6czq

A V-to-F substitution in SK2 channels causes Ca2+ hypersensitivity and improves locomotion in a C. elegans ALS model

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 84.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Small conductance calcium-activated potassium channel protein 2

Rattus norvegicus

UniProt P70604

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 395–487 片段:residues 395-487 突变:A395G, V407F Calmodulin-1 × 1 (P0DP29) SO4 SULFATE ION × 3 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 5.6;293.15 K;0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate 0.5 M Ammonium sulfate 1.5 M Lithium sulfate monohydrate 分辨率 2.20 Å R-free 0.249

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 17 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KCNN2_RAT
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–93; UniProt 395–487

Calmodulin-1

Rattus norvegicus

UniProt P0DP29

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 R; UniProt 5–148 片段:residues 5-148 Small conductance calcium-activated potassium channel protein 2 × 1 (P70604) SO4 SULFATE ION × 3 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 5.6;293.15 K;0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate 0.5 M Ammonium sulfate 1.5 M Lithium sulfate monohydrate 分辨率 2.20 Å R-free 0.249

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 32 个其他 PDB 条目、32 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CALM1_RAT
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 R; PDB构建体 3–146; UniProt 5–148

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6czq

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6czq
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6czq
沉积日期 deposition_date2018-04-09
结构标题 titleA V-to-F substitution in SK2 channels causes Ca2+ hypersensitivity and improves locomotion in a C. elegans ALS model
关键词 keywordsCalcium binding protein, metal transport; METAL TRANSPORT
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier25.08
回转半径 Rg (电子) rg_electron24.70
零角强度 I(0) i015040100.00
分子量 molecular_weight28034.0 kDa
排除体积 excluded_volume34569 ų
包络体积 envelope_volume47406 ų
水化壳体积 shell_volume17622 ų
包络直径 envelope_diameter88.9
壳层 Rg shell_rg28.92
包络 Rg envelope_rg24.66
形状 Rg shape_rg24.70
总 Rg total_rg25.24
总原子数 total_atoms1955
残基数 n_residues241
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax84.0
Rg (实空间) rg_real25.17
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.67
I(0) (实空间) i0_real1.5040e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.3020e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal25.14
I(0) (倒空间) i0_reciprocal15040000.0000
解质量估计 total_estimate0.8771
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary22.7
偏度 Skewness skewness0.302
峰度 Kurtosis kurtosis-0.611
角度范围 angular_range— – 0.3150 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1155000.0000
实空间数据点数 n_real_points64
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.888; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.737; Smooth: 0.996

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd6czqr1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamilya.39.1 — EF-hand
家族 Family familya.39.1.5 — Calmodulin-like
结构域编号 domain_idd6czqr2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id6czqB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70
结构域编号 domain_id6czqR01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — EF-hand

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)