6bqt

Complex of 14-3-3 theta with an IRSp53 peptide doubly-phosphorylated at T340 and T360

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 173.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

14-3-3 protein theta

Homo sapiens

UniProt P27348

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–245 链 B; UniProt 1–245 未记录 Insulin receptor substrate protein of 53 kDa, peptide (IRSp53) × 1 (Q9UQB8) PE4 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL × 1 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;291.15 K;0.1 M CaCl2, 13% Peg 3350 分辨率 2.80 Å R-free 0.287
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–245 链 E; UniProt 1–245 未记录 Insulin receptor substrate protein of 53 kDa, peptide (IRSp53) × 1 (Q9UQB8) EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;291.15 K;0.1 M CaCl2, 13% Peg 3350 分辨率 2.80 Å R-free 0.287
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 1–245 链 H; UniProt 1–245 未记录 Insulin receptor substrate protein of 53 kDa, peptide (IRSp53) × 1 (Q9UQB8) 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;291.15 K;0.1 M CaCl2, 13% Peg 3350 分辨率 2.80 Å R-free 0.287
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 J; UniProt 1–245 链 K; UniProt 1–245 未记录 Insulin receptor substrate protein of 53 kDa, peptide (IRSp53) × 1 (Q9UQB8) 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;291.15 K;0.1 M CaCl2, 13% Peg 3350 分辨率 2.80 Å R-free 0.287

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 7 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 1433T_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–245; UniProt 1–245 作者链 B; PDB构建体 1–245; UniProt 1–245 作者链 D; PDB构建体 1–245; UniProt 1–245 作者链 E; PDB构建体 1–245; UniProt 1–245 作者链 G; PDB构建体 1–245; UniProt 1–245 作者链 H; PDB构建体 1–245; UniProt 1–245 作者链 J; PDB构建体 1–245; UniProt 1–245 作者链 K; PDB构建体 1–245; UniProt 1–245

Insulin receptor substrate protein of 53 kDa, peptide (IRSp53)

物种未注明

UniProt Q9UQB8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 335–366 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 14-3-3 protein theta × 2 (P27348) PE4 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL × 1 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;291.15 K;0.1 M CaCl2, 13% Peg 3350 分辨率 2.80 Å R-free 0.287
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 335–366 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 14-3-3 protein theta × 2 (P27348) EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;291.15 K;0.1 M CaCl2, 13% Peg 3350 分辨率 2.80 Å R-free 0.287
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 335–366 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 14-3-3 protein theta × 2 (P27348) 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;291.15 K;0.1 M CaCl2, 13% Peg 3350 分辨率 2.80 Å R-free 0.287
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 L; UniProt 335–366 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 14-3-3 protein theta × 2 (P27348) 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;291.15 K;0.1 M CaCl2, 13% Peg 3350 分辨率 2.80 Å R-free 0.287

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 8 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BAIP2_HUMAN
Isoform Q9UQB8-2
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–32; UniProt 335–366 作者链 F; PDB构建体 1–32; UniProt 335–366 作者链 I; PDB构建体 1–32; UniProt 335–366 作者链 L; PDB构建体 1–32; UniProt 335–366

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6bqt

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6bqt
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6bqt
沉积日期 deposition_date2017-11-28
结构标题 titleComplex of 14-3-3 theta with an IRSp53 peptide doubly-phosphorylated at T340 and T360
关键词 keywordsphosphate binding protein, protein complex, cytoskeleton regulation, cell motility, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier51.22
回转半径 Rg (电子) rg_electron51.26
零角强度 I(0) i0717886000.00
分子量 molecular_weight221120.0 kDa
排除体积 excluded_volume276630 ų
包络体积 envelope_volume417950 ų
水化壳体积 shell_volume70880 ų
包络直径 envelope_diameter179.5
壳层 Rg shell_rg52.31
包络 Rg envelope_rg49.23
形状 Rg shape_rg51.28
总 Rg total_rg51.23
总原子数 total_atoms31020
残基数 n_residues1891
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax173.6
Rg (实空间) rg_real51.32
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.92
I(0) (实空间) i0_real7.1790e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.4340e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal51.12
I(0) (倒空间) i0_reciprocal717700000.0000
解质量估计 total_estimate0.8738
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary56.0
偏度 Skewness skewness0.343
峰度 Kurtosis kurtosis-0.446
角度范围 angular_range— – 0.1550 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha32640000.0000
实空间数据点数 n_real_points32
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.901; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.957; Smooth: 0.696

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id6bqtA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology190 — Delta-Endotoxin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — 14-3-3 domain
结构域编号 domain_id6bqtB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology190 — Delta-Endotoxin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — 14-3-3 domain
结构域编号 domain_id6bqtD00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology190 — Delta-Endotoxin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — 14-3-3 domain
结构域编号 domain_id6bqtE00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology190 — Delta-Endotoxin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — 14-3-3 domain
结构域编号 domain_id6bqtG00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology190 — Delta-Endotoxin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — 14-3-3 domain
结构域编号 domain_id6bqtH00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology190 — Delta-Endotoxin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — 14-3-3 domain
结构域编号 domain_id6bqtJ00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology190 — Delta-Endotoxin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — 14-3-3 domain
结构域编号 domain_id6bqtK00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology190 — Delta-Endotoxin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — 14-3-3 domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)