SAXSdb — 5wbu

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine-protein kinase mTOR

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Target of rapamycin complex subunit LST8 × 1 （Q9BVC4） Proline-rich AKT1 substrate 1 × 2 （Q96B36）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Target of rapamycin complex subunit LST8 × 1 （Q9BVC4） Proline-rich AKT1 substrate 1 × 2 （Q96B36）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MTOR_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–1177； UniProt 1376–2549 作者链 B； PDB构建体 4–1177； UniProt 1376–2549

Target of rapamycin complex subunit LST8

Homo sapiens

UniProt Q9BVC4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Serine/threonine-protein kinase mTOR × 1 （P42345） Proline-rich AKT1 substrate 1 × 2 （Q96B36）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Serine/threonine-protein kinase mTOR × 1 （P42345） Proline-rich AKT1 substrate 1 × 2 （Q96B36）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LST8_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 3–328； UniProt 1–326 作者链 D； PDB构建体 3–328； UniProt 1–326

Proline-rich AKT1 substrate 1

Homo sapiens

UniProt Q96B36

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Serine/threonine-protein kinase mTOR × 1 （P42345） Target of rapamycin complex subunit LST8 × 1 （Q9BVC4）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Serine/threonine-protein kinase mTOR × 1 （P42345） Target of rapamycin complex subunit LST8 × 1 （Q9BVC4）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AKTS1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 O； PDB构建体 5–88； UniProt 173–256 作者链 P； PDB构建体 5–88； UniProt 173–256 作者链 Q； PDB构建体 5–88； UniProt 173–256 作者链 R； PDB构建体 5–88； UniProt 173–256

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5wbu
沉积日期 deposition_date	2017-06-29
结构标题 title	Crystal structure of mTOR(deltaN)-mLST8-PRAS40(alpha-helix & beta-strand) complex
关键词 keywords	complex, FRB, WD40, PRAS40, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5wbu__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5wbu__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5wbu__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	39.36 Å
Rg（电子密度）	38.54 Å
总 Rg	38.96 Å
原子数	11302
残基数	1405
排除体积	200800 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5wbu__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5wbu__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Serine/threonine-protein kinase mTOR
分子量 formula_weight	134865.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,A
原子数 atom_count	22553

GTGDDNGIVLLGERAAKCRAYAKALHYKELEFQKGPTPAILESLISINNKLQQPEAAAGVLEYAMKHFGELEIQATWYEKLHEWEDALVAYDKKMDTNKDDPELMLGRMRCLEALGEWGQLHQQCCEKWTLVNDETQAKMARMAAAAAWGLGQWDSMEEYTCMIPRDTHDGAFYRAVLALHQDLFSLAQQCIDKARDLLDAELTAMAGESYSRAYGAMVSCHMLSELEEVIQYKLVPERREIIRQIWWERLQGCQRIVEDWQKILMVRSLVVSPHEDMRTWLKYASLCGKSGRLALAHKTLVLLLGVDPSRQLDHPLPTVHPQVTYAYMKNMWKSARKIDAFQHMQHFVQTMQQQAQHAIATEDQQHKQELHKLMARCFLKLGEWQLNLQGINESTIPKVLQYYSAATEHDRSWYKAWHAWAVMNFEAVLHYKHQNQARDEKKKLRHASGANITNATTAATTAATATTTASTEGSNSESEAESTENSPTPSPLQKKVTEDLSKTLLMYTVPAVQGFFRSISLSRGNNLQDTLRVLTLWFDYGHWPDVNEALVEGVKAIQIDTWLQVIPQLIARIDTPRPLVGRLIHQLLTDIGRYHPQALIYPLTVASKSTTTARHNAANKILKNMCEHSNTLVQQAMMVSEELIRVAILWHEMWHEGLEEASRLYFGERNVKGMFEVLEPLHAMMERGPQTLKETSFNQAYGRDLMEAQEWCRKYMKSGNVKDLTQAWDLYYHVFRRISKQLPQLTSLELQYVSPKLLMCRDLELAVPGTYDPNQPIIRIQSIAPSLQVITSKQRPRKLTLMGSNGHEFVFLLKGHEDLRQDERVMQLFGLVNTLLANDPTSLRKNLSIQRYAVIPLSTNSGLIGWVPHCDTLHALIRDYREKKKILLNIEHRIMLRMAPDYDHLTLMQKVEVFEHAVNNTAGDDLAKLLWLKSPSSEVWFDRRTNYTRSLAVMSMVGYILGLGDRHPSNLMLDRLSGKILHIDFGDCFEVAMTREKFPEKIPFRLTRMLTNAMEVTGLDGNYRITCHTVMEVLREHKDSVMAVLEAFVYDPLLNWRLMDTNTKGNKRSRTRTDSYSAGQSVEILDGVELGEPAHKKTGTTVPESIHSFIGDGLVKPEALNKKAIQIINRVRDKLTGRDFSHDDTLDVPTQVELLIKQATSHENLCQCYIGWCPFW

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Target of rapamycin complex subunit LST8
分子量 formula_weight	36054.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,C

GSMNTSPGTVGSDPVILATAGYDHTVRFWQAHSGICTRTVQHQDSQVNALEVTPDRSMIAAAGYQHIRMYDLNSNNPNPIISYDGVNKNIASVGFHEDGRWMYTGGEDCTARIWDLRSRNLQCQRIFQVNAPINCVCLHPNQAELIVGDQSGAIHIWDLKTDHNEQLIPEPEVSITSAHIDPDASYMAAVNSTGNCYVWNLTGGIGDEVTQLIPKTKIPAHTRYALQCRFSPDSTLLATCSADQTCKIWRTSNFSLMTELSIKSGNPGESSRGWMWGCAFSGDSQYIVTASSDNLARLWCVETGEIKREYGGHQKAVVCLAFNDSVLG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Proline-rich AKT1 substrate 1
分子量 formula_weight	9848.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P,R,O,Q

GSGRSALPTQQYAKSLPVSVPVWGFKEKRTEARSSDEENGPPSSPDLDRIAASMRALVLREAEDTQVFGDLPRPRLNTSDFQKLKRKY

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	5wbuC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

结构域编号 domain_id	5wbuD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

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晶胞边长 a length_a	139.400 Å
晶胞边长 b length_b	163.200 Å
晶胞边长 c length_c	207.800 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 2 21 21
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.420 Å
最低分辨率 resolution_low	50.010 Å
R 因子 r_factor	0.2353
R_work r_work	0.2346
R_free r_free	0.2660

Crystal structure of mTOR(deltaN)-mLST8-PRAS40(alpha-helix & beta-strand) complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine-protein kinase mTOR

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Target of rapamycin complex subunit LST8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Proline-rich AKT1 substrate 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5wbu__assembly_1__model_1

5wbu__assembly_1__model_1 | I(q)

5wbu__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of mTOR(deltaN)-mLST8-PRAS40(alpha-helix & beta-strand) complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine-protein kinase mTOR

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Target of rapamycin complex subunit LST8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Proline-rich AKT1 substrate 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5wbu__assembly_1__model_1

5wbu__assembly_1__model_1 | I(q)

5wbu__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)