← 返回搜索
6by0

Crystal structure of catalase HPII from E. coli in space group P1

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 133.7 Å Quality: GOOD
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Catalase HPII

物种未注明

UniProt P21179

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–753 链 B； UniProt 1–753 链 C； UniProt 1–753 链 D； UniProt 1–753 未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；0.085 M sodium HEPES pH 7.5, 17% w/v PEG 4000, 15% v/v glycerol, 8.5% v/v isopropanol or 0.1 M HEPES pH 7.0, 20% w/v PEG 6000, 1.0 M lithium chloride 分辨率 2.93 Å R-free 0.236

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6BY0 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1CF9 Structure of the mutant VAL169CYS of catalase HPII from Escherichia coli 提交 1999-03-24 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 27–753（727 aa）
链 B 27–753（727 aa）
链 C 27–753（727 aa）
链 D 27–753（727 aa）
突变：V169C 突变：V169C 突变：V169C 突变：V169C HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 9；pH 9
分辨率 1.80 Å R-free 0.237
1GG9 CRYSTAL STRUCTURE OF CATALASE HPII FROM ESCHERICHIA COLI, HIS128ASN VARIANT. 提交 2000-08-11 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–753（753 aa）
链 B 1–753（753 aa）
链 C 1–753（753 aa）
链 D 1–753（753 aa）
突变：H128N 突变：H128N 突变：H128N 突变：H128N HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；297 K；PEG 3350, LiCl, Tris-HCl, pH 9.0, vapor diffusion/hanging drop, temperature 297.0K
分辨率 1.89 Å R-free 0.188
1GGE CRYSTAL STRUCTURE OF CATALASE HPII FROM ESCHERICHIA COLI, NATIVE STRUCTURE AT 1.9 A RESOLUTION. 提交 2000-08-16 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–753（753 aa）
链 B 1–753（753 aa）
链 C 1–753（753 aa）
链 D 1–753（753 aa）
未记录 HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；297 K；PEG 3350, LiCl, Tris-HCl, pH 9.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297.0K
分辨率 1.89 Å R-free 0.202
1GGF CRYSTAL STRUCTURE OF CATALASE HPII FROM ESCHERICHIA COLI, VARIANT HIS128ASN, COMPLEX WITH HYDROGEN PEROXIDE. 提交 2000-08-21 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–753（753 aa）
链 B 1–753（753 aa）
链 C 1–753（753 aa）
链 D 1–753（753 aa）
突变：H128N 突变：H128N 突变：H128N 突变：H128N HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 PEO HYDROGEN PEROXIDE × 13 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 9；297 K；PEG 3350, LiCl, Tris-HCl. Before data collection the protein crystal was soaked during a few seconds in the solution with 2M hydrogen peroxide., pH 9.0, temperature 297.0K
分辨率 2.28 Å R-free 0.254
1GGH CRYSTAL STRUCTURE OF CATALASE HPII FROM ESCHERICHIA COLI, HIS128ALA VARIANT. 提交 2000-08-21 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–753（753 aa）
链 B 1–753（753 aa）
链 C 1–753（753 aa）
链 D 1–753（753 aa）
突变：H128A 突变：H128A 突变：H128A 突变：H128A HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；297 K；PEG 3350, LiCl, Tris-HCl, pH 9.0, vapor diffusion/hanging drop, temperature 297.0K
分辨率 2.15 Å R-free 0.206
1GGJ CRYSTAL STRUCTURE OF CATALASE HPII FROM ESCHERICHIA COLI, ASN201ALA VARIANT. 提交 2000-08-21 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–753（753 aa）
链 B 1–753（753 aa）
链 C 1–753（753 aa）
链 D 1–753（753 aa）
突变：N201A 突变：N201A 突变：N201A 突变：N201A HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；297 K；PEG 3350, LiCl, Tris-HCl, pH 9.0, vapor diffusion/hanging drop, temperature 297.0K
分辨率 1.92 Å R-free 0.235
1GGK CRYSTAL STRUCTURE OF CATALASE HPII FROM ESCHERICHIA COLI, ASN201HIS VARIANT. 提交 2000-08-21 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–753（753 aa）
链 B 1–753（753 aa）
链 C 1–753（753 aa）
链 D 1–753（753 aa）
突变：N201H 突变：N201H 突变：N201H 突变：N201H HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；297 K；PEG 3350, LiCl, Tris-HCl, pH 9.0, vapor diffusion/hanging drop, temperature 297.0K
分辨率 2.26 Å R-free 0.208
1IPH STRUCTURE OF CATALASE HPII FROM ESCHERICHIA COLI 提交 1995-12-31 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–753（753 aa）
链 B 1–753（753 aa）
链 C 1–753（753 aa）
链 D 1–753（753 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.80 Å
1P7Y Crystal structure of the D181A variant of catalase HPII from E. coli 提交 2003-05-06 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–753（753 aa）
链 B 1–753（753 aa）
链 C 1–753（753 aa）
链 D 1–753（753 aa）
突变：D181A 突变：D181A 突变：D181A 突变：D181A HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；295 K；PEG 3350, LiCl, Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.40 Å R-free 0.225
1P7Z Crystal structure of the D181S variant of catalase HPII from E. coli 提交 2003-05-06 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–753（753 aa）
链 B 1–753（753 aa）
链 C 1–753（753 aa）
链 D 1–753（753 aa）
突变：D181S 突变：D181S 突变：D181S 突变：D181S HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；295 K；PEG 3350, LiCl, Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K
分辨率 2.21 Å R-free 0.211
1P80 Crystal structure of the D181Q variant of catalase HPII from E. coli 提交 2003-05-06 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–753（753 aa）
链 B 1–753（753 aa）
链 C 1–753（753 aa）
链 D 1–753（753 aa）
突变：D181Q 突变：D181Q 突变：D181Q 突变：D181Q HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；298 K；PEG 3350, LiCl, Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 1.65 Å R-free 0.202
1P81 Crystal structure of the D181E variant of catalase HPII from E. coli 提交 2003-05-06 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–753（753 aa）
链 B 1–753（753 aa）
链 C 1–753（753 aa）
链 D 1–753（753 aa）
突变：D181E 突变：D181E 突变：D181E 突变：D181E HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；295 K；PEG 3350, LiCl, Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K
分辨率 1.81 Å R-free 0.216
1QF7 STRUCTURE OF THE MUTANT HIS392GLN OF CATALASE HPII FROM E. COLI 提交 1999-03-26 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–753（753 aa）
链 B 1–753（753 aa）
链 C 1–753（753 aa）
链 D 1–753（753 aa）
突变：H392Q 突变：H392Q 突变：H392Q 突变：H392Q HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 9；pH 9
分辨率 2.20 Å R-free 0.210
1QWS Structure of the D181N variant of catalase HPII from E. coli 提交 2003-09-03 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–753（753 aa）
链 B 1–753（753 aa）
链 C 1–753（753 aa）
链 D 1–753（753 aa）
突变：D181N 突变：D181N 突变：D181N 突变：D181N HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；15% PEG 3350, 1.6M LiCl, 0.1M Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.90 Å R-free 0.220
1YE9 Crystal structure of proteolytically truncated catalase HPII from E. coli 提交 2004-12-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 75–300（226 aa） 片段：proteolytic fragment, residues 75-300
链 B 75–300（226 aa） 片段：proteolytic fragment, residues 75-300
链 C 75–300（226 aa） 片段：proteolytic fragment, residues 75-300
链 D 75–300（226 aa） 片段：proteolytic fragment, residues 75-300
链 E 309–567（259 aa） 片段：proteolytic fragment, residues 309-567
链 F 309–567（259 aa） 片段：proteolytic fragment, residues 309-567
链 G 309–567（259 aa） 片段：proteolytic fragment, residues 309-567
链 H 309–567（259 aa） 片段：proteolytic fragment, residues 309-567
未记录 HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；50mM TrisHCl, 8% PEG 20000, 8% PEG MME 550, 0.2M KSCN, 0.1M dithiothreitol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.80 Å R-free 0.269
1YE9 Crystal structure of proteolytically truncated catalase HPII from E. coli 提交 2004-12-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 I 75–300（226 aa） 片段：proteolytic fragment, residues 75-300
链 J 75–300（226 aa） 片段：proteolytic fragment, residues 75-300
链 K 75–300（226 aa） 片段：proteolytic fragment, residues 75-300
链 L 75–300（226 aa） 片段：proteolytic fragment, residues 75-300
链 M 309–567（259 aa） 片段：proteolytic fragment, residues 309-567
链 N 309–567（259 aa） 片段：proteolytic fragment, residues 309-567
链 O 309–567（259 aa） 片段：proteolytic fragment, residues 309-567
链 P 309–567（259 aa） 片段：proteolytic fragment, residues 309-567
未记录 HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；50mM TrisHCl, 8% PEG 20000, 8% PEG MME 550, 0.2M KSCN, 0.1M dithiothreitol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.80 Å R-free 0.269
28WU Crystal Structure of Catalase HPII (KatE) from Escherichia coli 提交 2026-02-25 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–753（753 aa）
链 B 1–753（753 aa）
链 C 1–753（753 aa）
链 D 1–753（753 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.75；293 K；0.1M Bis-Tris-Propane pH 7.75, 0.2M Na-acetate, 20% PEG3350.
分辨率 2.50 Å R-free 0.224
3P9P Structure of I274V variant of E. coli KatE 提交 2010-10-18 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–753（753 aa）
链 B 1–753（753 aa）
链 C 1–753（753 aa）
链 D 1–753（753 aa）
突变：I274V 突变：I274V 突变：I274V 突变：I274V HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 8 HDE CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE 17R, 18S × 4 HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
分辨率 1.50 Å R-free 0.185
3P9Q Structure of I274C variant of E. coli KatE 提交 2010-10-18 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–753（753 aa）
链 B 1–753（753 aa）
链 C 1–753（753 aa）
链 D 1–753（753 aa）
