SAXSdb — 5w5m

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Immunoglobulin heavy constant gamma 4

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合同源多聚体蛋白 × 2 其他聚合物 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 106–327 链 B； UniProt 106–327	片段：Sigma1 Fc fragment, UNP residues 106-327	;beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 2 GOL GLYCEROL × 2 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；9% (w/v) PEG 20K, 0.1 M sodium acetate, pH 5.5	分辨率 1.90 Å R-free 0.225

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5W5M	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1ADQ CRYSTAL STRUCTURE OF A HUMAN IGM RHEUMATOID FACTOR FAB IN COMPLEX WITH ITS AUTOANTIGEN IGG FC 提交 1997-02-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 118–323（206 aa）片段：FC	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；CRYSTALS WERE GROWN BY HANGING DROP VAPOR DIFFUSION. THE HANGING DROPS CONSISTED OF 2UL OF PROTEIN SOLUTION CONTAINING EACH PROTEIN AT 1MG/ML IN 0.1 % SODIUM AZIDE, 20MM TRIS-HCL AT PH 7.0, MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF THE RESERVOIR SOLUTION TO BE SCREENED. CRYSTALS WERE OBTAINED WITH RESERVOIR SOLUTIONS CONTAINING 17.5 - 22.5 % (W/V) POLYETHYLENE GLYCOL (MEAN MW 8000) IN 0.1 % SODIUM AZIDE, 100MM TRIS-HCL, PH 7.0, AT TEMPERATURES BETWEEN 17.5 AND 21.5 (CELSIUS)., vapor diffusion - hanging drop	分辨率 3.15 Å R-free 0.289
1BBJ CRYSTAL STRUCTURE OF A CHIMERIC FAB' FRAGMENT OF AN ANTIBODY BINDING TUMOUR CELLS 提交 1992-04-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–98（98 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.10 Å
1BBJ CRYSTAL STRUCTURE OF A CHIMERIC FAB' FRAGMENT OF AN ANTIBODY BINDING TUMOUR CELLS 提交 1992-04-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–98（98 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.10 Å
4B53 Crystal structure of the isolated IgG4 CH3 domain 提交 2012-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 222–327（106 aa）片段：CH3 DOMAIN, RESIDUES 222-327 链 B 222–327（106 aa）片段：CH3 DOMAIN, RESIDUES 222-327	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 4 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；SITTING DROP AT 291K. RESERVOIR OF 100 MICROLITRE 22% PEG 3350 AND 150MM CALCIUM ACETATE. DROP SIZE 100 NANOLITRE PROTEIN AND 100 NANOLITRE RESERVOIR. PROTEIN CONCENTRATION OF 1.5MG/ML	分辨率 1.80 Å R-free 0.237
4C54 Crystal structure of recombinant human IgG4 Fc 提交 2013-09-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 114–327（214 aa）片段：FC FRAGMENT, RESIDUES 114-327 链 B 114–327（214 aa）片段：FC FRAGMENT, RESIDUES 114-327	未记录	MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；MES PH6.5. 18-20% PEG 20 000	分辨率 1.90 Å R-free 0.209
4C55 Crystal structure of serum-derived human IgG4 Fc 提交 2013-09-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 110–327（218 aa）片段：FC FRAGMENT, RESIDUES 110-327	未记录	MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；MES PH6.5. 18-20% PEG 20 000	分辨率 2.35 Å R-free 0.238
4C55 Crystal structure of serum-derived human IgG4 Fc 提交 2013-09-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 110–327（218 aa）片段：FC FRAGMENT, RESIDUES 110-327	未记录	MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；MES PH6.5. 18-20% PEG 20 000	分辨率 2.35 Å R-free 0.238
4D2N Crystal structure of deglycosylated serum-derived human IgG4 Fc 提交 2014-05-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 102–327（226 aa）片段：FC FRAGMENT, RESIDUES 102-327 链 D 102–327（226 aa）片段：FC FRAGMENT, RESIDUES 102-327	突变：YES 突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；291 K；CRYSTALS WERE GROWN AT 291K USING A RESERVOIR OF 100MM BIS-TRIS PROPANE PH7.5, 20% PEG 3350 AND 200MM SODIUM CITRATE, AND A PROTEIN CONCENTRATION OF 6MG/ML.	分辨率 2.70 Å R-free 0.254
4D2N Crystal structure of deglycosylated serum-derived human IgG4 Fc 提交 2014-05-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 102–327（226 aa）片段：FC FRAGMENT, RESIDUES 102-327 链 B 102–327（226 aa）片段：FC FRAGMENT, RESIDUES 102-327	突变：YES 突变：YES	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；291 K；CRYSTALS WERE GROWN AT 291K USING A RESERVOIR OF 100MM BIS-TRIS PROPANE PH7.5, 20% PEG 3350 AND 200MM SODIUM CITRATE, AND A PROTEIN CONCENTRATION OF 6MG/ML.	分辨率 2.70 Å R-free 0.254
5HVW Monomeric IgG4 Fc 提交 2016-01-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 115–324（210 aa）	突变：L351F, T366R, P395K, F405R, Y407E	ZN ZINC ION × 12 GOL GLYCEROL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；9 mM ZnCl2, 90 mM Hepes, pH 7.0, 18% PEG 6000 (w/v)	分辨率 1.95 Å R-free 0.258
5HVW Monomeric IgG4 Fc 提交 2016-01-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 115–324（210 aa）	突变：L351F, T366R, P395K, F405R, Y407E	ZN ZINC ION × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；9 mM ZnCl2, 90 mM Hepes, pH 7.0, 18% PEG 6000 (w/v)	分辨率 1.95 Å R-free 0.258
5LG1 Room temperature structure of human IgG4-Fc from crystals analysed in situ 提交 2016-07-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 114–327（214 aa）链 B 114–327（214 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；0.1M MES, 18-20% PEG 20 000	分辨率 2.70 Å R-free 0.231
5W5N Crystal structure of human IgG4-Sigma2 Fc fragment 提交 2017-06-15	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 106–327（222 aa）片段：Sigma2 Fc fragment, UNP residues 106-327 链 B 106–327（222 aa）片段：Sigma2 Fc fragment, UNP residues 106-327	未记录	GOL GLYCEROL × 2 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；10% (w/v) PEG 20K, 0.1 M sodium acetate, 5.5, 5% (v/v) MPD	分辨率 1.85 Å R-free 0.215
6WIB Next generation monomeric IgG4 Fc 提交 2020-04-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 115–325（211 aa）	突变：L351F, T366R, P395K, F405R, Y407e, L432C, H433S, N434W, Y436L, T437C, Q438 deleted	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；0.01 M zinc sulfate heptahydrate; 0.1 M morpholineethanesulfonic acid (MES) monohydrate, pH 6.5, and 25% (w/v) PEG 550 MME at a protein concentration of 5.5 mg/mL	分辨率 2.55 Å R-free 0.266
6WMH Next generation monomeric IgG4 Fc 提交 2020-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 H 118–324（207 aa）片段：domains Ch2 and Ch3	突变：M252Y, S254T, T256E, N297D, L351F, S354E, T366R, P395K, F405R, Y407E	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；295 K；DL-Glutamic acid monohydrate, DL-Alanine, Glycine, DL-Lysine monohydrochloride, DL-Serine, Sodium HEPES, MOPS (acid), Ethylene glycol, PEG 8000	分辨率 2.30 Å R-free 0.243
6WMH Next generation monomeric IgG4 Fc 提交 2020-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 118–324（207 aa）片段：domains Ch2 and Ch3	突变：M252Y, S254T, T256E, N297D, L351F, S354E, T366R, P395K, F405R, Y407E	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；295 K；DL-Glutamic acid monohydrate, DL-Alanine, Glycine, DL-Lysine monohydrochloride, DL-Serine, Sodium HEPES, MOPS (acid), Ethylene glycol, PEG 8000	分辨率 2.30 Å R-free 0.243
6WNA Next generation monomeric IgG4 Fc 提交 2020-04-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 118–324（207 aa）片段：domains Ch2 and Ch3	突变：M252Y, S254T, T256E, L351F, S354E, T366R, P395K, F405R, Y407E,	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；295 K；0.2 M magnesium chloride hexahydrate, 30% 1,5-diaminopentane dihydrochloride, 0.1 M MES, pH 6 and 20% PEG 6000 at a protein concentration of 6 mg/mL	分辨率 2.40 Å R-free 0.263
6WOL Next generation monomeric IgG4 Fc bound to neonatal Fc receptor 提交 2020-04-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 117–326（210 aa）片段：domains Ch3 and Ch4	突变：L351F, S354E, T366R, P395K, F405R, Y407E, L432C, H433S, N434Y, Y436L, T437C, Q438 deleted	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；295 K；0.2 M magnesium chloride hexahydrate, 1 M sodium iodide, 0.1 M MES, pH 6 and 20% PEG 6000 at a protein concentration of 6.35 mg/mL	分辨率 2.49 Å R-free 0.270

共 13 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IGHG4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–223； UniProt 106–327 作者链 B； PDB构建体 2–223； UniProt 106–327

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5w5m
沉积日期 deposition_date	2017-06-15
结构标题 title	Crystal structure of human IgG4-Sigma1 Fc fragment
关键词 keywords	FC, IMMUNOGLOBULIN FOLD, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.33 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.10 Å
零角强度 I(0) i0	42827700.00
分子量 molecular_weight	50235.0 kDa
排除体积 excluded_volume	62699 Å³
包络体积 envelope_volume	79923 Å³
水化壳体积 shell_volume	26509 Å³
包络直径 envelope_diameter	79.5 Å
壳层 Rg shell_rg	32.32 Å
包络 Rg envelope_rg	24.64 Å
形状 Rg shape_rg	25.10 Å
总 Rg total_rg	25.93 Å
总原子数 total_atoms	3532
残基数 n_residues	416
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	79.0 Å
Rg (实空间) rg_real	26.18 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.40 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.2830e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.0850e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.23 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	42830000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9158
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	36.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.039
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.658
角度范围 angular_range	— – 0.3000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6345000.0000
实空间数据点数 n_real_points	61
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.972; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.986

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Immunoglobulin heavy constant gamma 4
分子量 formula_weight	25030.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3771

TCPPCPAPEAAGASSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSQEDPEVQFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQFNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKGLPSSIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLGK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	;beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	1625.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	215

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	5w5mA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5w5mB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	74.740 Å
晶胞边长 b length_b	78.390 Å
晶胞边长 c length_c	97.390 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	32.697 Å
R 因子 r_factor	0.1840
R_work r_work	0.1820
R_free r_free	0.2248

fit	/app/data/saxs_computation/w5/5w5m/5w5m.fit
pddf	/app/data/pr_computation/w5/5w5m/5w5m.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/w5/5w5m/5w5m.dat

Crystal structure of human IgG4-Sigma1 Fc fragment

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Immunoglobulin heavy constant gamma 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction