SAXSdb — 6ekb

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DnaJ/Hsp40 cysteine-rich domain superfamily protein

Arabidopsis thaliana

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 57–136	突变：K56M	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；20 % PEG 10,000, 8 % ethylene glycol and 0.1 M HEPES-NaOH pH 7.5	分辨率 1.90 Å R-free 0.216

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6EKB	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6EKC Crystal structure of the BSD2 homolog of Arabidopsis thaliana bound to the octameric assembly of RbcL from Thermosynechococcus elongatus 提交 2017-09-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 B1 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136 链 B2 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136 链 B3 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136 链 B4 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136 链 B5 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136 链 B6 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136 链 B7 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136 链 B8 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136	突变：K56M 突变：K56M 突变：K56M 突变：K56M 突变：K56M 突变：K56M 突变：K56M 突变：K56M	ZN ZINC ION × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；21 % PEG 3350 and 0.12M DL-malic acid pH 7.0	分辨率 2.63 Å R-free 0.274
6EKC Crystal structure of the BSD2 homolog of Arabidopsis thaliana bound to the octameric assembly of RbcL from Thermosynechococcus elongatus 提交 2017-09-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 10 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 T1 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136 链 T2 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136 链 T3 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136 链 T4 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136 链 T5 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136 链 T6 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136 链 T7 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136 链 T8 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136	突变：K56M 突变：K56M 突变：K56M 突变：K56M 突变：K56M 突变：K56M 突变：K56M 突变：K56M	ZN ZINC ION × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；21 % PEG 3350 and 0.12M DL-malic acid pH 7.0	分辨率 2.63 Å R-free 0.274
6EKC Crystal structure of the BSD2 homolog of Arabidopsis thaliana bound to the octameric assembly of RbcL from Thermosynechococcus elongatus 提交 2017-09-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 D1 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136 链 D2 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136 链 D3 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136 链 D4 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136 链 D5 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136 链 D6 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136 链 D7 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136 链 D8 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136	突变：K56M 突变：K56M 突变：K56M 突变：K56M 突变：K56M 突变：K56M 突变：K56M 突变：K56M	ZN ZINC ION × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；21 % PEG 3350 and 0.12M DL-malic acid pH 7.0	分辨率 2.63 Å R-free 0.274
6EKC Crystal structure of the BSD2 homolog of Arabidopsis thaliana bound to the octameric assembly of RbcL from Thermosynechococcus elongatus 提交 2017-09-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 F1 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136 链 F2 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136 链 F3 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136 链 F4 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136 链 F5 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136 链 F6 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136 链 F7 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136 链 F8 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136	突变：K56M 突变：K56M 突变：K56M 突变：K56M 突变：K56M 突变：K56M 突变：K56M 突变：K56M	ZN ZINC ION × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；21 % PEG 3350 and 0.12M DL-malic acid pH 7.0	分辨率 2.63 Å R-free 0.274
6EKC Crystal structure of the BSD2 homolog of Arabidopsis thaliana bound to the octameric assembly of RbcL from Thermosynechococcus elongatus 提交 2017-09-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 H1 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136 链 H2 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136 链 H3 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136 链 H4 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136 链 H5 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136 链 H6 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136 链 H7 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136 链 H8 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136	突变：K56M 突变：K56M 突变：K56M 突变：K56M 突变：K56M 突变：K56M 突变：K56M 突变：K56M	ZN ZINC ION × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；21 % PEG 3350 and 0.12M DL-malic acid pH 7.0	分辨率 2.63 Å R-free 0.274
6EKC Crystal structure of the BSD2 homolog of Arabidopsis thaliana bound to the octameric assembly of RbcL from Thermosynechococcus elongatus 提交 2017-09-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 J1 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136 链 J2 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136 链 J3 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136 链 J4 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136 链 J5 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136 链 J6 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136 链 J7 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136 链 J8 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136	突变：K56M 突变：K56M 突变：K56M 突变：K56M 突变：K56M 突变：K56M 突变：K56M 突变：K56M	ZN ZINC ION × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；21 % PEG 3350 and 0.12M DL-malic acid pH 7.0	分辨率 2.63 Å R-free 0.274
6EKC Crystal structure of the BSD2 homolog of Arabidopsis thaliana bound to the octameric assembly of RbcL from Thermosynechococcus elongatus 提交 2017-09-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 L1 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136 链 L2 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136 链 L3 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136 链 L4 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136 链 L5 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136 链 L6 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136 链 L7 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136 链 L8 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136	突变：K56M 突变：K56M 突变：K56M 突变：K56M 突变：K56M 突变：K56M 突变：K56M 突变：K56M	ZN ZINC ION × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；21 % PEG 3350 and 0.12M DL-malic acid pH 7.0	分辨率 2.63 Å R-free 0.274
6EKC Crystal structure of the BSD2 homolog of Arabidopsis thaliana bound to the octameric assembly of RbcL from Thermosynechococcus elongatus 提交 2017-09-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 N1 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136 链 N2 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136 链 N3 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136 链 N4 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136 链 N5 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136 链 N6 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136 链 N7 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136 链 N8 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136	突变：K56M 突变：K56M 突变：K56M 突变：K56M 突变：K56M 突变：K56M 突变：K56M 突变：K56M	ZN ZINC ION × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；21 % PEG 3350 and 0.12M DL-malic acid pH 7.0	分辨率 2.63 Å R-free 0.274
6EKC Crystal structure of the BSD2 homolog of Arabidopsis thaliana bound to the octameric assembly of RbcL from Thermosynechococcus elongatus 提交 2017-09-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 P1 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136 链 P2 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136 链 P3 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136 链 P4 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136 链 P5 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136 链 P6 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136 链 P7 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136 链 P8 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136	突变：K56M 突变：K56M 突变：K56M 突变：K56M 突变：K56M 突变：K56M 突变：K56M 突变：K56M	ZN ZINC ION × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；21 % PEG 3350 and 0.12M DL-malic acid pH 7.0	分辨率 2.63 Å R-free 0.274
6EKC Crystal structure of the BSD2 homolog of Arabidopsis thaliana bound to the octameric assembly of RbcL from Thermosynechococcus elongatus 提交 2017-09-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 9 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 R1 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136 链 R2 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136 链 R3 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136 链 R4 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136 链 R5 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136 链 R6 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136 链 R7 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136 链 R8 57–136（80 aa）片段：mature protein, residues 53-136	突变：K56M 突变：K56M 突变：K56M 突变：K56M 突变：K56M 突变：K56M 突变：K56M 突变：K56M	ZN ZINC ION × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；21 % PEG 3350 and 0.12M DL-malic acid pH 7.0	分辨率 2.63 Å R-free 0.274
8ILB The complexes of RbcL, AtRaf1 and AtBSD2 (LFB) 提交 2023-03-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 F 57–136（80 aa）链 G 57–136（80 aa）链 H 57–136（80 aa）链 I 57–136（80 aa）链 O 57–136（80 aa）链 P 57–136（80 aa）链 Q 57–136（80 aa）链 R 57–136（80 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
8ILM The cryo-EM structure of eight Rubisco large subunits (RbcL), two Arabidopsis thaliana Rubisco accumulation factors 1 (AtRaf1), and seven Arabidopsis thaliana Bundle Sheath Defective 2 (AtBSD2) 提交 2023-03-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：nonadecameric	链 C 57–136（80 aa）链 L 57–136（80 aa）链 M 57–136（80 aa）链 N 57–136（80 aa）链 O 57–136（80 aa）链 P 57–136（80 aa）链 Q 57–136（80 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
9CI2 Anthoceros agrestis Rubisco octamer core complexed with small subunits and Arabidopsis thaliana BSD2 提交 2024-07-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：16-meric	链 1 1–136（136 aa）链 2 1–136（136 aa）链 3 1–136（136 aa）链 4 1–136（136 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 4 CAP 2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris pH 8.0 50 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å

