6d09

Crystal structure of PT2440 bound to HIF2a-B:ARNT-B complex

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 70.5 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Endothelial PAS domain-containing protein 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 239–350	片段：residues 239-350 突变：R14E	Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator × 1 （P27540） FOJ 3-{[(3R)-4-(difluoromethyl)-2,2-difluoro-3-hydroxy-1,1-dioxo-2,3-dihydro-1H-1-benzothiophen-5-yl]oxy}-5-fluorobenzonitrile × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；293 K；50 mM Bis-Tris pH5.4 and 16% PEG3350. Seeding with crushed crystals right after setup	分辨率 1.85 Å R-free 0.282
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 239–350	片段：residues 239-350 突变：R14E	Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator × 1 （P27540） FOJ 3-{[(3R)-4-(difluoromethyl)-2,2-difluoro-3-hydroxy-1,1-dioxo-2,3-dihydro-1H-1-benzothiophen-5-yl]oxy}-5-fluorobenzonitrile × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；293 K；50 mM Bis-Tris pH5.4 and 16% PEG3350. Seeding with crushed crystals right after setup	分辨率 1.85 Å R-free 0.282

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6D09	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1P97 NMR structure of the C-terminal PAS domain of HIF2a 提交 2003-05-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 240–350（111 aa）片段：C-terminal PAS domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.3；303 K；离子强度（mmCIF原始值）15 mM - 75 mM；压力 ambient NMR样品组成 0.9mM HIF2a (240-350) U-15N,13C; 50 mM Tris buffer, 15 mM NaCl, 5 mM DTT (pH 7.3); 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2A24 HADDOCK Structure of HIF-2a/ARNT PAS-B Heterodimer 提交 2005-06-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 242–348（107 aa）片段：C-terminal PAS domain (PAS-B)	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.5；离子强度（mmCIF原始值）50mM Tris, 17mM NaCl, 5mM DTT NMR样品组成 250 micro M (15N)HIF-2alpha PAS-B (240-350) + 1mM ARNT PAS-B (356-470), 50mM Tris (pH=7.5), 17mM NaCl, 5mM DTT NMR样品组成 250 micro M (15N)ARNT PAS-B (356-470) + 1mM HIF-2alpha PAS-B (240-350), 50mM Tris (pH=7.5), 17mM NaCl, 5mM DTT	分辨率未提供
3F1N Crystal structure of a high affinity heterodimer of HIF2 alpha and ARNT C-terminal PAS domains, with internally bound ethylene glycol. 提交 2008-10-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 239–350（112 aa）片段：HIF2 alpha C-terminal PAS domain	突变：R247E	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 vapor diffusion combined with microseeding；pH 6.5；293 K；30% PEG 3350, 0.1M BisTris, 0.05M Tris, 0.017M NaCl, 0.005M DTT, pH 6.5, vapor diffusion combined with microseeding, temperature 293K	分辨率 1.48 Å R-free 0.199
3F1O Crystal structure of the high affinity heterodimer of HIF2 alpha and ARNT C-terminal PAS domains, with an internally-bound artificial ligand 提交 2008-10-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 239–350（112 aa）片段：HIF2 alpha C-terminal PAS domain	突变：R247E	2XY N-[2-nitro-4-(trifluoromethyl)phenyl]morpholin-4-amine × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 vapor diffusion combined with microseeding；pH 6.5；293 K；30% PEG 3350, 0.1M BisTris, 0.05M Tris, 0.017M NaCl, 0.005M DTT , pH 6.5, vapor diffusion combined with microseeding, temperature 293K	分辨率 1.60 Å R-free 0.203
3F1P Crystal structure of a high affinity heterodimer of HIF2 alpha and ARNT C-terminal PAS domains 提交 2008-10-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 239–350（112 aa）片段：HIF2 alpha C-terminal PAS domain	突变：R247E	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 vapor diffusion combined with microseeding；pH 6.5；293 K；30% PEG3350, 0.1M BisTris, 0.05M Tris, 0.017M NaCl, 0.005M DTT, pH 6.5, vapor diffusion combined with microseeding, temperature 293K	分辨率 1.17 Å R-free 0.167
3H7W Crystal structure of the high affinity heterodimer of HIF2 alpha and ARNT C-terminal PAS domains with the artificial ligand THS017 提交 2009-04-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 239–350（112 aa）片段：HIF2alpha C-terminal PAS domain (UNP residues 239 to 350)	突变：R247E	018 2-nitro-N-(thiophen-3-ylmethyl)-4-(trifluoromethyl)aniline × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.1M BisTris, 17% PEG3350, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.65 Å R-free 0.236
3H82 Crystal structure of the high affinity heterodimer of HIF2 alpha and ARNT C-terminal PAS domains with the artificial ligand THS020 提交 2009-04-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 239–350（112 aa）片段：HIF2alpha C-terminal PAS domain (UNP residues 239 to 350)	突变：R247E	020 N-(furan-2-ylmethyl)-2-nitro-4-(trifluoromethyl)aniline × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；0.1M BisTris, 25% PEG3350, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.50 Å R-free 0.234
4GHI Crystal structure of the high affinity heterodimer of HIF2 alpha and ARNT C-terminal PAS domains in complex with a benzoxadiazole antagonist 提交 2012-08-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 239–350（112 aa）片段：C-terminal PAS domain, UNP residues 239-350	突变：R247E	0X3 N-(3-chloro-5-fluorophenyl)-4-nitro-2,1,3-benzoxadiazol-5-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；293 K；20% PEG400 50 mM BisTris, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.50 Å R-free 0.196
4GS9 Crystal structure of the high affinity heterodimer of HIF2 alpha and ARNT C-terminal PAS domains in complex with an inactive benzoxadiazole antagonist 提交 2012-08-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 239–350（112 aa）片段：HIF2 PAS-B domain, UNP residues 239-350	突变：R247E	0XB N-(3-fluorophenyl)-4-nitro-2,1,3-benzoxadiazol-5-amine × 1 PE8 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；293 K；20% PEG 3350 50 mM BISTRIS, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.72 Å R-free 0.202
4PKY ARNT/HIF transcription factor/coactivator complex 提交 2014-05-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 G 239–350（112 aa）片段：C-terminal PAS 2 and PAC domain residues 239-350	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；1.6 M magnesium sulfate, 0.1 M MES pH 6.5, 20% (w/v) ethylene glycol	分辨率 3.20 Å R-free 0.270
4XT2 Crystal structure of the high affinity heterodimer of HIF2 alpha and ARNT C-terminal PAS domains in complex with a tetrazole-containing antagonist 提交 2015-01-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 239–350（112 aa）片段：C-terminal PAS domain (UNP residues 239-350)	突变：R247E	43L (5S,7R)-5,7-bis(3-bromophenyl)-4,5,6,7-tetrahydrotetrazolo[1,5-a]pyrimidine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293.15 K；2 uL 500 uM protein against 100 mM Bis-Tris, 25% PEG3350	分辨率 1.70 Å R-free 0.192
4XT2 Crystal structure of the high affinity heterodimer of HIF2 alpha and ARNT C-terminal PAS domains in complex with a tetrazole-containing antagonist 提交 2015-01-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 239–350（112 aa）片段：C-terminal PAS domain (UNP residues 239-350)	突变：R247E	43L (5S,7R)-5,7-bis(3-bromophenyl)-4,5,6,7-tetrahydrotetrazolo[1,5-a]pyrimidine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293.15 K；2 uL 500 uM protein against 100 mM Bis-Tris, 25% PEG3350	分辨率 1.70 Å R-free 0.192
5KIZ Solution Structure of a repacked version of HIF-2 alpha PAS-B 提交 2016-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 239–349（111 aa）片段：residues 239-349	突变：H248F, Y278S, Y281W, G323M, C339A	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 1 NMR样品组成 0.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] HIF-2 alpha D1, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
5TBM Crystal structure of PT2385 bound to HIF2a-B:ARNT-B complex 提交 2016-09-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 237–348（112 aa）片段：UNP residues 237-248	未记录	79A 3-{[(1S)-2,2-difluoro-1-hydroxy-7-(methylsulfonyl)-2,3-dihydro-1H-inden-4-yl]oxy}-5-fluorobenzonitrile × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.4；293 K；50 mM Bis-Tris pH5.4, 16% PEG 3350. use freshly crushed crystal as seed.	分辨率 1.85 Å R-free 0.300
5TBM Crystal structure of PT2385 bound to HIF2a-B:ARNT-B complex 提交 2016-09-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 237–348（112 aa）片段：UNP residues 237-248	未记录	79A 3-{[(1S)-2,2-difluoro-1-hydroxy-7-(methylsulfonyl)-2,3-dihydro-1H-inden-4-yl]oxy}-5-fluorobenzonitrile × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.4；293 K；50 mM Bis-Tris pH5.4, 16% PEG 3350. use freshly crushed crystal as seed.	分辨率 1.85 Å R-free 0.300
5UFP Crystal structure of PT2399 bound to HIF2a-B:ARNT-B complex 提交 2017-01-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 239–348（110 aa）片段：UNP residues 239-348	未记录	86D 3-({(1S)-7-[(difluoromethyl)sulfonyl]-2,2-difluoro-1-hydroxy-2,3-dihydro-1H-inden-4-yl}oxy)-5-fluorobenzonitrile × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；293 K；complex of HIF2-B:ARNT-B 10-12 mg/mL in 10 mM Tris-HCl, pH8.0 and 50 mM KCl; Crystallization buffer of 50 mM Bis-Tris, pH5.4 and 16% PEG3350.	分辨率 1.90 Å R-free 0.271
6CZW Crystal structure of PT1940 bound to HIF2a-B:ARNT-B complex 提交 2018-04-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 239–350（112 aa）片段：residues 239-348	突变：R14E	FO7 {2-bromo-3-(3-chloro-5-fluorophenoxy)-6-[(difluoromethyl)sulfonyl]phenyl}methanol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；293 K；50 mM Bis-Tris pH5.4, 16% PEG 3350. Seed with crushed crystal right after drops are set up	分辨率 1.60 Å R-free 0.251
6CZW Crystal structure of PT1940 bound to HIF2a-B:ARNT-B complex 提交 2018-04-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 239–350（112 aa）片段：residues 239-348	突变：R14E	FO7 {2-bromo-3-(3-chloro-5-fluorophenoxy)-6-[(difluoromethyl)sulfonyl]phenyl}methanol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；293 K；50 mM Bis-Tris pH5.4, 16% PEG 3350. Seed with crushed crystal right after drops are set up	分辨率 1.60 Å R-free 0.251
6D0B Crystal structure of PT1614 bound to HIF2a-B:ARNT-B complex 提交 2018-04-10	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 239–350（112 aa）片段：residues 239-350	突变：R14E	FOV N-(3-chloro-5-fluorophenyl)-2-nitro-4-(trifluoromethanesulfonyl)aniline × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；293 K；Bis-Tris pH5.4, 16% PEG3350. Seeding right after setup using crushed crystals	分辨率 1.60 Å R-free 0.235
6D0B Crystal structure of PT1614 bound to HIF2a-B:ARNT-B complex 提交 2018-04-10	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 239–350（112 aa）片段：residues 239-350	突变：R14E	FOV N-(3-chloro-5-fluorophenyl)-2-nitro-4-(trifluoromethanesulfonyl)aniline × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；293 K；Bis-Tris pH5.4, 16% PEG3350. Seeding right after setup using crushed crystals	分辨率 1.60 Å R-free 0.235
6D0C Crystal structure of HIF2a-B:ARNT-B complex 提交 2018-04-10	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 239–350（112 aa）片段：residues 239-350	突变：R247E, E362R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；293 K；Bis-Tris, pH5.4 and 16% PEG3350, Seeding with crushed crystals right after setup	分辨率 1.50 Å R-free 0.240
6I7Q Structure of pVHL-elongin B-elongin C (VCB) in complex with hydroxylated-HIF-2alpha (523-542) in the C2221 form 提交 2018-11-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 H 523–542（20 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.8；293 K；0.1M Cacodyl-Na pH 5.8, 0.1M Mg formate, 50 mM Cystamine, 22 % PEG3350	分辨率 1.80 Å R-free 0.237
6I7R Structure of pVHL-elongin B-elongin C (VCB) in complex with hydroxylated-HIF-2alpha (523-542) in the P43212 form 提交 2018-11-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 H 523–542（20 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	FMT FORMIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.8；293 K；0.1M Cacodyl-Na pH 5.8, 0.1M Mg Formate, 50mM Cystamine, 22% PEG3350	分辨率 1.95 Å R-free 0.203
6X21 Crystal structure of PT1673 bound to HIF2a-B:ARNT-B complex 提交 2020-05-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 239–348（110 aa）	突变：R247E	UKJ 1-(3-bromo-5-fluorophenoxy)-4-[(difluoromethyl)sulfonyl]-2-nitrobenzene × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；293 K；Bis-Tris, pH5.4, 16% PEG3350	分辨率 1.54 Å R-free 0.233
6X28 Crystal structure of PT2243 bound to HIF2a-B:ARNT-B complex 提交 2020-05-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 239–348（110 aa）	突变：R247E	ULG (1R)-4-(3,5-difluorophenoxy)-7-(trifluoromethyl)-2,3-dihydro-1H-inden-1-ol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；293 K；Bis-Tris, pH5.4, 16% PEG3350	分辨率 1.92 Å R-free 0.287
6X2H Crystal structure of PT2863 bound to HIF2a-B:ARNT-B complex 提交 2020-05-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 239–348（110 aa）	未记录	ULD cis-3-({(1S)-7-[dihydroxy(trifluoromethyl)-lambda~4~-sulfanyl]-2,2-difluoro-1-hydroxy-2,3-dihydro-1H-inden-4-yl}oxy)cyclobutane-1-carbonitrile × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；293 K；Bis-Tris pH5.4, 16% 3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.258
6X37 Crystal structure of PT3245 bound to HIF2a-B:ARNT-B complex 提交 2020-05-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 239–348（110 aa）	突变：R247E	ULS 3-fluoro-5-{[(7R)-7-hydroxy-1-(trifluoromethyl)-6,7-dihydro-5H-cyclopenta[c]pyridin-4-yl]oxy}benzonitrile × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；293 K；Bis-Tris, pH5.4, 16% PEG 3350	分辨率 1.94 Å R-free 0.282
6X3D Crystal structure of PT3388 bound to HIF2a-B:ARNT-B complex 提交 2020-05-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 239–348（110 aa）	突变：R247E	ULM (6R,7S)-4-[(3,3-difluorocyclobutyl)oxy]-6-fluoro-1-(trifluoromethyl)-6,7-dihydro-5H-cyclopenta[c]pyridin-7-ol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；293 K；Bis-Tris, pH5.4 and 16% PEG 3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.277
7Q5V HIF PROLYL HYDROXYLASE 2 (PHD2/EGLN1) IN COMPLEX WITH N-OXALYLGLYCINE (NOG) AND HIF-2 ALPHA CODD (523-542) 提交 2021-11-04	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 523–542（20 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 GOL GLYCEROL × 1 FMT FORMIC ACID × 3 CL CHLORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；Sample: 1.0 mM PHD2, 1.2 mM MnCl2, 2.0 mM NOG, 2 mM 3C, 2-4 mM HIF-2alpha-CODD; Reservoir: 0.31 M Magnesium formate (range: 0.25-0.39 M), 16.6% w/v polyethylene glycol 3350 (range: 18-22%); Sitting drop (200 nl): protein-to-well ratio, 1:1; Cryo-protectant: 15% v/v dilution of reservoir with glycerol	分辨率 1.17 Å R-free 0.179
