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5za0

A cryo-protectant induces the conformational change of glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 70.7 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A

物种未注明

UniProt P0A9B2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 同源多聚体 蛋白 × 4 其他聚合物 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–331 未记录 alpha-D-glucopyranose-(1-1)-alpha-D-glucopyranose × 4 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；277.15 K；Ammonium sulfate, MES 分辨率 2.00 Å R-free 0.205

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5ZA0 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1DC3 STRUCTURAL ANALYSIS OF GLYCERALDEHYDE 3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE FROM ESCHERICHIA COLI: DIRECT EVIDENCE FOR SUBSTRATE BINDING AND COFACTOR-INDUCED CONFORMATIONAL CHANGES 提交 1999-11-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–330（330 aa） 片段：APO
链 B 1–330（330 aa） 片段：APO
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；PEG 4000, MAGNESIUM CHLORIDE, TRIS-HCL, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.50 Å R-free 0.241
1DC3 STRUCTURAL ANALYSIS OF GLYCERALDEHYDE 3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE FROM ESCHERICHIA COLI: DIRECT EVIDENCE FOR SUBSTRATE BINDING AND COFACTOR-INDUCED CONFORMATIONAL CHANGES 提交 1999-11-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–330（330 aa） 片段：APO
链 B 1–330（330 aa） 片段：APO
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；PEG 4000, MAGNESIUM CHLORIDE, TRIS-HCL, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.50 Å R-free 0.241
1DC4 STRUCTURAL ANALYSIS OF GLYCERALDEHYDE 3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE FROM ESCHERICHIA COLI: DIRECT EVIDENCE FOR SUBSTRATE BINDING AND COFACTOR-INDUCED CONFORMATIONAL CHANGES 提交 1999-11-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–330（330 aa）
链 B 1–330（330 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） G3P SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；PEG 4000, MAGNESIUM CHLORIDE, TRIS, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.50 Å R-free 0.258
1DC4 STRUCTURAL ANALYSIS OF GLYCERALDEHYDE 3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE FROM ESCHERICHIA COLI: DIRECT EVIDENCE FOR SUBSTRATE BINDING AND COFACTOR-INDUCED CONFORMATIONAL CHANGES 提交 1999-11-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–330（330 aa）
链 B 1–330（330 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） G3P SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；PEG 4000, MAGNESIUM CHLORIDE, TRIS, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.50 Å R-free 0.258
1DC5 STRUCTURAL ANALYSIS OF GLYCERALDEHYDE 3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE FROM ESCHERICHIA COLI: DIRECT EVIDENCE FOR SUBSTRATE BINDING AND COFACTOR-INDUCED CONFORMATIONAL CHANGES 提交 1999-11-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–330（330 aa） 片段：APO
链 B 1–330（330 aa） 片段：APO
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；PEG 4000, MAGNESIUM CHLORIDE, TRIS, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.00 Å R-free 0.281
1DC5 STRUCTURAL ANALYSIS OF GLYCERALDEHYDE 3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE FROM ESCHERICHIA COLI: DIRECT EVIDENCE FOR SUBSTRATE BINDING AND COFACTOR-INDUCED CONFORMATIONAL CHANGES 提交 1999-11-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–330（330 aa） 片段：APO
链 B 1–330（330 aa） 片段：APO
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；PEG 4000, MAGNESIUM CHLORIDE, TRIS, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.00 Å R-free 0.281
1DC6 STRUCTURAL ANALYSIS OF GLYCERALDEHYDE 3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE FROM ESCHERICHIA COLI: DIRECT EVIDENCE FOR SUBSTRATE BINDING AND COFACTOR-INDUCED CONFORMATIONAL CHANGES. 提交 1999-11-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–330（330 aa） 片段：HOLO
链 B 1–330（330 aa） 片段：HOLO
未记录 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；PEG 4000, magnesium chloride, Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.00 Å R-free 0.291
1DC6 STRUCTURAL ANALYSIS OF GLYCERALDEHYDE 3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE FROM ESCHERICHIA COLI: DIRECT EVIDENCE FOR SUBSTRATE BINDING AND COFACTOR-INDUCED CONFORMATIONAL CHANGES. 提交 1999-11-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–330（330 aa） 片段：HOLO
链 B 1–330（330 aa） 片段：HOLO
未记录 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；PEG 4000, magnesium chloride, Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.00 Å R-free 0.291
1GAD COMPARISON OF THE STRUCTURES OF WILD TYPE AND A N313T MUTANT OF ESCHERICHIA COLI GLYCERALDEHYDE 3-PHOSPHATE DEHYDROGENASES: IMPLICATION FOR NAD BINDING AND COOPERATIVITY 提交 1995-10-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 O 1–330（330 aa）
链 P 1–330（330 aa）
未记录 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.80 Å
1GAE COMPARISON OF THE STRUCTURES OF WILD TYPE AND A N313T MUTANT OF ESCHERICHIA COLI GLYCERALDEHYDE 3-PHOSPHATE DEHYDROGENASES: IMPLICATION FOR NAD BINDING AND COOPERATIVITY 提交 1995-10-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 O 1–330（330 aa）
链 P 1–330（330 aa）
突变：N313T 突变：N313T NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.17 Å
1S7C Crystal structure of MES buffer bound form of glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase from Escherichia coli 提交 2004-01-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–330（330 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 20 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；295 K；2.4M ammonium sulfate, 0.1M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.04 Å R-free 0.220
2VYN Structure of E.Coli GAPDH Rat Sperm GAPDH heterotetramer 提交 2008-07-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–331（331 aa）
链 B 1–331（331 aa）
链 C 1–331（331 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） FMT FORMIC ACID × 14 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；0.2M NA FORMATE, 20% PEG 3350, 0.1M HEPES PH 7.5
分辨率 2.20 Å R-free 0.224
2VYV Structure of E.Coli GAPDH Rat Sperm GAPDH heterotetramer 提交 2008-07-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–331（331 aa）
链 B 1–331（331 aa）
链 C 1–331（331 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） FMT FORMIC ACID × 14 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 1GP SN-GLYCEROL-1-PHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；0.2M NA FORMATE, 20% PEG 3350, 0.1M HEPES PH 7.5
分辨率 2.38 Å R-free 0.251
5O0V crystal structure of E. coli GAP-DH by fortuitous crystallization as an impurity from a solution of human liver FBPase 提交 2017-05-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–331（330 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；unknown
分辨率 2.40 Å R-free 0.189
6IO4 Silver-bound Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A 提交 2018-10-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 3–331（329 aa）
突变：D78G AG SILVER ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M Malic acid, PEG3350 20%
分辨率 3.10 Å R-free 0.240
6IO4 Silver-bound Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A 提交 2018-10-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 10 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 J 3–331（329 aa）
突变：D78G AG SILVER ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M Malic acid, PEG3350 20%
分辨率 3.10 Å R-free 0.240
6IO4 Silver-bound Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A 提交 2018-10-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 11 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 K 3–331（329 aa）
突变：D78G AG SILVER ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M Malic acid, PEG3350 20%
分辨率 3.10 Å R-free 0.240
6IO4 Silver-bound Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A 提交 2018-10-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 12 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 L 3–331（329 aa）
突变：D78G AG SILVER ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M Malic acid, PEG3350 20%
分辨率 3.10 Å R-free 0.240
6IO4 Silver-bound Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A 提交 2018-10-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 13 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 M 3–331（329 aa）
突变：D78G AG SILVER ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M Malic acid, PEG3350 20%
分辨率 3.10 Å R-free 0.240
6IO4 Silver-bound Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A 提交 2018-10-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 14 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 N 3–331（329 aa）
突变：D78G AG SILVER ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M Malic acid, PEG3350 20%
分辨率 3.10 Å R-free 0.240
6IO4 Silver-bound Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A 提交 2018-10-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 15 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 O 3–331（329 aa）
突变：D78G AG SILVER ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M Malic acid, PEG3350 20%
分辨率 3.10 Å R-free 0.240
6IO4 Silver-bound Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A 提交 2018-10-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 16 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 P 3–331（329 aa）
突变：D78G AG SILVER ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M Malic acid, PEG3350 20%
分辨率 3.10 Å R-free 0.240
6IO4 Silver-bound Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A 提交 2018-10-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 3–331（329 aa）
突变：D78G AG SILVER ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M Malic acid, PEG3350 20%
分辨率 3.10 Å R-free 0.240
6IO4 Silver-bound Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A 提交 2018-10-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 3–331（329 aa）
突变：D78G AG SILVER ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M Malic acid, PEG3350 20%
分辨率 3.10 Å R-free 0.240
6IO4 Silver-bound Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A 提交 2018-10-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 3–331（329 aa）
突变：D78G AG SILVER ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M Malic acid, PEG3350 20%
分辨率 3.10 Å R-free 0.240
6IO4 Silver-bound Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A 提交 2018-10-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 E 3–331（329 aa）
突变：D78G AG SILVER ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M Malic acid, PEG3350 20%
分辨率 3.10 Å R-free 0.240
6IO4 Silver-bound Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A 提交 2018-10-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 F 3–331（329 aa）
突变：D78G AG SILVER ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M Malic acid, PEG3350 20%
分辨率 3.10 Å R-free 0.240
6IO4 Silver-bound Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A 提交 2018-10-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 7 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 G 3–331（329 aa）
突变：D78G AG SILVER ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M Malic acid, PEG3350 20%
分辨率 3.10 Å R-free 0.240
6IO4 Silver-bound Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A 提交 2018-10-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 8 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 H 3–331（329 aa）
突变：D78G AG SILVER ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M Malic acid, PEG3350 20%
分辨率 3.10 Å R-free 0.240
6IO4 Silver-bound Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A 提交 2018-10-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 9 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 I 3–331（329 aa）
突变：D78G AG SILVER ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M Malic acid, PEG3350 20%
分辨率 3.10 Å R-free 0.240
6IO6 Silver-bound Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A at non-catalytic site 提交 2018-10-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 3–331（329 aa）
突变：D79G AG SILVER ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M Malic acid, PEG3350 20%
分辨率 2.64 Å R-free 0.243
6IOJ Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A (apo-form) 提交 2018-10-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 3–331（329 aa）
突变：D79G 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.15M Malic acid, PEG3350 25%
分辨率 2.29 Å R-free 0.221