突变：I274C 突变：I274C 突变：I274C 突变：I274C HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 HDE CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE 17R, 18S × 4 H2S HYDROSULFURIC ACID × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
分辨率 1.48 Å R-free 0.177
3P9R Structure of I274G variant of E. coli KatE 提交 2010-10-18 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–753（753 aa）
链 B 1–753（753 aa）
链 C 1–753（753 aa）
链 D 1–753（753 aa）
突变：I274G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：I274G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：I274G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：I274G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
分辨率 1.90 Å R-free 0.184
3P9S Structure of I274A variant of E. coli KatE 提交 2010-10-18 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–753（753 aa）
链 B 1–753（753 aa）
链 C 1–753（753 aa）
链 D 1–753（753 aa）
突变：I274A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：I274A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：I274A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：I274A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 HDE CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE 17R, 18S × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
分辨率 1.90 Å R-free 0.191
3PQ2 Structure of I274C variant of E. coli KatE[] - Images 1-6 提交 2010-11-25 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–753（753 aa）
链 B 1–753（753 aa）
链 C 1–753（753 aa）
链 D 1–753（753 aa）
突变：I274C 突变：I274C 突变：I274C 突变：I274C HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 HDE CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE 17R, 18S × 4 H2S HYDROSULFURIC ACID × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.79 Å R-free 0.189
3PQ3 Structure of I274C variant of E. coli KatE[] - Images 7-12 提交 2010-11-25 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–753（753 aa）
链 B 1–753（753 aa）
链 C 1–753（753 aa）
链 D 1–753（753 aa）
突变：I274C 突变：I274C 突变：I274C 突变：I274C HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 HDE CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE 17R, 18S × 4 H2S HYDROSULFURIC ACID × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.79 Å R-free 0.189
3PQ4 Structure of I274C variant of E. coli KatE[] - Images 13-18 提交 2010-11-25 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–753（753 aa）
链 B 1–753（753 aa）
链 C 1–753（753 aa）
链 D 1–753（753 aa）
突变：I274C 突变：I274C 突变：I274C 突变：I274C HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 HDE CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE 17R, 18S × 4 H2S HYDROSULFURIC ACID × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.79 Å R-free 0.189
3PQ5 Structure of I274C variant of E. coli KatE[] - Images 19-24 提交 2010-11-25 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–753（753 aa）
链 B 1–753（753 aa）
链 C 1–753（753 aa）
链 D 1–753（753 aa）
突变：I274C 突变：I274C 突变：I274C 突变：I274C HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 HDE CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE 17R, 18S × 4 H2S HYDROSULFURIC ACID × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.80 Å R-free 0.190
3PQ6 Structure of I274C variant of E. coli KatE[] - Images 25-30 提交 2010-11-25 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–753（753 aa）
链 B 1–753（753 aa）
链 C 1–753（753 aa）
链 D 1–753（753 aa）
突变：I274C 突变：I274C 突变：I274C 突变：I274C HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 HDE CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE 17R, 18S × 4 H2S HYDROSULFURIC ACID × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.80 Å R-free 0.191
3PQ7 Structure of I274C variant of E. coli KatE[] - Images 31-36 提交 2010-11-25 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–753（753 aa）
链 B 1–753（753 aa）
链 C 1–753（753 aa）
链 D 1–753（753 aa）
突变：I274C 突变：I274C 突变：I274C 突变：I274C HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 HDE CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE 17R, 18S × 4 H2S HYDROSULFURIC ACID × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.80 Å R-free 0.190
3PQ8 Structure of I274C variant of E. coli KatE[] - Images 37-42 提交 2010-11-25 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–753（753 aa）
链 B 1–753（753 aa）
链 C 1–753（753 aa）
链 D 1–753（753 aa）
突变：I274C 突变：I274C 突变：I274C 突变：I274C HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 HDE CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE 17R, 18S × 4 H2S HYDROSULFURIC ACID × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.80 Å R-free 0.190
3TTT Structure of F413Y variant of E. coli KatE 提交 2011-09-15 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–753（753 aa）
链 B 1–753（753 aa）
链 C 1–753（753 aa）
链 D 1–753（753 aa）
突变：F413Y 突变：F413Y 突变：F413Y 突变：F413Y HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M lithium chloride, 0.1 M Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.58 Å R-free 0.189
3TTU Structure of F413Y/H128N double variant of E. coli KatE 提交 2011-09-15 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–753（753 aa）
链 B 1–753（753 aa）
链 C 1–753（753 aa）
链 D 1–753（753 aa）
突变：F413Y/H128N 突变：F413Y/H128N 突变：F413Y/H128N 突变：F413Y/H128N HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M lithium chloride, 0.1 M Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.89 Å R-free 0.193
3TTV Structure of the F413E variant of E. coli KatE 提交 2011-09-15 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–753（753 aa）
链 B 1–753（753 aa）
链 C 1–753（753 aa）
链 D 1–753（753 aa）
突变：F413Y/T115A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：F413Y/T115A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：F413Y/T115A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：F413Y/T115A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M lithium chloride, 0.1 M Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.45 Å R-free 0.172
3TTW Structure of the F413E variant of E. coli KatE 提交 2011-09-15 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–753（753 aa）
链 B 1–753（753 aa）
链 C 1–753（753 aa）
链 D 1–753（753 aa）
突变：F413E 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：F413E 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：F413E 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：F413E 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M lithium chloride, 0.1 M Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.62 Å R-free 0.199
3TTX Structure of the F413K variant of E. coli KatE 提交 2011-09-15 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–753（753 aa）
链 B 1–753（753 aa）
链 C 1–753（753 aa）
链 D 1–753（753 aa）
突变：F413K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：F413K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：F413K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：F413K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M lithium chloride, 0.1 M Tris, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.74 Å R-free 0.185
3VU3 Crystal structure of the Hfq and catalase HPII complex 提交 2012-06-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric
链 A 1–753（753 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；0.1M Tris-HCl, 0.18M NaCl, 10% PEG4000, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.85 Å R-free 0.246
4BFL Structure of natively expressed catalase HPII 提交 2013-03-19 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–753（753 aa）
链 B 1–753（753 aa）
链 C 1–753（753 aa）
链 D 1–753（753 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；10 % PEG 20000, 20% PEG 500MME, 30 MM SODIUM NITRATE, 30 MM DISODIUM HYDROGENPHOSPHATE, 30 MM AMMONIUM SULFATE, AND 100 MM MES/IMIDAZOLE PH 6.5
分辨率 1.64 Å R-free 0.202
4ENP Structure of E530A variant E. coli KatE 提交 2012-04-13 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–753（753 aa）
链 B 1–753（753 aa）
链 C 1–753（753 aa）
链 D 1–753（753 aa）
突变：E530A 突变：E530A 突变：E530A 突变：E530A HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
分辨率 1.50 Å R-free 0.162
4ENQ Structure of E530D variant E. coli KatE 提交 2012-04-13 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–753（753 aa）
链 B 1–753（753 aa）
链 C 1–753（753 aa）
链 D 1–753（753 aa）
突变：E530D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：E530D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：E530D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：E530D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
分辨率 1.90 Å R-free 0.207
4ENR Structure of E530I variant E. coli KatE 提交 2012-04-13 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–753（753 aa）
链 B 1–753（753 aa）
链 C 1–753（753 aa）
链 D 1–753（753 aa）
突变：E530I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：E530I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：E530I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：E530I 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
分辨率 1.60 Å R-free 0.193
4ENS Structure of E530Q variant of E. coli KatE 提交 2012-04-13 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–753（753 aa）
链 B 1–753（753 aa）
链 C 1–753（753 aa）
链 D 1–753（753 aa）
突变：E530Q 突变：E530Q 突变：E530Q 突变：E530Q HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
分辨率 1.60 Å R-free 0.184
4ENT Structure of the S234A variant of E. coli KatE 提交 2012-04-13 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–753（753 aa）
