6agb

Cryo-EM structure of yeast Ribonuclease P

Method: ELECTRON MICROSCOPY
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1

物种未注明

UniProt P41812

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 10 RNA 1 Ribonuclease P RNA × 1 Ribonucleases P/MRP protein subunit POP3 × 1 (P53833) RNases MRP/P 32.9 kDa subunit × 1 (P38336) Ribonuclease P/MRP protein subunit POP5 × 1 (P28005) Ribonucleases P/MRP protein subunit POP6 × 1 (P53218) Ribonucleases P/MRP protein subunit POP7 × 1 (P38291) Ribonucleases P/MRP protein subunit POP8 × 1 (P38208) Ribonuclease P/MRP protein subunit RPP1 × 2 (P38786) Ribonuclease P protein subunit RPR2 × 1 (P40571) ZINC ION × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 POP1_YEAST
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–875; UniProt 1–875

Ribonucleases P/MRP protein subunit POP3

物种未注明

UniProt P53833

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 10 RNA 1 Ribonuclease P RNA × 1 Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1 × 1 (P41812) RNases MRP/P 32.9 kDa subunit × 1 (P38336) Ribonuclease P/MRP protein subunit POP5 × 1 (P28005) Ribonucleases P/MRP protein subunit POP6 × 1 (P53218) Ribonucleases P/MRP protein subunit POP7 × 1 (P38291) Ribonucleases P/MRP protein subunit POP8 × 1 (P38208) Ribonuclease P/MRP protein subunit RPP1 × 2 (P38786) Ribonuclease P protein subunit RPR2 × 1 (P40571) ZINC ION × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 POP3_YEAST
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–195; UniProt 1–195

RNases MRP/P 32.9 kDa subunit

物种未注明

UniProt P38336

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 10 RNA 1 Ribonuclease P RNA × 1 Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1 × 1 (P41812) Ribonucleases P/MRP protein subunit POP3 × 1 (P53833) Ribonuclease P/MRP protein subunit POP5 × 1 (P28005) Ribonucleases P/MRP protein subunit POP6 × 1 (P53218) Ribonucleases P/MRP protein subunit POP7 × 1 (P38291) Ribonucleases P/MRP protein subunit POP8 × 1 (P38208) Ribonuclease P/MRP protein subunit RPP1 × 2 (P38786) Ribonuclease P protein subunit RPR2 × 1 (P40571) ZINC ION × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 POP4_YEAST
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–279; UniProt 1–279

Ribonuclease P/MRP protein subunit POP5

物种未注明

UniProt P28005

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 10 RNA 1 Ribonuclease P RNA × 1 Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1 × 1 (P41812) Ribonucleases P/MRP protein subunit POP3 × 1 (P53833) RNases MRP/P 32.9 kDa subunit × 1 (P38336) Ribonucleases P/MRP protein subunit POP6 × 1 (P53218) Ribonucleases P/MRP protein subunit POP7 × 1 (P38291) Ribonucleases P/MRP protein subunit POP8 × 1 (P38208) Ribonuclease P/MRP protein subunit RPP1 × 2 (P38786) Ribonuclease P protein subunit RPR2 × 1 (P40571) ZINC ION × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 POP5_YEAST
Isoform —
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–173; UniProt 1–173

Ribonucleases P/MRP protein subunit POP6

物种未注明

UniProt P53218

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 10 RNA 1 Ribonuclease P RNA × 1 Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1 × 1 (P41812) Ribonucleases P/MRP protein subunit POP3 × 1 (P53833) RNases MRP/P 32.9 kDa subunit × 1 (P38336) Ribonuclease P/MRP protein subunit POP5 × 1 (P28005) Ribonucleases P/MRP protein subunit POP7 × 1 (P38291) Ribonucleases P/MRP protein subunit POP8 × 1 (P38208) Ribonuclease P/MRP protein subunit RPP1 × 2 (P38786) Ribonuclease P protein subunit RPR2 × 1 (P40571) ZINC ION × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 POP6_YEAST
Isoform —
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 F; PDB构建体 1–158; UniProt 1–158

