5xfn

Structure of the N-terminal domains of PHF1

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 78.9 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PHD finger protein 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 25–340	片段：UNP residues 25-340	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M Tris-pH 8.0, 10% PEG 3350, 22% ethylene glycerol	分辨率 1.90 Å R-free 0.218

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5XFN	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2E5P Solution structure of the TUDOR domain of PHD finger protein 1 (PHF1 protein) 提交 2006-12-22	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 29–83（55 aa）片段：TUDOR domain, residues 8-62	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成 20mM d-Tris-HCl(pH 7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 10% D2O, 90% H2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2M0O The solution structure of human PHF1 in complex with H3K36me3 提交 2012-10-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 6–83（78 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 ambient NMR样品组成 0.3-0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] PHF1 tudor, 0.6-1.0 mM H3K36me3 peptide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
4HCZ PHF1 Tudor in complex with H3K36me3 提交 2012-10-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–85（58 aa）片段：Tudor domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277.15 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 20% PEG 10000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K	分辨率 1.85 Å R-free 0.244
4HCZ PHF1 Tudor in complex with H3K36me3 提交 2012-10-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 28–85（58 aa）片段：Tudor domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277.15 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 20% PEG 10000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K	分辨率 1.85 Å R-free 0.244
5XFO Structure of the N-terminal domains of PHF1 提交 2017-04-11	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–340（316 aa）片段：UNP residues 25-340	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1M Tris-pH 8.0, 10% PEG 3350, 22% ethylene glycerol	分辨率 1.90 Å R-free 0.227
5XFP Binary complex of PHF1 and a double stranded DNA 提交 2017-04-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 25–360（336 aa）片段：UNP residues 25-360	未记录	ZN ZINC ION × 4 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1M Tris-pH 8.5, 25% PEG 3350, 0.2M Li2SO4, 10mM MgCl2	分辨率 2.30 Å R-free 0.244
5XFP Binary complex of PHF1 and a double stranded DNA 提交 2017-04-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 B 25–360（336 aa）片段：UNP residues 25-360	未记录	ZN ZINC ION × 4 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1M Tris-pH 8.5, 25% PEG 3350, 0.2M Li2SO4, 10mM MgCl2	分辨率 2.30 Å R-free 0.244
5XFP Binary complex of PHF1 and a double stranded DNA 提交 2017-04-11	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 25–360（336 aa）片段：UNP residues 25-360	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1M Tris-pH 8.5, 25% PEG 3350, 0.2M Li2SO4, 10mM MgCl2	分辨率 2.30 Å R-free 0.244
6WAT complex structure of PHF1 提交 2020-03-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 AA 28–87（60 aa）链 AC 28–87（60 aa）	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；2.4M ammonium phosphate dibasic and 0.1M HEPES pH7.0	分辨率 1.80 Å R-free 0.268
6WAT complex structure of PHF1 提交 2020-03-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 10 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 JA 28–87（60 aa）链 JC 28–87（60 aa）	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；2.4M ammonium phosphate dibasic and 0.1M HEPES pH7.0	分辨率 1.80 Å R-free 0.268
6WAT complex structure of PHF1 提交 2020-03-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 11 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 KA 28–87（60 aa）链 KC 28–87（60 aa）	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；2.4M ammonium phosphate dibasic and 0.1M HEPES pH7.0	分辨率 1.80 Å R-free 0.268
6WAT complex structure of PHF1 提交 2020-03-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 12 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 LA 28–87（60 aa）链 LC 28–87（60 aa）	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；2.4M ammonium phosphate dibasic and 0.1M HEPES pH7.0	分辨率 1.80 Å R-free 0.268
6WAT complex structure of PHF1 提交 2020-03-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 13 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 MA 28–87（60 aa）链 MC 28–87（60 aa）	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；2.4M ammonium phosphate dibasic and 0.1M HEPES pH7.0	分辨率 1.80 Å R-free 0.268
6WAT complex structure of PHF1 提交 2020-03-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 14 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 NA 28–87（60 aa）链 NC 28–87（60 aa）	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；2.4M ammonium phosphate dibasic and 0.1M HEPES pH7.0	分辨率 1.80 Å R-free 0.268
6WAT complex structure of PHF1 提交 2020-03-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 15 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 OA 28–87（60 aa）链 OC 28–87（60 aa）	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；2.4M ammonium phosphate dibasic and 0.1M HEPES pH7.0	分辨率 1.80 Å R-free 0.268
6WAT complex structure of PHF1 提交 2020-03-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 BA 28–87（60 aa）链 BC 28–87（60 aa）	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 11	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；2.4M ammonium phosphate dibasic and 0.1M HEPES pH7.0	分辨率 1.80 Å R-free 0.268
