5tdh

The crystal structure of the dominant negative mutant G protein alpha(i)-1-beta-1-gamma-2 G203A/A326S

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 163.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1

Homo sapiens

UniProt P63096

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–354 突变:G203A,A326S Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P54311) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P63212) GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:EVAPORATION;pH 5.6;293 K;2% v/v Tacsimate (pH 5.0), 0.1 M sodium citrate tribasic dehydrate (pH 5.6), 16% w/v PEG 3350 分辨率 3.00 Å R-free 0.305
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 1–354 突变:G203A,A326S Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P54311) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P63212) GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:EVAPORATION;pH 5.6;293 K;2% v/v Tacsimate (pH 5.0), 0.1 M sodium citrate tribasic dehydrate (pH 5.6), 16% w/v PEG 3350 分辨率 3.00 Å R-free 0.305

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 573 个其他 PDB 条目、590 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GNAI1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–354; UniProt 1–354 作者链 H; PDB构建体 1–354; UniProt 1–354

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

Rattus norvegicus

UniProt P54311

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–340 未记录 Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 × 1 (P63096) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P63212) GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:EVAPORATION;pH 5.6;293 K;2% v/v Tacsimate (pH 5.0), 0.1 M sodium citrate tribasic dehydrate (pH 5.6), 16% w/v PEG 3350 分辨率 3.00 Å R-free 0.305
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 J; UniProt 1–340 未记录 Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 × 1 (P63096) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P63212) GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:EVAPORATION;pH 5.6;293 K;2% v/v Tacsimate (pH 5.0), 0.1 M sodium citrate tribasic dehydrate (pH 5.6), 16% w/v PEG 3350 分辨率 3.00 Å R-free 0.305

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 161 个其他 PDB 条目、161 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBB1_RAT
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 3–342; UniProt 1–340 作者链 J; PDB构建体 3–342; UniProt 1–340

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

Bos taurus

UniProt P63212

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 1–68 未记录 Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 × 1 (P63096) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P54311) GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:EVAPORATION;pH 5.6;293 K;2% v/v Tacsimate (pH 5.0), 0.1 M sodium citrate tribasic dehydrate (pH 5.6), 16% w/v PEG 3350 分辨率 3.00 Å R-free 0.305
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 K; UniProt 1–68 未记录 Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 × 1 (P63096) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P54311) GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:EVAPORATION;pH 5.6;293 K;2% v/v Tacsimate (pH 5.0), 0.1 M sodium citrate tribasic dehydrate (pH 5.6), 16% w/v PEG 3350 分辨率 3.00 Å R-free 0.305

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 215 个其他 PDB 条目、215 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBG2_BOVIN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–68; UniProt 1–68 作者链 K; PDB构建体 1–68; UniProt 1–68

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5tdh

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5tdh
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5tdh
沉积日期 deposition_date2016-09-19
结构标题 titleThe crystal structure of the dominant negative mutant G protein alpha(i)-1-beta-1-gamma-2 G203A/A326S
关键词 keywordsdominant negative, G-alpha(i)-1-beta-1-gamma-2 heterotrimer, G203A, A326S, GPCR, GDP, CELL CYCLE; CELL CYCLE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier46.33
回转半径 Rg (电子) rg_electron46.92
零角强度 I(0) i0423807000.00
分子量 molecular_weight164160.0 kDa
排除体积 excluded_volume203330 ų
包络体积 envelope_volume301290 ų
水化壳体积 shell_volume55478 ų
包络直径 envelope_diameter159.7
壳层 Rg shell_rg48.78
包络 Rg envelope_rg46.03
形状 Rg shape_rg46.94
总 Rg total_rg46.92
总原子数 total_atoms11505
残基数 n_residues1461
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax163.8
Rg (实空间) rg_real46.76
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.62
I(0) (实空间) i0_real4.2380e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.3100e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal46.34
I(0) (倒空间) i0_reciprocal423600000.0000
解质量估计 total_estimate0.8380
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary43.4
偏度 Skewness skewness0.481
峰度 Kurtosis kurtosis-0.480
角度范围 angular_range— – 0.1700 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha31520000.0000
实空间数据点数 n_real_points35
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.728; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.868; Smooth: 0.837

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd5tdhb1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.69 — 7-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamilyb.69.4 — WD40 repeat-like
家族 Family familyb.69.4.1 — WD40-repeat
结构域编号 domain_idd5tdhb2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd5tdhg_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.137 — Non-globular all-alpha subunits of globular proteins
超家族 Superfamily superfamilya.137.3 — Transducin (heterotrimeric G protein), gamma chain
家族 Family familya.137.3.1 — Transducin (heterotrimeric G protein), gamma chain
结构域编号 domain_idd5tdhj1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.69 — 7-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamilyb.69.4 — WD40 repeat-like
家族 Family familyb.69.4.1 — WD40-repeat
结构域编号 domain_idd5tdhj2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd5tdhk_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.137 — Non-globular all-alpha subunits of globular proteins
超家族 Superfamily superfamilya.137.3 — Transducin (heterotrimeric G protein), gamma chain
家族 Family familya.137.3.1 — Transducin (heterotrimeric G protein), gamma chain

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id5tdhA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id5tdhA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology400 — GI Alpha 1, domain 2-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — GI Alpha 1, domain 2-like
结构域编号 domain_id5tdhB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase
结构域编号 domain_id5tdhG00
类 Class class4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture10 — Irregular
拓扑 Topology topology260 — G Protein Gi Gamma 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transducin (heterotrimeric G protein), gamma chain
结构域编号 domain_id5tdhH01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id5tdhH02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology400 — GI Alpha 1, domain 2-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — GI Alpha 1, domain 2-like
结构域编号 domain_id5tdhJ00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase
结构域编号 domain_id5tdhK00
类 Class class4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture10 — Irregular
拓扑 Topology topology260 — G Protein Gi Gamma 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transducin (heterotrimeric G protein), gamma chain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)