7Q5X HIF PROLYL HYDROXYLASE 2 (PHD2/EGLN1) IN COMPLEX WITH 2-OXOGLUTARATE (2OG) AND HIF-2 ALPHA CODD (523-542) 提交 2021-11-04	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 523–542（20 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 FMT FORMIC ACID × 11 GOL GLYCEROL × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；Sample: 1.0 mM PHD2, 1.2 mM MnCl2, 2.0 mM 2OG, 2 mM 3C, 2-4 mM HIF-2alpha-CODD; Reservoir: 0.33 M Magnesium formate (range: 0.25-0.39 M), 17.5% w/v polyethylene glycol 3350 (range: 18-22%); Sitting drop (200 nl): protein-to-well ratio, 1:1; Cryo-protectant: 15% v/v dilution of reservior solution with glycerol	分辨率 1.21 Å R-free 0.176
7UJV Structure of PHD2 in complex with HIF2a-CODD 提交 2022-03-31	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 523–542（20 aa）片段：CODD Peptide	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 GOL GLYCEROL × 1 FE FE (III) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；32.5% (w/v) PEG 2000 MME	分辨率 1.80 Å R-free 0.213
8CK3 STRUCTURE OF HIF2A-ARNT HETERODIMER IN COMPLEX WITH (S)-1-(3,5-Difluoro-phenyl)-5,5-difluoro-3-methanesulfonyl-5,6-dihydro-4H-cyclopenta[c]thiophen-4-ol 提交 2023-02-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 239–350（112 aa）	未记录	UXU (4~{S})-1-[3,5-bis(fluoranyl)phenyl]-5,5-bis(fluoranyl)-3-methylsulfonyl-4,6-dihydrocyclopenta[c]thiophen-4-ol × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；22% PEG 3350, 0.1 M BIS TRIS pH 6.0	分辨率 1.71 Å R-free 0.227
8CK4 STRUCTURE OF HIF2A-ARNT HETERODIMER IN COMPLEX WITH (4S)-1-(3,5-difluorophenyl)-5,5-difluoro-3-methanesulfonyl-4,5,6,7-tetrahydro-2-benzothiophen-4-ol 提交 2023-02-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 239–350（112 aa）	未记录	UY3 (4~{S})-1-[3,5-bis(fluoranyl)phenyl]-5,5-bis(fluoranyl)-3-methylsulfonyl-6,7-dihydro-4~{H}-2-benzothiophen-4-ol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；17% (w/v) PEG3350 ; 0.1 M BisTris pH 6.25	分辨率 2.29 Å R-free 0.251
8CK8 STRUCTURE OF HIF2A-ARNT HETERODIMER IN COMPLEX WITH (S)-1-Cyclohexyloxy-5,5-difluoro-3-methanesulfonyl-5,6-dihydro-4H-cyclopenta[c]thiophen-4-ol 提交 2023-02-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 239–350（112 aa）	未记录	UYF (4~{S})-1-cyclohexyloxy-5,5-bis(fluoranyl)-3-methylsulfonyl-4,6-dihydrocyclopenta[c]thiophen-4-ol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；17% (w/v) PEG3350 ; 0.1 M BisTris pH 6.25	分辨率 2.30 Å R-free 0.276
8Q5S Anaerobic crystal structure of apo-HIF prolyl hydroxylase 2 (PHD2 181-407)in complex with acetate (ACT) and HIF2alpha-CODD peptide 提交 2023-08-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 523–542（20 aa）	未记录	ACT ACETATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；(10-35%) PEG 4K, 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium ammonium acetate trihydrate pH (4.1-5.6)	分辨率 1.49 Å R-free 0.213
8Q64 Crystal structure of hydroxylated HIF2alpha-CODD peptide (523-542) bound to apo-HIF prolyl hydroxylase 2 (PHD2 181-407) 提交 2023-08-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 523–542（20 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ACT ACETATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；10-35% PEG 4K, 0.2 M ammonium acetate and 0.1 M sodium ammonium acetate trihydrate pH (4.1-5.6)	分辨率 1.36 Å R-free 0.212
8Q6D Anaerobic crystal structure of HIF prolyl hydroxylase 2 (PHD2 181-407) in complex with HIF2alpha-CODD peptide (523-542), Fe(II) and 2-oxoglutarate (2OG) 提交 2023-08-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 523–542（20 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 1 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；10-35% PEG 4K, 0.2 ammonium acetate, sodium ammonium acetate trihydrate pH (4.1-5.6)	分辨率 1.40 Å R-free 0.190
8Q6E Aerobic crystal structure of HIF prolyl hydroxylase 2 (PHD2 181-407) in complex with Fe(III), 2-oxoglutarate (2OG) and HIF2alpha-CODD peptide 提交 2023-08-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 523–542（20 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 2 FE FE (III) ION × 1 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；(10-35%) PEG 4K, 0.2 M ammonium acetate , 0.1 M sodium ammonium acetate trihydrate pH (4.1-5.6)	分辨率 1.37 Å R-free 0.205
8RUT HIF prolyl-hydroxylase-2 (PHD2) T387V variant bound to Fe(III), 2-oxoglutarate (2OG) and Hypoxia-inducible Factor-2alpha (HIF-2alpha) 提交 2024-01-31	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 523–542（20 aa）	未记录	ACT ACETATE ION × 1 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 FE FE (III) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；296 K；(10-35%) PEG 4K, 0.2 M ammonium acetate and 0.1 M sodium ammonium acetate trihydrate pH (4.1-5.6).	分辨率 1.62 Å R-free 0.219
8RUV HIF prolyl hydroxylase 2 (PHD2) T387I variant bound to Fe(III), 2-oxoglutarate (2OG) and Hypoxia-inducible Factor 2alpha (HIF2alpha) 提交 2024-01-31	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 524–542（19 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 1 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；297 K；(10-35%) PEG 4K, 0.2 M ammonium acetate and 0.1 M sodium ammonium acetate trihydrate pH (4.1-5.6).	分辨率 1.66 Å R-free 0.257
8RUZ Anaerobic HIF prolyl-hydroxylase-2 (PHD2) T387S variant bound to acetate (ACT) and Hypoxia-inducible Factor-2alpha (HIF-2alpha) 提交 2024-01-31	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 524–542（19 aa）	未记录	ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；297 K；(10-35%) PEG 4K, 0.2 M ammonium acetate and 0.1 M sodium ammonium acetate trihydrate pH (4.1-5.6).	分辨率 1.82 Å R-free 0.314
8RV1 HIF prolyl hydroxylase 2 (PHD2) T387S variant bound to acetate (ACT) and hydroxylated Hypoxia-inducible Factor 2alpha (HIF2alpha) 提交 2024-01-31	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 523–542（20 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ACT ACETATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；297 K；(10-35%) PEG 4K, 0.2 M ammonium acetate and 0.1 M sodium ammonium acetate trihydrate pH (4.1-5.6).	分辨率 1.39 Å R-free 0.191
9I64 Crystal structure of Casdatifan bound to HIF2a-B:ARNT-B complex 提交 2025-01-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 240–350（111 aa）	未记录	A1I0H (5~{R},6~{S},8~{R})-3,5,6-tris(fluoranyl)-8-[(1~{S},2~{R})-2-fluoranyl-7-methylsulfonyl-1-oxidanyl-2,3-dihydro-1~{H}-inden-4-yl]-5,6,7,8-tetrahydronaphthalene-1-carbonitrile × 1 FMT FORMIC ACID × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.10 M Sodium Acetate, 1.25 M Sodium Fluoride	分辨率 1.56 Å R-free 0.214
9OF0 Cryo-EM Structure of Human HIF-2a-ARNT Complexed on 20-bp HRE 提交 2025-04-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 5–361（357 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；50mM HEPES, 150mM NaCl, 5mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
9OF2 Dimer of HIF-2a-ARNT Heterodimers Complexed on 51-bp HRE/HAS 提交 2025-04-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 C 5–361（357 aa）链 E 5–361（357 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；50mM HEPES, 150mM NaCl, 5mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å

