6c1r

Crystal structure of human C5a receptor in complex with an orthosteric antagonist PMX53 and an allosteric antagonist avacopan

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Soluble cytochrome b562, C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1 chimera

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 2	PMX53 × 1 avacopan × 1 MALONATE ION × 2 SODIUM ION × 1 TRIETHYLENE GLYCOL × 1 (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 2 OLEIC ACID × 4 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	C562_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 10–115； UniProt 23–128

Soluble cytochrome b562, C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1 chimera

Homo sapiens

UniProt P21730

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 2	PMX53 × 1 avacopan × 1 MALONATE ION × 2 SODIUM ION × 1 TRIETHYLENE GLYCOL × 1 (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 2 OLEIC ACID × 4 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	C5AR1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 116–417； UniProt 30–331

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6c1r
沉积日期 deposition_date	2018-01-05
结构标题 title	Crystal structure of human C5a receptor in complex with an orthosteric antagonist PMX53 and an allosteric antagonist avacopan
关键词 keywords	GPCR, MEMBRANE PROTEIN-INHIBITOR complex; MEMBRANE PROTEIN/INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6c1r__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6c1r__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6c1r__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	25.98 Å
Rg（电子密度）	24.97 Å
总 Rg	25.74 Å
原子数	3042
残基数	374
排除体积	56414 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6c1r__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Soluble cytochrome b562, C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1 chimera
分子量 formula_weight	47505.5 kDa
突变 mutation	M29W, H124I, R128L
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	3087

DYKDDDDVDADLEDNWETLNDNLKVIEKADNAAQVKDALTKMRAAALDAQKATPPKLEDKSPDSPEMKDFRHGFDILVGQIDDALKLANEGKVKEAQAAAEQLKTTRNAYIQKYLSNTLRVPDILALVIFAVVFLVGVLGNALVVWVTAFEAKRTINAIWFLNLAVADFLSCLALPILFTSIVQHHHWPFGGAACSILPSLILLNMYASILLLATISADRFLLVFKPIWCQNFRGAGLAWIACAVAWGLALLLTIPSFLYRVVREEYFPPKVLCGVDYSHDKRRERAVAIVRLVLGFLWPLLTLTICYTFILLRTWSRRATRSTKTLKVVVAVVASFFIFWLPYQVTGIMMSFLEPSSPTFLLLKKLDSLCVSFAYINCCINPIIYVVAGQGFQGRLRKSLPSLLRNVLTEESVVRENLYFQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	PMX53
分子量 formula_weight	899.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

XFAPAWR

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	avacopan
分子量 formula_weight	581.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MALONATE ION
分子量 formula_weight	102.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	TRIETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	150.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	(2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate
分子量 formula_weight	356.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	OLEIC ACID
分子量 formula_weight	282.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 9 Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	45

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晶胞边长 a length_a	58.411 Å
晶胞边长 b length_b	52.608 Å
晶胞边长 c length_c	83.865 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	106.08 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	27.359 Å
R 因子 r_factor	0.1939
R_work r_work	0.1923
R_free r_free	0.2235

Crystal structure of human C5a receptor in complex with an orthosteric antagonist PMX53 and an allosteric antagonist avacopan

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Soluble cytochrome b562, C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1 chimera

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Soluble cytochrome b562, C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1 chimera

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6c1r__assembly_1__model_1

6c1r__assembly_1__model_1 | I(q)

6c1r__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of human C5a receptor in complex with an orthosteric antagonist PMX53 and an allosteric antagonist avacopan

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Soluble cytochrome b562, C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1 chimera

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Soluble cytochrome b562, C5a anaphylatoxin chemotactic receptor 1 chimera

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6c1r__assembly_1__model_1

6c1r__assembly_1__model_1 | I(q)

6c1r__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

7. 引用文献 (1)