SAXSdb — 5yf4

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MOB-like protein phocein

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 53–210	片段：UNP residues 53-210	Peptide from Serine/threonine-protein kinase 26 × 2 （Q9P289） ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.1M HEPES, pH 7.5, 30% PEG 1000	分辨率 1.90 Å R-free 0.198

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5YF4	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7K36 Cryo-EM structure of STRIPAK complex 提交 2020-09-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 H 1–225（225 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PHOCN_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–162； UniProt 53–210

Peptide from Serine/threonine-protein kinase 26

物种未注明

UniProt Q9P289

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 320–335	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MOB-like protein phocein × 2 （Q9Y3A3） ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.1M HEPES, pH 7.5, 30% PEG 1000	分辨率 1.90 Å R-free 0.198

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5YF4	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3GGF Crystal structure of human Serine/threonine-protein kinase MST4 in complex with an quinazolin 提交 2009-02-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–300（300 aa）片段：protein kinase	未记录	CD CADMIUM ION × 4 GVD [4-({4-[(5-CYCLOPROPYL-1H-PYRAZOL-3-YL)AMINO]QUINAZOLIN-2-YL}IMINO)CYCLOHEXA-2,5-DIEN-1-YL]ACETONITRILE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277.15 K；12%w/v PEG 3350; 0.005M CdCl2; 0.1M HEPES, pH7.0 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K	分辨率 2.35 Å R-free 0.277
3GGF Crystal structure of human Serine/threonine-protein kinase MST4 in complex with an quinazolin 提交 2009-02-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–300（300 aa）片段：protein kinase	未记录	CD CADMIUM ION × 3 GVD [4-({4-[(5-CYCLOPROPYL-1H-PYRAZOL-3-YL)AMINO]QUINAZOLIN-2-YL}IMINO)CYCLOHEXA-2,5-DIEN-1-YL]ACETONITRILE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277.15 K；12%w/v PEG 3350; 0.005M CdCl2; 0.1M HEPES, pH7.0 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K	分辨率 2.35 Å R-free 0.277
3GGF Crystal structure of human Serine/threonine-protein kinase MST4 in complex with an quinazolin 提交 2009-02-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–300（300 aa）片段：protein kinase 链 B 1–300（300 aa）片段：protein kinase	未记录	CD CADMIUM ION × 7 GVD [4-({4-[(5-CYCLOPROPYL-1H-PYRAZOL-3-YL)AMINO]QUINAZOLIN-2-YL}IMINO)CYCLOHEXA-2,5-DIEN-1-YL]ACETONITRILE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277.15 K；12%w/v PEG 3350; 0.005M CdCl2; 0.1M HEPES, pH7.0 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K	分辨率 2.35 Å R-free 0.277
3W8I Crystal structure of CCM3 in complex with the C-terminal regulatory domain of MST4 提交 2013-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 346–416（71 aa）片段：UNP RESIDUES 346-416	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.1M Bis-Tris, 25% PEG3350, 0.3M ammonium acetate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.267
4FZA Crystal structure of MST4-MO25 complex 提交 2012-07-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 18–297（280 aa）片段：Kinase domain, UNP residues 18-297	突变：D162A	GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；289 K；0.1M Tris pH 8.0, 20% PEG 350 mme, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 3.15 Å R-free 0.252
4FZD Crystal structure of MST4-MO25 complex with WSF motif 提交 2012-07-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 18–297（280 aa）片段：Kinase domain, UNP residues 18-297 链 C 323–327（5 aa）片段：WSF motif, UNP residues 323-327	突变：D162A	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；289 K；0.1M Tris pH 8.0, 18% PEG 350 mme, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 3.25 Å R-free 0.260
4FZF Crystal structure of MST4-MO25 complex with DKI 提交 2012-07-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 18–297（280 aa）片段：Kinase domain, UNP residues 18-297	突变：D162A	DKI 5-AMINO-3-{[4-(AMINOSULFONYL)PHENYL]AMINO}-N-(2,6-DIFLUOROPHENYL)-1H-1,2,4-TRIAZOLE-1-CARBOTHIOAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；289 K；0.1M Tris pH 8.0, 20% PEG 350 mme, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 3.64 Å R-free 0.309
4GEH Crystal structure of MST4 dimerization domain complex with PDCD10 提交 2012-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 325–413（89 aa）片段：Dimerization domain, UNP residues 325-413	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；2% v/v Tacsimate pH 6.0, 0.1M BIS-TRIS pH 6.5, 18% w/v PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 1.95 Å R-free 0.253
4GEH Crystal structure of MST4 dimerization domain complex with PDCD10 提交 2012-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 325–413（89 aa）片段：Dimerization domain, UNP residues 325-413	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；2% v/v Tacsimate pH 6.0, 0.1M BIS-TRIS pH 6.5, 18% w/v PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 1.95 Å R-free 0.253
5XY9 Structure of the MST4 and 14-3-3 complex 提交 2017-07-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 314–325（12 aa）片段：UNP residues 314-325 链 D 314–325（12 aa）片段：UNP residues 314-325	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GOL GLYCEROL × 1 PE4 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；289 K；0.2M MgCl2, 0.1M Tris pH 8.5, 25% PEG 3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.245
7B36 MST4 in complex with compound G-5555 提交 2020-11-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–300（300 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 59T 8-[(trans-5-amino-1,3-dioxan-2-yl)methyl]-6-[2-chloro-4-(6-methylpyridin-2-yl)phenyl]-2-(methylamino)pyrido[2,3-d]pyrimidin-7(8H)-one × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；solution: protein 12 mg/ml in buffer 25mM HEPES pH 7.5, 200 mM NaCl, 0.5mM TCEP, 5% glycerol reservoir: 28% PEG6000, 0.1M HEPES pH 7.5	分辨率 2.11 Å R-free 0.244
7B36 MST4 in complex with compound G-5555 提交 2020-11-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–300（300 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 59T 8-[(trans-5-amino-1,3-dioxan-2-yl)methyl]-6-[2-chloro-4-(6-methylpyridin-2-yl)phenyl]-2-(methylamino)pyrido[2,3-d]pyrimidin-7(8H)-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；solution: protein 12 mg/ml in buffer 25mM HEPES pH 7.5, 200 mM NaCl, 0.5mM TCEP, 5% glycerol reservoir: 28% PEG6000, 0.1M HEPES pH 7.5	分辨率 2.11 Å R-free 0.244

共 8 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	STK26_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–16； UniProt 320–335

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5yf4
沉积日期 deposition_date	2017-09-20
结构标题 title	A kinase complex MST4-MOB4
关键词 keywords	Kinase, Complex, Phosphorylation, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	15.48 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	14.30 Å
零角强度 I(0) i0	5226550.00
分子量 molecular_weight	15888.0 kDa
排除体积 excluded_volume	19640 Å³
包络体积 envelope_volume	22356 Å³
水化壳体积 shell_volume	13121 Å³
包络直径 envelope_diameter	51.1 Å
壳层 Rg shell_rg	20.35 Å
包络 Rg envelope_rg	14.77 Å
形状 Rg shape_rg	14.31 Å
总 Rg total_rg	15.45 Å
总原子数 total_atoms	1105
残基数 n_residues	138
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	52.5 Å
Rg (实空间) rg_real	15.38 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.32 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.2270e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.8710e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	15.39 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	5227000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8608
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	20.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.137
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.304
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1013000.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.733; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.988

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	MOB-like protein phocein
分子量 formula_weight	18938.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1215

STMENIDKILEPPEGQDEGVWKYEHLRQFCLELNGLAVKLQSECHPDTCTQMTATEQWIFLCAAHKTPKECPAIDYTRHTLDGAACLLNSNKYFPSRVSIKESSVAKLGSVCRRIYRIFSHAYFHHRQIFDEYENETFLCHRFTKFVMKYNLMSKDNLIVPI

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Peptide from Serine/threonine-protein kinase 26
分子量 formula_weight	2090.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.1
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

THPEWSFTTVRKKPDP

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	75

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	88.469 Å
晶胞边长 b length_b	33.997 Å
晶胞边长 c length_c	61.023 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	122.67 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.897 Å
最低分辨率 resolution_low	30.038 Å
R 因子 r_factor	0.1572
R_work r_work	0.1527
R_free r_free	0.1977

fit	/app/data/saxs_computation/yf/5yf4/5yf4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yf/5yf4/5yf4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yf/5yf4/5yf4.dat

A kinase complex MST4-MOB4

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MOB-like protein phocein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Peptide from Serine/threonine-protein kinase 26

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)