共 13 个其他 PDB 条目、32 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 G3P1_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–331； UniProt 1–331

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5za0

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5za0
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5za0
沉积日期 deposition_date2018-02-06
结构标题 titleA cryo-protectant induces the conformational change of glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
关键词 keywordsHYPOTHETICAL, OXIDOREDUCTASE, cryo-protectant, glycolysis; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier21.09 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron20.27 Å
零角强度 I(0) i021762700.00
分子量 molecular_weight35275.0 kDa
排除体积 excluded_volume44086 ų
包络体积 envelope_volume52395 ų
水化壳体积 shell_volume21607 ų
包络直径 envelope_diameter72.0 Å
壳层 Rg shell_rg26.65 Å
包络 Rg envelope_rg20.41 Å
形状 Rg shape_rg20.29 Å
总 Rg total_rg21.04 Å
总原子数 total_atoms2479
残基数 n_residues330
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax70.7 Å
Rg (实空间) rg_real21.00 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.35 Å
I(0) (实空间) i0_real2.1760e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.5610e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal21.02 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal21760000.0000
解质量估计 total_estimate0.8824
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary26.0 Å
偏度 Skewness skewness0.250
峰度 Kurtosis kurtosis-0.313
角度范围 angular_range— – 0.3750 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha4000000.0000
实空间数据点数 n_real_points69
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.825; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.995
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd5za0a1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamilyc.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family familyc.2.1.3 — Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase-like, N-terminal domain
结构域编号 domain_idd5za0a2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.81 — FwdE/GAPDH domain-like
超家族 Superfamily superfamilyd.81.1 — Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase-like, C-terminal domain
家族 Family familyd.81.1.1 — GAPDH-like

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id5za0A02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology360 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)