5w1m

MACV GP1 CR1-07 Fab complex

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CR1-07 Fab light chain

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 3 其他聚合物 1	CR1-07 Fab heavy chain × 1 （Q6N089） Pre-glycoprotein polyprotein GP complex × 1 （Q8AZ57） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	CR1-07 Fab heavy chain × 1 （Q6N089） Pre-glycoprotein polyprotein GP complex × 1 （Q8AZ57） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	与蛋白数一致
3	其他组合	异源复合物	蛋白 3 其他聚合物 1	CR1-07 Fab heavy chain × 1 （Q6N089） Pre-glycoprotein polyprotein GP complex × 1 （Q8AZ57） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 beta-D-mannopyranose × 1	与蛋白数一致
4	其他组合	异源复合物	蛋白 3 其他聚合物 1	CR1-07 Fab heavy chain × 1 （Q6N089） Pre-glycoprotein polyprotein GP complex × 1 （Q8AZ57） beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q0KKI6_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 115–221； UniProt 112–218 作者链 C； PDB构建体 115–221； UniProt 112–218 作者链 E； PDB构建体 115–221； UniProt 112–218 作者链 G； PDB构建体 115–221； UniProt 112–218

CR1-07 Fab heavy chain

Homo sapiens

UniProt Q6N089

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 3 其他聚合物 1	CR1-07 Fab light chain × 1 （Q0KKI6） Pre-glycoprotein polyprotein GP complex × 1 （Q8AZ57） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	CR1-07 Fab light chain × 1 （Q0KKI6） Pre-glycoprotein polyprotein GP complex × 1 （Q8AZ57） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	与蛋白数一致
3	其他组合	异源复合物	蛋白 3 其他聚合物 1	CR1-07 Fab light chain × 1 （Q0KKI6） Pre-glycoprotein polyprotein GP complex × 1 （Q8AZ57） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 beta-D-mannopyranose × 1	与蛋白数一致
4	其他组合	异源复合物	蛋白 3 其他聚合物 1	CR1-07 Fab light chain × 1 （Q0KKI6） Pre-glycoprotein polyprotein GP complex × 1 （Q8AZ57） beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q6N089_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 124–226； UniProt 143–245 作者链 D； PDB构建体 124–226； UniProt 143–245 作者链 F； PDB构建体 124–226； UniProt 143–245 作者链 H； PDB构建体 124–226； UniProt 143–245

Pre-glycoprotein polyprotein GP complex

Machupo virus

UniProt Q8AZ57

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 3 其他聚合物 1	CR1-07 Fab light chain × 1 （Q0KKI6） CR1-07 Fab heavy chain × 1 （Q6N089） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	CR1-07 Fab light chain × 1 （Q0KKI6） CR1-07 Fab heavy chain × 1 （Q6N089） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	与蛋白数一致
3	其他组合	异源复合物	蛋白 3 其他聚合物 1	CR1-07 Fab light chain × 1 （Q0KKI6） CR1-07 Fab heavy chain × 1 （Q6N089） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 beta-D-mannopyranose × 1	与蛋白数一致
4	其他组合	异源复合物	蛋白 3 其他聚合物 1	CR1-07 Fab light chain × 1 （Q0KKI6） CR1-07 Fab heavy chain × 1 （Q6N089） beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8AZ57_MACHU
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 Q； PDB构建体 1–152； UniProt 87–238 作者链 R； PDB构建体 1–152； UniProt 87–238 作者链 S； PDB构建体 1–152； UniProt 87–238 作者链 T； PDB构建体 1–152； UniProt 87–238

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5w1m
沉积日期 deposition_date	2017-06-03
结构标题 title	MACV GP1 CR1-07 Fab complex
关键词 keywords	Fab, antibody, Machupo virus, arenavirus, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5w1m__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5w1m__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5w1m__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	31.53 Å
Rg（电子密度）	31.41 Å
总 Rg	31.91 Å
原子数	4612
残基数	591
排除体积	81534 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5w1m__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5w1m__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`5w1m__assembly_3__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`5w1m__assembly_4__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CR1-07 Fab light chain
分子量 formula_weight	24289.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G
原子数 atom_count	18425

DIVMTQSPESLAVSLGERATINCKSSQSVLYSSRSDNKDYLAWYQQKPGQSPKLLIYWASTRESGVPERFTGSGSGTDFTLSISSLQAEDVAVYYCQQYYSSPPTFGGGTKVELKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	CR1-07 Fab heavy chain
分子量 formula_weight	24291.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H

VQLVESGGGVVHPGRSLRLSCAASGFTFGTSIMHWVRQAPGKGMQWVAQISHDESRKFYSDSVKGRFTVSRDNSKNTLFLEMSSLRIEDTAVYYCAKDLSPPYSYAWDIFQYWGQGSLVTVSGASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
分子量 formula_weight	17454.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Q,R,S,T

ELPSLCMLNNSFYYMRGGVNTFLIRVSDISVLMKEYDVSIYEPEDLGNCLNKSDSSWAIHWFSNALGHDWLMDPPMLCRNKTKKEGSNIQFNISKADDARVYGKKIRNGMRHLFRGFHDPCEEGKVCYLTINQCGDPSSFDYCGVNHLSKCQ

来源 Source

来源生物 organism	Machupo virus
通用名 common_name	MACV
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11628
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	beta-D-mannopyranose
分子量 formula_weight	180.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	5w1mA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5w1mA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5w1mB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5w1mC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5w1mC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5w1mD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5w1mE01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5w1mE02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5w1mF02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5w1mG01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5w1mG02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5w1mH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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晶胞边长 a length_a	206.970 Å
晶胞边长 b length_b	206.970 Å
晶胞边长 c length_c	238.230 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	P 42 21 2
空间群编号 int_tables_number	94
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.910 Å
最低分辨率 resolution_low	49.120 Å
R 因子 r_factor	0.2490
R_work r_work	0.2480
R_free r_free	0.2640

MACV GP1 CR1-07 Fab complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CR1-07 Fab light chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

CR1-07 Fab heavy chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Pre-glycoprotein polyprotein GP complex

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5w1m__assembly_1__model_1

5w1m__assembly_1__model_1 | I(q)

5w1m__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

MACV GP1 CR1-07 Fab complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CR1-07 Fab light chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

CR1-07 Fab heavy chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Pre-glycoprotein polyprotein GP complex

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5w1m__assembly_1__model_1

5w1m__assembly_1__model_1 | I(q)

5w1m__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)