共 4 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9SN73_ARATH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6ekb
沉积日期 deposition_date	2017-09-26
结构标题 title	Crystal structure of the BSD2 homolog of Arabidopsis thaliana
关键词 keywords	zinc finger, assembly chaperone, Rubisco, CHAPERONE; CHAPERONE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	13.98 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	13.92 Å
零角强度 I(0) i0	1169000.00
分子量 molecular_weight	6463.0 kDa
排除体积 excluded_volume	7677 Å³
包络体积 envelope_volume	9395 Å³
水化壳体积 shell_volume	6640 Å³
包络直径 envelope_diameter	52.0 Å
壳层 Rg shell_rg	17.43 Å
包络 Rg envelope_rg	14.43 Å
形状 Rg shape_rg	14.08 Å
总 Rg total_rg	14.33 Å
总原子数 total_atoms	435
残基数 n_residues	62
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	56.9 Å
Rg (实空间) rg_real	14.21 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.64 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1690e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5850e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	14.20 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1169000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6459
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	12.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.588
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.165
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	80750.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.436; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.084; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DnaJ/Hsp40 cysteine-rich domain superfamily protein
分子量 formula_weight	8355.5 kDa
突变 mutation	K56M
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	464

MAANNNPQGTKPNSLVCANCEGEGCVACSQCKGGGVNLIDHFNGQFKAGALCWLCRGKKEVLCGDCNGAGFIGGFLSTFDE

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	Mouse-ear cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	29

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	55.708 Å
晶胞边长 b length_b	55.708 Å
晶胞边长 c length_c	48.131 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.1901
R_work r_work	0.1888
R_free r_free	0.2158

fit	/app/data/saxs_computation/ek/6ekb/6ekb.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ek/6ekb/6ekb.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ek/6ekb/6ekb.dat

Crystal structure of the BSD2 homolog of Arabidopsis thaliana

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DnaJ/Hsp40 cysteine-rich domain superfamily protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction