SAXSdb — 6ekc

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribulose bisphosphate carboxylase large chain

Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1)

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric（16）与蛋白拷贝数一致	链 A1； UniProt 1–475 链 A2； UniProt 1–475 链 A3； UniProt 1–475 链 A4； UniProt 1–475 链 A5； UniProt 1–475 链 A6； UniProt 1–475 链 A7； UniProt 1–475 链 A8； UniProt 1–475	片段：RbcL 突变：F345I / P415A	DnaJ/Hsp40 cysteine-rich domain superfamily protein × 8 （Q9SN73） ZN ZINC ION × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；21 % PEG 3350 and 0.12M DL-malic acid pH 7.0	分辨率 2.63 Å R-free 0.274
10	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric（16）与蛋白拷贝数一致	链 S1； UniProt 1–475 链 S2； UniProt 1–475 链 S3； UniProt 1–475 链 S4； UniProt 1–475 链 S5； UniProt 1–475 链 S6； UniProt 1–475 链 S7； UniProt 1–475 链 S8； UniProt 1–475	片段：RbcL 突变：F345I / P415A	DnaJ/Hsp40 cysteine-rich domain superfamily protein × 8 （Q9SN73） ZN ZINC ION × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；21 % PEG 3350 and 0.12M DL-malic acid pH 7.0	分辨率 2.63 Å R-free 0.274
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric（16）与蛋白拷贝数一致	链 C1； UniProt 1–475 链 C2； UniProt 1–475 链 C3； UniProt 1–475 链 C4； UniProt 1–475 链 C5； UniProt 1–475 链 C6； UniProt 1–475 链 C7； UniProt 1–475 链 C8； UniProt 1–475	片段：RbcL 突变：F345I / P415A	DnaJ/Hsp40 cysteine-rich domain superfamily protein × 8 （Q9SN73） ZN ZINC ION × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；21 % PEG 3350 and 0.12M DL-malic acid pH 7.0	分辨率 2.63 Å R-free 0.274
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric（16）与蛋白拷贝数一致	链 E1； UniProt 1–475 链 E2； UniProt 1–475 链 E3； UniProt 1–475 链 E4； UniProt 1–475 链 E5； UniProt 1–475 链 E6； UniProt 1–475 链 E7； UniProt 1–475 链 E8； UniProt 1–475	片段：RbcL 突变：F345I / P415A	DnaJ/Hsp40 cysteine-rich domain superfamily protein × 8 （Q9SN73） ZN ZINC ION × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；21 % PEG 3350 and 0.12M DL-malic acid pH 7.0	分辨率 2.63 Å R-free 0.274
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric（16）与蛋白拷贝数一致	链 G1； UniProt 1–475 链 G2； UniProt 1–475 链 G3； UniProt 1–475 链 G4； UniProt 1–475 链 G5； UniProt 1–475 链 G6； UniProt 1–475 链 G7； UniProt 1–475 链 G8； UniProt 1–475	片段：RbcL 突变：F345I / P415A	DnaJ/Hsp40 cysteine-rich domain superfamily protein × 8 （Q9SN73） ZN ZINC ION × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；21 % PEG 3350 and 0.12M DL-malic acid pH 7.0	分辨率 2.63 Å R-free 0.274
5	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric（16）与蛋白拷贝数一致	链 I1； UniProt 1–475 链 I2； UniProt 1–475 链 I3； UniProt 1–475 链 I4； UniProt 1–475 链 I5； UniProt 1–475 链 I6； UniProt 1–475 链 I7； UniProt 1–475 链 I8； UniProt 1–475	片段：RbcL 突变：F345I / P415A	DnaJ/Hsp40 cysteine-rich domain superfamily protein × 8 （Q9SN73） ZN ZINC ION × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；21 % PEG 3350 and 0.12M DL-malic acid pH 7.0	分辨率 2.63 Å R-free 0.274
6	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric（16）与蛋白拷贝数一致	链 K1； UniProt 1–475 链 K2； UniProt 1–475 链 K3； UniProt 1–475 链 K4； UniProt 1–475 链 K5； UniProt 1–475 链 K6； UniProt 1–475 链 K7； UniProt 1–475 链 K8； UniProt 1–475	片段：RbcL 突变：F345I / P415A	DnaJ/Hsp40 cysteine-rich domain superfamily protein × 8 （Q9SN73） ZN ZINC ION × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；21 % PEG 3350 and 0.12M DL-malic acid pH 7.0	分辨率 2.63 Å R-free 0.274
7	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric（16）与蛋白拷贝数一致	链 M1； UniProt 1–475 链 M2； UniProt 1–475 链 M3； UniProt 1–475 链 M4； UniProt 1–475 链 M5； UniProt 1–475 链 M6； UniProt 1–475 链 M7； UniProt 1–475 链 M8； UniProt 1–475	片段：RbcL 突变：F345I / P415A	DnaJ/Hsp40 cysteine-rich domain superfamily protein × 8 （Q9SN73） ZN ZINC ION × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；21 % PEG 3350 and 0.12M DL-malic acid pH 7.0	分辨率 2.63 Å R-free 0.274
8	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric（16）与蛋白拷贝数一致	链 O1； UniProt 1–475 链 O2； UniProt 1–475 链 O3； UniProt 1–475 链 O4； UniProt 1–475 链 O5； UniProt 1–475 链 O6； UniProt 1–475 链 O7； UniProt 1–475 链 O8； UniProt 1–475	片段：RbcL 突变：F345I / P415A	DnaJ/Hsp40 cysteine-rich domain superfamily protein × 8 （Q9SN73） ZN ZINC ION × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；21 % PEG 3350 and 0.12M DL-malic acid pH 7.0	分辨率 2.63 Å R-free 0.274
9	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric（16）与蛋白拷贝数一致	链 Q1； UniProt 1–475 链 Q2； UniProt 1–475 链 Q3； UniProt 1–475 链 Q4； UniProt 1–475 链 Q5； UniProt 1–475 链 Q6； UniProt 1–475 链 Q7； UniProt 1–475 链 Q8； UniProt 1–475	片段：RbcL 突变：F345I / P415A	DnaJ/Hsp40 cysteine-rich domain superfamily protein × 8 （Q9SN73） ZN ZINC ION × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；21 % PEG 3350 and 0.12M DL-malic acid pH 7.0	分辨率 2.63 Å R-free 0.274

