SAXSdb — 6aky

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

C-C chemokine receptor type 5,Rubredoxin,C-C chemokine receptor type 5

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	单体	蛋白 1	ZINC ION × 1 (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 1 ;4,4-difluoro-N-[(1S)-3-{(3-exo)-3-[3-methyl-5-(propan-2-yl)-4H-1,2,4-triazol-4-yl]-8-azabicyclo[3.2.1]octan-8-yl}-1-(thiophen-3-yl)propyl]cyclohexane-1-carboxamide ; × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RUBR_CLOPA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 226–279； UniProt 1–54

C-C chemokine receptor type 5,Rubredoxin,C-C chemokine receptor type 5

Homo sapiens

UniProt P51681

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	单体	蛋白 1	ZINC ION × 1 (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 1 ;4,4-difluoro-N-[(1S)-3-{(3-exo)-3-[3-methyl-5-(propan-2-yl)-4H-1,2,4-triazol-4-yl]-8-azabicyclo[3.2.1]octan-8-yl}-1-(thiophen-3-yl)propyl]cyclohexane-1-carboxamide ; × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CCR5_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–225； UniProt 2–223 作者链 A； PDB构建体 280–372； UniProt 227–319

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6aky
沉积日期 deposition_date	2018-09-04
结构标题 title	The Crystal structure of Human Chemokine Receptor CCR5 in complex with compound 34
关键词 keywords	G Protein-Coupled Receptor Chemokine Receptor CCR5 Antagonist Complex structure, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6aky__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6aky__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6aky__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	26.40 Å
Rg（电子密度）	25.05 Å
总 Rg	25.87 Å
原子数	2706
残基数	340
排除体积	49346 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6aky__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	C-C chemokine receptor type 5,Rubredoxin,C-C chemokine receptor type 5
分子量 formula_weight	43876.2 kDa
突变 mutation	C58Y, G163N, A233D, K303E
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2706

GAPDYQVSSPIYDINYYTSEPCQKINVKQIAARLLPPLYSLVFIFGFVGNMLVILILINYKRLKSMTDIYLLNLAISDLFFLLTVPFWAHYAAAQWDFGNTMCQLLTGLYFIGFFSGIFFIILLTIDRYLAVVHAVFALKARTVTFGVVTSVITWVVAVFASLPNIIFTRSQKEGLHYTCSSHFPYSQYQFWKNFQTLKIVILGLVLPLLVMVICYSGILKTLLRMKKYTCTVCGYIYNPEDGDPDNGVNPGTDFKDIPDDWVCPLCGVGKDQFEEVEEEKKRHRDVRLIFTIMIVYFLFWAPYNIVLLLNTFQEFFGLNNCSSSNRLDQAMQVTETLGMTHCCINPIIYAFVGEEFRNYLLVFFQKHIAKRGRPLEVLFQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	(2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate
分子量 formula_weight	356.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	;4,4-difluoro-N-[(1S)-3-{(3-exo)-3-[3-methyl-5-(propan-2-yl)-4H-1,2,4-triazol-4-yl]-8-azabicyclo[3.2.1]octan-8-yl}-1-(thiophen-3-yl)propyl]cyclohexane-1-carboxamide ;
分子量 formula_weight	519.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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晶胞边长 a length_a	35.585 Å
晶胞边长 b length_b	101.483 Å
晶胞边长 c length_c	136.569 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 2 21 21
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	31.560 Å
R 因子 r_factor	0.2750
R_work r_work	0.2750
R_free r_free	0.2830

The Crystal structure of Human Chemokine Receptor CCR5 in complex with compound 34

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

C-C chemokine receptor type 5,Rubredoxin,C-C chemokine receptor type 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

C-C chemokine receptor type 5,Rubredoxin,C-C chemokine receptor type 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6aky__assembly_1__model_1

6aky__assembly_1__model_1 | I(q)

6aky__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)

The Crystal structure of Human Chemokine Receptor CCR5 in complex with compound 34

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

C-C chemokine receptor type 5,Rubredoxin,C-C chemokine receptor type 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

C-C chemokine receptor type 5,Rubredoxin,C-C chemokine receptor type 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6aky__assembly_1__model_1

6aky__assembly_1__model_1 | I(q)

6aky__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)