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5yi4

Solution Structure of the DISC1/Ndel1 complex

Method: SOLUTION NMR Dmax: 90.5 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Disrupted in schizophrenia 1 homolog,Nuclear distribution protein nudE-like 1

Mus musculus

UniProt Q811T9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 765–852 片段：UNP residues 765-852,UNP residues 238-284 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50 NaCl；压力 1 NMR样品组成：0.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] DISC1_Ndel1, 100% D2O | 100% D2O NMR样品组成：0.8 mM [U-99% 15N] DISC1_Ndel1, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：0.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] DISC1_Ndel1, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：0.8 mM no labelling DISC1_Ndel1, 100% D2O | 100% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5YI4 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6IRR Solution structure of DISC1/ATF4 complex 提交 2018-11-14 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 763–850（88 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM potassium phosphate；压力 ambient
NMR样品组成 0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] DISC1/ATF4 complex, 1 mM DTT, 1 mM EDTA, 100 mM potassium phosphate, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 0.8 mM [U-99% 15N] DISC1/ATF4 complex, 1 mM DTT, 1 mM EDTA, 100 mM potassium phosphate, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.8 mM DISC1/ATF4 complex, 1 mM DTT, 1 mM EDTA, 100 mM potassium phosphate, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
9RUX Cryo-EM structure of DISC1 core 提交 2025-07-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 322–722（401 aa）
链 B 322–722（401 aa）
链 C 322–722（401 aa）
链 D 322–722（401 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DISC1_MOUSE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 5–92； UniProt 765–852

Disrupted in schizophrenia 1 homolog,Nuclear distribution protein nudE-like 1

Mus musculus

UniProt Q9ERR1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 238–284 片段：UNP residues 765-852,UNP residues 238-284 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50 NaCl；压力 1 NMR样品组成：0.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] DISC1_Ndel1, 100% D2O | 100% D2O NMR样品组成：0.8 mM [U-99% 15N] DISC1_Ndel1, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：0.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] DISC1_Ndel1, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：0.8 mM no labelling DISC1_Ndel1, 100% D2O | 100% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5YI4 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6KZJ Crystal structure of Ankyrin B/NdeL1 complex 提交 2019-09-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 238–284（47 aa）
链 C 238–284（47 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.6；289 K；1.9M ammonium sulfate, 0.16M potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.1M sodium citrate tribasic dehydrate pH 5.6
分辨率 1.50 Å R-free 0.211

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NDEL1_MOUSE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 99–145； UniProt 238–284

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5yi4

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5yi4
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5yi4
沉积日期 deposition_date2017-10-02
结构标题 titleSolution Structure of the DISC1/Ndel1 complex
关键词 keywordsDISC1, Ndel1, coiled coil, psychiatric disorder, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier23.55 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron23.27 Å
零角强度 I(0) i01374050000.00
分子量 molecular_weight308670.0 kDa
排除体积 excluded_volume384870 ų
包络体积 envelope_volume87679 ų
水化壳体积 shell_volume25920 ų
包络直径 envelope_diameter100.4 Å
壳层 Rg shell_rg34.95 Å
包络 Rg envelope_rg30.18 Å
形状 Rg shape_rg23.33 Å
总 Rg total_rg23.32 Å
总原子数 total_atoms43460
残基数 n_residues2900
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax90.5 Å
Rg (实空间) rg_real24.01 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.09 Å
I(0) (实空间) i0_real1.3740e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.9200e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal23.90 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1374000000.0000
解质量估计 total_estimate0.6993
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary18.4 Å
偏度 Skewness skewness0.665
峰度 Kurtosis kurtosis-0.125
角度范围 angular_range— – 0.3350 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1054000.0000
实空间数据点数 n_real_points65
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.336; Stabil: 0.996; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.093; Smooth: 0.996
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)