SAXSdb — 6asg

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase subunit beta

Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （Q8RQE8） DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （Q5SHR6） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （Q8RQE7） ZINC ION × 2 MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPOB_THET8
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–1119； UniProt 1–1119

;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ;

Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579)

UniProt Q8RQE8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （Q8RQE9） DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （Q5SHR6） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （Q8RQE7） ZINC ION × 2 MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPOC_THET8
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–1524； UniProt 1–1524

DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579)

UniProt Q5SHR6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （Q8RQE9） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （Q8RQE8） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （Q8RQE7） ZINC ION × 2 MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPOA_THET8
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–315； UniProt 1–315 作者链 B； PDB构建体 1–315； UniProt 1–315

DNA-directed RNA polymerase subunit omega

Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579)

UniProt Q8RQE7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （Q8RQE9） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （Q8RQE8） DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （Q5SHR6） ZINC ION × 2 MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPOZ_THET8
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–99； UniProt 1–99

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6asg
沉积日期 deposition_date	2017-08-24
结构标题 title	Crystal structure of Thermus thermophilus RNA polymerase core enzyme
关键词 keywords	Thermus thermophilus, RNA polymerase core enzyme, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6asg__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6asg__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6asg__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	47.84 Å
Rg（电子密度）	47.75 Å
总 Rg	47.91 Å
原子数	23554
残基数	2983
排除体积	421140 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6asg__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit beta
分子量 formula_weight	125436.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C
原子数 atom_count	23554

MEIKRFGRIREVIPLPPLTEIQVESYRRALQADVPPEKRENVGIQAAFRETFPIEEEDKGKGGLVLDFLEYRLGEPPFPQDECREKDLTYQAPLYARLQLIHKDTGLIKEDEVFLGHIPLMTEDGSFIINGADRVIVSQIHRSPGVYFTPDPARPGRYIASIIPLPKRGPWIDLEVEPNGVVSMKVNKRKFPLVLLLRVLGYDQETLARELGAYGELVQGLMDESVFAMRPEEALIRLFTLLRPGDPPKRDKAVAYVYGLIADPRRYDLGEAGRYKAEEKLGIRLSGRTLARFEDGEFKDEVFLPTLRYLFALTAGVPGHEVDDIDHLGNRRIRTVGELMTDQFRVGLARLARGVRERMLMGSEDSLTPAKLVNSRPLEAAIREFFSRSQLSQFKDETNPLSSLRHKRRISALGPGGLTRERAGFDVRDVHRTHYGRICPVETPEGANIGLITSLAAYARVDELGFIRTPYRRVVGGVVTDEVVYMTATEEDRYTIAQANTPLEGNRIAAERVVARRKGEPVIVSPEEVEFMDVSPKQVFSVNTNLIPFLEHDDANRALMGSNMQTQAVPLIRAQAPVVMTGLEERVVRDSLAALYAEEDGEVAKVDGNRIVVRYEDGRLVEYPLRRFYRSNQGTALDQRPRVVVGQRVRKGDLLADGPASENGFLALGQNVLVAIMPFDGYNFEDAIVISEELLKRDFYTSIHIERYEIEARDTKLGPERITRDIPHLSEAALRDLDEEGVVRIGAEVKPGDILVGRTSFKGESEPTPEERLLRSIFGEKARDVKDTSLRVPPGEGGIVVRTVRLRRGDPGVELKPGVREVVRVYVAQKRKLQVGDKLANRHGNKGVVAKILPVEDMPHLPDGTPVDVILNPLGVPSRMNLGQILETHLGLAGYFLGQRYISPIFDGAKEPEIKELLAQAFEVYFGKRKGEGFGVDKREVEVLRRAEKLGLVTPGKTPEEQLKELFLQGKVVLYDGRTGEPIEGPIVVGQMFIMKLYHMVEDKMHARSTGPYSLITQQPLGGKAQFGGQRFGEMEVWALEAYGAAHTLQEMLTLKSDDIEGRNAAYEAIIKGEDVPEPSVPESFRVLVKELQALALDVQTLDEKDNPVDIFEGLASKR

来源 Source

来源生物 organism	Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	300852
宿主生物 host_organism	Thermus thermophilus

