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5vpl

CRYSTAL STRUCTURE OF DER F 1 COMPLEXED WITH FAB 4C1

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 114.6 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Der f 1 variant

物种未注明

UniProt I2CMD3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 83–305 片段：UNP RESIDUES 99-321 4C1 - LIGHT CHAIN × 1 （Q7TS98） 4C1 - HEAVY CHAIN × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 7；293 K；0.1M HEPES, 18% W/V PEG12K, PH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K 分辨率 1.90 Å R-free 0.194

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5VPL Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5VPK CRYSTAL STRUCTURE OF MITE ALLERGEN DER F 1 提交 2017-05-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 83–305（223 aa） 片段：SEQUENCE DATABASE RESIDUES 99-321
未记录 SO4 SULFATE ION × 5 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 10.5；293 K；PROTEIN SOLUTION: 0.5M L-ARGININE, 0.12M LI SULFATE, 0.004M EDTA, 0.1M CAPS, PH 10.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K, PH 10.50
分辨率 2.00 Å R-free 0.210
5VPK CRYSTAL STRUCTURE OF MITE ALLERGEN DER F 1 提交 2017-05-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 83–305（223 aa） 片段：SEQUENCE DATABASE RESIDUES 99-321
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 10.5；293 K；PROTEIN SOLUTION: 0.5M L-ARGININE, 0.12M LI SULFATE, 0.004M EDTA, 0.1M CAPS, PH 10.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K, PH 10.50
分辨率 2.00 Å R-free 0.210
5VPK CRYSTAL STRUCTURE OF MITE ALLERGEN DER F 1 提交 2017-05-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 83–305（223 aa） 片段：SEQUENCE DATABASE RESIDUES 99-321
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 10.5；293 K；PROTEIN SOLUTION: 0.5M L-ARGININE, 0.12M LI SULFATE, 0.004M EDTA, 0.1M CAPS, PH 10.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K, PH 10.50
分辨率 2.00 Å R-free 0.210

共 1 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 I2CMD3_DERFA
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–223； UniProt 83–305

4C1 - LIGHT CHAIN

Mus musculus

UniProt Q7TS98

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 24–235 未记录 Der f 1 variant × 1 （I2CMD3） 4C1 - HEAVY CHAIN × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 7；293 K；0.1M HEPES, 18% W/V PEG12K, PH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K 分辨率 1.90 Å R-free 0.194