链 B 1–753（753 aa）
链 C 1–753（753 aa）
链 D 1–753（753 aa）
突变：S234A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：S234A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：S234A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：S234A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
分辨率 1.70 Å R-free 0.197
4ENU Structure of the S234D variant of E. coli KatE 提交 2012-04-13 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–753（753 aa）
链 B 1–753（753 aa）
链 C 1–753（753 aa）
链 D 1–753（753 aa）
突变：S234D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：S234D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：S234D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：S234D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
分辨率 1.70 Å R-free 0.170
4ENV Structure of the S234I variant of E. coli KatE 提交 2012-04-13 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–753（753 aa）
链 B 1–753（753 aa）
链 C 1–753（753 aa）
链 D 1–753（753 aa）
突变：S234I 突变：S234I 突变：S234I 突变：S234I HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
分辨率 1.70 Å R-free 0.207
4ENW Structure of the S234N variant of E. coli KatE 提交 2012-04-13 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–753（753 aa）
链 B 1–753（753 aa）
链 C 1–753（753 aa）
链 D 1–753（753 aa）
突变：S234N 突变：S234N 突变：S234N 突变：S234N HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；17% PEG3350, 1.6 M LiCl, 0.1 M Tris, pH 9.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
分辨率 1.90 Å R-free 0.221
5BV2 Crystal structure of E. coli HPII catalase variant 提交 2015-06-04 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 P 1–753（753 aa）
链 Q 1–753（753 aa）
链 R 1–753（753 aa）
链 S 1–753（753 aa）
未记录 HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 GOL GLYCEROL × 11 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 39 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 3 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 10 SO4 SULFATE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；2% PEG20000, 15% PEG5000 MME, 0.1 M potassium chloride, 0.1 M manganese acetate, 0.1 M HEPES
分辨率 1.53 Å R-free 0.132
6ZTV Crystal Structure of catalase HPII from Escherichia coli (serendipitously crystallized) 提交 2020-07-20 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–753（753 aa）
链 B 1–753（753 aa）
链 C 1–753（753 aa）
链 D 1–753（753 aa）
突变：S99N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：S99N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：S99N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：S99N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 GOL GLYCEROL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；292 K；0.2 M NaCl, 0.1 M Tris pH 7.5, 20% w/v PEG 4000, 10% MPD
分辨率 1.78 Å R-free 0.229
6ZTW Crystal Structure of catalase HPII from Escherichia coli (serendipitously crystallized) 提交 2020-07-20 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–753（753 aa）
链 B 1–753（753 aa）
链 C 1–753（753 aa）
链 D 1–753（753 aa）
突变：S99N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：S99N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：S99N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：S99N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 4 GOL GLYCEROL × 4 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；292 K；0.1 M Tris pH 7.5, 20% w/v PEG 4000
分辨率 1.84 Å R-free 0.184
6ZTW Crystal Structure of catalase HPII from Escherichia coli (serendipitously crystallized) 提交 2020-07-20 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 1–753（753 aa）
链 F 1–753（753 aa）
链 G 1–753（753 aa）
链 H 1–753（753 aa）
突变：S99N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：S99N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：S99N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：S99N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 5 GOL GLYCEROL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；292 K；0.1 M Tris pH 7.5, 20% w/v PEG 4000
分辨率 1.84 Å R-free 0.184
6ZTX Crystal Structure of catalase HPII from Escherichia coli (serendipitously crystallized) 提交 2020-07-20 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–753（753 aa）
链 B 1–753（753 aa）
链 C 1–753（753 aa）
链 D 1–753（753 aa）
突变：R37S, S99D, K372N, R521S 突变：R37S, S99D, K372N, R521S 突变：R37S, S99D, K372N, R521S 突变：R37S, S99D, K372N, R521S GOL GLYCEROL × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 HDD CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；292 K；0.2 M lithium sulfate monohydrate, 0.1 M Tris pH 8.5, 25% w/v polyethylene glycol 3350
分辨率 1.30 Å R-free 0.162