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UniProt名称	EPAS1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–117； UniProt 239–350

Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator

Homo sapiens

UniProt P27540

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 356–470	片段：residues 356-470 突变：E13R	Endothelial PAS domain-containing protein 1 × 1 （Q99814） FOJ 3-{[(3R)-4-(difluoromethyl)-2,2-difluoro-3-hydroxy-1,1-dioxo-2,3-dihydro-1H-1-benzothiophen-5-yl]oxy}-5-fluorobenzonitrile × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；293 K；50 mM Bis-Tris pH5.4 and 16% PEG3350. Seeding with crushed crystals right after setup	分辨率 1.85 Å R-free 0.282
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 356–470	片段：residues 356-470 突变：E13R	Endothelial PAS domain-containing protein 1 × 1 （Q99814） FOJ 3-{[(3R)-4-(difluoromethyl)-2,2-difluoro-3-hydroxy-1,1-dioxo-2,3-dihydro-1H-1-benzothiophen-5-yl]oxy}-5-fluorobenzonitrile × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；293 K；50 mM Bis-Tris pH5.4 and 16% PEG3350. Seeding with crushed crystals right after setup	分辨率 1.85 Å R-free 0.282

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6D09	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1X0O human ARNT C-terminal PAS domain 提交 2005-03-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 356–470（115 aa）片段：C-TERMINAL PAS DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）17mM NaCl；压力 ambient NMR测量条件 pH 6.6；310 K；离子强度（mmCIF原始值）17mM NaCl；压力 ambient NMR样品组成 1mM hARNT C-term PAS Domain U-15N,13C; 50mM Tris buffer; 17mM NaCl, 5mM DTT \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.478mM hARNT C-term PAS Domain U-15N; 50mM Tris buffer; 17mM NaCl, 5mM DTT \| 93% H2O/7% D2O	分辨率未提供
2A24 HADDOCK Structure of HIF-2a/ARNT PAS-B Heterodimer 提交 2005-06-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 358–465（108 aa）片段：C-terminal PAS domain (PAS-B)	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.5；离子强度（mmCIF原始值）50mM Tris, 17mM NaCl, 5mM DTT NMR样品组成 250 micro M (15N)HIF-2alpha PAS-B (240-350) + 1mM ARNT PAS-B (356-470), 50mM Tris (pH=7.5), 17mM NaCl, 5mM DTT NMR样品组成 250 micro M (15N)ARNT PAS-B (356-470) + 1mM HIF-2alpha PAS-B (240-350), 50mM Tris (pH=7.5), 17mM NaCl, 5mM DTT	分辨率未提供
2B02 Crystal Structure of ARNT PAS-B Domain 提交 2005-09-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 354–470（117 aa）片段：PAS-B Domain	突变：C358S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.65；295 K；Ammonium sulfate, PEG 400, HEPES, pH 8.65, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.50 Å R-free 0.208
2HV1 HADDOCK structure of ARNT PAS-B Homodimer 提交 2006-07-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 356–470（115 aa）片段：C-terminal PAS domain (PAS-B), residues 356-470 链 B 356–470（115 aa）片段：C-terminal PAS domain (PAS-B), residues 356-470	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM Tris, 17mM NaCl NMR样品组成 1mM down to 125 micro M (15N) ARNT PAS-B, 50mM Tris, 17mM NaCl, 5mM DTT NMR样品组成 75 micro M (15N) ARNT PAS-B, 400 micro M ARNT PAS-B with CMSTL spin label attached (to C358 or C451), 50mM Tris, 17mM NaCl	分辨率未提供
2K7S Human ARNT C-Terminal PAS Domain, 3 Residue IB slip 提交 2008-08-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 356–470（115 aa）片段：ARNT PAS-B	突变：F444Q, F446A, Y456T	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）17；压力 ambient NMR样品组成 900 uM [U-98% 13C; U-98% 15N] ARNT PAS-B Slipped IB Strand, 50 mM TRIS, 17 mM sodium chloride, 5 mM DTT, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
3F1N Crystal structure of a high affinity heterodimer of HIF2 alpha and ARNT C-terminal PAS domains, with internally bound ethylene glycol. 提交 2008-10-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 356–470（115 aa）片段：ARNT C-terminal PAS domain	突变：E362R	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 vapor diffusion combined with microseeding；pH 6.5；293 K；30% PEG 3350, 0.1M BisTris, 0.05M Tris, 0.017M NaCl, 0.005M DTT, pH 6.5, vapor diffusion combined with microseeding, temperature 293K	分辨率 1.48 Å R-free 0.199
3F1O Crystal structure of the high affinity heterodimer of HIF2 alpha and ARNT C-terminal PAS domains, with an internally-bound artificial ligand 提交 2008-10-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 356–470（115 aa）片段：ARNT C-terminal PAS domain	突变：E362R	2XY N-[2-nitro-4-(trifluoromethyl)phenyl]morpholin-4-amine × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 vapor diffusion combined with microseeding；pH 6.5；293 K；30% PEG 3350, 0.1M BisTris, 0.05M Tris, 0.017M NaCl, 0.005M DTT , pH 6.5, vapor diffusion combined with microseeding, temperature 293K	分辨率 1.60 Å R-free 0.203
3F1P Crystal structure of a high affinity heterodimer of HIF2 alpha and ARNT C-terminal PAS domains 提交 2008-10-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 356–470（115 aa）片段：ARNT C-terminal PAS domain	突变：E362R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 vapor diffusion combined with microseeding；pH 6.5；293 K；30% PEG3350, 0.1M BisTris, 0.05M Tris, 0.017M NaCl, 0.005M DTT, pH 6.5, vapor diffusion combined with microseeding, temperature 293K	分辨率 1.17 Å R-free 0.167
3H7W Crystal structure of the high affinity heterodimer of HIF2 alpha and ARNT C-terminal PAS domains with the artificial ligand THS017 提交 2009-04-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 356–470（115 aa）片段：ARNT C-terminal PAS domain (UNP residues 356 to 470)	突变：E362R	018 2-nitro-N-(thiophen-3-ylmethyl)-4-(trifluoromethyl)aniline × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.1M BisTris, 17% PEG3350, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.65 Å R-free 0.236
3H82 Crystal structure of the high affinity heterodimer of HIF2 alpha and ARNT C-terminal PAS domains with the artificial ligand THS020 提交 2009-04-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 356–470（115 aa）片段：ARNT C-terminal PAS domain (UNP residues 356 to 470)	突变：E362R	020 N-(furan-2-ylmethyl)-2-nitro-4-(trifluoromethyl)aniline × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；0.1M BisTris, 25% PEG3350, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.50 Å R-free 0.234
4EQ1 Crystal Structure of the ARNT PAS-B homodimer 提交 2012-04-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 357–464（108 aa）片段：PAS-B domain (UNP residues 357-464) 链 B 357–464（108 aa）片段：PAS-B domain (UNP residues 357-464)	未记录	PE5 3,6,9,12,15,18,21,24-OCTAOXAHEXACOSAN-1-OL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；2M Ammonium Sulfate, 3% PEG400, 1% PEI, 50mM Tris pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.60 Å R-free 0.227
4GHI Crystal structure of the high affinity heterodimer of HIF2 alpha and ARNT C-terminal PAS domains in complex with a benzoxadiazole antagonist 提交 2012-08-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 356–470（115 aa）片段：C-terminal PAS domain, UNP residues 356-470	突变：E362R	0X3 N-(3-chloro-5-fluorophenyl)-4-nitro-2,1,3-benzoxadiazol-5-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；293 K；20% PEG400 50 mM BisTris, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.50 Å R-free 0.196