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5VPL Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1D5B UNLIGANDED MATURE OXY-COPE CATALYTIC ANTIBODY 提交 1999-10-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 23–129（107 aa） 片段：chimeric fab fragment (UNP Q7TS98 reisues 23-129, P01834 residues 1-104)
链 L 23–129（107 aa） 片段：chimeric fab fragment (UNP Q7TS98 reisues 23-129, P01834 residues 1-104)
未记录 CD CADMIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；25%PEG 1000, 100mM sodium acetate, 300mM CdCl2, 100mM ammonium sulfate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.80 Å R-free 0.285
1D5B UNLIGANDED MATURE OXY-COPE CATALYTIC ANTIBODY 提交 1999-10-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 L 23–129（107 aa） 片段：chimeric fab fragment (UNP Q7TS98 reisues 23-129, P01834 residues 1-104)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；25%PEG 1000, 100mM sodium acetate, 300mM CdCl2, 100mM ammonium sulfate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.80 Å R-free 0.285
1D5B UNLIGANDED MATURE OXY-COPE CATALYTIC ANTIBODY 提交 1999-10-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 23–129（107 aa） 片段：chimeric fab fragment (UNP Q7TS98 reisues 23-129, P01834 residues 1-104)
未记录 CD CADMIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；25%PEG 1000, 100mM sodium acetate, 300mM CdCl2, 100mM ammonium sulfate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.80 Å R-free 0.285
1D5I UNLIGANDED GERMLINE PRECURSOR OF AN OXY-COPE CATALYTIC ANTIBODY 提交 1999-10-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 L 23–129（107 aa） 片段：chimeric fab fragment (UNP Q7TS98 reisues 23-129, P01834 residues 1-104)
未记录 CD CADMIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；75mM Hepes pH 7.0 9% PEG 4000 150 mM Ammonium Sulfate 20% 1,4 butanediol 100 mM Cadmium Chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.00 Å R-free 0.263
1D6V CONFORMATION EFFECTS IN BIOLOGICAL CATALYSIS INTRODUCED BY OXY-COPE ANTIBODY MATURATION 提交 1999-10-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 L 23–129（107 aa） 片段：chimeric fab fragment (UNP Q7TS98 reisues 23-129, P01834 residues 1-104)
未记录 CD CADMIUM ION × 4 HOP (1S,2S,5S)2-(4-GLUTARIDYLBENZYL)-5-PHENYL-1-CYCLOHEXANOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；9% polyethylene glycol 4000 250mM ammonium sulfate 80mM Cadmium Chloride 75mM Hepes 20% 1,4 butanediol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 19K
分辨率 2.00 Å R-free 0.264
3J42 Obstruction of Dengue Virus Maturation by Fab Fragments of the 2H2 Antibody 提交 2013-06-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 720 PDB 声明：720-meric
链 H 130–234（105 aa） 片段：SEE REMARK 999
链 J 130–234（105 aa） 片段：SEE REMARK 999
链 L 130–234（105 aa） 片段：SEE REMARK 999
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 100 mM phosphate buffer；pH 7；100 mM phosphate buffer
cryo-EM玻璃化条件 100 K；冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane (homemade plunger)
分辨率 21.00 Å
3J42 Obstruction of Dengue Virus Maturation by Fab Fragments of the 2H2 Antibody 提交 2013-06-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 H 130–234（105 aa） 片段：SEE REMARK 999
链 J 130–234（105 aa） 片段：SEE REMARK 999
链 L 130–234（105 aa） 片段：SEE REMARK 999
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 100 mM phosphate buffer；pH 7；100 mM phosphate buffer
cryo-EM玻璃化条件 100 K；冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane (homemade plunger)
分辨率 21.00 Å
3J42 Obstruction of Dengue Virus Maturation by Fab Fragments of the 2H2 Antibody 提交 2013-06-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 信息不足 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric
链 H 130–234（105 aa） 片段：SEE REMARK 999
链 J 130–234（105 aa） 片段：SEE REMARK 999
链 L 130–234（105 aa） 片段：SEE REMARK 999
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 100 mM phosphate buffer；pH 7；100 mM phosphate buffer
cryo-EM玻璃化条件 100 K；冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane (homemade plunger)
分辨率 21.00 Å
3J42 Obstruction of Dengue Virus Maturation by Fab Fragments of the 2H2 Antibody 提交 2013-06-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 信息不足 异源复合物；蛋白 × 72 PDB 声明：72-meric
链 H 130–234（105 aa） 片段：SEE REMARK 999
链 J 130–234（105 aa） 片段：SEE REMARK 999
链 L 130–234（105 aa） 片段：SEE REMARK 999
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 100 mM phosphate buffer；pH 7；100 mM phosphate buffer
cryo-EM玻璃化条件 100 K；冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane (homemade plunger)
分辨率 21.00 Å
3J42 Obstruction of Dengue Virus Maturation by Fab Fragments of the 2H2 Antibody 提交 2013-06-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 信息不足 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 H 130–234（105 aa） 片段：SEE REMARK 999
链 J 130–234（105 aa） 片段：SEE REMARK 999
链 L 130–234（105 aa） 片段：SEE REMARK 999
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 100 mM phosphate buffer；pH 7；100 mM phosphate buffer
cryo-EM玻璃化条件 100 K；冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane (homemade plunger)
分辨率 21.00 Å
4KVC 2H2 Fab fragment of immature Dengue virus 提交 2013-05-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 L 130–234（105 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；25% PEG 6000 0.1 M MES 0.2M NH4Cl, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.31 Å R-free 0.234
5TR8 Crystal structure of vaccine-elicited pan- influenza H1N1 neutralizing murine antibody 441D6. 提交 2016-10-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 L 132–234（103 aa）
未记录 NI NICKEL (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；273 K；12% PEG3350, 100 mM HEPES pH 7.5, 5 mM MgCl2, 5mM NiCl2
分辨率 2.01 Å R-free 0.198

共 6 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q7TS98_MOUSE
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 2–213； UniProt 24–235

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5vpl

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5vpl
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5vpl
沉积日期 deposition_date2017-05-05
结构标题 titleCRYSTAL STRUCTURE OF DER F 1 COMPLEXED WITH FAB 4C1
关键词 keywordsCOMPLEX BETWEEN AN ALLERGEN AND FAB FRAGMENT OF 4C1 ANTIBODY, HYDROLASE-IMMUNE SYSTEM COMPLEX; HYDROLASE/IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier32.96 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron32.77 Å
零角强度 I(0) i086956400.00
分子量 molecular_weight72842.0 kDa
排除体积 excluded_volume90469 ų
包络体积 envelope_volume115660 ų
水化壳体积 shell_volume32100 ų
包络直径 envelope_diameter115.6 Å
壳层 Rg shell_rg36.61 Å
包络 Rg envelope_rg32.70 Å
形状 Rg shape_rg32.74 Å
总 Rg total_rg33.18 Å
总原子数 total_atoms5124
残基数 n_residues650
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax114.6 Å
Rg (实空间) rg_real33.41 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.23 Å
I(0) (实空间) i0_real8.6960e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.4630e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal33.23 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal86940000.0000
解质量估计 total_estimate0.8137
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary31.0 Å
偏度 Skewness skewness0.581
峰度 Kurtosis kurtosis-0.332
角度范围 angular_range— – 0.2400 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha12620000.0000
实空间数据点数 n_real_points49
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.696; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.657; Smooth: 0.831
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd5vplc1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd5vplc2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)
结构域编号 domain_idd5vplc3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id5vplA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology70 — Cathepsin B; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cysteine proteinases
结构域编号 domain_id5vplC01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id5vplC02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id5vplD02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)