5w89

Crystal structure of human Mcl-1 in complex with modified Bim BH3 peptide SAH-MS1-18

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 50.3 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1

Homo sapiens

UniProt Q07820

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 172–321 片段:UNP residues 172-321 modified Bim BH3 peptide SAH-MS1-18 × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 9;300 K;Reservior: 25% PEG 3350, 50mM Tris pH 9.0, 0.2 M Ammonium acetate; Protein: 408 uM in 20 mM TRis , 10 mM TCEP, 5mM Zn2SO4 分辨率 1.42 Å R-free 0.185

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 141 个其他 PDB 条目、285 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MCL1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–151; UniProt 172–321

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5w89

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5w89
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5w89
沉积日期 deposition_date2017-06-21
结构标题 titleCrystal structure of human Mcl-1 in complex with modified Bim BH3 peptide SAH-MS1-18
关键词 keywordsStapled peptide, BCL-2 family, BH3 domain, apoptosis, PEPTIDE BINDING PROTEIN; PEPTIDE BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier16.46
回转半径 Rg (电子) rg_electron14.91
零角强度 I(0) i06786880.00
分子量 molecular_weight18795.0 kDa
排除体积 excluded_volume23517 ų
包络体积 envelope_volume25998 ų
水化壳体积 shell_volume14509 ų
包络直径 envelope_diameter48.6
壳层 Rg shell_rg21.06
包络 Rg envelope_rg15.22
形状 Rg shape_rg14.87
总 Rg total_rg16.13
总原子数 total_atoms2624
残基数 n_residues158
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax50.3
Rg (实空间) rg_real16.31
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.19
I(0) (实空间) i0_real6.7870e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.8220e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal16.33
I(0) (倒空间) i0_reciprocal6787000.0000
解质量估计 total_estimate0.8916
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary22.6
偏度 Skewness skewness0.055
峰度 Kurtosis kurtosis-0.397
角度范围 angular_range— – 0.4850 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1388000.0000
实空间数据点数 n_real_points79
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.877; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.972; Smooth: 0.983

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id5w89A01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology437 — Apoptosis Regulator Bcl-x
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Blc2-like

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)