4GS9 Crystal structure of the high affinity heterodimer of HIF2 alpha and ARNT C-terminal PAS domains in complex with an inactive benzoxadiazole antagonist 提交 2012-08-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 356–470（115 aa）片段：ARNT PAS-B domain, UNP residues 356-470	突变：E362R	0XB N-(3-fluorophenyl)-4-nitro-2,1,3-benzoxadiazol-5-amine × 1 PE8 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；293 K；20% PEG 3350 50 mM BISTRIS, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.72 Å R-free 0.202
4H6J Identification of Cys 255 in HIF-1 as a novel site for development of covalent inhibitors of HIF-1 /ARNT PasB domain protein-protein interaction. 提交 2012-09-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 357–470（114 aa）片段：PAS-B DOMAIN, UNP residues 357-470	突变：E362R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；20% PEG 8000, 0.2M MgCl2, 0.1M Tris pH 8.5 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.52 Å R-free 0.248
4LPZ ARNT transcription factor/coactivator complex 提交 2013-07-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 356–470（115 aa）片段：PAS 2 and PAC domain residues 356-470 链 B 356–470（115 aa）片段：PAS 2 and PAC domain residues 356-470	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；1M Succinic acid, 30% w/v D-Sorbitol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.15 Å R-free 0.272
4PKY ARNT/HIF transcription factor/coactivator complex 提交 2014-05-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 342–456（115 aa）片段：C-terminal PAS 2 domain residues 342-456	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；1.6 M magnesium sulfate, 0.1 M MES pH 6.5, 20% (w/v) ethylene glycol	分辨率 3.20 Å R-free 0.270
4PKY ARNT/HIF transcription factor/coactivator complex 提交 2014-05-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 342–456（115 aa）片段：C-terminal PAS 2 domain residues 342-456	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；1.6 M magnesium sulfate, 0.1 M MES pH 6.5, 20% (w/v) ethylene glycol	分辨率 3.20 Å R-free 0.270
4XT2 Crystal structure of the high affinity heterodimer of HIF2 alpha and ARNT C-terminal PAS domains in complex with a tetrazole-containing antagonist 提交 2015-01-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 342–456（115 aa）片段：C-terminal PAS domain (UNP residues 342-456)	突变：E362R	43L (5S,7R)-5,7-bis(3-bromophenyl)-4,5,6,7-tetrahydrotetrazolo[1,5-a]pyrimidine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293.15 K；2 uL 500 uM protein against 100 mM Bis-Tris, 25% PEG3350	分辨率 1.70 Å R-free 0.192
4XT2 Crystal structure of the high affinity heterodimer of HIF2 alpha and ARNT C-terminal PAS domains in complex with a tetrazole-containing antagonist 提交 2015-01-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 342–456（115 aa）片段：C-terminal PAS domain (UNP residues 342-456)	突变：E362R	43L (5S,7R)-5,7-bis(3-bromophenyl)-4,5,6,7-tetrahydrotetrazolo[1,5-a]pyrimidine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293.15 K；2 uL 500 uM protein against 100 mM Bis-Tris, 25% PEG3350	分辨率 1.70 Å R-free 0.192
5TBM Crystal structure of PT2385 bound to HIF2a-B:ARNT-B complex 提交 2016-09-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 340–453（114 aa）片段：UNP residues 340-453	未记录	79A 3-{[(1S)-2,2-difluoro-1-hydroxy-7-(methylsulfonyl)-2,3-dihydro-1H-inden-4-yl]oxy}-5-fluorobenzonitrile × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.4；293 K；50 mM Bis-Tris pH5.4, 16% PEG 3350. use freshly crushed crystal as seed.	分辨率 1.85 Å R-free 0.300
5TBM Crystal structure of PT2385 bound to HIF2a-B:ARNT-B complex 提交 2016-09-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 340–453（114 aa）片段：UNP residues 340-453	未记录	79A 3-{[(1S)-2,2-difluoro-1-hydroxy-7-(methylsulfonyl)-2,3-dihydro-1H-inden-4-yl]oxy}-5-fluorobenzonitrile × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.4；293 K；50 mM Bis-Tris pH5.4, 16% PEG 3350. use freshly crushed crystal as seed.	分辨率 1.85 Å R-free 0.300
5UFP Crystal structure of PT2399 bound to HIF2a-B:ARNT-B complex 提交 2017-01-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 342–453（112 aa）片段：UNP residues 342-453	未记录	86D 3-({(1S)-7-[(difluoromethyl)sulfonyl]-2,2-difluoro-1-hydroxy-2,3-dihydro-1H-inden-4-yl}oxy)-5-fluorobenzonitrile × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；293 K；complex of HIF2-B:ARNT-B 10-12 mg/mL in 10 mM Tris-HCl, pH8.0 and 50 mM KCl; Crystallization buffer of 50 mM Bis-Tris, pH5.4 and 16% PEG3350.	分辨率 1.90 Å R-free 0.271
5V0L Crystal structure of the AHR-ARNT heterodimer in complex with the DRE 提交 2017-02-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 70–346（277 aa）	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 CIT CITRIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；277 K；10%-12% PEG 20000, 4-6% Tacsimate pH 7.0 or 0.1 M Bis-Tris pH 6.5	分辨率 4.00 Å R-free 0.323
6CZW Crystal structure of PT1940 bound to HIF2a-B:ARNT-B complex 提交 2018-04-09	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 356–470（115 aa）片段：residues 356-470	突变：E13R	FO7 {2-bromo-3-(3-chloro-5-fluorophenoxy)-6-[(difluoromethyl)sulfonyl]phenyl}methanol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；293 K；50 mM Bis-Tris pH5.4, 16% PEG 3350. Seed with crushed crystal right after drops are set up	分辨率 1.60 Å R-free 0.251
6CZW Crystal structure of PT1940 bound to HIF2a-B:ARNT-B complex 提交 2018-04-09	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 356–470（115 aa）片段：residues 356-470	突变：E13R	FO7 {2-bromo-3-(3-chloro-5-fluorophenoxy)-6-[(difluoromethyl)sulfonyl]phenyl}methanol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；293 K；50 mM Bis-Tris pH5.4, 16% PEG 3350. Seed with crushed crystal right after drops are set up	分辨率 1.60 Å R-free 0.251
6D0B Crystal structure of PT1614 bound to HIF2a-B:ARNT-B complex 提交 2018-04-10	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 356–470（115 aa）片段：residues 356-470	突变：E13R	FOV N-(3-chloro-5-fluorophenyl)-2-nitro-4-(trifluoromethanesulfonyl)aniline × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；293 K；Bis-Tris pH5.4, 16% PEG3350. Seeding right after setup using crushed crystals	分辨率 1.60 Å R-free 0.235
6D0B Crystal structure of PT1614 bound to HIF2a-B:ARNT-B complex 提交 2018-04-10	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 356–470（115 aa）片段：residues 356-470	突变：E13R	FOV N-(3-chloro-5-fluorophenyl)-2-nitro-4-(trifluoromethanesulfonyl)aniline × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；293 K；Bis-Tris pH5.4, 16% PEG3350. Seeding right after setup using crushed crystals	分辨率 1.60 Å R-free 0.235
6D0C Crystal structure of HIF2a-B:ARNT-B complex 提交 2018-04-10	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 356–470（115 aa）片段：residues 356-470	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；293 K；Bis-Tris, pH5.4 and 16% PEG3350, Seeding with crushed crystals right after setup	分辨率 1.50 Å R-free 0.240
6X21 Crystal structure of PT1673 bound to HIF2a-B:ARNT-B complex 提交 2020-05-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 356–467（112 aa）	突变：E362R	UKJ 1-(3-bromo-5-fluorophenoxy)-4-[(difluoromethyl)sulfonyl]-2-nitrobenzene × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；293 K；Bis-Tris, pH5.4, 16% PEG3350	分辨率 1.54 Å R-free 0.233
