6agp

Structure of Rac1 in the low-affinity state for Mg2+

Method: SOLUTION NMR Dmax: 52.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1

Homo sapiens

UniProt P63000

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–181 突变:E31C, D63C, Q74C, L160C GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 7;313 K;离子强度(mmCIF原始值)0;压力 1 NMR样品组成:20 mM HEPES, 5 mM MgCl2, 0.5 mM GDP, 0.1 mM DSS, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 74 个其他 PDB 条目、102 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RAC1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–181; UniProt 1–181

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6agp

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6agp
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6agp
沉积日期 deposition_date2018-08-13
结构标题 titleStructure of Rac1 in the low-affinity state for Mg2+
关键词 keywordsNucleotide Binding, Gtpase Activity, GTP Binding, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodSOLUTION NMR

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier16.38
回转半径 Rg (电子) rg_electron16.35
零角强度 I(0) i02271970000.00
分子量 molecular_weight409580.0 kDa
排除体积 excluded_volume513930 ų
包络体积 envelope_volume35266 ų
水化壳体积 shell_volume17103 ų
包络直径 envelope_diameter61.5
壳层 Rg shell_rg23.53
包络 Rg envelope_rg17.77
形状 Rg shape_rg16.33
总 Rg total_rg16.51
总原子数 total_atoms57340
残基数 n_residues3620
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax52.8
Rg (实空间) rg_real16.30
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.26
I(0) (实空间) i0_real2.2720e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.3870e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal16.30
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2272000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8795
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary21.7
偏度 Skewness skewness0.212
峰度 Kurtosis kurtosis-0.207
角度范围 angular_range— – 0.4850 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha769500.0000
实空间数据点数 n_real_points79
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.817; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.985

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd6agpa_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.8 — G proteins

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id6agpA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)