5xxv

GDP-microtubule complexed with KIF5C in AMPPNP state

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 222.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tubulin alpha-1A chain

物种未注明

UniProt P02550

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 18 PDB 声明:octadecameric(18) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–439 链 C; UniProt 2–439 链 E; UniProt 2–439 链 G; UniProt 2–439 链 I; UniProt 2–439 链 K; UniProt 2–439 链 M; UniProt 2–439 链 O; UniProt 2–439 链 Q; UniProt 2–439 片段:UNP residues 2-439 Tubulin beta chain × 9 (P02554) MG MAGNESIUM ION × 9 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 9 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 9 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 6.46 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 39 个其他 PDB 条目、46 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TBA1A_PIG
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–438; UniProt 2–439 作者链 C; PDB构建体 1–438; UniProt 2–439 作者链 E; PDB构建体 1–438; UniProt 2–439 作者链 G; PDB构建体 1–438; UniProt 2–439 作者链 I; PDB构建体 1–438; UniProt 2–439 作者链 K; PDB构建体 1–438; UniProt 2–439 作者链 M; PDB构建体 1–438; UniProt 2–439 作者链 O; PDB构建体 1–438; UniProt 2–439 作者链 Q; PDB构建体 1–438; UniProt 2–439

Tubulin beta chain

物种未注明

UniProt P02554

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 18 PDB 声明:octadecameric(18) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 2–427 链 D; UniProt 2–427 链 F; UniProt 2–427 链 H; UniProt 2–427 链 J; UniProt 2–427 链 L; UniProt 2–427 链 N; UniProt 2–427 链 P; UniProt 2–427 链 R; UniProt 2–427 片段:UNP residues 2-427 Tubulin alpha-1A chain × 9 (P02550) MG MAGNESIUM ION × 9 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 9 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 9 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 6.46 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 137 个其他 PDB 条目、159 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TBB_PIG
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–426; UniProt 2–427 作者链 D; PDB构建体 1–426; UniProt 2–427 作者链 F; PDB构建体 1–426; UniProt 2–427 作者链 H; PDB构建体 1–426; UniProt 2–427 作者链 J; PDB构建体 1–426; UniProt 2–427 作者链 L; PDB构建体 1–426; UniProt 2–427 作者链 N; PDB构建体 1–426; UniProt 2–427 作者链 P; PDB构建体 1–426; UniProt 2–427 作者链 R; PDB构建体 1–426; UniProt 2–427

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5xxv

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5xxv
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5xxv
沉积日期 deposition_date2017-07-05
结构标题 titleGDP-microtubule complexed with KIF5C in AMPPNP state
关键词 keywordsMicrotubule, KIF5C, Kinesin, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier82.90
回转半径 Rg (电子) rg_electron83.44
零角强度 I(0) i011004900000.00
分子量 molecular_weight867260.0 kDa
排除体积 excluded_volume1073600 ų
包络体积 envelope_volume1465900 ų
水化壳体积 shell_volume151120 ų
包络直径 envelope_diameter302.6
壳层 Rg shell_rg72.52
包络 Rg envelope_rg82.25
形状 Rg shape_rg83.44
总 Rg total_rg83.30
总原子数 total_atoms60867
残基数 n_residues7686
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax222.0
Rg (实空间) rg_real80.05
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.94
I(0) (实空间) i0_real1.0750e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.9400e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal81.00
I(0) (倒空间) i0_reciprocal10950000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8749
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary93.5
偏度 Skewness skewness0.298
峰度 Kurtosis kurtosis-0.634
角度范围 angular_range— – 0.0950 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0824
最高正则化参数 α highest_alpha246100000.0000
实空间数据点数 n_real_points20
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.971; Stabil: 0.976; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.049

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)