6X28 Crystal structure of PT2243 bound to HIF2a-B:ARNT-B complex 提交 2020-05-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 356–467（112 aa）	突变：E362R	ULG (1R)-4-(3,5-difluorophenoxy)-7-(trifluoromethyl)-2,3-dihydro-1H-inden-1-ol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；293 K；Bis-Tris, pH5.4, 16% PEG3350	分辨率 1.92 Å R-free 0.287
6X2H Crystal structure of PT2863 bound to HIF2a-B:ARNT-B complex 提交 2020-05-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 356–467（112 aa）	未记录	ULD cis-3-({(1S)-7-[dihydroxy(trifluoromethyl)-lambda~4~-sulfanyl]-2,2-difluoro-1-hydroxy-2,3-dihydro-1H-inden-4-yl}oxy)cyclobutane-1-carbonitrile × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；293 K；Bis-Tris pH5.4, 16% 3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.258
6X37 Crystal structure of PT3245 bound to HIF2a-B:ARNT-B complex 提交 2020-05-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 356–467（112 aa）	突变：E362R	ULS 3-fluoro-5-{[(7R)-7-hydroxy-1-(trifluoromethyl)-6,7-dihydro-5H-cyclopenta[c]pyridin-4-yl]oxy}benzonitrile × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；293 K；Bis-Tris, pH5.4, 16% PEG 3350	分辨率 1.94 Å R-free 0.282
6X3D Crystal structure of PT3388 bound to HIF2a-B:ARNT-B complex 提交 2020-05-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 342–453（112 aa）	突变：E362R	ULM (6R,7S)-4-[(3,3-difluorocyclobutyl)oxy]-6-fluoro-1-(trifluoromethyl)-6,7-dihydro-5H-cyclopenta[c]pyridin-7-ol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；293 K；Bis-Tris, pH5.4 and 16% PEG 3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.277
8CK3 STRUCTURE OF HIF2A-ARNT HETERODIMER IN COMPLEX WITH (S)-1-(3,5-Difluoro-phenyl)-5,5-difluoro-3-methanesulfonyl-5,6-dihydro-4H-cyclopenta[c]thiophen-4-ol 提交 2023-02-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 356–470（115 aa）	未记录	UXU (4~{S})-1-[3,5-bis(fluoranyl)phenyl]-5,5-bis(fluoranyl)-3-methylsulfonyl-4,6-dihydrocyclopenta[c]thiophen-4-ol × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；22% PEG 3350, 0.1 M BIS TRIS pH 6.0	分辨率 1.71 Å R-free 0.227
8CK4 STRUCTURE OF HIF2A-ARNT HETERODIMER IN COMPLEX WITH (4S)-1-(3,5-difluorophenyl)-5,5-difluoro-3-methanesulfonyl-4,5,6,7-tetrahydro-2-benzothiophen-4-ol 提交 2023-02-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 356–470（115 aa）	未记录	UY3 (4~{S})-1-[3,5-bis(fluoranyl)phenyl]-5,5-bis(fluoranyl)-3-methylsulfonyl-6,7-dihydro-4~{H}-2-benzothiophen-4-ol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；17% (w/v) PEG3350 ; 0.1 M BisTris pH 6.25	分辨率 2.29 Å R-free 0.251
8CK8 STRUCTURE OF HIF2A-ARNT HETERODIMER IN COMPLEX WITH (S)-1-Cyclohexyloxy-5,5-difluoro-3-methanesulfonyl-5,6-dihydro-4H-cyclopenta[c]thiophen-4-ol 提交 2023-02-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 356–470（115 aa）	未记录	UYF (4~{S})-1-cyclohexyloxy-5,5-bis(fluoranyl)-3-methylsulfonyl-4,6-dihydrocyclopenta[c]thiophen-4-ol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；17% (w/v) PEG3350 ; 0.1 M BisTris pH 6.25	分辨率 2.30 Å R-free 0.276
8G4A Human ARNT PAS-B complexed with KG-548 small molecule 提交 2023-02-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 356–470（115 aa）链 B 356–470（115 aa）	未记录	YL8 5-[3,5-bis(trifluoromethyl)phenyl]-2H-tetrazole × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M MES pH 6.5, 1.6 M magnesium sulfate, 2:1 (protein:condition)	分辨率 1.97 Å R-free 0.229
8XS6 Crystal structure of the DNA-bound AHR-ARNT heterodimer in complex with Tapinarof 提交 2024-01-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 85–465（381 aa）	未记录	A1LWH Tapinarof × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；potassium citrate tribasic monohydrate, PEG3350	分辨率 2.95 Å R-free 0.271
8XS7 Crystal structure of the DNA-bound AHR-ARNT heterodimer in complex with FICZ 提交 2024-01-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 85–465（381 aa）	未记录	DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 1 A1LWI 5,11-dihydroindolo[3,2-b]carbazole-12-carbaldehyde × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；potassium citrate tribasic monohydrate, PEG3350	分辨率 2.77 Å R-free 0.267
8XS8 Crystal structure of the DNA-bound AHR-ARNT heterodimer in complex with Benzo[a]pyrene 提交 2024-01-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 85–465（381 aa）	未记录	W62 benzo[a]pyrene × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；potassium citrate tribasic monohydrate, PEG3350	分辨率 3.11 Å R-free 0.230
8XS9 Crystal structure of the DNA-bound AHR-ARNT heterodimer in complex with beta-Naphthoflavone 提交 2024-01-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 85–465（381 aa）	未记录	DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 1 A1LWJ (3R)-3-phenyl-2,3-dihydrobenzo[f]chromen-1-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；potassium citrate tribasic monohydrate, PEG3350	分辨率 2.80 Å R-free 0.264
8XSA Crystal structure of the DNA-bound AHR-ARNT heterodimer in complex with Indigo 提交 2024-01-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 85–465（381 aa）	未记录	DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 1 A1LWK 2-(3-oxidanyl-1H-indol-2-yl)indol-3-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；potassium citrate tribasic monohydrate, PEG3350	分辨率 2.60 Å R-free 0.249
8XSB Crystal structure of the DNA-bound AHR-ARNT heterodimer in complex with Indirubin 提交 2024-01-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 85–465（381 aa）	未记录	JY6 (3~{Z})-3-(3-oxidanylidene-1~{H}-indol-2-ylidene)-1~{H}-indol-2-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；potassium citrate tribasic monohydrate, PEG3350	分辨率 3.06 Å R-free 0.240
9I64 Crystal structure of Casdatifan bound to HIF2a-B:ARNT-B complex 提交 2025-01-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 355–470（116 aa）	未记录	A1I0H (5~{R},6~{S},8~{R})-3,5,6-tris(fluoranyl)-8-[(1~{S},2~{R})-2-fluoranyl-7-methylsulfonyl-1-oxidanyl-2,3-dihydro-1~{H}-inden-4-yl]-5,6,7,8-tetrahydronaphthalene-1-carbonitrile × 1 FMT FORMIC ACID × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.10 M Sodium Acetate, 1.25 M Sodium Fluoride	分辨率 1.56 Å R-free 0.214
9OF0 Cryo-EM Structure of Human HIF-2a-ARNT Complexed on 20-bp HRE 提交 2025-04-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 91–470（380 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；50mM HEPES, 150mM NaCl, 5mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
9OF2 Dimer of HIF-2a-ARNT Heterodimers Complexed on 51-bp HRE/HAS 提交 2025-04-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 D 91–470（380 aa）链 F 91–470（380 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；50mM HEPES, 150mM NaCl, 5mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
9OFU Dimer of HIF-1a-ARNT Heterodimers Complexed on 52-bp HRE/HAS 提交 2025-04-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 B 91–470（380 aa）链 D 91–470（380 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；50mM HEPES, 150mM NaCl, 5mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å

共 42 个其他 PDB 条目、47 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ARNT_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 7–121； UniProt 356–470

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6d09
沉积日期 deposition_date	2018-04-10
结构标题 title	Crystal structure of PT2440 bound to HIF2a-B:ARNT-B complex
关键词 keywords	Hif2a, Pas B domain, ARNT, hypoxia inducible factor, EPAS1, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.39 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.70 Å
零角强度 I(0) i0	12265700.00
分子量 molecular_weight	25746.0 kDa
排除体积 excluded_volume	31962 Å³
包络体积 envelope_volume	37312 Å³
水化壳体积 shell_volume	17107 Å³
包络直径 envelope_diameter	73.5 Å
壳层 Rg shell_rg	24.53 Å
包络 Rg envelope_rg	19.24 Å
形状 Rg shape_rg	18.68 Å
总 Rg total_rg	19.61 Å
总原子数 total_atoms	1807
残基数 n_residues	217
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	70.5 Å
Rg (实空间) rg_real	19.38 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.58 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2270e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6450e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.38 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	12270000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7627
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	21.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.354
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.268
角度范围 angular_range	— – 0.4100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2962000.0000
实空间数据点数 n_real_points	72
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.684; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.859; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Endothelial PAS domain-containing protein 1
分子量 formula_weight	13538.3 kDa
突变 mutation	R14E
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1846

