SAXSdb — 6ehp

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ragulator complex protein LAMTOR3

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Ragulator complex protein LAMTOR2 × 1 （Q9Y2Q5） Ragulator complex protein LAMTOR5 × 1 （O43504） Ragulator complex protein LAMTOR4 × 1 （Q0VGL1） Ragulator complex protein LAMTOR1 × 1 （Q6IAA8） CHLORIDE ION × 1 water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LTOR3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–127； UniProt 1–124

Ragulator complex protein LAMTOR2

Homo sapiens

UniProt Q9Y2Q5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Ragulator complex protein LAMTOR3 × 1 （Q9UHA4） Ragulator complex protein LAMTOR5 × 1 （O43504） Ragulator complex protein LAMTOR4 × 1 （Q0VGL1） Ragulator complex protein LAMTOR1 × 1 （Q6IAA8） CHLORIDE ION × 1 water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LTOR2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 3–126； UniProt 2–125

Ragulator complex protein LAMTOR5

Homo sapiens

UniProt O43504

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Ragulator complex protein LAMTOR3 × 1 （Q9UHA4） Ragulator complex protein LAMTOR2 × 1 （Q9Y2Q5） Ragulator complex protein LAMTOR4 × 1 （Q0VGL1） Ragulator complex protein LAMTOR1 × 1 （Q6IAA8） CHLORIDE ION × 1 water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LTOR5_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–91； UniProt 1–91

Ragulator complex protein LAMTOR4

Homo sapiens

UniProt Q0VGL1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Ragulator complex protein LAMTOR3 × 1 （Q9UHA4） Ragulator complex protein LAMTOR2 × 1 （Q9Y2Q5） Ragulator complex protein LAMTOR5 × 1 （O43504） Ragulator complex protein LAMTOR1 × 1 （Q6IAA8） CHLORIDE ION × 1 water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LTOR4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–99； UniProt 1–99

Ragulator complex protein LAMTOR1

Homo sapiens

UniProt Q6IAA8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Ragulator complex protein LAMTOR3 × 1 （Q9UHA4） Ragulator complex protein LAMTOR2 × 1 （Q9Y2Q5） Ragulator complex protein LAMTOR5 × 1 （O43504） Ragulator complex protein LAMTOR4 × 1 （Q0VGL1） CHLORIDE ION × 1 water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LTOR1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 5–145； UniProt 21–161

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6ehp
沉积日期 deposition_date	2017-09-14
结构标题 title	The crystal structure of the human LAMTOR complex
关键词 keywords	Scaffolding complex, Rag-GTPase, mTOR, Ragulator, mTORC1, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6ehp__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6ehp__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6ehp__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	25.67 Å
Rg（电子密度）	24.47 Å
总 Rg	25.34 Å
原子数	3739
残基数	490
排除体积	66812 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6ehp__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ragulator complex protein LAMTOR3
分子量 formula_weight	13904.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3816

GAHMADDLKRFLYKKLPSVEGLHAIVVSDRDGVPVIKVANDNAPEHALRPGFLSTFALATDQGSKLGLSKNKSIICYYNTYQVVQFNRLPLVVSFIASSSANTGLIVSLEKELAPLFEELRQVVEVS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ragulator complex protein LAMTOR2
分子量 formula_weight	13574.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MGLRPKALTQVLSQANTGGVQSTLLLNNEGSLLAYSGYGDTDARVTAAIASNIWAAYDRNGNQAFNEDNLKFILMDCMEGRVAITRVANLLLCMYAKETVGFGMLKAKAQALVQYLEEPLTQVAAS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Ragulator complex protein LAMTOR5
分子量 formula_weight	9622.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MEATLEQHLEDTMKNPSIVGVLCTDSQGLNLGCRGTLSDEHAGVISVLAQQAAKLTSDPTDIPVVCLESDNGNIMIQKHDGITVAVHKMAS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Ragulator complex protein LAMTOR4
分子量 formula_weight	10753.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MTSALTQGLERIPDQLGYLVLSEGAVLASSGDLENDEQAASAISELVSTACGFRLHRGMNVPFKRLSVVFGEHTLLVTVSGQRVFVVKRQNRGREPIDV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Ragulator complex protein LAMTOR1
分子量 formula_weight	15828.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

SLMTLLLDPSSPPTKALNGAEPNYHSLPSARTDEQALLSSILAKTASNIIDVSAADSQGMEQHEYMDRARQYSTRLAVLSSSLTHWKKLPPLPSLTSQPHQVLASEPIPFSDLQQVSRIAAYAYSALSQIRVDAKEELVVQFGIP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	71

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d6ehpa_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.110 — Profilin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.110.7 — Roadblock/LC7 domain
家族 Family family	d.110.7.1 — Roadblock/LC7 domain

结构域编号 domain_id	d6ehpb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.110 — Profilin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.110.7 — Roadblock/LC7 domain
家族 Family family	d.110.7.1 — Roadblock/LC7 domain

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	6ehpA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Dynein light chain 2a, cytoplasmic

结构域编号 domain_id	6ehpB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Dynein light chain 2a, cytoplasmic

结构域编号 domain_id	6ehpC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Dynein light chain 2a, cytoplasmic

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晶胞边长 a length_a	133.896 Å
晶胞边长 b length_b	133.896 Å
晶胞边长 c length_c	75.984 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 41 2 2
空间群编号 int_tables_number	91
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	40.000 Å
R 因子 r_factor	0.1994
R_work r_work	0.1979
R_free r_free	0.2276

The crystal structure of the human LAMTOR complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ragulator complex protein LAMTOR3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ragulator complex protein LAMTOR2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ragulator complex protein LAMTOR5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ragulator complex protein LAMTOR4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ragulator complex protein LAMTOR1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6ehp__assembly_1__model_1

6ehp__assembly_1__model_1 | I(q)

6ehp__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)