SAXSdb — 5xo2

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Paired immunoglobulin-like type 2 receptor alpha

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 32–150	片段：UNP residues 32-150	Peptide from Envelope glycoprotein B × 1 （P06437） N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-2-acetamido-2,4-dideoxy-alpha-D-xylo-hexopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M MES monohydrate pH 6.5, 1.6M Magnesium sulfate heptahydrate	分辨率 2.20 Å R-free 0.262
2	其他组合异源复合物蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 32–150	片段：UNP residues 32-150	Peptide from Envelope glycoprotein B × 1 （P06437） N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-2-acetamido-2,4-dideoxy-alpha-D-xylo-hexopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M MES monohydrate pH 6.5, 1.6M Magnesium sulfate heptahydrate	分辨率 2.20 Å R-free 0.262

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5XO2	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4NFB Structure of paired immunoglobulin-like type 2 receptor (PILR ) 提交 2013-10-31	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 32–150（119 aa）片段：UNP residues 32-150	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；0.1M sodium citrate tribasic dehydrate pH 5.6, 20%(v/v) 2-propanol, 20%(w/v) polyethylene glycol 4,000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.60 Å R-free 0.225
5XOF Crystal structure of human paired immunoglobulin-like type 2 receptor alpha with synthesized glycopeptide I 提交 2017-05-28	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 32–150（119 aa）片段：UNP residues 32-150	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M Tris-HCl pH8.5, 25% (w/v) PEG 6000	分辨率 1.96 Å R-free 0.269
5XOF Crystal structure of human paired immunoglobulin-like type 2 receptor alpha with synthesized glycopeptide I 提交 2017-05-28	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 32–150（119 aa）片段：UNP residues 32-150	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M Tris-HCl pH8.5, 25% (w/v) PEG 6000	分辨率 1.96 Å R-free 0.269
5XOF Crystal structure of human paired immunoglobulin-like type 2 receptor alpha with synthesized glycopeptide I 提交 2017-05-28	实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 32–150（119 aa）片段：UNP residues 32-150	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M Tris-HCl pH8.5, 25% (w/v) PEG 6000	分辨率 1.96 Å R-free 0.269
5XOF Crystal structure of human paired immunoglobulin-like type 2 receptor alpha with synthesized glycopeptide I 提交 2017-05-28	实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 32–150（119 aa）片段：UNP residues 32-150	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M Tris-HCl pH8.5, 25% (w/v) PEG 6000	分辨率 1.96 Å R-free 0.269
9PD2 Crystal structure of PILRA in complex with Fab portion of antagonist antibody 提交 2025-06-30	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 32–150（119 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.1 M CAPS pH 10.5, 20% PEG 8000, 0.2 M NaCl	分辨率 2.58 Å R-free 0.277

共 3 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称	PILRA_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–120； UniProt 32–150 作者链 B； PDB构建体 2–120； UniProt 32–150

Peptide from Envelope glycoprotein B

物种未注明

UniProt P06437

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 X； UniProt 50–56	未记录	Paired immunoglobulin-like type 2 receptor alpha × 1 （Q9UKJ1） N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-2-acetamido-2,4-dideoxy-alpha-D-xylo-hexopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M MES monohydrate pH 6.5, 1.6M Magnesium sulfate heptahydrate	分辨率 2.20 Å R-free 0.262
2	其他组合异源复合物蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 Y； UniProt 50–56	未记录	Paired immunoglobulin-like type 2 receptor alpha × 1 （Q9UKJ1） N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-2-acetamido-2,4-dideoxy-alpha-D-xylo-hexopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M MES monohydrate pH 6.5, 1.6M Magnesium sulfate heptahydrate	分辨率 2.20 Å R-free 0.262

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5XO2	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2GUM Crystal structure of the extracellular domain of glycoprotein B from Herpes Simplex Virus type I 提交 2006-05-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 103–730（628 aa）片段：residues 103-730 链 B 103–730（628 aa）片段：residues 103-730 链 C 103–730（628 aa）片段：residues 103-730	未记录	NA SODIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；8% PEG 6000, 0.1 M Na Hepes, 15% 2-methyl-2,4-pentanediol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.10 Å R-free 0.275
3NW8 Glycoprotein B from Herpes simplex virus type 1, Y179S mutant, high-pH 提交 2010-07-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 30–730（701 aa）片段：Ectodomain (UNP residues 30 to 730)	突变：Y179S	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 MRY MESO-ERYTHRITOL × 6 NA SODIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；10% PEG 4000, 0.2M NaCl, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.76 Å R-free 0.242
3NW8 Glycoprotein B from Herpes simplex virus type 1, Y179S mutant, high-pH 提交 2010-07-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 30–730（701 aa）片段：Ectodomain (UNP residues 30 to 730)	突变：Y179S	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 MRY MESO-ERYTHRITOL × 12 CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；10% PEG 4000, 0.2M NaCl, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.76 Å R-free 0.242
3NW8 Glycoprotein B from Herpes simplex virus type 1, Y179S mutant, high-pH 提交 2010-07-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 30–730（701 aa）片段：Ectodomain (UNP residues 30 to 730)	突变：Y179S	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 MRY MESO-ERYTHRITOL × 9 NA SODIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；10% PEG 4000, 0.2M NaCl, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.76 Å R-free 0.242
3NW8 Glycoprotein B from Herpes simplex virus type 1, Y179S mutant, high-pH 提交 2010-07-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 30–730（701 aa）片段：Ectodomain (UNP residues 30 to 730)	突变：Y179S	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 MRY MESO-ERYTHRITOL × 3 NA SODIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；10% PEG 4000, 0.2M NaCl, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.76 Å R-free 0.242
3NWA Glycoprotein B from Herpes simplex virus type 1, W174R mutant, low-pH 提交 2010-07-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 30–730（701 aa）片段：Ectodomain (UNP residues 30 to 730)	突变：W174R	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 MRY MESO-ERYTHRITOL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；7% PEG 4000, 0.5M NaCl, 0.1M sodium citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.26 Å R-free 0.227
3NWA Glycoprotein B from Herpes simplex virus type 1, W174R mutant, low-pH 提交 2010-07-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 30–730（701 aa）片段：Ectodomain (UNP residues 30 to 730)	突变：W174R	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 MRY MESO-ERYTHRITOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；7% PEG 4000, 0.5M NaCl, 0.1M sodium citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.26 Å R-free 0.227
3NWA Glycoprotein B from Herpes simplex virus type 1, W174R mutant, low-pH 提交 2010-07-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 30–730（701 aa）片段：Ectodomain (UNP residues 30 to 730)	突变：W174R	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 MRY MESO-ERYTHRITOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；7% PEG 4000, 0.5M NaCl, 0.1M sodium citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.26 Å R-free 0.227
3NWA Glycoprotein B from Herpes simplex virus type 1, W174R mutant, low-pH 提交 2010-07-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 30–730（701 aa）片段：Ectodomain (UNP residues 30 to 730)	突变：W174R	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 MRY MESO-ERYTHRITOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；7% PEG 4000, 0.5M NaCl, 0.1M sodium citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.26 Å R-free 0.227
3NWD Glycoprotein B from Herpes simplex virus type 1, Y179S mutant, low-pH 提交 2010-07-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 30–730（701 aa）片段：Ectodomain (UNP residues 30 to 730)	突变：Y179S	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；10% PEG 4000, 0.5M NaCl, 0.1M sodium citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.88 Å R-free 0.283
3NWD Glycoprotein B from Herpes simplex virus type 1, Y179S mutant, low-pH 提交 2010-07-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 30–730（701 aa）片段：Ectodomain (UNP residues 30 to 730)	突变：Y179S	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；10% PEG 4000, 0.5M NaCl, 0.1M sodium citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.88 Å R-free 0.283
3NWD Glycoprotein B from Herpes simplex virus type 1, Y179S mutant, low-pH 提交 2010-07-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 30–730（701 aa）片段：Ectodomain (UNP residues 30 to 730)	突变：Y179S	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 MRY MESO-ERYTHRITOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；10% PEG 4000, 0.5M NaCl, 0.1M sodium citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.88 Å R-free 0.283
3NWD Glycoprotein B from Herpes simplex virus type 1, Y179S mutant, low-pH 提交 2010-07-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 30–730（701 aa）片段：Ectodomain (UNP residues 30 to 730)	突变：Y179S	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；10% PEG 4000, 0.5M NaCl, 0.1M sodium citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.88 Å R-free 0.283
3NWF Glycoprotein B from Herpes simplex virus type 1, low-pH 提交 2010-07-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 30–730（701 aa）片段：Ectodomain (UNP residues 30 to 730)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 MRY MESO-ERYTHRITOL × 3 NA SODIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；15% PEG 4000, 0.3M NaCl, and 0.1M sodium citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.249
3NWF Glycoprotein B from Herpes simplex virus type 1, low-pH 提交 2010-07-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 30–730（701 aa）片段：Ectodomain (UNP residues 30 to 730)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 MRY MESO-ERYTHRITOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；15% PEG 4000, 0.3M NaCl, and 0.1M sodium citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.249
3NWF Glycoprotein B from Herpes simplex virus type 1, low-pH 提交 2010-07-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 30–730（701 aa）片段：Ectodomain (UNP residues 30 to 730)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；15% PEG 4000, 0.3M NaCl, and 0.1M sodium citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.249
3NWF Glycoprotein B from Herpes simplex virus type 1, low-pH 提交 2010-07-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 30–730（701 aa）片段：Ectodomain (UNP residues 30 to 730)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；15% PEG 4000, 0.3M NaCl, and 0.1M sodium citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.249
3WV0 O-glycan attached to herpes simplex virus type 1 glycoprotein gB is recognized by the Ig V-set domain of human paired immunoglobulin-like type 2 receptor alpha 提交 2014-05-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 X 50–56（7 aa）片段：O-glycan with attached peptide, UNP residues 50-56	未记录	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；0.2 M ammonium sulfate 30% PEG 8000, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.299
3WV0 O-glycan attached to herpes simplex virus type 1 glycoprotein gB is recognized by the Ig V-set domain of human paired immunoglobulin-like type 2 receptor alpha 提交 2014-05-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 Y 50–56（7 aa）片段：O-glycan with attached peptide, UNP residues 50-56	未记录	SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；0.2 M ammonium sulfate 30% PEG 8000, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.299
4BOM Structure of herpesvirus fusion glycoprotein B-bilayer complex revealing the protein-membrane and lateral protein-protein interaction 提交 2013-05-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 103–724（622 aa）片段：GLYCOPROTEIN B ECTODOMAIN, RESIDUES 103-724 链 B 103–724（622 aa）片段：GLYCOPROTEIN B ECTODOMAIN, RESIDUES 103-724 链 C 103–724（622 aa）片段：GLYCOPROTEIN B ECTODOMAIN, RESIDUES 103-724	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 PBS WITH SODIUM CITRATE；pH 5.5；PBS WITH SODIUM CITRATE cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；LIQUID NITROGEN PROPANE MIXTURE	分辨率 27.00 Å
4HSI Glycoprotein B from Herpes simplex virus type 1, A504P/R505G/Q507G/N511G mutant, low-pH 提交 2012-10-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 61–730（670 aa）片段：ectodomain	突变：A504P, R505G, Q507G, N511G	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 MRY MESO-ERYTHRITOL × 3 CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；15% PEG 4000, 0.2 M NaCl, 0.1 M Na-citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.10 Å R-free 0.255
4HSI Glycoprotein B from Herpes simplex virus type 1, A504P/R505G/Q507G/N511G mutant, low-pH 提交 2012-10-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 61–730（670 aa）片段：ectodomain	突变：A504P, R505G, Q507G, N511G	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；15% PEG 4000, 0.2 M NaCl, 0.1 M Na-citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.10 Å R-free 0.255
4HSI Glycoprotein B from Herpes simplex virus type 1, A504P/R505G/Q507G/N511G mutant, low-pH 提交 2012-10-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 61–730（670 aa）片段：ectodomain	突变：A504P, R505G, Q507G, N511G	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 MRY MESO-ERYTHRITOL × 3 CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；15% PEG 4000, 0.2 M NaCl, 0.1 M Na-citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.10 Å R-free 0.255
4HSI Glycoprotein B from Herpes simplex virus type 1, A504P/R505G/Q507G/N511G mutant, low-pH 提交 2012-10-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 61–730（670 aa）片段：ectodomain	突变：A504P, R505G, Q507G, N511G	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；15% PEG 4000, 0.2 M NaCl, 0.1 M Na-citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.10 Å R-free 0.255
4L1R Glycoprotein B from Herpes Simplex Virus type 1, A549T Rate-of-Entry mutant, low-pH 提交 2013-06-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 30–730（701 aa）片段：Ectodomain (UNP residues 30 to 730)	突变：A549T	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；296 K；15% PEG 4000, 0.3 M NaCl, 0.1 M Sodium Citrate, pH 5.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 296K	分辨率 3.03 Å R-free 0.243
4L1R Glycoprotein B from Herpes Simplex Virus type 1, A549T Rate-of-Entry mutant, low-pH 提交 2013-06-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 30–730（701 aa）片段：Ectodomain (UNP residues 30 to 730)	突变：A549T	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；296 K；15% PEG 4000, 0.3 M NaCl, 0.1 M Sodium Citrate, pH 5.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 296K	分辨率 3.03 Å R-free 0.243
7UHZ Post-fusion ectodomain of HSV-1 gB in complex with BMPC-23 Fab 提交 2022-03-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 103–730（628 aa）链 B 103–730（628 aa）链 C 103–730（628 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
7UI0 Post-fusion ectodomain of HSV-1 gB in complex with HSV010-13 Fab 提交 2022-03-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 103–730（628 aa）链 B 103–730（628 aa）链 C 103–730（628 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8KFA Cryo-EM structure of HSV-1 gB with D48 Fab complex 提交 2023-08-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 111–725（615 aa）链 B 111–725（615 aa）链 C 111–725（615 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.04 Å

