SAXSdb — 6eht

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Proliferating cell nuclear antigen

Homo sapiens

UniProt P12004

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 5 DNA 2	PCNA-associated factor × 2 （Q15004） ;DNA (5'-D(PAPTPAPCPGPAPTPGPGPG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(PCPCPCPAPTPCPGPTPAPT)-3') ; × 1 water × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PCNA_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–254； UniProt 1–254 作者链 B； PDB构建体 1–254； UniProt 1–254 作者链 C； PDB构建体 2–256； UniProt 1–255

PCNA-associated factor

物种未注明

UniProt Q15004

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 5 DNA 2	Proliferating cell nuclear antigen × 2 （P12004） Proliferating cell nuclear antigen × 1 （P12004） ;DNA (5'-D(PAPTPAPCPGPAPTPGPGPG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(PCPCPCPAPTPCPGPTPAPT)-3') ; × 1 water × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PAF15_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–20； UniProt 52–71 作者链 E； PDB构建体 1–20； UniProt 52–71

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6eht
沉积日期 deposition_date	2017-09-15
结构标题 title	Modulation of PCNA sliding surface by p15PAF suggests a suppressive mechanism for cisplatin-induced DNA lesion bypass by pol eta holoenzyme
关键词 keywords	Structural analysis, human PCNA P15 DNA macro complex, DNA binding protein; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6eht__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6eht__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6eht__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	31.49 Å
Rg（电子密度）	31.06 Å
总 Rg	31.62 Å
原子数	5916
残基数	822
排除体积	103500 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6eht__assembly_1__model_1`	heptameric （7）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Proliferating cell nuclear antigen
分子量 formula_weight	28036.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5925

MFEARLVQGSILKKVLEALKDLINEACWDISSSGVNLQSMDSSHVSLVQLTLRSEGFDTYRCDRNLAMGVNLTSMSKILKCAGNEDIITLRAEDNADTLALVFEAPNQEKVSDYEMKLMDLDVEQLGIPEQEYSCVVKMPSGEFARICRDLSHIGDAVVISCAKDGVKFSASGELGNGNIKLSQTSNVDKEEEAVTIEMNEPVQLTFALRYLNFFTKATPLSSTVTLSMSADVPLVVEYKIADMGHLKYYLAPK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli K-12

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Proliferating cell nuclear antigen
分子量 formula_weight	28287.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

HMFEARLVQGSILKKVLEALKDLINEACWDISSSGVNLQSMDSSHVSLVQLTLRSEGFDTYRCDRNLAMGVNLTSMSKILKCAGNEDIITLRAEDNADTLALVFEAPNQEKVSDYEMKLMDLDVEQLGIPEQEYSCVVKMPSGEFARICRDLSHIGDAVVISCAKDGVKFSASGELGNGNIKLSQTSNVDKEEEAVTIEMNEPVQLTFALRYLNFFTKATPLSSTVTLSMSADVPLVVEYKIADMGHLKYYLAPKI

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli O103:H2 str. 12009

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	PCNA-associated factor
分子量 formula_weight	2362.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E

PVCVRPTPKWQKGIGEFFRL

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PAPTPAPCPGPAPTPGPGPG)-3') ;
分子量 formula_weight	3109.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F

ATACGATGGG

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PCPCPCPAPTPCPGPTPAPT)-3') ;
分子量 formula_weight	2980.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	G

CCCATCGTAT

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	9

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	6ehtA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	70 — Box
拓扑 Topology topology	10 — Proliferating Cell Nuclear Antigen
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	6ehtB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	70 — Box
拓扑 Topology topology	10 — Proliferating Cell Nuclear Antigen
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	6ehtC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	70 — Box
拓扑 Topology topology	10 — Proliferating Cell Nuclear Antigen
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

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晶胞边长 a length_a	75.993 Å
晶胞边长 b length_b	42.300 Å
晶胞边长 c length_c	141.827 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	102.70 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.200 Å
最低分辨率 resolution_low	40.480 Å
R 因子 r_factor	0.2640
R_work r_work	0.2606
R_free r_free	0.3271

Modulation of PCNA sliding surface by p15PAF suggests a suppressive mechanism for cisplatin-induced DNA lesion bypass by pol eta holoenzyme

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Proliferating cell nuclear antigen

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

PCNA-associated factor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6eht__assembly_1__model_1

6eht__assembly_1__model_1 | I(q)

6eht__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (3)

Modulation of PCNA sliding surface by p15PAF suggests a suppressive mechanism for cisplatin-induced DNA lesion bypass by pol eta holoenzyme

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Proliferating cell nuclear antigen

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

PCNA-associated factor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6eht__assembly_1__model_1

6eht__assembly_1__model_1 | I(q)

6eht__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (3)