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ;
分子量 formula_weight	170997.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MKKEVRKVRIALASPEKIRSWSYGEVEKPETINYRTLKPERDGLFDERIFGPIKDYECACGKYKRQRFEGKVCERCGVEVTKSIVRRYRMGHIELATPAAHIWFVKDVPSKIGTLLDLSATELEQVLYFSKYIVLDPKGAILNGVPVEKRQLLTDEEYRELRYGKQETYPLPPGVDALVKDGEEVVKGQELAPGVVSRLDGVALYRFPRRVRVEYVKKERAGLRLPLAAWVEKEAYKPGEILAELPEPYLFRAEEEGVVELKELEEGAFLVLRREDEPVATYFLPVGMTPLVVHGEIVEKGQPLAEAKGLLRMPRQVRAAQVEAEEEGETVYLTLFLEWTEPKDYRVQPHMNVVVPEGARVEAGDKIVAAIDPEEEVIAEAEGVVHLHEPASILVVKARVYPFEDDVEVSTGDRVAPGDVLADGGKVKSDVYGRVEVDLVRNVVRVVESYDIDARMGAEAIQQLLKELDLEALEKELLEEMKHPSRARRAKARKRLEVVRAFLDSGNRPEWMILEAVPVLPPDLRPMVQVDGGRFATSDLNDLYRRLINRNNRLKKLLAQGAPEIIIRNEKRMLQEAVDALLDNGRRGAPVTNPGSDRPLRSLTDILSGKQGRFRQNLLGKRVDYSGRSVIVVGPQLKLHQCGLPKRMALELFKPFLLKKMEEKGIAPNVKAARRMLERQRDIKDEVWDALEEVIHGKVVLLNRAPTLHRLGIQAFQPVLVEGQSIQLHPLVCEAFNADFDGDQMAVHVPLSSFAQAEARIQMLSAHNLLSPASGEPLAKPSRDIILGLYYITQVRKEKKGAGLEFATPEEALAAHERGEVALNAPIKVAGRETSVGRLKYVFANPDEALLAVAHGIVDLQDVVTVRYMGKRLETSPGRILFARIVAEAVEDEKVAWELIQLDVPQEKNSLKDLVYQAFLRLGMEKTARLLDALKYYGFTFSTTSGITIGIDDAVIPEEKKQYLEEADRKLLQIEQAYEMGFLTDRERYDQILQLWTETTEKVTQAVFKNFEENYPFNPLYVMAQSGARGNPQQIRQLCGLRGLMQKPSGETFEVPVRSSFREGLTVLEYFISSHGARKGGADTALRTADSGYLTRKLVDVTHEIVVREADCGTTNYISVPLFQPDEVTRSLRLRKRADIEAGLYGRVLAREVEVLGVRLEEGRYLSMDDVHLLIKAAEAGEIQEVPVRSPLTCQTRYGVCQKCYGYDLSMARPVSIGEAVGIVAAQSIGEPGTQLTMRTFHTGGVAGAADITQGLPRVIELFEARRPKAKAVISEIDGVVRIEETEEKLSVFVESEGFSKEYKLPKEARLLVKDGDYVEAGQPLTRGAIDPHQLLEAKGPEAVERYLVEEIQKVYRAQGVKLHDKHIEIVVRQMMKYVEVTDPGDSRLLEGQVLEKWDVEALNERLIAEGKTPVAWKPLLMGVTKSALSTKSWLSAASFQNTTHVLTEAAIAGKKDELIGLKENVILGRLIPAGTGSDFVRFTQVVDQKTLKAIEEARKEAVEAKERPAARRGVKREQPGKQA

来源 Source

来源生物 organism	Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	300852
宿主生物 host_organism	Thermus thermophilus

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
分子量 formula_weight	35056.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B

MLDSKLKAPVFTVRTQGREYGEFVLEPLERGFGVTLGNPLRRILLSSIPGTAVTSVYIEDVLHEFSTIPGVKEDVVEIILNLKELVVRFLNPSLQTVTLLLKAEGPKEVKARDFLPVADVEIMNPDLHIATLEEGGRLNMEVRVDRGVGYVPAEKHGIKDRINAIPVDAVFSPVRRVAFQVEDTRLGQRTDLDKLTLRIWTDGSVTPLEALNQAVEILREHLTYFSNPQAAAVAAPEEAKEPEAPPEQEEELDLPLEELGLSTRVLHSLKEEGIESVRALLALNLKDLKNIPGIGERSLEEIKEALEKKGFTLKE

来源 Source

来源生物 organism	Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	300852
宿主生物 host_organism	Thermus thermophilus

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit omega
分子量 formula_weight	11533.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MAEPGIDKLFGMVDSKYRLTVVVAKRAQQLLRHGFKNTVLEPEERPKMQTLEGLFDDPNAVTWAMKELLTGRLVFGENLVPEDRLQKEMERLYPVEREE

来源 Source

来源生物 organism	Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	300852
宿主生物 host_organism	Thermus thermophilus

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

CATH v4.4 (7 domains)

结构域编号 domain_id	6asgA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — RNA polymerase, RBP11-like subunit

结构域编号 domain_id	6asgA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	120 — RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	12 — DNA-directed RNA polymerase, insert domain

结构域编号 domain_id	6asgB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — RNA polymerase, RBP11-like subunit

结构域编号 domain_id	6asgB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	120 — RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	12 — DNA-directed RNA polymerase, insert domain

结构域编号 domain_id	6asgC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1110 — Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — RNA polymerase Rpb2, domain 2

结构域编号 domain_id	6asgC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain

结构域编号 domain_id	6asgE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	940 — Eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — RNA polymerase subunit, RPB6/omega

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晶胞边长 a length_a	280.694 Å
晶胞边长 b length_b	280.694 Å
晶胞边长 c length_c	184.964 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	H 3
空间群编号 int_tables_number	146
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.800 Å
最低分辨率 resolution_low	42.492 Å
R 因子 r_factor	0.2312
R_work r_work	0.2293
R_free r_free	0.2782

Crystal structure of Thermus thermophilus RNA polymerase core enzyme

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-directed RNA polymerase subunit omega

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6asg__assembly_1__model_1

6asg__assembly_1__model_1 | I(q)

6asg__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

CATH v4.4 (7 domains)

7. 引用文献 (1)