6WAT complex structure of PHF1 提交 2020-03-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 CA 28–87（60 aa）链 CC 28–87（60 aa）	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 15	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；2.4M ammonium phosphate dibasic and 0.1M HEPES pH7.0	分辨率 1.80 Å R-free 0.268
6WAT complex structure of PHF1 提交 2020-03-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 DA 28–87（60 aa）链 DC 28–87（60 aa）	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 11	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；2.4M ammonium phosphate dibasic and 0.1M HEPES pH7.0	分辨率 1.80 Å R-free 0.268
6WAT complex structure of PHF1 提交 2020-03-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 EA 28–87（60 aa）链 EC 28–87（60 aa）	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 18	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；2.4M ammonium phosphate dibasic and 0.1M HEPES pH7.0	分辨率 1.80 Å R-free 0.268
6WAT complex structure of PHF1 提交 2020-03-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 FA 28–87（60 aa）链 FC 28–87（60 aa）	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；2.4M ammonium phosphate dibasic and 0.1M HEPES pH7.0	分辨率 1.80 Å R-free 0.268
6WAT complex structure of PHF1 提交 2020-03-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 GA 28–87（60 aa）链 GC 28–87（60 aa）	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；2.4M ammonium phosphate dibasic and 0.1M HEPES pH7.0	分辨率 1.80 Å R-free 0.268
6WAT complex structure of PHF1 提交 2020-03-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 HA 28–87（60 aa）链 HC 28–87（60 aa）	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 15	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；2.4M ammonium phosphate dibasic and 0.1M HEPES pH7.0	分辨率 1.80 Å R-free 0.268
6WAT complex structure of PHF1 提交 2020-03-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 9 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 IA 28–87（60 aa）链 IC 28–87（60 aa）	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；2.4M ammonium phosphate dibasic and 0.1M HEPES pH7.0	分辨率 1.80 Å R-free 0.268
6WAV Crystal structure of PHF1 in complex with H3K36me3 substitution 提交 2020-03-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–87（60 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 17	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；291 K；1.2 M ammonium sulfate and 0.1 M sodium acetate 4.6	分辨率 1.70 Å R-free 0.241
6WAV Crystal structure of PHF1 in complex with H3K36me3 substitution 提交 2020-03-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 28–87（60 aa）	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 11	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；291 K；1.2 M ammonium sulfate and 0.1 M sodium acetate 4.6	分辨率 1.70 Å R-free 0.241
6WAV Crystal structure of PHF1 in complex with H3K36me3 substitution 提交 2020-03-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 28–87（60 aa）	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；291 K；1.2 M ammonium sulfate and 0.1 M sodium acetate 4.6	分辨率 1.70 Å R-free 0.241
6WAV Crystal structure of PHF1 in complex with H3K36me3 substitution 提交 2020-03-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 28–87（60 aa）	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；291 K；1.2 M ammonium sulfate and 0.1 M sodium acetate 4.6	分辨率 1.70 Å R-free 0.241
7LKY Crystal Structure of PHF1 Tudor domain in complex with a peptidomimetic ligand UNC6641 提交 2021-02-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–87（60 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277.15 K；0.01 M ZnCl2, 0.1 M MES pH 6.0 and 20% PEG 6000	分辨率 1.85 Å R-free 0.281
7LKY Crystal Structure of PHF1 Tudor domain in complex with a peptidomimetic ligand UNC6641 提交 2021-02-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 28–87（60 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277.15 K；0.01 M ZnCl2, 0.1 M MES pH 6.0 and 20% PEG 6000	分辨率 1.85 Å R-free 0.281
7LKY Crystal Structure of PHF1 Tudor domain in complex with a peptidomimetic ligand UNC6641 提交 2021-02-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 28–87（60 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277.15 K；0.01 M ZnCl2, 0.1 M MES pH 6.0 and 20% PEG 6000	分辨率 1.85 Å R-free 0.281
7LKY Crystal Structure of PHF1 Tudor domain in complex with a peptidomimetic ligand UNC6641 提交 2021-02-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 28–87（60 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277.15 K；0.01 M ZnCl2, 0.1 M MES pH 6.0 and 20% PEG 6000	分辨率 1.85 Å R-free 0.281
7LKY Crystal Structure of PHF1 Tudor domain in complex with a peptidomimetic ligand UNC6641 提交 2021-02-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 28–87（60 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277.15 K；0.01 M ZnCl2, 0.1 M MES pH 6.0 and 20% PEG 6000	分辨率 1.85 Å R-free 0.281
7LKY Crystal Structure of PHF1 Tudor domain in complex with a peptidomimetic ligand UNC6641 提交 2021-02-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 28–87（60 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277.15 K；0.01 M ZnCl2, 0.1 M MES pH 6.0 and 20% PEG 6000	分辨率 1.85 Å R-free 0.281
7LKY Crystal Structure of PHF1 Tudor domain in complex with a peptidomimetic ligand UNC6641 提交 2021-02-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 28–87（60 aa）	未记录	DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277.15 K；0.01 M ZnCl2, 0.1 M MES pH 6.0 and 20% PEG 6000	分辨率 1.85 Å R-free 0.281
7LKY Crystal Structure of PHF1 Tudor domain in complex with a peptidomimetic ligand UNC6641 提交 2021-02-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 28–87（60 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277.15 K；0.01 M ZnCl2, 0.1 M MES pH 6.0 and 20% PEG 6000	分辨率 1.85 Å R-free 0.281