共 46 个其他 PDB 条目、48 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CATE_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–753； UniProt 1–753 作者链 B； PDB构建体 1–753； UniProt 1–753 作者链 C； PDB构建体 1–753； UniProt 1–753 作者链 D； PDB构建体 1–753； UniProt 1–753

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6by0

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6by0
下载 Download
▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6by0
沉积日期 deposition_date2017-12-19
结构标题 titleCrystal structure of catalase HPII from E. coli in space group P1
关键词 keywordscatalase HPII, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier41.50 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron41.23 Å
零角强度 I(0) i01543460000.00
分子量 molecular_weight326000.0 kDa
排除体积 excluded_volume407430 ų
包络体积 envelope_volume478530 ų
水化壳体积 shell_volume90107 ų
包络直径 envelope_diameter145.0 Å
壳层 Rg shell_rg50.63 Å
包络 Rg envelope_rg41.68 Å
形状 Rg shape_rg41.16 Å
总 Rg total_rg41.82 Å
总原子数 total_atoms23066
残基数 n_residues2895
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax133.7 Å
Rg (实空间) rg_real41.41 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.73 Å
I(0) (实空间) i0_real1.5430e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.3220e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal41.50 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1544000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8731
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary49.3 Å
偏度 Skewness skewness0.361
峰度 Kurtosis kurtosis-0.197
角度范围 angular_range— – 0.1900 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0002
最高正则化参数 α highest_alpha656300000.0000
实空间数据点数 n_real_points39
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.850; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.977; Smooth: 0.819
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_idd6by0a1
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.5 — Heme-dependent catalase-like
超家族 Superfamily superfamilye.5.1 — Heme-dependent catalase-like
家族 Family familye.5.1.1 — Heme-dependent catalases
结构域编号 domain_idd6by0a2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyc.23.16 — Class I glutamine amidotransferase-like
家族 Family familyc.23.16.3 — Catalase, C-terminal domain
结构域编号 domain_idd6by0b1
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.5 — Heme-dependent catalase-like
超家族 Superfamily superfamilye.5.1 — Heme-dependent catalase-like
家族 Family familye.5.1.1 — Heme-dependent catalases
结构域编号 domain_idd6by0b2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyc.23.16 — Class I glutamine amidotransferase-like
家族 Family familyc.23.16.3 — Catalase, C-terminal domain
结构域编号 domain_idd6by0c1
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.5 — Heme-dependent catalase-like
超家族 Superfamily superfamilye.5.1 — Heme-dependent catalase-like
家族 Family familye.5.1.1 — Heme-dependent catalases
结构域编号 domain_idd6by0c2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyc.23.16 — Class I glutamine amidotransferase-like
家族 Family familyc.23.16.3 — Catalase, C-terminal domain
结构域编号 domain_idd6by0d1
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.5 — Heme-dependent catalase-like
超家族 Superfamily superfamilye.5.1 — Heme-dependent catalase-like
家族 Family familye.5.1.1 — Heme-dependent catalases
结构域编号 domain_idd6by0d2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyc.23.16 — Class I glutamine amidotransferase-like
家族 Family familyc.23.16.3 — Catalase, C-terminal domain

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id6by0A01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology180 — Catalase HpII, Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Catalase core domain
结构域编号 domain_id6by0A02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1370 — Hemocyanin, N-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Catalase, four-helical domain
结构域编号 domain_id6by0A03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily880 — Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain
结构域编号 domain_id6by0B01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology180 — Catalase HpII, Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Catalase core domain
结构域编号 domain_id6by0B02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1370 — Hemocyanin, N-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Catalase, four-helical domain
结构域编号 domain_id6by0B03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily880 — Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain
结构域编号 domain_id6by0C01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology180 — Catalase HpII, Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Catalase core domain
结构域编号 domain_id6by0C02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1370 — Hemocyanin, N-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Catalase, four-helical domain
结构域编号 domain_id6by0C03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily880 — Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain
结构域编号 domain_id6by0D01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology180 — Catalase HpII, Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Catalase core domain
结构域编号 domain_id6by0D02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1370 — Hemocyanin, N-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Catalase, four-helical domain
结构域编号 domain_id6by0D03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily880 — Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain
▶

8. 引用文献 (1)

▶

9. 文件与曲线 (10)