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6ef4

Crystal structure of mouse PP2A Aalpha P179R mutant

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 101.3 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform

Mus musculus

UniProt Q76MZ3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–589 突变：P179R 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.2 M Sodium malonate pH 7.0, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350 分辨率 3.40 Å R-free 0.235

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6EF4 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2IAE Crystal structure of a protein phosphatase 2A (PP2A) holoenzyme. 提交 2006-09-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 0–588（589 aa） 片段：Aalpha subunit
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M MES, pH 7.0, 50mM NaCl, 1.4M ammonium sulfate, 0.2M LiCl, 2% 1,6-diaminohexane, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.50 Å R-free 0.316
2IAE Crystal structure of a protein phosphatase 2A (PP2A) holoenzyme. 提交 2006-09-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 0–588（589 aa） 片段：Aalpha subunit
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1M MES, pH 7.0, 50mM NaCl, 1.4M ammonium sulfate, 0.2M LiCl, 2% 1,6-diaminohexane, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.50 Å R-free 0.316
2PF4 Crystal structure of the full-length simian virus 40 small t antigen complexed with the protein phosphatase 2A Aalpha subunit 提交 2007-04-03 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–589（589 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；298 K；16% PEG 3350, 0.2 M Ammonium formate, 30 mM spermine, 6% 6-aminocaproic acid, 10 mM DTT, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 8.00
分辨率 3.10 Å R-free 0.304
2PF4 Crystal structure of the full-length simian virus 40 small t antigen complexed with the protein phosphatase 2A Aalpha subunit 提交 2007-04-03 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–589（589 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；298 K；16% PEG 3350, 0.2 M Ammonium formate, 30 mM spermine, 6% 6-aminocaproic acid, 10 mM DTT, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 8.00
分辨率 3.10 Å R-free 0.304
2PF4 Crystal structure of the full-length simian virus 40 small t antigen complexed with the protein phosphatase 2A Aalpha subunit 提交 2007-04-03 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–589（589 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；298 K；16% PEG 3350, 0.2 M Ammonium formate, 30 mM spermine, 6% 6-aminocaproic acid, 10 mM DTT, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 8.00
分辨率 3.10 Å R-free 0.304
2PF4 Crystal structure of the full-length simian virus 40 small t antigen complexed with the protein phosphatase 2A Aalpha subunit 提交 2007-04-03 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–589（589 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；298 K；16% PEG 3350, 0.2 M Ammonium formate, 30 mM spermine, 6% 6-aminocaproic acid, 10 mM DTT, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 8.00
分辨率 3.10 Å R-free 0.304
3FGA Structural Basis of PP2A and Sgo interaction 提交 2008-12-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 2–589（588 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7；295 K；0.2 M SCTD, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350, pH 7, EVAPORATION, temperature 295K
分辨率 2.70 Å R-free 0.277

共 3 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 2AAA_MOUSE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–590； UniProt 1–589

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6ef4

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6ef4
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6ef4
沉积日期 deposition_date2018-08-16
结构标题 titleCrystal structure of mouse PP2A Aalpha P179R mutant
关键词 keywordsPP2A, Aalpha, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier34.33 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron33.60 Å
零角强度 I(0) i061966800.00
分子量 molecular_weight63670.0 kDa
排除体积 excluded_volume80343 ų
包络体积 envelope_volume115030 ų
水化壳体积 shell_volume28767 ų
包络直径 envelope_diameter100.8 Å
壳层 Rg shell_rg40.58 Å
包络 Rg envelope_rg31.92 Å
形状 Rg shape_rg33.61 Å
总 Rg total_rg34.17 Å
总原子数 total_atoms4465
残基数 n_residues572
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax101.3 Å
Rg (实空间) rg_real34.30 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.65 Å
I(0) (实空间) i0_real6.1970e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.6010e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal34.33 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal61970000.0000
解质量估计 total_estimate0.8548
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary57.3 Å
偏度 Skewness skewness0.047
峰度 Kurtosis kurtosis-0.996
角度范围 angular_range— – 0.2300 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha6843000.0000
实空间数据点数 n_real_points47
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.892; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.865; Smooth: 0.569
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id6ef4A00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine-rich Repeat Variant
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)