共 8 个其他 PDB 条目、35 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PHF1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–316； UniProt 25–340

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5xfn
沉积日期 deposition_date	2017-04-11
结构标题 title	Structure of the N-terminal domains of PHF1
关键词 keywords	PHF1, PCL1, PRC2, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.90 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.23 Å
零角强度 I(0) i0	21483200.00
分子量 molecular_weight	34474.0 kDa
排除体积 excluded_volume	42835 Å³
包络体积 envelope_volume	52499 Å³
水化壳体积 shell_volume	20604 Å³
包络直径 envelope_diameter	77.7 Å
壳层 Rg shell_rg	28.33 Å
包络 Rg envelope_rg	22.53 Å
形状 Rg shape_rg	22.25 Å
总 Rg total_rg	22.98 Å
总原子数 total_atoms	2401
残基数 n_residues	301
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	78.9 Å
Rg (实空间) rg_real	22.99 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.71 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1480e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.1290e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.97 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	21480000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8615
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.487
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.168
角度范围 angular_range	— – 0.3450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3993000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.781; Stabil: 0.995; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.911; Smooth: 0.957

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PHD finger protein 1
分子量 formula_weight	35961.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2584

SGPRPRLWEGQDVLARWTDGLLYLGTIKKVDSAREVCLVQFEDDSQFLVLWKDISPAALPGEELLCCVCRSETVVPGNRLVSCEKCRHAYHQDCHVPRAPAPGEGEGTSWVCRQCVFAIATKRGGALKKGPYARAMLGMKLSLPYGLKGLDWDAGHLSNRQQSYCYCGGPGEWNLKMLQCRSCLQWFHEACTQCLSKPLLYGDRFYEFECCVCRGGPEKVRRLQLRWVDVAHLVLYHLSVCCKKKYFDFDREILPFTSENWDSLLLGELSDTPKGERSSRLLSALNSHKDRFISGREIKKRKCLFGLHARMPPPVE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	183

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	5xfnA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Herpes Virus-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger)

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	40.025 Å
晶胞边长 b length_b	62.000 Å
晶胞边长 c length_c	135.368 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	36.483 Å
R 因子 r_factor	0.1848
R_work r_work	0.1829
R_free r_free	0.2179

fit	/app/data/saxs_computation/xf/5xfn/5xfn.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xf/5xfn/5xfn.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xf/5xfn/5xfn.dat