine generating enzyme 提交 2022-08-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 73–374（302 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；7-8 mg/mL protein in 20mM Tris/HCl pH8.0 mixed 1:1 with reservoir 0.1M Tris/HCl pH 8-9, 20-25% PEG4000, 0.25M CaCl2	分辨率 1.08 Å R-free 0.174

共 11 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SUMF1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 10–311； UniProt 73–374

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5ssx
沉积日期 deposition_date	2022-08-12
结构标题 title	Crystal Structure human formylglycine generating enzyme E130D mutant
关键词 keywords	FORMYLGLYCINE, MULTIPLE SULFATASE DEFICIENCY, COPPER, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.51 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.64 Å
零角强度 I(0) i0	18449600.00
分子量 molecular_weight	31637.0 kDa
排除体积 excluded_volume	39037 Å³
包络体积 envelope_volume	43728 Å³
水化壳体积 shell_volume	19996 Å³
包络直径 envelope_diameter	61.1 Å
壳层 Rg shell_rg	24.62 Å
包络 Rg envelope_rg	18.10 Å
形状 Rg shape_rg	17.63 Å
总 Rg total_rg	18.61 Å
总原子数 total_atoms	4194
残基数 n_residues	278
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	59.0 Å
Rg (实空间) rg_real	18.39 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.34 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8450e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9790e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.41 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	18450000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8090
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	23.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.159
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.398
角度范围 angular_range	— – 0.4300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6634000.0000
实空间数据点数 n_real_points	74
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.842; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Formylglycine-generating enzyme
分子量 formula_weight	36114.9 kDa
EC 编号 ec_number	1.8.3.7
突变 mutation	E130D
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4823

ADLGSSMEFEANAPGPVPGERQLAHSKMVPIPAGVFTMGTDDPQIKQDGEAPARRVTIDAFYMDAYDVSNTEFEKFVNSTGYLTEAEKFGDSFVFEGMLSEQVKTNIQQAVAAAPWWLPVKGANWRHPEGPDSTILHRPDHPVLHVSWNDAVAYCTWAGKRLPTEAEWEYSCRGGLHNRLFPWGNKLQPKGQHYANIWQGEFPVTNTGEDGFQGTAPVDAFPPNGYGLYNIVGNAWEWTSDWWTVHHSVEETLNPKGPPSGKDRVKKGGSYMCHRSYCYRYRCAARSQNTPDSSASNLGFRCAADRLPTMDSGRGSHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	COPPER (I) ION
分子量 formula_weight	63.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	423

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	43.494 Å
晶胞边长 b length_b	61.640 Å
晶胞边长 c length_c	109.579 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 2 21 21
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.020 Å
最低分辨率 resolution_low	40.950 Å
R 因子 r_factor	0.1238
R_work r_work	0.1230
R_free r_free	0.1375

fit	/app/data/saxs_computation/ss/5ssx/5ssx.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ss/5ssx/5ssx.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ss/5ssx/5ssx.dat

Crystal Structure human formylglycine generating enzyme E130D mutant

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Formylglycine-generating enzyme

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction