SAXSdb — 5yxk

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

T-lymphocyte activation antigen CD86

Homo sapiens

UniProt P42081

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 26–134 链 B； UniProt 26–134	片段：Ig-like V-type	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；0.1M Tris HCl pH 8.5, 2.4M Ammonium phosphate dibasic	分辨率 1.90 Å R-free 0.248
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 26–134 链 D； UniProt 26–134	片段：Ig-like V-type	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；0.1M Tris HCl pH 8.5, 2.4M Ammonium phosphate dibasic	分辨率 1.90 Å R-free 0.248

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5YXK	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1I85 CRYSTAL STRUCTURE OF THE CTLA-4/B7-2 COMPLEX 提交 2001-03-12	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 26–134（109 aa）片段：IG V-TYPE (RECEPTOR BINDING) DOMAIN 链 B 26–134（109 aa）片段：IG V-TYPE (RECEPTOR BINDING) DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；PEG20K, HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.20 Å R-free 0.300
1NCN the receptor-binding domain of human B7-2 提交 2002-12-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 26–134（109 aa）片段：Ig V-type domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；PEG4000, NaAC, Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.70 Å R-free 0.278
1NCN the receptor-binding domain of human B7-2 提交 2002-12-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 26–134（109 aa）片段：Ig V-type domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；PEG4000, NaAC, Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.70 Å R-free 0.278
8FXX Cryo-EM structure of cowpox virus M2 in complex with human B7.2 (heptameric ring) 提交 2023-01-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 C 26–134（109 aa）链 E 26–134（109 aa）链 G 26–134（109 aa）链 H 26–134（109 aa）链 J 26–134（109 aa）链 L 26–134（109 aa）链 N 26–134（109 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；150 mM Nacl, 25 mM HEPES, pH7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.26 Å
8FXY Cryo-EM structure of cowpox virus M2 in complex with human B7.2 (hexameric ring) 提交 2023-01-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 C 26–243（218 aa）链 E 26–243（218 aa）链 G 26–243（218 aa）链 H 26–243（218 aa）链 J 26–243（218 aa）链 L 26–243（218 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；150 mM Nacl, 25 mM HEPES, pH7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.34 Å
8HXB Cryo-EM structure of MPXV M2 hexamer in complex with human B7.2 提交 2023-01-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 G 26–238（213 aa）链 H 26–238（213 aa）链 I 26–238（213 aa）链 J 26–238（213 aa）链 K 26–238（213 aa）链 L 26–238（213 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
8HXC Cryo-EM structure of MPXV M2 heptamer in complex with human B7.2 提交 2023-01-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 H 26–238（213 aa）链 I 26–238（213 aa）链 J 26–238（213 aa）链 K 26–238（213 aa）链 L 26–238（213 aa）链 M 26–238（213 aa）链 N 26–238（213 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.12 Å

共 6 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CD86_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–111； UniProt 26–134 作者链 B； PDB构建体 3–111； UniProt 26–134 作者链 C； PDB构建体 3–111； UniProt 26–134 作者链 D； PDB构建体 3–111； UniProt 26–134

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5yxk
沉积日期 deposition_date	2017-12-05
结构标题 title	High resolution crystal structure of Human B7-2 IgV domain in P21 space group
关键词 keywords	B7-2, co-stimulatory molecule, Ig super family, CD86, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.54 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.10 Å
零角强度 I(0) i0	43778200.00
分子量 molecular_weight	51256.0 kDa
排除体积 excluded_volume	64061 Å³
包络体积 envelope_volume	80687 Å³
水化壳体积 shell_volume	26037 Å³
包络直径 envelope_diameter	97.2 Å
壳层 Rg shell_rg	32.59 Å
包络 Rg envelope_rg	27.19 Å
形状 Rg shape_rg	27.07 Å
总 Rg total_rg	27.77 Å
总原子数 total_atoms	3603
残基数 n_residues	440
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	94.0 Å
Rg (实空间) rg_real	27.52 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.86 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.3780e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.7480e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.53 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	43780000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8773
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	37.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.246
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.451
角度范围 angular_range	— – 0.2900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	19170000.0000
实空间数据点数 n_real_points	59
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.841; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.948; Smooth: 0.930

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d5yxka1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d5yxka2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d5yxkb1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d5yxkb2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d5yxkc1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d5yxkc2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d5yxkd1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d5yxkd2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	5yxkA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5yxkB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5yxkC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5yxkD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	32.898 Å
晶胞边长 b length_b	81.640 Å
晶胞边长 c length_c	73.490 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.32 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	36.740 Å
R 因子 r_factor	0.2016
R_work r_work	0.1993
R_free r_free	0.2483

描述 description	T-lymphocyte activation antigen CD86
分子量 formula_weight	12936.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	3730

High resolution crystal structure of Human B7-2 IgV domain in P21 space group

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

T-lymphocyte activation antigen CD86

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	81

fit	/app/data/saxs_computation/yx/5yxk/5yxk.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yx/5yxk/5yxk.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yx/5yxk/5yxk.dat