GEFKGLDSKTFLSEHSMDMKFTYCDDRITELIGYHPEELLGRSAYEFYHALDSENMTKSHQNLCTKGQVVSGQYRMLAKHGGYVWLETQGTVIYNPRNLQPQCIMCVNYVLSEIEKN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator
分子量 formula_weight	14243.1 kDa
突变 mutation	E13R
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GEFKGLNVCQPTRFISRHNIEGIFTFVDHRCVATVGYQPQELLGKNIVEFCHPEDQQLLRDSFQQVVKLKGQVLSVMFRFRSKNQEWLWMRTSSFTFQNPYSDEIEYIICTNTNVKNSSQE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	3-{[(3R)-4-(difluoromethyl)-2,2-difluoro-3-hydroxy-1,1-dioxo-2,3-dihydro-1H-1-benzothiophen-5-yl]oxy}-5-fluorobenzonitrile
分子量 formula_weight	405.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	21

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d6d09a1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.110 — Profilin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.110.3 — PYP-like sensor domain (PAS domain)
家族 Family family	d.110.3.7 — Hypoxia-inducible factor Hif2a, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d6d09a2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6d09b_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.110 — Profilin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.110.3 — PYP-like sensor domain (PAS domain)
家族 Family family	d.110.3.0 — automated matches

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	6d09A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — PAS domain

结构域编号 domain_id	6d09B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — PAS domain

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	73.216 Å
晶胞边长 b length_b	83.832 Å
晶胞边长 c length_c	41.410 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	106.25 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.850 Å
最低分辨率 resolution_low	28.840 Å
R 因子 r_factor	0.2293
R_work r_work	0.2265
R_free r_free	0.2816

fit	/app/data/saxs_computation/d0/6d09/6d09.fit
pddf	/app/data/pr_computation/d0/6d09/6d09.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/d0/6d09/6d09.dat

Crystal structure of PT2440 bound to HIF2a-B:ARNT-B complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Endothelial PAS domain-containing protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

Crystal structure of PT2440 bound to HIF2a-B*:ARNT-B* complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Endothelial PAS domain-containing protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

Crystal structure of PT2440 bound to HIF2a-B:ARNT-B complex