SAXSdb — 6cw3

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone acetyltransferase GCN5

Saccharomyces cerevisiae S288c

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 67–317	未记录	antibody heavy chain × 1 antibody light chain × 1 Transcriptional adapter 2 × 1 （Q02336） ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：MICROBATCH；pH 7；294 K；100 mM succinic acid pH 7.0, 15% w/v PEG3350	分辨率 1.98 Å R-free 0.227
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 67–317	未记录	antibody heavy chain × 1 antibody light chain × 1 Transcriptional adapter 2 × 1 （Q02336） ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：MICROBATCH；pH 7；294 K；100 mM succinic acid pH 7.0, 15% w/v PEG3350	分辨率 1.98 Å R-free 0.227

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6CW3	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1E6I Bromodomain from GCN5 complexed with acetylated H4 peptide 提交 2000-08-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 319–439（121 aa）片段：BROMODOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；2.2M AMMONIUM SULPHATE, 20% V/V GLYCEROL, 4MM DITHIOTHREITOL, 100 MM HEPES PH 7.5, 125MM NACL 5:1 PEPTIDE:PROTEIN	分辨率 1.87 Å R-free 0.209
1YGH HAT DOMAIN OF GCN5 FROM SACCHAROMYCES CEREVISIAE 提交 1999-05-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 99–262（164 aa）片段：HISTONE ACETYLTRANSFERASE DOMAIN	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；400 MM AMMONIUM SULFATE, 20% - 25% PEG 8000, pH 6.0	分辨率 1.90 Å R-free 0.236
1YGH HAT DOMAIN OF GCN5 FROM SACCHAROMYCES CEREVISIAE 提交 1999-05-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 99–262（164 aa）片段：HISTONE ACETYLTRANSFERASE DOMAIN	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；400 MM AMMONIUM SULFATE, 20% - 25% PEG 8000, pH 6.0	分辨率 1.90 Å R-free 0.236
6CW2 Crystal structure of a yeast SAGA transcriptional coactivator Ada2/Gcn5 HAT subcomplex, crystal form 1 提交 2018-03-29	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 67–317（251 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 8.5；294 K；10 mM Tris-Cl pH 8.5, 200 mM Li2SO4, 25% w/v PEG3350	分辨率 2.67 Å R-free 0.284
6CW2 Crystal structure of a yeast SAGA transcriptional coactivator Ada2/Gcn5 HAT subcomplex, crystal form 1 提交 2018-03-29	实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 67–317（251 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 8.5；294 K；10 mM Tris-Cl pH 8.5, 200 mM Li2SO4, 25% w/v PEG3350	分辨率 2.67 Å R-free 0.284

共 3 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GCN5_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 4–254； UniProt 67–317 作者链 H； PDB构建体 4–254； UniProt 67–317

Transcriptional adapter 2

Saccharomyces cerevisiae S288c

UniProt Q02336

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 1–120	未记录	antibody heavy chain × 1 antibody light chain × 1 Histone acetyltransferase GCN5 × 1 （Q03330） ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：MICROBATCH；pH 7；294 K；100 mM succinic acid pH 7.0, 15% w/v PEG3350	分辨率 1.98 Å R-free 0.227
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 1–120	未记录	antibody heavy chain × 1 antibody light chain × 1 Histone acetyltransferase GCN5 × 1 （Q03330） ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：MICROBATCH；pH 7；294 K；100 mM succinic acid pH 7.0, 15% w/v PEG3350	分辨率 1.98 Å R-free 0.227

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6CW3	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2ELJ Solution structure of the SWIRM domain of baker's yeast Transcriptional adapter 2 提交 2007-03-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 354–434（81 aa）片段：SWIRM	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；296 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成 0.3mM sample U-15N,13C; 20mM d-Tris-HCl; 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ADA2_YEAST
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–120； UniProt 1–120 作者链 G； PDB构建体 1–120； UniProt 1–120

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6cw3
沉积日期 deposition_date	2018-03-29
结构标题 title	Crystal structure of a yeast SAGA transcriptional coactivator Ada2/Gcn5 HAT subcomplex, crystal form 2
关键词 keywords	Ada2/Gcn5 structure, GENE REGULATION; GENE REGULATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	43.32 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	43.75 Å
零角强度 I(0) i0	385246000.00
分子量 molecular_weight	158840.0 kDa
排除体积 excluded_volume	198350 Å³
包络体积 envelope_volume	272650 Å³
水化壳体积 shell_volume	57914 Å³
包络直径 envelope_diameter	206.1 Å
壳层 Rg shell_rg	43.40 Å
包络 Rg envelope_rg	44.09 Å
形状 Rg shape_rg	43.64 Å
总 Rg total_rg	44.09 Å
总原子数 total_atoms	11175
残基数 n_residues	1470
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	118.1 Å
Rg (实空间) rg_real	40.32 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.34 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.6660e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.3760e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	43.32 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	384900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6782
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	45.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.446
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.253
角度范围 angular_range	— – 0.1800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.9912
最高正则化参数 α highest_alpha	28080000.0000
实空间数据点数 n_real_points	37
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.010; Oscil: 0.961; Stabil: 0.978; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	antibody heavy chain
分子量 formula_weight	25089.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	11837

EISEVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFNFSSSYIHWVRQAPGKGLEWVASIYSYYGSTYYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARWWQGMYEMGYGMDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	antibody light chain
分子量 formula_weight	23338.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

SDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSVSSAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASSLYSGVPSRFSGSRSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQGWANLITFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDSQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Histone acetyltransferase GCN5
分子量 formula_weight	29357.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.1.48
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,H

MGSVTDVEKGIVKFEFDGVEYTFKERPSVVEENEGKIEFRVVNNDNTKENMMVLTGLKNIFQKQLPKMPKEYIARLVYDRSHLSMAVIRKPLTVVGGITYRPFDKREFAEIVFCAISSTEQVRGYGAHLMNHLKDYVRNTSNIKYFLTYADNYAIGYFKKQGFTKEITLDKSIWMGYIKDYEGGTLMQCSMLPRIRYLDAGKILLLQEAALRRKIRTISKSHIVRPGLEQFKDLNNIKPIDPMTIPGLKEAGWT

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288c
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Transcriptional adapter 2
分子量 formula_weight	13858.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,G

GSNKFHCDVCSADCTNRVRVSCAICPEYDLCVPCFSQGSYTGKHRPYHDYRIIETNSYPILCPDWGADEELQLIKGAQTLGLGNWQDIADHIGSRGKEEVKEHYLKYYLESKYYPIPDITAG

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288c
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	662

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d6cw3a_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d6cw3b1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6cw3b2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d6cw3c_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d6cw3d1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6cw3d2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	6cw3A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6cw3B01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6cw3B02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6cw3C02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6cw3D01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6cw3D02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	101.657 Å
晶胞边长 b length_b	104.061 Å
晶胞边长 c length_c	166.335 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.980 Å
最低分辨率 resolution_low	88.219 Å
R 因子 r_factor	0.2037
R_work r_work	0.2025
R_free r_free	0.2273

fit	/app/data/saxs_computation/cw/6cw3/6cw3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/cw/6cw3/6cw3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/cw/6cw3/6cw3.dat

Crystal structure of a yeast SAGA transcriptional coactivator Ada2/Gcn5 HAT subcomplex, crystal form 2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone acetyltransferase GCN5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Transcriptional adapter 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)