5ysg

X-ray Crystal Structure of Pseudoazurin Met16Gly Variant, Reduced Form.

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 76.9 Å Quality: GOOD

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Pseudoazurin

Achromobacter cycloclastes

UniProt P19567

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 29–152	突变：M16G	CU COPPER (II) ION × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；30 % PEG1000, 0.1 M Tris-HCl	分辨率 2.00 Å R-free 0.203
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 29–152	突变：M16G	CU COPPER (II) ION × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；30 % PEG1000, 0.1 M Tris-HCl	分辨率 2.00 Å R-free 0.203
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 29–152	突变：M16G	CU COPPER (II) ION × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；30 % PEG1000, 0.1 M Tris-HCl	分辨率 2.00 Å R-free 0.203
4	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 29–152	突变：M16G	CU COPPER (II) ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；30 % PEG1000, 0.1 M Tris-HCl	分辨率 2.00 Å R-free 0.203

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5YSG	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BQK OXIDIZED PSEUDOAZURIN 提交 1998-08-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 29–152（124 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0	分辨率 1.35 Å R-free 0.190
1BQR REDUCED PSEUDOAZURIN 提交 1998-08-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 29–152（124 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0	分辨率 1.60 Å R-free 0.211
1ZIA OXIDIZED PSEUDOAZURIN 提交 1996-04-09	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 29–152（124 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.54 Å
1ZIB REDUCED PSEUDOAZURIN 提交 1996-04-09	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 29–152（124 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
2JKW Pseudoazurin M16F 提交 2008-09-01	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 29–152（124 aa）	突变：YES	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；5 MM TRIS PH 7.5, 35 % PEG 4000	分辨率 1.60 Å R-free 0.180
2JKW Pseudoazurin M16F 提交 2008-09-01	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 29–152（124 aa）	突变：YES	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；5 MM TRIS PH 7.5, 35 % PEG 4000	分辨率 1.60 Å R-free 0.180
2UX6 Pseudoazurin with engineered amicyanin ligand loop, oxidized form, pH 7.5 提交 2007-03-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 29–109（81 aa）链 A 114–152（39 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD, MIXING 1MICRO-L OF PROTEIN (20 MG/ML IN 50 MM TRIS/HCL, PH 7.5 PLUS 30 MM NACL) WITH 1 MICRO-L RESERVOIR SOLUTION (10 MM TRIS/HCL, PH 7.5 PLUS 2 M AMMONIUM SULFATE PLUS 2 M NACL).	分辨率 1.30 Å R-free 0.226
2UX7 Pseudoazurin with engineered amicyanin ligand loop, reduced form, pH 7.5 提交 2007-03-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 29–109（81 aa）链 A 114–152（39 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD, 1 MICRO-L OF PROTEIN (20MG/ML IN 50 MM TRIS/HCL PLUS 30 MM NACL) WERE MIXED WITH 1 MICRO-L RESORVOIR SOLUTION (10 MM TRIS/HCL PLUS 2 M AMMONIUM SULFATE AND 2 M NACL). THE CRYSTALS WERE REDUCED BY ADDING 50 MM MERCAPTOETHANOL TO THE RESERVOIR SOLUTION AND BECAME COLORLESS AFTER 3 HOURS., pH 7.5	分辨率 1.30 Å R-free 0.201
2UXF Pseudoazurin with engineered amicyanin ligand loop, oxidized form, pH 5.5 提交 2007-03-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 29–109（81 aa）链 A 114–152（39 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD, 1 MICRO-L PROTEIN (20 MG/ML IN 100 MM MES, PH 5.5 PLUS 30 MM NACL) MIXED WITH 1 MICRO-L OF RESERVOIR SOLUTION (100 MM MES, PH 5.5 PLUS 2 M AMMONIUM SULFATE AND 2 M NACL)	分辨率 2.00 Å R-free 0.204
2UXG Pseudoazurin with engineered amicyanin ligand loop, reduced form, pH 5.5 提交 2007-03-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 29–109（81 aa）链 A 114–152（39 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD, 1 MICRO-LITER OF PROTEIN (20 MG/ML IN 100 MM MES, PH 5.5 PLUS 30 MM NACL) WAS MIXED WITH 1 MICO-L OF RESERVOIR SOLUTION (100 MM MES, PH 5.5 PLUS 2 M AMMONIUM SULFATE AND 2 M NACL). THE CRYSTALS WERE REDUCED BY ADDING 50 MM MERCAPTOETHANOL TO THE RESERVOIR SOLUTION AND BECAME COLORLESS AFTER 3 HOURS.	分辨率 1.99 Å R-free 0.230
4YL4 1.1 Angstrom resolution X-ray Crystallographic Structure of Psudoazurin 提交 2015-03-05	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 29–152（124 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 1 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；30% PEG 4000, 0.1 M Tris, 0.1M magnesium chloride, 5% Glycerol	分辨率 1.10 Å R-free 0.186
5XMO X-ray crystal structure of Pseudoazurin Met16Phe/Thr36Lys variant 提交 2017-05-16	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 29–152（124 aa）	突变：M16F, T36K	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；Buffer for crystallization: 0.1 M sodium acetate pH 4.5 Precipitant: 30 % PEG1500 Soaking (Cryoprotectant): 0.1 M Tris-HCl pH 7.5, 40 % PEG1500	分辨率 1.19 Å R-free 0.161
5Y23 X-ray crystal structure of Pseudoazurin Met16Phe variant 提交 2017-07-23	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 29–152（124 aa）	突变：M16F	CU COPPER (II) ION × 1 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；Drop: 100 mM Tris-HCl buffer, 15.5 % PEG4000, 31 mg/mL Protein Reservoir: 100 mM Tris-HCl buffer, 31 % PEG4000	分辨率 1.40 Å R-free 0.182
