SAXSdb — 6bae

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Trastuzumab Fab light chain

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Trastuzumab Fab heavy chain × 1 （S6B291） Protein L × 1 （Q51918） Immunoglobulin G binding protein A × 1 （Q2UW42） meditope × 1 water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IGKC_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 108–214； UniProt 1–107

Trastuzumab Fab heavy chain

Homo sapiens

UniProt S6B291

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Trastuzumab Fab light chain × 1 （P01834） Protein L × 1 （Q51918） Immunoglobulin G binding protein A × 1 （Q2UW42） meditope × 1 water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	S6B291_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 109–223； UniProt 125–239

Protein L

Finegoldia magna

UniProt Q51918

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Trastuzumab Fab light chain × 1 （P01834） Trastuzumab Fab heavy chain × 1 （S6B291） Immunoglobulin G binding protein A × 1 （Q2UW42） meditope × 1 water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q51918_FINMA
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 4–64； UniProt 477–537

Immunoglobulin G binding protein A

Staphylococcus aureus

UniProt Q2UW42

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Trastuzumab Fab light chain × 1 （P01834） Trastuzumab Fab heavy chain × 1 （S6B291） Protein L × 1 （Q51918） meditope × 1 water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q2UW42_STAAU
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 4–54； UniProt 74–124

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6bae
沉积日期 deposition_date	2017-10-12
结构标题 title	Trastuzumab Fab v3 in complex with CQFDLSTRRLKC
关键词 keywords	monoclonal antibody, Fab, meditope, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6bae__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6bae__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6bae__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	27.20 Å
Rg（电子密度）	26.29 Å
总 Rg	27.06 Å
原子数	4325
残基数	566
排除体积	76235 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6bae__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Trastuzumab Fab light chain
分子量 formula_weight	23518.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4914

DIQMTQSPILLSASVGDRVTITCRASQDVNTAVAWYQQRTNGSPRLLIYSASFLYSGVPSRFSGSRSGTDFTLTISSLQPEDEADYYCQQHYTTPPTFGAGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Trastuzumab Fab heavy chain
分子量 formula_weight	23806.7 kDa
突变 mutation	A175C, R217K
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFNIKDTYIHWVRQSPGKGLEWVARIYPTNGYTRYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAIYYCSRWGGDGFYAMDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPCVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Protein L
分子量 formula_weight	6907.7 kDa
突变 mutation	T17I, D38A, Y56N, T57H, I58M
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

GSEVTIKVNLIFADGKIQTAEFKGTFEEATAEAYRYAALLAKVNGEYTADLEDGGNHMNIKFAG

来源 Source

来源生物 organism	Finegoldia magna
通用名 common_name	Peptostreptococcus magnus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1260
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Immunoglobulin G binding protein A
分子量 formula_weight	6037.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

GSYNKDQQSAFYEILNMPNLNEAQRNGFIQSLKDDPSQSTNVLGEAKKLNESQA

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus aureus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1280
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	meditope
分子量 formula_weight	1496.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

XCQFDLSTRRLKCX

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	535

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	6baeA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6baeA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6baeB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6baeC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Immunoglobulin FC, subunit C

结构域编号 domain_id	6baeE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

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晶胞边长 a length_a	53.310 Å
晶胞边长 b length_b	104.940 Å
晶胞边长 c length_c	117.630 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.140 Å
最低分辨率 resolution_low	33.529 Å
R 因子 r_factor	0.1756
R_work r_work	0.1730
R_free r_free	0.2241

Trastuzumab Fab v3 in complex with CQFDLSTRRLKC

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Trastuzumab Fab light chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Trastuzumab Fab heavy chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein L

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Immunoglobulin G binding protein A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6bae__assembly_1__model_1

6bae__assembly_1__model_1 | I(q)

6bae__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

7. 引用文献 (1)