6d78

The complex between high-affinity TCR DMF5(alpha-D26Y,beta-L98W) and human Class I MHC HLA-A2 with the bound MART-1(27-35)peptide

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 132.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain

Homo sapiens

UniProt P01892

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 25–299 片段:UNP residues 25-299 Beta-2-microglobulin × 1 (P61769) Melanoma antigen recognized by T-cells 1 × 1 (Q16655) DMF5 alpha chain,DMF5 alpha chain × 1 (K7N5M3) DMF5 beta chain,DMF5 beta chain × 1 (K7N5M4) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;298 K;0.1 M Tris, 12% PEG6000, 0.2 M magnesium chloride 分辨率 2.35 Å R-free 0.255

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 271 个其他 PDB 条目、465 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 1A02_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–276; UniProt 25–299

Beta-2-microglobulin

Homo sapiens

UniProt P61769

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 21–119 片段:UNP residues 21-119 HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain × 1 (P01892) Melanoma antigen recognized by T-cells 1 × 1 (Q16655) DMF5 alpha chain,DMF5 alpha chain × 1 (K7N5M3) DMF5 beta chain,DMF5 beta chain × 1 (K7N5M4) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;298 K;0.1 M Tris, 12% PEG6000, 0.2 M magnesium chloride 分辨率 2.35 Å R-free 0.255

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1313 个其他 PDB 条目、1998 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 B2MG_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 2–100; UniProt 21–119

Melanoma antigen recognized by T-cells 1

物种未注明

UniProt Q16655

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 27–35 片段:peptide (UNP residues 27-35) HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain × 1 (P01892) Beta-2-microglobulin × 1 (P61769) DMF5 alpha chain,DMF5 alpha chain × 1 (K7N5M3) DMF5 beta chain,DMF5 beta chain × 1 (K7N5M4) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;298 K;0.1 M Tris, 12% PEG6000, 0.2 M magnesium chloride 分辨率 2.35 Å R-free 0.255

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 15 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 MAR1_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–9; UniProt 27–35

DMF5 alpha chain,DMF5 alpha chain

Homo sapiens

UniProt K7N5M3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 118–206 未记录 HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain × 1 (P01892) Beta-2-microglobulin × 1 (P61769) Melanoma antigen recognized by T-cells 1 × 1 (Q16655) DMF5 beta chain,DMF5 beta chain × 1 (K7N5M4) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;298 K;0.1 M Tris, 12% PEG6000, 0.2 M magnesium chloride 分辨率 2.35 Å R-free 0.255

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 19 个其他 PDB 条目、26 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 K7N5M3_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 112–200; UniProt 118–206

DMF5 beta chain,DMF5 beta chain

Homo sapiens

UniProt K7N5M4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 125–249 未记录 HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain × 1 (P01892) Beta-2-microglobulin × 1 (P61769) Melanoma antigen recognized by T-cells 1 × 1 (Q16655) DMF5 alpha chain,DMF5 alpha chain × 1 (K7N5M3) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;298 K;0.1 M Tris, 12% PEG6000, 0.2 M magnesium chloride 分辨率 2.35 Å R-free 0.255

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 23 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 K7N5M4_HUMAN
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 119–243; UniProt 125–249

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6d78

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6d78
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6d78
沉积日期 deposition_date2018-04-24
结构标题 titleThe complex between high-affinity TCR DMF5(alpha-D26Y,beta-L98W) and human Class I MHC HLA-A2 with the bound MART-1(27-35)peptide
关键词 keywordsAlpha-beta T-cell receptor bound to class I MHC (HLA-A2) in complex with the Mart-1 peptide, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier36.75
回转半径 Rg (电子) rg_electron36.90
零角强度 I(0) i0138521000.00
分子量 molecular_weight91783.0 kDa
排除体积 excluded_volume113410 ų
包络体积 envelope_volume151370 ų
水化壳体积 shell_volume37299 ų
包络直径 envelope_diameter140.1
壳层 Rg shell_rg38.90
包络 Rg envelope_rg37.65
形状 Rg shape_rg36.88
总 Rg total_rg37.08
总原子数 total_atoms6475
残基数 n_residues809
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax132.0
Rg (实空间) rg_real37.33
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.46
I(0) (实空间) i0_real1.3850e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.3310e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal36.97
I(0) (倒空间) i0_reciprocal138500000.0000
解质量估计 total_estimate0.7650
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary33.8
偏度 Skewness skewness0.681
峰度 Kurtosis kurtosis-0.092
角度范围 angular_range— – 0.2150 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha17710000.0000
实空间数据点数 n_real_points44
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.592; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.460; Smooth: 0.705

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id6d78A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — MHC class I-like antigen recognition-like
结构域编号 domain_id6d78A02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id6d78B00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id6d78D01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id6d78E01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id6d78E02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)