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6EKC	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2YBV STRUCTURE OF RUBISCO FROM THERMOSYNECHOCOCCUS ELONGATUS 提交 2011-03-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 A 1–475（475 aa）链 C 1–475（475 aa）链 E 1–475（475 aa）链 G 1–475（475 aa）链 I 1–475（475 aa）链 K 1–475（475 aa）链 M 1–475（475 aa）链 O 1–475（475 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 15	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；5% PEG8000, 20% PEG200, 10% GLYCEROL, 100MM HEPES, PH 7	分辨率 2.30 Å R-free 0.232
3ZXW STRUCTURE OF ACTIVATED RUBISCO FROM THERMOSYNECHOCOCCUS ELONGATUS COMPLEXED WITH 2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE 提交 2011-08-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 A 1–475（475 aa）链 C 1–475（475 aa）链 E 1–475（475 aa）链 G 1–475（475 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 8 CAP 2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE × 8 GOL GLYCEROL × 22	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；80 MM HEPES, 20 MM MGCL2, 8% (W/V) PEG4000, 30% (V/V) GLYCEROL, PH=8	分辨率 2.10 Å R-free 0.213

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RBL_THEEB
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A1； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 A2； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 A3； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 A4； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 A5； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 A6； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 A7； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 A8； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 C1； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 C2； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 C3； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 C4； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 C5； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 C6； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 C7； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 C8； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 E1； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 E2； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 E3； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 E4； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 E5； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 E6； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 E7； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 E8； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 G1； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 G2； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 G3； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 G4； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 G5； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 G6； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 G7； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 G8； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 I1； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 I2； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 I3； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 I4； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 I5； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 I6； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 I7； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 I8； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 K1； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 K2； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 K3； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 K4； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 K5； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 K6； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 K7； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 K8； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 M1； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 M2； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 M3； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 M4； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 M5； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 M6； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 M7； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 M8； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 O1； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 O2； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 O3； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 O4； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 O5； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 O6； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 O7； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 O8； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 Q1； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 Q2； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 Q3； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 Q4； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 Q5； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 Q6； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 Q7； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 Q8； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 S1； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 S2； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 S3； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 S4； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 S5； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 S6； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 S7； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475 作者链 S8； PDB构建体 1–475； UniProt 1–475

