6djp

Integrin alpha-v beta-8 in complex with the Fabs 8B8 and 68

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 151.1 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Integrin alpha-v

Homo sapiens

UniProt P06756

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 6 其他聚合物 8 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 31–995 未记录 Integrin beta-8 × 1 (P26012) 8B8 heavy chain Fab × 1 8B8 light chain Fab × 1 68 heavy chain Fab × 1 68 light chain Fab × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ;alpha-D-mannopyranose-(1-4)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 55 个其他 PDB 条目、65 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ITAV_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–965; UniProt 31–995

Integrin beta-8

Homo sapiens

UniProt P26012

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 6 其他聚合物 8 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 43–681 未记录 Integrin alpha-v × 1 (P06756) 8B8 heavy chain Fab × 1 8B8 light chain Fab × 1 68 heavy chain Fab × 1 68 light chain Fab × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ;alpha-D-mannopyranose-(1-4)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 10 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ITB8_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–639; UniProt 43–681

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6djp

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6djp
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6djp
沉积日期 deposition_date2018-05-25
结构标题 titleIntegrin alpha-v beta-8 in complex with the Fabs 8B8 and 68
关键词 keywordsGLYCOPROTEIN, MEMBRANE PROTEIN, ADHESION, FAB; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier42.46
回转半径 Rg (电子) rg_electron42.83
零角强度 I(0) i0231434000.00
分子量 molecular_weight102500.0 kDa
排除体积 excluded_volume119180 ų
包络体积 envelope_volume227770 ų
水化壳体积 shell_volume48324 ų
包络直径 envelope_diameter161.3
壳层 Rg shell_rg43.00
包络 Rg envelope_rg42.13
形状 Rg shape_rg42.84
总 Rg total_rg42.80
总原子数 total_atoms7307
残基数 n_residues1393
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax151.1
Rg (实空间) rg_real42.70
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.78
I(0) (实空间) i0_real2.3140e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.4830e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal42.47
I(0) (倒空间) i0_reciprocal231400000.0000
解质量估计 total_estimate0.6430
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary44.9
偏度 Skewness skewness0.474
峰度 Kurtosis kurtosis-0.269
角度范围 angular_range— – 0.1850 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha27100000.0000
实空间数据点数 n_real_points38
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.790; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.083; Positv: 1.000; Valcen: 0.886; Smooth: 0.849

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)