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5ssy

Crystal Structure of human formylglycine generating enzyme

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 60.3 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Formylglycine-generating enzyme

Homo sapiens

UniProt Q8NBK3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 73–374 未记录 CU1 COPPER (I) ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 2 UG6 methyl N-acetyl-L-cysteinate × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；9.6 mg/mL protein in 20mM Tris/HCl pH8.0 mixed 1:1 with reservoir 0.1M Tris/HCl pH 8.5, 20-25% PEG4000, 0.2-0.3M CaCl2 分辨率 1.29 Å R-free 0.237

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5SSY Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1Y1E human formylglycine generating enzyme 提交 2004-11-18 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 X 73–374（302 aa） 片段：residues 73-383
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；Tris/HCl, CaCl2, PEG4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.73 Å R-free 0.242
2AFT Formylglycine generating enzyme C336S mutant 提交 2005-07-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 X 86–371（286 aa） 片段：residues 86-371
突变：C336S CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；PEG 4000, Calcium chloride, TRIS, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.66 Å R-free 0.187
2AFY Formylglycine generating enzyme C341S mutant 提交 2005-07-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 X 86–371（286 aa） 片段：residues 86-371
突变：C341S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；PEG 4000, Calcium chloride, TRIS, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.49 Å R-free 0.171
2AII wild-type Formylglycine generating enzyme reacted with iodoacetamide 提交 2005-07-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 X 86–371（286 aa） 片段：residues 86-371
未记录 CA CALCIUM ION × 2 ACM ACETAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；PEG 4000, Calcium chloride, TRIS, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.54 Å R-free 0.176
2AIJ Formylglycine generating enzyme C336S mutant covalently bound to substrate peptide CTPSR 提交 2005-07-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 X 86–371（286 aa） 片段：residues 86-371
突变：C336S CA CALCIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；PEG 4000, Calcium chloride, TRIS, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.55 Å R-free 0.178
2AIK Formylglycine generating enzyme C336S mutant covalently bound to substrate peptide LCTPSRA 提交 2005-07-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 X 86–371（286 aa） 片段：residues 86-371
突变：C336S CA CALCIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；PEG 4000, Calcium chloride, TRIS, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.73 Å R-free 0.174
2HI8 human formylglycine generating enzyme, C336S mutant, bromide co-crystallization 提交 2006-06-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 X 86–371（286 aa） 片段：RESIDUES 86-371
突变：C336S BR BROMIDE ION × 15 CA CALCIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；PEG 4000, Calcium chloride, TRIS, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.64 Å R-free 0.191
2HIB human formylglycine generating enzyme, C336S mutant, iodide co-crystallization 提交 2006-06-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 X 86–371（286 aa） 片段：RESIDUES 86-371
突变：C336S CA CALCIUM ION × 2 IOD IODIDE ION × 11 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；PEG 4000, Calcium iodide, TRIS, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.00 Å R-free 0.238
5SSX Crystal Structure human formylglycine generating enzyme E130D mutant 提交 2022-08-12 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 73–374（302 aa）
突变：E130D CU1 COPPER (I) ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；9.6 mg/mL protein in 20mM Tris/HCl pH8.0 mixed 1:1 with reservoir 0.1M Tris/HCl pH 8.5, 20-25% PEG4000, 0.2-0.3M CaCl2
分辨率 1.02 Å R-free 0.138
5SSZ Crystal Structure of wild-type human formylglycine generating enzyme bound to Cu(I) 提交 2022-08-12 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 73–374（302 aa）
未记录 CU1 COPPER (I) ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；9.6 mg/mL protein in 20mM Tris/HCl pH8.0 mixed 1:1 with reservoir 0.1M Tris/HCl pH 8.5, 20-25% PEG4000, 0.2-0.3M CaCl2
分辨率 1.02 Å R-free 0.142
8ARU Crystal Structure of human formylglycine generating enzyme 提交 2022-08-17 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 73–374（302 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；7-8 mg/mL protein in 20mM Tris/HCl pH8.0 mixed 1:1 with reservoir 0.1M Tris/HCl pH 8-9, 20-25% PEG4000, 0.25M CaCl2
分辨率 1.08 Å R-free 0.174

共 11 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SUMF1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 10–311； UniProt 73–374

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5ssy

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5ssy
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5ssy
沉积日期 deposition_date2022-08-12
结构标题 titleCrystal Structure of human formylglycine generating enzyme
关键词 keywordsFORMYLGLYCINE, MULTIPLE SULFATASE DEFICIENCY, COPPER, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier18.49 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron17.58 Å
零角强度 I(0) i018546100.00
分子量 molecular_weight31587.0 kDa
排除体积 excluded_volume38904 ų
包络体积 envelope_volume43460 ų
水化壳体积 shell_volume19951 ų
包络直径 envelope_diameter58.3 Å
壳层 Rg shell_rg24.53 Å
包络 Rg envelope_rg17.98 Å
形状 Rg shape_rg17.57 Å
总 Rg total_rg18.55 Å
总原子数 total_atoms2224
残基数 n_residues277
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax60.3 Å
Rg (实空间) rg_real18.37 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.32 Å
I(0) (实空间) i0_real1.8550e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.0590e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal18.39 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal18550000.0000
解质量估计 total_estimate0.8053
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary24.0 Å
偏度 Skewness skewness0.133
峰度 Kurtosis kurtosis-0.461
角度范围 angular_range— – 0.4300 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha6836000.0000
实空间数据点数 n_real_points74
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.824; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)