Ribonucleases P/MRP protein subunit POP7

物种未注明

UniProt P38291

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 10 RNA 1 Ribonuclease P RNA × 1 Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1 × 1 (P41812) Ribonucleases P/MRP protein subunit POP3 × 1 (P53833) RNases MRP/P 32.9 kDa subunit × 1 (P38336) Ribonuclease P/MRP protein subunit POP5 × 1 (P28005) Ribonucleases P/MRP protein subunit POP6 × 1 (P53218) Ribonucleases P/MRP protein subunit POP8 × 1 (P38208) Ribonuclease P/MRP protein subunit RPP1 × 2 (P38786) Ribonuclease P protein subunit RPR2 × 1 (P40571) ZINC ION × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 POP7_YEAST
Isoform —
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–140; UniProt 1–140

Ribonucleases P/MRP protein subunit POP8

物种未注明

UniProt P38208

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 10 RNA 1 Ribonuclease P RNA × 1 Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1 × 1 (P41812) Ribonucleases P/MRP protein subunit POP3 × 1 (P53833) RNases MRP/P 32.9 kDa subunit × 1 (P38336) Ribonuclease P/MRP protein subunit POP5 × 1 (P28005) Ribonucleases P/MRP protein subunit POP6 × 1 (P53218) Ribonucleases P/MRP protein subunit POP7 × 1 (P38291) Ribonuclease P/MRP protein subunit RPP1 × 2 (P38786) Ribonuclease P protein subunit RPR2 × 1 (P40571) ZINC ION × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 POP8_YEAST
Isoform —
PDB实体 8
链与序列区间 作者链 H; PDB构建体 1–133; UniProt 1–133

Ribonuclease P/MRP protein subunit RPP1

物种未注明

UniProt P38786

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 10 RNA 1 Ribonuclease P RNA × 1 Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1 × 1 (P41812) Ribonucleases P/MRP protein subunit POP3 × 1 (P53833) RNases MRP/P 32.9 kDa subunit × 1 (P38336) Ribonuclease P/MRP protein subunit POP5 × 1 (P28005) Ribonucleases P/MRP protein subunit POP6 × 1 (P53218) Ribonucleases P/MRP protein subunit POP7 × 1 (P38291) Ribonucleases P/MRP protein subunit POP8 × 1 (P38208) Ribonuclease P protein subunit RPR2 × 1 (P40571) ZINC ION × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 RPP1_YEAST
Isoform —
PDB实体 9
链与序列区间 作者链 I; PDB构建体 1–293; UniProt 1–293 作者链 J; PDB构建体 1–293; UniProt 1–293

Ribonuclease P protein subunit RPR2

物种未注明

UniProt P40571

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 10 RNA 1 Ribonuclease P RNA × 1 Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1 × 1 (P41812) Ribonucleases P/MRP protein subunit POP3 × 1 (P53833) RNases MRP/P 32.9 kDa subunit × 1 (P38336) Ribonuclease P/MRP protein subunit POP5 × 1 (P28005) Ribonucleases P/MRP protein subunit POP6 × 1 (P53218) Ribonucleases P/MRP protein subunit POP7 × 1 (P38291) Ribonucleases P/MRP protein subunit POP8 × 1 (P38208) Ribonuclease P/MRP protein subunit RPP1 × 2 (P38786) ZINC ION × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPR2_YEAST
Isoform —
PDB实体 10
链与序列区间 作者链 K; PDB构建体 1–144; UniProt 1–144

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6agb
沉积日期 deposition_date2018-08-10
结构标题 titleCryo-EM structure of yeast Ribonuclease P
关键词 keywordsRibonuclease P, RNA-protein complex, HYDROLASE-RNA complex; HYDROLASE/RNA
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6agb__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6agb__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 109 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

6agb__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)52.33 Å
Rg(电子密度)52.69 Å
总 Rg52.78 Å
原子数27190
残基数2773
排除体积458010 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 6agb__assembly_1__model_1 undecameric (11) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id6agbG01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology110 — Translation Initiation Factor IF3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Alba-like domain
结构域编号 domain_id6agbI01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily140 — Metal-dependent hydrolases
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7. 引用文献 (1)