共 12 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GB_HHV1K
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 X； PDB构建体 1–7； UniProt 50–56 作者链 Y； PDB构建体 1–7； UniProt 50–56

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5xo2
沉积日期 deposition_date	2017-05-25
结构标题 title	Crystal structure of human paired immunoglobulin-like type 2 receptor alpha with synthesized glycopeptide II
关键词 keywords	membrane protein, immune receptor, viral entry inhibitor, glycopeptide, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.69 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.99 Å
零角强度 I(0) i0	15900900.00
分子量 molecular_weight	30022.0 kDa
排除体积 excluded_volume	37490 Å³
包络体积 envelope_volume	43787 Å³
水化壳体积 shell_volume	18321 Å³
包络直径 envelope_diameter	79.1 Å
壳层 Rg shell_rg	26.59 Å
包络 Rg envelope_rg	21.01 Å
形状 Rg shape_rg	20.97 Å
总 Rg total_rg	21.82 Å
总原子数 total_atoms	2124
残基数 n_residues	254
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	76.2 Å
Rg (实空间) rg_real	21.75 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.74 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5900e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3730e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.74 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	15900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5893
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	20.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.408
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.239
角度范围 angular_range	— – 0.3650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6755000.0000
实空间数据点数 n_real_points	68
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.743; Stabil: 0.999; Sysdev: 0.207; Positv: 1.000; Valcen: 0.811; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Paired immunoglobulin-like type 2 receptor alpha
分子量 formula_weight	13967.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2173

MLYGVTQPKHLSASMGGSVEIPFSFYYPWELATAPDVRISWRRGHFHGQSFYSTRPPSIHKDYVNRLFLNWTEGQKSGFLRISNLQKQDQSVYFCRVELDTRSSGRQQWQSIEGTKLSIT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Peptide from Envelope glycoprotein B
分子量 formula_weight	609.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X,Y

GPATPAP

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-2-acetamido-2,4-dideoxy-alpha-D-xylo-hexopyranose
分子量 formula_weight	496.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	49

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	5xo2A00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5xo2B00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	81.280 Å
晶胞边长 b length_b	63.329 Å
晶胞边长 c length_c	55.072 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	110.08 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.201 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.2286
R_work r_work	0.2163
R_free r_free	0.2616

fit	/app/data/saxs_computation/xo/5xo2/5xo2.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xo/5xo2/5xo2.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xo/5xo2/5xo2.dat

Crystal structure of human paired immunoglobulin-like type 2 receptor alpha with synthesized glycopeptide II

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Paired immunoglobulin-like type 2 receptor alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Peptide from Envelope glycoprotein B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)