5Y23 X-ray crystal structure of Pseudoazurin Met16Phe variant 提交 2017-07-23	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 29–152（124 aa）	突变：M16F	CU COPPER (II) ION × 1 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；Drop: 100 mM Tris-HCl buffer, 15.5 % PEG4000, 31 mg/mL Protein Reservoir: 100 mM Tris-HCl buffer, 31 % PEG4000	分辨率 1.40 Å R-free 0.182
5YW3 X-ray Crystal Structure of Pseudoazurin Thr36Lys Variant 提交 2017-11-28	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 29–152（124 aa）	突变：T36K	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；100mM Tris-HCl, 38% PEG4000, 40mg/mL protein	分辨率 1.19 Å R-free 0.173
5YW3 X-ray Crystal Structure of Pseudoazurin Thr36Lys Variant 提交 2017-11-28	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 29–152（124 aa）	突变：T36K	CU COPPER (II) ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；100mM Tris-HCl, 38% PEG4000, 40mg/mL protein	分辨率 1.19 Å R-free 0.173
5YW3 X-ray Crystal Structure of Pseudoazurin Thr36Lys Variant 提交 2017-11-28	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 29–152（124 aa）	突变：T36K	CU COPPER (II) ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；100mM Tris-HCl, 38% PEG4000, 40mg/mL protein	分辨率 1.19 Å R-free 0.173
5YW3 X-ray Crystal Structure of Pseudoazurin Thr36Lys Variant 提交 2017-11-28	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 29–152（124 aa）	突变：T36K	CU COPPER (II) ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；100mM Tris-HCl, 38% PEG4000, 40mg/mL protein	分辨率 1.19 Å R-free 0.173
5Z0X X-ray Crystal Structure of Pseudoazurin Met16Tyr Variant 提交 2017-12-22	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 29–152（124 aa）	突变：M16Y	CU COPPER (II) ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.1M Tris-HCl, 34% PEG4000, 45mg/mL Protein	分辨率 1.46 Å R-free 0.191
5Z0X X-ray Crystal Structure of Pseudoazurin Met16Tyr Variant 提交 2017-12-22	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 29–152（124 aa）	突变：M16Y	CU COPPER (II) ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.1M Tris-HCl, 34% PEG4000, 45mg/mL Protein	分辨率 1.46 Å R-free 0.191
5ZTD X-ray Crystal Structure of Pseudoazurin Met16Val Variant 提交 2018-05-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 29–152（124 aa）片段：UNP residues 29-152	突变：M16V	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；Reservoir: 0.1M Tris-HCl (pH 8.5), 27% PEG1000 Drop: 42mg/mL Met16Val Pseudoazurin, 0.1M Tris-HCl (pH 8.5), 13.5% PEG1000	分辨率 1.05 Å R-free 0.151
5ZTD X-ray Crystal Structure of Pseudoazurin Met16Val Variant 提交 2018-05-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 29–152（124 aa）片段：UNP residues 29-152	突变：M16V	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；Reservoir: 0.1M Tris-HCl (pH 8.5), 27% PEG1000 Drop: 42mg/mL Met16Val Pseudoazurin, 0.1M Tris-HCl (pH 8.5), 13.5% PEG1000	分辨率 1.05 Å R-free 0.151
6AKN X-ray Crystal Structure of Pseudoazurin Met16Leu Variant 提交 2018-09-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 29–152（124 aa）片段：UNP residues 29-152	突变：M16L	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1M Tris-HCl (pH 7.5), 32 % PEG4000	分辨率 1.19 Å R-free 0.130
6AKN X-ray Crystal Structure of Pseudoazurin Met16Leu Variant 提交 2018-09-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 29–152（124 aa）片段：UNP residues 29-152	突变：M16L	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1M Tris-HCl (pH 7.5), 32 % PEG4000	分辨率 1.19 Å R-free 0.130
6IFP X-ray Crystal Structure of Pseudoazurin Met16Ile Variant 提交 2018-09-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 29–152（124 aa）片段：UNP residues 29-152	突变：M16I	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1 M Tris-HCl, 35 % PEG4000	分辨率 1.00 Å R-free 0.144
6IFP X-ray Crystal Structure of Pseudoazurin Met16Ile Variant 提交 2018-09-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 29–152（124 aa）片段：UNP residues 29-152	突变：M16I	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1 M Tris-HCl, 35 % PEG4000	分辨率 1.00 Å R-free 0.144
8HM9 X-ray Crystal Structure of Pseudoazurin Met16His Variant at pH 4.0 提交 2022-12-02	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 29–152（124 aa）	突变：M16H	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；298 K；31% PEG1500, 0.1 M potassium phosphate (pH 4.0)	分辨率 1.36 Å R-free 0.160
8HM9 X-ray Crystal Structure of Pseudoazurin Met16His Variant at pH 4.0 提交 2022-12-02	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 29–152（124 aa）	突变：M16H	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；298 K；31% PEG1500, 0.1 M potassium phosphate (pH 4.0)	分辨率 1.36 Å R-free 0.160
8WQZ X-ray Crystal Structure of Pseudoazurin Met16Gly variant 提交 2023-10-12	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 29–152（124 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1 M HEPES, 42 %(w/v) PEG200	分辨率 1.20 Å R-free 0.153
9M62 X-ray Crystal Structure of Pseudoazurin Met16Arg variant, oxidized form at pH 7.0 提交 2025-03-06	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 29–152（124 aa）	突变：M16R	CU COPPER (II) ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；PEG1500, 100 mM potassium phosphate	分辨率 1.22 Å R-free 0.211
9M62 X-ray Crystal Structure of Pseudoazurin Met16Arg variant, oxidized form at pH 7.0 提交 2025-03-06	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 29–152（124 aa）	突变：M16R	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；PEG1500, 100 mM potassium phosphate	分辨率 1.22 Å R-free 0.211

