SAXSdb — 6b44

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CRISPR-associated protein Csy1

Pseudomonas aeruginosa (strain UCBPP-PA14)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 9 DNA 2 RNA 1	CRISPR-associated protein Csy2 × 1 （Q02MM0） CRISPR-associated protein Csy3 × 6 （Q02MM1） CRISPR-associated endonuclease Cas6/Csy4 × 1 （Q02MM2） Pseudomonas aeruginosa strain SMC4485 CRISPR repeat sequence × 1 Target DNA strand (41-MER) × 1 ;Non-target DNA strand (5'-D(PCPAPGPTPCPAPTPCPAPCPCPAP*A)-3') ; × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CSY1_PSEAB
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–436； UniProt 1–434

CRISPR-associated protein Csy2

Pseudomonas aeruginosa (strain UCBPP-PA14)

UniProt Q02MM0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 9 DNA 2 RNA 1	CRISPR-associated protein Csy1 × 1 （Q02ML9） CRISPR-associated protein Csy3 × 6 （Q02MM1） CRISPR-associated endonuclease Cas6/Csy4 × 1 （Q02MM2） Pseudomonas aeruginosa strain SMC4485 CRISPR repeat sequence × 1 Target DNA strand (41-MER) × 1 ;Non-target DNA strand (5'-D(PCPAPGPTPCPAPTPCPAPCPCPAP*A)-3') ; × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CSY2_PSEAB
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 3–329； UniProt 1–327

CRISPR-associated protein Csy3

Pseudomonas aeruginosa (strain UCBPP-PA14)

UniProt Q02MM1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 9 DNA 2 RNA 1	CRISPR-associated protein Csy1 × 1 （Q02ML9） CRISPR-associated protein Csy2 × 1 （Q02MM0） CRISPR-associated endonuclease Cas6/Csy4 × 1 （Q02MM2） Pseudomonas aeruginosa strain SMC4485 CRISPR repeat sequence × 1 Target DNA strand (41-MER) × 1 ;Non-target DNA strand (5'-D(PCPAPGPTPCPAPTPCPAPCPCPAP*A)-3') ; × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CSY3_PSEAB
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 3–344； UniProt 1–342 作者链 D； PDB构建体 3–344； UniProt 1–342 作者链 E； PDB构建体 3–344； UniProt 1–342 作者链 F； PDB构建体 3–344； UniProt 1–342 作者链 G； PDB构建体 3–344； UniProt 1–342 作者链 H； PDB构建体 3–344； UniProt 1–342

CRISPR-associated endonuclease Cas6/Csy4

Pseudomonas aeruginosa (strain UCBPP-PA14)

UniProt Q02MM2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 9 DNA 2 RNA 1	CRISPR-associated protein Csy1 × 1 （Q02ML9） CRISPR-associated protein Csy2 × 1 （Q02MM0） CRISPR-associated protein Csy3 × 6 （Q02MM1） Pseudomonas aeruginosa strain SMC4485 CRISPR repeat sequence × 1 Target DNA strand (41-MER) × 1 ;Non-target DNA strand (5'-D(PCPAPGPTPCPAPTPCPAPCPCPAP*A)-3') ; × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CAS6_PSEAB
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 3–189； UniProt 1–187

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6b44
沉积日期 deposition_date	2017-09-25
结构标题 title	Cryo-EM structure of Type I-F CRISPR crRNA-guided Csy surveillance complex with bound target dsDNA
关键词 keywords	CRISPR-Cas, IMMUNE SYSTEM-RNA-DNA complex; IMMUNE SYSTEM/RNA/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6b44__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6b44__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6b44__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	54.24 Å
Rg（电子密度）	53.28 Å
总 Rg	53.28 Å
原子数	22681
残基数	2993
排除体积	384640 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6b44__assembly_1__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CRISPR-associated protein Csy1
分子量 formula_weight	49338.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	22681

