SAXSdb — 6ch1

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Flagellar biosynthesis protein FlhA

Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720)

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 360–692	片段：UNP residues 360-692	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；tri-ammonium citrate, PEG3350	分辨率 1.90 Å R-free 0.237

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6CH1	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3A5I Structure of the cytoplasmic domain of FlhA 提交 2009-08-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 328–692（365 aa）片段：FlhAc, UNP residues 328-692	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；10-15% PEG300, 4-6% PEG8000, 0.1M Tris-HCl, 0.5mM EDTA, 10-15% glycerol, pH8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.290
3A5I Structure of the cytoplasmic domain of FlhA 提交 2009-08-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 328–692（365 aa）片段：FlhAc, UNP residues 328-692	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；10-15% PEG300, 4-6% PEG8000, 0.1M Tris-HCl, 0.5mM EDTA, 10-15% glycerol, pH8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.290
6AI0 Structure of the 328-692 fragment of FlhA (orthorhombic form) 提交 2018-08-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 328–692（365 aa）片段：cytoplasmic fragment, residues 328-692	未记录	MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 1 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M HEPES NaOH pH 7.5, 10% (w/v) PEG-8000, 0.4M Ca(OAc)2	分辨率 2.40 Å R-free 0.277
6AI0 Structure of the 328-692 fragment of FlhA (orthorhombic form) 提交 2018-08-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 328–692（365 aa）片段：cytoplasmic fragment, residues 328-692	未记录	MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M HEPES NaOH pH 7.5, 10% (w/v) PEG-8000, 0.4M Ca(OAc)2	分辨率 2.40 Å R-free 0.277
6AI1 Structure of the 328-692 fragment of FlhA (D456V) 提交 2018-08-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 328–692（365 aa）片段：cytoplasmic fragment, residues 328-692	突变：D456V	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30% PEG-400, 0.1M HEPES pH 7.5, 0.25M NaCl	分辨率 3.50 Å R-free 0.241
6AI1 Structure of the 328-692 fragment of FlhA (D456V) 提交 2018-08-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 328–692（365 aa）片段：cytoplasmic fragment, residues 328-692	突变：D456V	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30% PEG-400, 0.1M HEPES pH 7.5, 0.25M NaCl	分辨率 3.50 Å R-free 0.241
6AI2 Structure of the 328-692 fragment of FlhA (F459A) 提交 2018-08-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 328–692（365 aa）片段：cytoplasmic fragment, residues 328-692	突变：F459A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.2；293 K；20% (w/v) PEG 3350, 0.15M K2HPO4	分辨率 3.30 Å R-free 0.257
6AI2 Structure of the 328-692 fragment of FlhA (F459A) 提交 2018-08-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 328–692（365 aa）片段：cytoplasmic fragment, residues 328-692	突变：F459A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.2；293 K；20% (w/v) PEG 3350, 0.15M K2HPO4	分辨率 3.30 Å R-free 0.257
6AI3 Structure of the 328-692 fragment of FlhA (T490M) 提交 2018-08-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 328–692（365 aa）片段：cytoplasmic fragment, residues 328-692	突变：T490M	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；HEPES NaOH pH 7.5, 27% (w/v) PEG 400, 0.23M NaCl	分辨率 3.30 Å R-free 0.258
6AI3 Structure of the 328-692 fragment of FlhA (T490M) 提交 2018-08-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 328–692（365 aa）片段：cytoplasmic fragment, residues 328-692	突变：T490M	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；HEPES NaOH pH 7.5, 27% (w/v) PEG 400, 0.23M NaCl	分辨率 3.30 Å R-free 0.258
6CH2 Crystal structure of the cytoplasmic domain of FlhA and FliT-FliD complex 提交 2018-02-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 360–692（333 aa）片段：unp residues 360-692	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；CaCl2, PEG8000, Sodium cacodylate	分辨率 2.70 Å R-free 0.266
6CH2 Crystal structure of the cytoplasmic domain of FlhA and FliT-FliD complex 提交 2018-02-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 360–692（333 aa）片段：unp residues 360-692	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；CaCl2, PEG8000, Sodium cacodylate	分辨率 2.70 Å R-free 0.266
6CH2 Crystal structure of the cytoplasmic domain of FlhA and FliT-FliD complex 提交 2018-02-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 360–692（333 aa）片段：unp residues 360-692	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；CaCl2, PEG8000, Sodium cacodylate	分辨率 2.70 Å R-free 0.266
6CH3 Crystal structure of the cytoplasmic domain of FlhA and FliS-FliC complex 提交 2018-02-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 360–690（331 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；tascimate	分辨率 2.68 Å R-free 0.258
7CTN Structure of the 328-692 fragment of FlhA (E351A/D356A) 提交 2020-08-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 328–692（365 aa）	突变：E351A/D356A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1M Tirs HCl pH 8.5, 20 % (w/v) PEG 8000, 0.2M MgCl2	分辨率 2.80 Å R-free 0.290
7CTN Structure of the 328-692 fragment of FlhA (E351A/D356A) 提交 2020-08-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 328–692（365 aa）	突变：E351A/D356A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1M Tirs HCl pH 8.5, 20 % (w/v) PEG 8000, 0.2M MgCl2	分辨率 2.80 Å R-free 0.290

共 8 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FLHA_SALTY
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–337； UniProt 360–692

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6ch1
沉积日期 deposition_date	2018-02-21
结构标题 title	Crystal structure of the cytoplasmic domain of FlhA in monomeric form
关键词 keywords	flagellar, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.70 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.59 Å
零角强度 I(0) i0	23110200.00
分子量 molecular_weight	37049.0 kDa
排除体积 excluded_volume	46710 Å³
包络体积 envelope_volume	57785 Å³
水化壳体积 shell_volume	21665 Å³
包络直径 envelope_diameter	73.6 Å
壳层 Rg shell_rg	28.95 Å
包络 Rg envelope_rg	22.58 Å
形状 Rg shape_rg	22.60 Å
总 Rg total_rg	23.42 Å
总原子数 total_atoms	5280
残基数 n_residues	332
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	72.8 Å
Rg (实空间) rg_real	23.61 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.41 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.3110e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.1540e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.64 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	23110000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9133
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.160
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.597
角度范围 angular_range	— – 0.3350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4676000.0000
实空间数据点数 n_real_points	65
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.964; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.977

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Flagellar biosynthesis protein FlhA
分子量 formula_weight	36982.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5519

QGGGEDSLGMEVGYRLIPMVDFQQDGELLGRIRSIRKKFAQDMGFLPPVVHIRDNMDLQPARYRILMKGVEIGSGDAYPGRWLAINPGTAAGTLPGEKTVDPAFGLDAIWIESALKEQAQIQGFTVVEASTVVATHLNHLIGQFSAELFGRQEAQQLLDRVSQEMPKLTEDLVPGVVTLTTLHKVLQNLLAEKVPIRDMRTILETLAEHAPLQSDPHELTAVVRVALGRAITQQWFPGNEEVQVIGLDTALERLLLQALQGGGGLEPGLADRLLAQTQEALSRQEMLGAPPVLLVNHALRPLLSRFLRRSLPQLVVLSNLELSDNRHIRMTATIGGK

来源 Source

来源生物 organism	Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	99287
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	211

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	6ch1A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — FHIPEP family, domain 1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	40.380 Å
晶胞边长 b length_b	49.970 Å
晶胞边长 c length_c	50.950 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	78.04 °
晶胞夹角 β angle_beta	68.99 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	80.66 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	19.920 Å
R 因子 r_factor	0.2000
R_work r_work	0.1980
R_free r_free	0.2370

fit	/app/data/saxs_computation/ch/6ch1/6ch1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ch/6ch1/6ch1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ch/6ch1/6ch1.dat

Crystal structure of the cytoplasmic domain of FlhA in monomeric form

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Flagellar biosynthesis protein FlhA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction