SAXSdb — 5yir

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ankyrin-2 × 1 （Q01484） NICKEL (II) ION × 3 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ankyrin-2 × 1 （Q01484） NICKEL (II) ION × 4 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ankyrin-2 × 1 （Q01484） NICKEL (II) ION × 3 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GBRAP_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–117； UniProt 1–117 作者链 B； PDB构建体 1–117； UniProt 1–117 作者链 D； PDB构建体 1–117； UniProt 1–117

Ankyrin-2

Homo sapiens

UniProt Q01484

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein × 1 （Q9DCD6） NICKEL (II) ION × 3 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein × 1 （Q9DCD6） NICKEL (II) ION × 4 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein × 1 （Q9DCD6） NICKEL (II) ION × 3 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ANK2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–27； UniProt 1588–1614 作者链 G； PDB构建体 1–27； UniProt 1588–1614 作者链 H； PDB构建体 1–27； UniProt 1588–1614

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5yir
沉积日期 deposition_date	2017-10-06
结构标题 title	Crystal Structure of AnkB LIR/GABARAP complex
关键词 keywords	Autophagy, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5yir__assembly_3__model_1

Assembly 3 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5yir__assembly_3__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5yir__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	15.71 Å
Rg（电子密度）	14.23 Å
总 Rg	15.51 Å
原子数	1115
残基数	138
排除体积	19979 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5yir__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5yir__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`5yir__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein
分子量 formula_weight	13942.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,A,B
原子数 atom_count	3344

MKFVYKEEHPFEKRRSEGEKIRKKYPDRVPVIVEKAPKARIGDLDKKKYLVPSDLTVGQFYFLIRKRIHLRAEDALFFFVNNVIPPTSATMGQLYQEHHEEDFFLYIAYSDESVYGL

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ankyrin-2
分子量 formula_weight	3236.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G,H

VEEEWVIVSDEEIEEARQKAPLEITEY

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	NICKEL (II) ION
分子量 formula_weight	58.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	21

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d5yira_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.3 — GABARAP-like

结构域编号 domain_id	d5yirb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.3 — GABARAP-like

结构域编号 domain_id	d5yird_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.3 — GABARAP-like

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	5yirA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	5yirB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	5yirD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

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晶胞边长 a length_a	84.637 Å
晶胞边长 b length_b	84.637 Å
晶胞边长 c length_c	89.344 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	9

空间群 space_group	P 32
空间群编号 int_tables_number	145
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.750 Å
最低分辨率 resolution_low	27.591 Å
R 因子 r_factor	0.1846
R_work r_work	0.1825
R_free r_free	0.2238

Crystal Structure of AnkB LIR/GABARAP complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ankyrin-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5yir__assembly_3__model_1

5yir__assembly_3__model_1 | I(q)

5yir__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of AnkB LIR/GABARAP complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ankyrin-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5yir__assembly_3__model_1

5yir__assembly_3__model_1 | I(q)

5yir__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)