GSMTSPLPTPTWQELRQFIESFIQERLQGKLDKLQPDEDDKRQTLLATHRREAWLADAARRVGQLQLVTHTLKPIHPDARGSNLHSLPQAPGQPGLAGSHELGDRLVSDVVGNAAALDVFKFLSLQYQGKNLLNWLTEDSAEALQALSDNAEQAREWRQAFIGITTVKGAPASHSLAKQLYFPLPGSGYHLLAPLFPTSLVHHVHALLREARFGDAAKAAREARSRQESWPHGFSEYPNLAIQKFGGTKPQNISQLNNERRGENWLLPSLPPNWQRQNVNAPMRHSSVFEHDFGRTPEVSRLTRTLQRFLAKTVHNNLAIRQRRAQLVAQICDEALQYAARLRELEPGWSATPGCQLHDAEQLWLDPLRAQTDETFLQRRLRGDWPAEVGNRFANWLNRAVSSDSQILGSPEAAQWSQELSKELTMFKEILEDERD

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa (strain UCBPP-PA14)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	208963
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	CRISPR-associated protein Csy2
分子量 formula_weight	36446.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MAMSVTDPEALLLLPRLSIQNANAISSPLTWGFPSPGAFTGFVHALQRRVGISLDIELDGVGIVCHRFEAQISQPAGKRTKVFNLTRNPLNRDGSTAAIVEEGRAHLEVSLLLGVHGDGLDDHPAQEIARQVQEQAGAMRLAGGSILPWCNERFPAPNAELLMLGGSDEQRRKNQRRLTRRLLPGFALVSREALLQQHLETLRTTLPEATTLDALLDLCRINFEPPATSSEEEASPPDAAWQVRDKPGWLVPIPAGYNALSPLYLPGEVRNARDRETPLRFVENLFGLGEWLSPHRVAALSDLLWYHHAEPDKGLYRWSTPRFVEHAIA

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa (strain UCBPP-PA14)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	208963
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	CRISPR-associated protein Csy3
分子量 formula_weight	37781.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D,E,F,G,H

MAMSKPILSTASVLAFERKLDPSDALMSAGAWAQRDASQEWPAVTVREKSVRGTISNRLKTKDRDPAKLDASIQSPNLQTVDVANLPSDADTLKVRFTLRVLGGAGTPSACNDAAYRDKLLQTVATYVNDQGFAELARRYAHNLANARFLWRNRVGAEAVEVRINHIRQGEVARAWRFDALAIGLRDFKADAELDALAELIASGLSGSGHVLLEVVAFARIGDGQEVFPSQELILDKGDKKGQKSKTLYSVRDAAAIHSQKIGNALRTIDTWYPDEDGLGPIAVEPYGSVTSQGKAYRQPKQKLDFYTLLDNWVLRDEAPAVEQQHYVIANLIRGGVFGEAEEK

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa (strain UCBPP-PA14)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	208963
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	CRISPR-associated endonuclease Cas6/Csy4
分子量 formula_weight	21629.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MAMDHYLDIRLRPDPEFPPAQLMSVLFGKLHQALVAQGGDRIGVSFPDLDESRSRLGERLRIHASADDLRALLARPWLEGLRDHLQFGEPAVVPHPTPYRQVSRVQAKSNPERLRRRLMRRHDLSEEEARKRIPDTVARALDLPFVTLRSQSTGQHFRLFIRHGPLQVTAEEGGFTCYGLSKGGFVPWF

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa (strain UCBPP-PA14)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	208963
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Pseudomonas aeruginosa strain SMC4485 CRISPR repeat sequence
分子量 formula_weight	19265.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	M

CUAAGAAAUUCACGGCGGGCUUGAUGUCCGCGUCUACCUGGUUCACUGCCGUGUAGGCAG

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	287
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Target DNA strand (41-MER)
分子量 formula_weight	15191.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	N

CAGGTAGACGCGGACATCAAGCCCGCCGTGAAGGTGATGACTGCACAGA

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	;Non-target DNA strand (5'-D(PCPAPGPTPCPAPTPCPAPCPCPAP*A)-3') ;
分子量 formula_weight	8216.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	O

TCTGTGCAGTCATCACCAATTTATTTA

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	6b44L00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2540 — CRISPR-associated endoribonuclease Cas6/Csy4

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.90 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	39811

Cryo-EM structure of Type I-F CRISPR crRNA-guided Csy surveillance complex with bound target dsDNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CRISPR-associated protein Csy1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

CRISPR-associated protein Csy2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

CRISPR-associated protein Csy3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

CRISPR-associated endonuclease Cas6/Csy4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6b44__assembly_1__model_1

6b44__assembly_1__model_1 | I(q)

6b44__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)