共 20 个其他 PDB 条目、31 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AZUP_ACHCY
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–124； UniProt 29–152 作者链 B； PDB构建体 1–124； UniProt 29–152 作者链 C； PDB构建体 1–124； UniProt 29–152 作者链 D； PDB构建体 1–124； UniProt 29–152

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5ysg
沉积日期 deposition_date	2017-11-14
结构标题 title	X-ray Crystal Structure of Pseudoazurin Met16Gly Variant, Reduced Form.
关键词 keywords	ELECTRON TRNASPORT, ELECTRON TRANSPORT; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.68 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.76 Å
零角强度 I(0) i0	43575900.00
分子量 molecular_weight	51166.0 kDa
排除体积 excluded_volume	64155 Å³
包络体积 envelope_volume	76684 Å³
水化壳体积 shell_volume	27077 Å³
包络直径 envelope_diameter	78.8 Å
壳层 Rg shell_rg	30.71 Å
包络 Rg envelope_rg	23.71 Å
形状 Rg shape_rg	23.76 Å
总 Rg total_rg	24.56 Å
总原子数 total_atoms	3577
残基数 n_residues	479
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	76.9 Å
Rg (实空间) rg_real	24.52 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.52 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.3580e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.0590e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.56 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	43580000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7515
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	34.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.117
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.482
角度范围 angular_range	— – 0.3200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6611000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.923; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.338; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.985

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Pseudoazurin
分子量 formula_weight	12958.8 kDa
突变 mutation	M16G
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	4084

ADFEVHMLNKGKDGAGVFEPASLKVAPGDTVTFIPTDKGHNVETIKGMIPDGAEAFKSKINENYKVTFTAPGVYGVKCTPHYGMGMVGVVQVGDAPANLEAVKGAKNPKKAQERLDAALAALGN

来源 Source

来源生物 organism	Achromobacter cycloclastes
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	223
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	COPPER (II) ION
分子量 formula_weight	63.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	415

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d5ysga_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.6.1 — Cupredoxins
家族 Family family	b.6.1.1 — Plastocyanin/azurin-like

结构域编号 domain_id	d5ysgb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.6.1 — Cupredoxins
家族 Family family	b.6.1.1 — Plastocyanin/azurin-like

结构域编号 domain_id	d5ysgc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.6.1 — Cupredoxins
家族 Family family	b.6.1.1 — Plastocyanin/azurin-like

结构域编号 domain_id	d5ysgd_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.6.1 — Cupredoxins
家族 Family family	b.6.1.1 — Plastocyanin/azurin-like

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	5ysgA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

结构域编号 domain_id	5ysgB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

结构域编号 domain_id	5ysgC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

结构域编号 domain_id	5ysgD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	91.530 Å
晶胞边长 b length_b	91.490 Å
晶胞边长 c length_c	78.570 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.04 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	29.920 Å
R 因子 r_factor	0.1737
R_work r_work	0.1721
R_free r_free	0.2025

fit	/app/data/saxs_computation/ys/5ysg/5ysg.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ys/5ysg/5ysg.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ys/5ysg/5ysg.dat