SAXSdb — 6dvr

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone-arginine methyltransferase CARM1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	;(2R,5S)-2-amino-6-[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]-5-[(benzylamino)methyl]-N-[2-(4-methoxyphenyl)ethyl]hexanamide (non-preferred name) ; × 2 2,5,8,11,14,17-HEXAOXANONADECAN-19-OL × 2 UNKNOWN ATOM OR ION × 6 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 8	;(2R,5S)-2-amino-6-[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]-5-[(benzylamino)methyl]-N-[2-(4-methoxyphenyl)ethyl]hexanamide (non-preferred name) ; × 8 2,5,8,11,14,17-HEXAOXANONADECAN-19-OL × 8 UNKNOWN ATOM OR ION × 24 water × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CARM1_HUMAN
Isoform	Q86X55-1
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–344； UniProt 146–489 作者链 B； PDB构建体 1–344； UniProt 146–489

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6dvr
沉积日期 deposition_date	2018-06-25
结构标题 title	Crystal structure of human CARM1 with (R)-SKI-72
关键词 keywords	CARM1, PRMT4, SKI-72 inhibitor, Structural Genomics, Structural Genomics Consortium, SGC, TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex; TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6dvr__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	排除	—	—
	排除原因：来源记录无法明确判定原子或离子的元素，因此不能可靠计算。
2	1	`6dvr__assembly_2__model_1`	octameric （8）	排除	—	—
	排除原因：来源记录无法明确判定原子或离子的元素，因此不能可靠计算。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Histone-arginine methyltransferase CARM1
分子量 formula_weight	38976.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.319
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6056

AVQYFQFYGYLSQQQNMMQDYVRTGTYQRAILQNHTDFKDKIVLDVGCGSGILSFFAAQAGARKIYAVEASTMAQHAEVLVKSNNLTDRIVVIPGKVEEVSLPEQVDIIISEPMGYMLFNERMLESYLHAKKYLKPSGNMFPTIGDVHLAPFTDEQLYMEQFTKANFWYQPSFHGVDLSALRGAAVDEYFRQPVVDTFDIRILMAKSVKYTVNFLEAKEGDLHRIEIPFKFHMLHSGLVHGLAFWFDVAFIGSIMTVWLSTAPTEPLTHWYQVRCLFQSPLFAKAGDTLSGTCLLIANKRQSYDISIVAQVDQTGSKSSNLLDLKNPFFRYTGTTPSPPPGSHY

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	;(2R,5S)-2-amino-6-[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]-5-[(benzylamino)methyl]-N-[2-(4-methoxyphenyl)ethyl]hexanamide (non-preferred name) ;
分子量 formula_weight	618.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2,5,8,11,14,17-HEXAOXANONADECAN-19-OL
分子量 formula_weight	296.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	UNKNOWN ATOM OR ION
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	405

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d6dvra_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.6 — Arginine methyltransferase

结构域编号 domain_id	d6dvrb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.6 — Arginine methyltransferase

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	6dvrA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	160 — Hnrnp arginine n-methyltransferase1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11 — Hnrnp arginine n-methyltransferase1

结构域编号 domain_id	6dvrB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	160 — Hnrnp arginine n-methyltransferase1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11 — Hnrnp arginine n-methyltransferase1

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晶胞边长 a length_a	74.366 Å
晶胞边长 b length_b	98.579 Å
晶胞边长 c length_c	207.375 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.540 Å
最低分辨率 resolution_low	44.560 Å
R 因子 r_factor	0.1949
R_work r_work	0.1946
R_free r_free	0.2152

Crystal structure of human CARM1 with (R)-SKI-72

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone-arginine methyltransferase CARM1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of human CARM1 with (R)-SKI-72

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone-arginine methyltransferase CARM1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)