SAXSdb — 5xm0

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H3.3

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 8 DNA 2 PDB 声明：decameric（10）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–136 链 E； UniProt 1–136	未记录	Histone H4 × 2 （P62806） Histone H2A type 1-B × 2 （C0HKE1） Histone H2B type 3-A × 2 （Q9D2U9） DNA (146-MER) × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；potassium cacodylate, potassium chloride, manganese chloride	分辨率 2.87 Å R-free 0.255

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5XM0	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8PKI Cryo-EM structure of NR5A2-nucleosome complex SHL+5.5 提交 2023-06-26	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric	链 A 1–136（136 aa）链 E 1–136（136 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.58 Å

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H33_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–139； UniProt 1–136 作者链 E； PDB构建体 4–139； UniProt 1–136

Histone H4

Mus musculus

UniProt P62806

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 8 DNA 2 PDB 声明：decameric（10）与全部聚合物数一致	链 B； UniProt 1–103 链 F； UniProt 1–103	未记录	Histone H3.3 × 2 （P84244） Histone H2A type 1-B × 2 （C0HKE1） Histone H2B type 3-A × 2 （Q9D2U9） DNA (146-MER) × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；potassium cacodylate, potassium chloride, manganese chloride	分辨率 2.87 Å R-free 0.255

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5XM0	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1F66 2.6 A CRYSTAL STRUCTURE OF A NUCLEOSOME CORE PARTICLE CONTAINING THE VARIANT HISTONE H2A.Z 提交 2000-06-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 B 1–102（102 aa）链 F 1–102（102 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 15	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；MnCl2, KCl, cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；MnCl2, KCl, cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；MnCl2, KCl, cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.60 Å R-free 0.249
2WP2 Structure of Brdt bromodomain BD1 bound to a diacetylated histone H4 peptide. 提交 2009-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 P 2–21（20 aa）片段：RESIDUES 2-21	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；15 MG/ML BRDT-BD1 PROTEIN WAS MIXED WITH H4-ACK5/K8 PEPTIDE IN A 1:20 MOLAR RATIO. CRYSTALLIZATION WAS BY THE HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION METHOD FROM 2.4 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M HEPES PH 7.	分辨率 2.37 Å R-free 0.261
2WP2 Structure of Brdt bromodomain BD1 bound to a diacetylated histone H4 peptide. 提交 2009-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 Q 2–21（20 aa）片段：RESIDUES 2-21	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；15 MG/ML BRDT-BD1 PROTEIN WAS MIXED WITH H4-ACK5/K8 PEPTIDE IN A 1:20 MOLAR RATIO. CRYSTALLIZATION WAS BY THE HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION METHOD FROM 2.4 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M HEPES PH 7.	分辨率 2.37 Å R-free 0.261
4AU7 The structure of the Suv4-20h2 ternary complex with histone H4 提交 2012-05-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 18–26（9 aa）片段：RESIDUES 18-26	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 9% PEG 3350, 0.1 M HEPES PH 6.5	分辨率 2.07 Å R-free 0.240
4DOW Structure of mouse ORC1 BAH domain bound to H4K20me2 提交 2012-02-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 15–26（12 aa）片段：UNP residues 15-26	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；0.2 M sodium bromide, 25% PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 1.95 Å R-free 0.257
4DOW Structure of mouse ORC1 BAH domain bound to H4K20me2 提交 2012-02-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 15–26（12 aa）片段：UNP residues 15-26	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；0.2 M sodium bromide, 25% PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 1.95 Å R-free 0.257
5B1L The mouse nucleosome structure containing H3t 提交 2015-12-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 B 1–103（103 aa）链 F 1–103（103 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 13	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；potassium cacodylate, potassium chloride, manganese chloride	分辨率 2.35 Å R-free 0.243
5B1M The mouse nucleosome structure containing H3.1 提交 2015-12-08	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 B 1–103（103 aa）链 F 1–103（103 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；potassium cacodylate, potassium chloride, manganese chloride	分辨率 2.34 Å R-free 0.259
5XM1 The mouse nucleosome structure containing H2A, H2B type3-A, H3mm7, and H4 提交 2017-05-12	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 B 1–103（103 aa）链 F 1–103（103 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；potassium cacodylate, potassium chloride, manganese chloride	分辨率 3.45 Å R-free 0.254
7DBH The mouse nucleosome structure containing H3mm18 提交 2020-10-20	实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 B 1–103（103 aa）链 F 1–103（103 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
7VBM The mouse nucleosome structure containing H3mm18 aided by PL2-6 scFv 提交 2021-08-31	实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 B 1–103（103 aa）链 F 1–103（103 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.40 Å
8PKI Cryo-EM structure of NR5A2-nucleosome complex SHL+5.5 提交 2023-06-26	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric	链 B 1–103（103 aa）链 F 1–103（103 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.58 Å

共 10 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H4_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 4–106； UniProt 1–103 作者链 F； PDB构建体 4–106； UniProt 1–103

Histone H2A type 1-B

Mus musculus

UniProt C0HKE1

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 8 DNA 2 PDB 声明：decameric（10）与全部聚合物数一致	链 C； UniProt 1–130 链 G； UniProt 1–130	未记录	Histone H3.3 × 2 （P84244） Histone H4 × 2 （P62806） Histone H2B type 3-A × 2 （Q9D2U9） DNA (146-MER) × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；potassium cacodylate, potassium chloride, manganese chloride	分辨率 2.87 Å R-free 0.255

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5XM0	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5XM1 The mouse nucleosome structure containing H2A, H2B type3-A, H3mm7, and H4 提交 2017-05-12	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 C 1–130（130 aa）链 G 1–130（130 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；potassium cacodylate, potassium chloride, manganese chloride	分辨率 3.45 Å R-free 0.254
7DBH The mouse nucleosome structure containing H3mm18 提交 2020-10-20	实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 C 1–130（130 aa）链 G 1–130（130 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
7VBM The mouse nucleosome structure containing H3mm18 aided by PL2-6 scFv 提交 2021-08-31	实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 C 1–130（130 aa）链 G 1–130（130 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.40 Å

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H2A1B_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 4–133； UniProt 1–130 作者链 G； PDB构建体 4–133； UniProt 1–130

Histone H2B type 3-A

Mus musculus

UniProt Q9D2U9

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 8 DNA 2 PDB 声明：decameric（10）与全部聚合物数一致	链 D； UniProt 1–126 链 H； UniProt 1–126	未记录	Histone H3.3 × 2 （P84244） Histone H4 × 2 （P62806） Histone H2A type 1-B × 2 （C0HKE1） DNA (146-MER) × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；potassium cacodylate, potassium chloride, manganese chloride	分辨率 2.87 Å R-free 0.255

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5XM0	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1U35 Crystal structure of the nucleosome core particle containing the histone domain of macroH2A 提交 2004-07-20	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 D 1–126（126 aa）链 H 1–126（126 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；potassium chloride, manganese chloride, potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 3.00 Å R-free 0.260
2F8N 2.9 Angstrom X-ray structure of hybrid macroH2A nucleosomes 提交 2005-12-02	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 D 1–125（125 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；34 to 37.5mM KCl and 40-45mM MnCl2, 5mM Potassium Cacodylate, Sample concentration: 8-12 mg/ml, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.90 Å R-free 0.269
5B1L The mouse nucleosome structure containing H3t 提交 2015-12-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 D 1–126（126 aa）链 H 1–126（126 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 13	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；potassium cacodylate, potassium chloride, manganese chloride	分辨率 2.35 Å R-free 0.243
5B1M The mouse nucleosome structure containing H3.1 提交 2015-12-08	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 D 1–126（126 aa）链 H 1–126（126 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；potassium cacodylate, potassium chloride, manganese chloride	分辨率 2.34 Å R-free 0.259
5XM1 The mouse nucleosome structure containing H2A, H2B type3-A, H3mm7, and H4 提交 2017-05-12	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 D 1–126（126 aa）链 H 1–126（126 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；potassium cacodylate, potassium chloride, manganese chloride	分辨率 3.45 Å R-free 0.254
7DBH The mouse nucleosome structure containing H3mm18 提交 2020-10-20	实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 D 1–126（126 aa）链 H 1–126（126 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
7VBM The mouse nucleosome structure containing H3mm18 aided by PL2-6 scFv 提交 2021-08-31	实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 D 1–126（126 aa）链 H 1–126（126 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.40 Å

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H2B3A_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 4–129； UniProt 1–126 作者链 H； PDB构建体 4–129； UniProt 1–126

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5xm0
沉积日期 deposition_date	2017-05-12
结构标题 title	The mouse nucleosome structure containing H2A, H2B type3-A, H3.3, and H4
关键词 keywords	nucleosome, chromatin, DNA-Protein complex, STRUCTURAL PROTEIN-DNA complex; STRUCTURAL PROTEIN/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	39.94 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.26 Å
零角强度 I(0) i0	818112000.00
分子量 molecular_weight	174940.0 kDa
排除体积 excluded_volume	194250 Å³
包络体积 envelope_volume	287100 Å³
水化壳体积 shell_volume	62522 Å³
包络直径 envelope_diameter	122.7 Å
壳层 Rg shell_rg	44.90 Å
包络 Rg envelope_rg	36.72 Å
形状 Rg shape_rg	37.09 Å
总 Rg total_rg	37.98 Å
总原子数 total_atoms	11938
残基数 n_residues	1043
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	117.7 Å
Rg (实空间) rg_real	39.77 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.92 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.1810e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3430e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	39.94 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	818300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9001
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	47.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.084
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.699
角度范围 angular_range	— – 0.2000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	65930000.0000
实空间数据点数 n_real_points	41
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.980; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.772

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Histone H3.3
分子量 formula_weight	15643.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	11950

GSHMARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPSTGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKTDLRFQSAAIGALQEASEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Histone H4
分子量 formula_weight	11676.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

GSHMSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Histone H2A type 1-B
分子量 formula_weight	14447.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G

GSHMSGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Histone H2B type 3-A
分子量 formula_weight	14307.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H

GSHMPEPSRSTPAPKKGSKKAITKAQKKDGKKRKRGRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIASEASRLAHYNKRSTITSREVQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSSK

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	DNA (146-MER)
分子量 formula_weight	45053.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I,J

ATCAATATCCACCTGCAGATTCTACCAAAAGTGTATTTGGAAACTGCTCCATCAAAAGGCATGTTCAGCTGAATTCAGCTGAACATGCCTTTTGATGGAGCAGTTTCCAAATACACTTTTGGTAGAATCTGCAGGTGGATATTGAT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli DH5alpha

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	12

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d5xm0b_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamily	a.22.1 — Histone-fold
家族 Family family	a.22.1.1 — Nucleosome core histones

结构域编号 domain_id	d5xm0c_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamily	a.22.1 — Histone-fold
家族 Family family	a.22.1.1 — Nucleosome core histones

结构域编号 domain_id	d5xm0d_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamily	a.22.1 — Histone-fold
家族 Family family	a.22.1.1 — Nucleosome core histones

结构域编号 domain_id	d5xm0f_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamily	a.22.1 — Histone-fold
家族 Family family	a.22.1.1 — Nucleosome core histones

结构域编号 domain_id	d5xm0g_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamily	a.22.1 — Histone-fold
家族 Family family	a.22.1.1 — Nucleosome core histones

结构域编号 domain_id	d5xm0h_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamily	a.22.1 — Histone-fold
家族 Family family	a.22.1.1 — Nucleosome core histones

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	5xm0A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	5xm0B00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	5xm0C00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	5xm0D00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	5xm0E00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	5xm0F00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	5xm0G00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	5xm0H00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	106.523 Å
晶胞边长 b length_b	110.095 Å
晶胞边长 c length_c	182.264 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.874 Å
最低分辨率 resolution_low	48.904 Å
R 因子 r_factor	0.2208
R_work r_work	0.2189
R_free r_free	0.2553

fit	/app/data/saxs_computation/xm/5xm0/5xm0.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xm/5xm0/5xm0.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xm/5xm0/5xm0.dat

The mouse nucleosome structure containing H2A, H2B type3-A, H3.3, and H4

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H3.3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Histone H4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Histone H2A type 1-B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Histone H2B type 3-A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)