6b9z

Trastuzumab Fab v3

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Trastuzumab Fab light chain

Homo sapiens

UniProt P01834

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 Trastuzumab Fab heavy chain × 1 (S6B291) Protein L × 1 (Q51918) Immunoglobulin G binding protein A × 1 (Q2UW42) water × 4 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IGKC_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 108–214; UniProt 1–107

Trastuzumab Fab heavy chain

Homo sapiens

UniProt S6B291

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 Trastuzumab Fab light chain × 1 (P01834) Protein L × 1 (Q51918) Immunoglobulin G binding protein A × 1 (Q2UW42) water × 4 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 S6B291_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 109–223; UniProt 125–239

Protein L

Finegoldia magna

UniProt Q51918

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 Trastuzumab Fab light chain × 1 (P01834) Trastuzumab Fab heavy chain × 1 (S6B291) Immunoglobulin G binding protein A × 1 (Q2UW42) water × 4 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q51918_FINMA
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 4–64; UniProt 477–537

Immunoglobulin G binding protein A

Staphylococcus aureus

UniProt Q2UW42

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 Trastuzumab Fab light chain × 1 (P01834) Trastuzumab Fab heavy chain × 1 (S6B291) Protein L × 1 (Q51918) water × 4 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q2UW42_STAAU
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 4–54; UniProt 74–124

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6b9z
沉积日期 deposition_date2017-10-11
结构标题 titleTrastuzumab Fab v3
关键词 keywordsmonoclonal antibody, Fab, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6b9z__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6b9z__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

6b9z__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)27.34 Å
Rg(电子密度)26.42 Å
总 Rg27.22 Å
原子数4218
残基数551
排除体积74384 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 6b9z__assembly_1__model_1 tetrameric (4) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

结构域编号 domain_idd6b9za1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6b9za2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)
结构域编号 domain_idd6b9zb_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)
结构域编号 domain_idd6b9zc1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.8 — immunoglobulin/albumin-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamilya.8.1 — Bacterial immunoglobulin/albumin-binding domains
家族 Family familya.8.1.1 — Immunoglobulin-binding protein A modules
结构域编号 domain_idd6b9zc2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd6b9ze1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.15.7 — Immunoglobulin-binding domains
家族 Family familyd.15.7.1 — Immunoglobulin-binding domains
结构域编号 domain_idd6b9ze2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id6b9zA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id6b9zA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id6b9zB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id6b9zC00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily420 — Immunoglobulin FC, subunit C
结构域编号 domain_id6b9zE00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
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7. 引用文献 (1)