SAXSdb — 5tr8

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

441D6 Fab Light chain

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 L； UniProt 132–234	未记录	441D6 Fab Heavy chain × 1 （A0A0E4B366） NI NICKEL (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；273 K；12% PEG3350, 100 mM HEPES pH 7.5, 5 mM MgCl2, 5mM NiCl2	分辨率 2.01 Å R-free 0.198

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5TR8	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1D5B UNLIGANDED MATURE OXY-COPE CATALYTIC ANTIBODY 提交 1999-10-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 23–129（107 aa）片段：chimeric fab fragment (UNP Q7TS98 reisues 23-129, P01834 residues 1-104) 链 L 23–129（107 aa）片段：chimeric fab fragment (UNP Q7TS98 reisues 23-129, P01834 residues 1-104)	未记录	CD CADMIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；25%PEG 1000, 100mM sodium acetate, 300mM CdCl2, 100mM ammonium sulfate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.285
1D5B UNLIGANDED MATURE OXY-COPE CATALYTIC ANTIBODY 提交 1999-10-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 23–129（107 aa）片段：chimeric fab fragment (UNP Q7TS98 reisues 23-129, P01834 residues 1-104)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；25%PEG 1000, 100mM sodium acetate, 300mM CdCl2, 100mM ammonium sulfate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.285
1D5B UNLIGANDED MATURE OXY-COPE CATALYTIC ANTIBODY 提交 1999-10-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 23–129（107 aa）片段：chimeric fab fragment (UNP Q7TS98 reisues 23-129, P01834 residues 1-104)	未记录	CD CADMIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；25%PEG 1000, 100mM sodium acetate, 300mM CdCl2, 100mM ammonium sulfate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.285
1D5I UNLIGANDED GERMLINE PRECURSOR OF AN OXY-COPE CATALYTIC ANTIBODY 提交 1999-10-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 23–129（107 aa）片段：chimeric fab fragment (UNP Q7TS98 reisues 23-129, P01834 residues 1-104)	未记录	CD CADMIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；75mM Hepes pH 7.0 9% PEG 4000 150 mM Ammonium Sulfate 20% 1,4 butanediol 100 mM Cadmium Chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.263
1D6V CONFORMATION EFFECTS IN BIOLOGICAL CATALYSIS INTRODUCED BY OXY-COPE ANTIBODY MATURATION 提交 1999-10-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 23–129（107 aa）片段：chimeric fab fragment (UNP Q7TS98 reisues 23-129, P01834 residues 1-104)	未记录	CD CADMIUM ION × 4 HOP (1S,2S,5S)2-(4-GLUTARIDYLBENZYL)-5-PHENYL-1-CYCLOHEXANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；9% polyethylene glycol 4000 250mM ammonium sulfate 80mM Cadmium Chloride 75mM Hepes 20% 1,4 butanediol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 19K	分辨率 2.00 Å R-free 0.264
3J42 Obstruction of Dengue Virus Maturation by Fab Fragments of the 2H2 Antibody 提交 2013-06-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 720 PDB 声明：720-meric	链 H 130–234（105 aa）片段：SEE REMARK 999 链 J 130–234（105 aa）片段：SEE REMARK 999 链 L 130–234（105 aa）片段：SEE REMARK 999	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 100 mM phosphate buffer；pH 7；100 mM phosphate buffer cryo-EM玻璃化条件 100 K；冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane (homemade plunger)	分辨率 21.00 Å
3J42 Obstruction of Dengue Virus Maturation by Fab Fragments of the 2H2 Antibody 提交 2013-06-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 H 130–234（105 aa）片段：SEE REMARK 999 链 J 130–234（105 aa）片段：SEE REMARK 999 链 L 130–234（105 aa）片段：SEE REMARK 999	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 100 mM phosphate buffer；pH 7；100 mM phosphate buffer cryo-EM玻璃化条件 100 K；冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane (homemade plunger)	分辨率 21.00 Å
3J42 Obstruction of Dengue Virus Maturation by Fab Fragments of the 2H2 Antibody 提交 2013-06-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric	链 H 130–234（105 aa）片段：SEE REMARK 999 链 J 130–234（105 aa）片段：SEE REMARK 999 链 L 130–234（105 aa）片段：SEE REMARK 999	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 100 mM phosphate buffer；pH 7；100 mM phosphate buffer cryo-EM玻璃化条件 100 K；冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane (homemade plunger)	分辨率 21.00 Å
3J42 Obstruction of Dengue Virus Maturation by Fab Fragments of the 2H2 Antibody 提交 2013-06-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 信息不足异源复合物；蛋白 × 72 PDB 声明：72-meric	链 H 130–234（105 aa）片段：SEE REMARK 999 链 J 130–234（105 aa）片段：SEE REMARK 999 链 L 130–234（105 aa）片段：SEE REMARK 999	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 100 mM phosphate buffer；pH 7；100 mM phosphate buffer cryo-EM玻璃化条件 100 K；冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane (homemade plunger)	分辨率 21.00 Å
3J42 Obstruction of Dengue Virus Maturation by Fab Fragments of the 2H2 Antibody 提交 2013-06-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 信息不足异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 H 130–234（105 aa）片段：SEE REMARK 999 链 J 130–234（105 aa）片段：SEE REMARK 999 链 L 130–234（105 aa）片段：SEE REMARK 999	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 100 mM phosphate buffer；pH 7；100 mM phosphate buffer cryo-EM玻璃化条件 100 K；冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane (homemade plunger)	分辨率 21.00 Å
4KVC 2H2 Fab fragment of immature Dengue virus 提交 2013-05-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 130–234（105 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；25% PEG 6000 0.1 M MES 0.2M NH4Cl, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.31 Å R-free 0.234
5VPL CRYSTAL STRUCTURE OF DER F 1 COMPLEXED WITH FAB 4C1 提交 2017-05-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 24–235（212 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；293 K；0.1M HEPES, 18% W/V PEG12K, PH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.194

共 6 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q7TS98_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 110–212； UniProt 132–234

441D6 Fab Heavy chain

Mus musculus

UniProt A0A0E4B366

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 133–239	未记录	441D6 Fab Light chain × 1 （Q7TS98） NI NICKEL (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；273 K；12% PEG3350, 100 mM HEPES pH 7.5, 5 mM MgCl2, 5mM NiCl2	分辨率 2.01 Å R-free 0.198

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A0E4B366_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 115–221； UniProt 133–239

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5tr8
沉积日期 deposition_date	2016-10-25
结构标题 title	Crystal structure of vaccine-elicited pan- influenza H1N1 neutralizing murine antibody 441D6.
关键词 keywords	Nanoparticle, Ferritin, Immune system, Antibody; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.78 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.70 Å
零角强度 I(0) i0	39273300.00
分子量 molecular_weight	47511.0 kDa
排除体积 excluded_volume	58947 Å³
包络体积 envelope_volume	73806 Å³
水化壳体积 shell_volume	25042 Å³
包络直径 envelope_diameter	81.4 Å
壳层 Rg shell_rg	31.89 Å
包络 Rg envelope_rg	24.46 Å
形状 Rg shape_rg	24.70 Å
总 Rg total_rg	25.51 Å
总原子数 total_atoms	3337
残基数 n_residues	426
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	80.8 Å
Rg (实空间) rg_real	25.75 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.51 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.9270e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.3680e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.76 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	39270000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9090
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	28.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.261
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.562
角度范围 angular_range	— – 0.3100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7126000.0000
实空间数据点数 n_real_points	63
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.960; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.940

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	441D6 Fab Light chain
分子量 formula_weight	23694.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L
原子数 atom_count	3585

DIKMTQSPSSMYASLGERVTFTCKASQDIYSSFSWFQQRPGKSPKTLIYRANRLVDGVPSRFSGSGSGQDYSLTISSLEYEDMGVYFCLQHEEFPPTFGGGTKLELKRTDAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRN

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	441D6 Fab Heavy chain
分子量 formula_weight	23879.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

EVQLVESGGGLMRPGGSLKLSCAASGFAFSRFDMSWVRQTPEKRLEWVAYIRNGADDTYYADTEKGRFTISRDNAKNTLYLQLSSLKIEDTAMYYCVRHSGYSYVIDYWGQGTSVTVSSASTTAPSVYPLAPVCGGTTGSSVTLGCLVKGYFPEPVTLTWNSGSLSSGVHTFPALLQSGLYTLSSSVTVTSNTWPSQTITCNVAHPASSTKVDKKIEPRVP

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	NICKEL (II) ION
分子量 formula_weight	58.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	248

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d5tr8h_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d5tr8l1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5tr8l2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	5tr8H02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5tr8L01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5tr8L02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	98.463 Å
晶胞边长 b length_b	83.332 Å
晶胞边长 c length_c	83.160 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	105.69 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.010 Å
最低分辨率 resolution_low	24.607 Å
R 因子 r_factor	0.1756
R_work r_work	0.1743
R_free r_free	0.1983

fit	/app/data/saxs_computation/tr/5tr8/5tr8.fit
pddf	/app/data/pr_computation/tr/5tr8/5tr8.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/tr/5tr8/5tr8.dat

Crystal structure of vaccine-elicited pan- influenza H1N1 neutralizing murine antibody 441D6.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

441D6 Fab Light chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

441D6 Fab Heavy chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)