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5wy5

Crystal structure of MAGEG1 and NSE1 complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 84.1 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Melanoma-associated antigen G1

Homo sapiens

UniProt Q96MG7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 78–294 片段：UNP RESIDUES 78-294 突变：I193L, T258L Non-structural maintenance of chromosomes element 1 homolog × 1 （Q8WV22） MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：EVAPORATION；pH 5.5；291 K；22%(V/V) PEG 500, 0.1M SODIUM CITRATR PH5.5, 2%(V/V) 1,1,1,3,3,3-HEXAFLUORO-2-PROPANOL, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 291K 分辨率 2.92 Å R-free 0.270

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5WY5 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5HVQ Alternative model of the MAGE-G1 NSE-1 complex 提交 2016-01-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 78–294（217 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K；As for entry 3nw0
分辨率 2.92 Å R-free 0.268
9LWI The head region of HBx-Smc5/6 ubiquitination complex 提交 2025-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 E 1–304（304 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.12 Å
9LWJ The head-arm region of HBx-Smc5/6 ubiquitination complex 提交 2025-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 E 1–304（304 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.19 Å
9LWL HBx-Smc5/6 ubiquitination complex 提交 2025-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 E 1–304（304 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.25 Å

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NSE3_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–217； UniProt 78–294

Non-structural maintenance of chromosomes element 1 homolog

Homo sapiens

UniProt Q8WV22

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 9–246 片段：UNP RESIDUES 9-246 突变：YES Melanoma-associated antigen G1 × 1 （Q96MG7） MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：EVAPORATION；pH 5.5；291 K；22%(V/V) PEG 500, 0.1M SODIUM CITRATR PH5.5, 2%(V/V) 1,1,1,3,3,3-HEXAFLUORO-2-PROPANOL, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 291K 分辨率 2.92 Å R-free 0.270

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5WY5 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2CT0 Solution structure of the RING domain of the Non-SMC element 1 protein 提交 2005-05-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 171–231（61 aa） 片段：RING domain
未记录 ZN ZINC ION × 2 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；296 K；离子强度（mmCIF原始值）120；压力 ambient
NMR样品组成 1.27mM RING domain U-13C,15N; 20mM d-Tris-HCl(pH7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 0.05mM ZNCl2; 0.1mM NTA; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
5HVQ Alternative model of the MAGE-G1 NSE-1 complex 提交 2016-01-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 9–246（238 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K；As for entry 3nw0
分辨率 2.92 Å R-free 0.268
9LWI The head region of HBx-Smc5/6 ubiquitination complex 提交 2025-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 F 1–266（266 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.12 Å
9LWJ The head-arm region of HBx-Smc5/6 ubiquitination complex 提交 2025-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 F 1–266（266 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.19 Å
9LWL HBx-Smc5/6 ubiquitination complex 提交 2025-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 F 1–266（266 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.25 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NSE1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–238； UniProt 9–246

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5wy5

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5wy5
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5wy5
沉积日期 deposition_date2017-01-11
结构标题 titleCrystal structure of MAGEG1 and NSE1 complex
关键词 keywordsE3 LIGASE, ZN, METAL BINDING PROTEIN; METAL BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier26.30 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron25.23 Å
零角强度 I(0) i039612300.00
分子量 molecular_weight49384.0 kDa
排除体积 excluded_volume62232 ų
包络体积 envelope_volume80046 ų
水化壳体积 shell_volume27118 ų
包络直径 envelope_diameter89.3 Å
壳层 Rg shell_rg31.73 Å
包络 Rg envelope_rg25.20 Å
形状 Rg shape_rg25.22 Å
总 Rg total_rg26.03 Å
总原子数 total_atoms3466
残基数 n_residues425
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax84.1 Å
Rg (实空间) rg_real26.21 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.69 Å
I(0) (实空间) i0_real3.9610e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.3790e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal26.24 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal39610000.0000
解质量估计 total_estimate0.9060
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary36.4 Å
偏度 Skewness skewness0.180
峰度 Kurtosis kurtosis-0.504
角度范围 angular_range— – 0.3000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha7944000.0000
实空间数据点数 n_real_points61
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.927; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.995
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id5wy5A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology1150 — Aspartate Aminotransferase, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily220 —
结构域编号 domain_id5wy5A02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)