9ghi

Machupo virus GP1-GP2 heterodimer in complex with Fab of MAC1

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 158.4 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ghi
沉积日期 deposition_date	2024-08-15
结构标题 title	Machupo virus GP1-GP2 heterodimer in complex with Fab of MAC1
关键词 keywords	Machupo virus Glycoprotein Prefusion Fab, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.14 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	41.93 Å
零角强度 I(0) i0	129019000.00
分子量 molecular_weight	89747.0 kDa
排除体积 excluded_volume	111280 Å³
包络体积 envelope_volume	151750 Å³
水化壳体积 shell_volume	34784 Å³
包络直径 envelope_diameter	163.0 Å
壳层 Rg shell_rg	39.65 Å
包络 Rg envelope_rg	42.07 Å
形状 Rg shape_rg	41.92 Å
总 Rg total_rg	41.86 Å
总原子数 total_atoms	12096
残基数 n_residues	764
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	158.4 Å
Rg (实空间) rg_real	41.87 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.74 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2900e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.4870e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.14 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	128900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6885
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.716
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.147
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	12410000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.280; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.219; Smooth: 0.888

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

描述 description	Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
分子量 formula_weight	23546.8 kDa
突变 mutation	L88C, E258S, S260R, L261K, K262R
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	12240

DGTFKIGLHTEFQSVTLTMQRLLANHSNECPSLCMLNNSFYYMRGGVNTFLIRVSDISVLMKEYDVSIYEPEDLGNCLNASDSSWAIHWFSNALGHDWLMDPPMLCRNKTKKEGSNIQFNISKADDARVYGKKIRNGMRHLFRGFHDPCEEGKVCYLTINQCGDPSSFEYCGVNHLSKCQFDHVNTLHFLVRSKTHLNFSRRKR

来源 Source

来源生物 organism	Mammarenavirus machupoense
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3052317
宿主生物 host_organism	Spodoptera

Entity 2 polymer

描述 description	Glycoprotein G2
分子量 formula_weight	23122.9 kDa
突变 mutation	A263S, E332P, L340C
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

SFFSWSLTDSSGKDMPGGYCLEEWMLIAAKMKCFGNTAVAKCNQDHDSEFCDMLRLFDYNKNAIKTLNDPSKKEINLCSQTVNALISDNLLMKNKIKELMSIPYCNYTKFWYVNHTLTGQHTLPRCWLIRNGSYLNTSEFRNDWILESDHLISEMLSKEYAERQGKSGDDDDKGSGWSHPQFEKGGGSGGGSGGSAWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	Mammarenavirus machupoense
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3052317
宿主生物 host_organism	Spodoptera

Entity 3 polymer

描述 description	MAC1 heavy chain
分子量 formula_weight	25248.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

ETGQVQLQQSGAELVKPGASVKISCKASGYAFGSHWMNWVKQRPGKGLEWIGQIYPGDGDTNYNGKFKGKATLTADKSSSTAYMQFSSLTSEDSAVYFCARDDYGTRYYFDYWGQGTTLTVSSATTKGPSVYPLAPSAAAQTNSMVTLGCLVKGYFPEPVTVTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVPSSTWPSQTVTCNVAHPASSTKVDKKIVPRDCGTKHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	MAC1 light chain
分子量 formula_weight	24090.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

ETGDIQMTQTTSSLSASLGDRVSISCRASQDINNYLNWYQQKPDGTVKLLIHYTSRLRSGVPSRFSGSGFGTDYSLTITNLEQEDIATYFCQQGKTLPLTFGAGTKLEIKRTDAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRNEC

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 5 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	894.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	748.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 9 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	115

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	46.682 Å
晶胞边长 b length_b	73.585 Å
晶胞边长 c length_c	184.958 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.410 Å
最低分辨率 resolution_low	47.250 Å
R 因子 r_factor	0.2320
R_work r_work	0.2302
R_free r_free	0.2678

fit	/app/data/saxs_computation/gh/9ghi/9ghi.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gh/9ghi/9ghi.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gh/9ghi/9ghi.dat

Machupo virus GP1-GP2 heterodimer in complex with Fab of MAC1

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 branched

Entity 6 branched

Entity 7 branched

Entity 8 branched

Entity 9 non-polymer

Entity 10 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)