DnaJ/Hsp40 cysteine-rich domain superfamily protein

Arabidopsis thaliana

UniProt Q9SN73

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric（16）与蛋白拷贝数一致	链 B1； UniProt 57–136 链 B2； UniProt 57–136 链 B3； UniProt 57–136 链 B4； UniProt 57–136 链 B5； UniProt 57–136 链 B6； UniProt 57–136 链 B7； UniProt 57–136 链 B8； UniProt 57–136	片段：mature protein, residues 53-136 突变：K56M	Ribulose bisphosphate carboxylase large chain × 8 （Q8DIS5） ZN ZINC ION × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；21 % PEG 3350 and 0.12M DL-malic acid pH 7.0	分辨率 2.63 Å R-free 0.274
10	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric（16）与蛋白拷贝数一致	链 T1； UniProt 57–136 链 T2； UniProt 57–136 链 T3； UniProt 57–136 链 T4； UniProt 57–136 链 T5； UniProt 57–136 链 T6； UniProt 57–136 链 T7； UniProt 57–136 链 T8； UniProt 57–136	片段：mature protein, residues 53-136 突变：K56M	Ribulose bisphosphate carboxylase large chain × 8 （Q8DIS5） ZN ZINC ION × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；21 % PEG 3350 and 0.12M DL-malic acid pH 7.0	分辨率 2.63 Å R-free 0.274
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric（16）与蛋白拷贝数一致	链 D1； UniProt 57–136 链 D2； UniProt 57–136 链 D3； UniProt 57–136 链 D4； UniProt 57–136 链 D5； UniProt 57–136 链 D6； UniProt 57–136 链 D7； UniProt 57–136 链 D8； UniProt 57–136	片段：mature protein, residues 53-136 突变：K56M	Ribulose bisphosphate carboxylase large chain × 8 （Q8DIS5） ZN ZINC ION × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；21 % PEG 3350 and 0.12M DL-malic acid pH 7.0	分辨率 2.63 Å R-free 0.274
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric（16）与蛋白拷贝数一致	链 F1； UniProt 57–136 链 F2； UniProt 57–136 链 F3； UniProt 57–136 链 F4； UniProt 57–136 链 F5； UniProt 57–136 链 F6； UniProt 57–136 链 F7； UniProt 57–136 链 F8； UniProt 57–136	片段：mature protein, residues 53-136 突变：K56M	Ribulose bisphosphate carboxylase large chain × 8 （Q8DIS5） ZN ZINC ION × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；21 % PEG 3350 and 0.12M DL-malic acid pH 7.0	分辨率 2.63 Å R-free 0.274
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric（16）与蛋白拷贝数一致	链 H1； UniProt 57–136 链 H2； UniProt 57–136 链 H3； UniProt 57–136 链 H4； UniProt 57–136 链 H5； UniProt 57–136 链 H6； UniProt 57–136 链 H7； UniProt 57–136 链 H8； UniProt 57–136	片段：mature protein, residues 53-136 突变：K56M	Ribulose bisphosphate carboxylase large chain × 8 （Q8DIS5） ZN ZINC ION × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；21 % PEG 3350 and 0.12M DL-malic acid pH 7.0	分辨率 2.63 Å R-free 0.274
5	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric（16）与蛋白拷贝数一致	链 J1； UniProt 57–136 链 J2； UniProt 57–136 链 J3； UniProt 57–136 链 J4； UniProt 57–136 链 J5； UniProt 57–136 链 J6； UniProt 57–136 链 J7； UniProt 57–136 链 J8； UniProt 57–136	片段：mature protein, residues 53-136 突变：K56M	Ribulose bisphosphate carboxylase large chain × 8 （Q8DIS5） ZN ZINC ION × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；21 % PEG 3350 and 0.12M DL-malic acid pH 7.0	分辨率 2.63 Å R-free 0.274
6	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric（16）与蛋白拷贝数一致	链 L1； UniProt 57–136 链 L2； UniProt 57–136 链 L3； UniProt 57–136 链 L4； UniProt 57–136 链 L5； UniProt 57–136 链 L6； UniProt 57–136 链 L7； UniProt 57–136 链 L8； UniProt 57–136	片段：mature protein, residues 53-136 突变：K56M	Ribulose bisphosphate carboxylase large chain × 8 （Q8DIS5） ZN ZINC ION × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；21 % PEG 3350 and 0.12M DL-malic acid pH 7.0	分辨率 2.63 Å R-free 0.274
7	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric（16）与蛋白拷贝数一致	链 N1； UniProt 57–136 链 N2； UniProt 57–136 链 N3； UniProt 57–136 链 N4； UniProt 57–136 链 N5； UniProt 57–136 链 N6； UniProt 57–136 链 N7； UniProt 57–136 链 N8； UniProt 57–136	片段：mature protein, residues 53-136 突变：K56M	Ribulose bisphosphate carboxylase large chain × 8 （Q8DIS5） ZN ZINC ION × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；21 % PEG 3350 and 0.12M DL-malic acid pH 7.0	分辨率 2.63 Å R-free 0.274
8	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric（16）与蛋白拷贝数一致	链 P1； UniProt 57–136 链 P2； UniProt 57–136 链 P3； UniProt 57–136 链 P4； UniProt 57–136 链 P5； UniProt 57–136 链 P6； UniProt 57–136 链 P7； UniProt 57–136 链 P8； UniProt 57–136	片段：mature protein, residues 53-136 突变：K56M	Ribulose bisphosphate carboxylase large chain × 8 （Q8DIS5） ZN ZINC ION × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；21 % PEG 3350 and 0.12M DL-malic acid pH 7.0	分辨率 2.63 Å R-free 0.274
9	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric（16）与蛋白拷贝数一致	链 R1； UniProt 57–136 链 R2； UniProt 57–136 链 R3； UniProt 57–136 链 R4； UniProt 57–136 链 R5； UniProt 57–136 链 R6； UniProt 57–136 链 R7； UniProt 57–136 链 R8； UniProt 57–136	片段：mature protein, residues 53-136 突变：K56M	Ribulose bisphosphate carboxylase large chain × 8 （Q8DIS5） ZN ZINC ION × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；21 % PEG 3350 and 0.12M DL-malic acid pH 7.0	分辨率 2.63 Å R-free 0.274

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6EKC	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6EKB Crystal structure of the BSD2 homolog of Arabidopsis thaliana 提交 2017-09-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 57–136（80 aa）	突变：K56M	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；20 % PEG 10,000, 8 % ethylene glycol and 0.1 M HEPES-NaOH pH 7.5	分辨率 1.90 Å R-free 0.216
8ILB The complexes of RbcL, AtRaf1 and AtBSD2 (LFB) 提交 2023-03-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 F 57–136（80 aa）链 G 57–136（80 aa）链 H 57–136（80 aa）链 I 57–136（80 aa）链 O 57–136（80 aa）链 P 57–136（80 aa）链 Q 57–136（80 aa）链 R 57–136（80 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
8ILM The cryo-EM structure of eight Rubisco large subunits (RbcL), two Arabidopsis thaliana Rubisco accumulation factors 1 (AtRaf1), and seven Arabidopsis thaliana Bundle Sheath Defective 2 (AtBSD2) 提交 2023-03-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：nonadecameric	链 C 57–136（80 aa）链 L 57–136（80 aa）链 M 57–136（80 aa）链 N 57–136（80 aa）链 O 57–136（80 aa）链 P 57–136（80 aa）链 Q 57–136（80 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
9CI2 Anthoceros agrestis Rubisco octamer core complexed with small subunits and Arabidopsis thaliana BSD2 提交 2024-07-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：16-meric	链 1 1–136（136 aa）链 2 1–136（136 aa）链 3 1–136（136 aa）链 4 1–136（136 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 4 CAP 2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris pH 8.0 50 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9SN73_ARATH
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B1； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 B2； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 B3； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 B4； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 B5； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 B6； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 B7； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 B8； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 D1； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 D2； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 D3； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 D4； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 D5； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 D6； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 D7； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 D8； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 F1； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 F2； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 F3； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 F4； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 F5； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 F6； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 F7； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 F8； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 H1； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 H2； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 H3； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 H4； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 H5； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 H6； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 H7； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 H8； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 J1； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 J2； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 J3； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 J4； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 J5； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 J6； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 J7； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 J8； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 L1； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 L2； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 L3； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 L4； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 L5； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 L6； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 L7； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 L8； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 N1； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 N2； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 N3； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 N4； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 N5； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 N6； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 N7； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 N8； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 P1； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 P2； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 P3； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 P4； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 P5； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 P6； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 P7； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 P8； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 R1； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 R2； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 R3； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 R4； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 R5； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 R6； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 R7； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 R8； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 T1； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 T2； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 T3； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 T4； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 T5； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 T6； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 T7； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136 作者链 T8； PDB构建体 2–81； UniProt 57–136

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6ekc
沉积日期 deposition_date	2017-09-26
结构标题 title	Crystal structure of the BSD2 homolog of Arabidopsis thaliana bound to the octameric assembly of RbcL from Thermosynechococcus elongatus
关键词 keywords	zinc finger, assembly chaperone, assembly intermediate, CHAPERONE; CHAPERONE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	— Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	122.20 Å
零角强度 I(0) i0	294776000000.00
分子量 molecular_weight	4579700.0 kDa
排除体积 excluded_volume	5693900 Å³
包络体积 envelope_volume	9168600 Å³
水化壳体积 shell_volume	602880 Å³
包络直径 envelope_diameter	446.1 Å
壳层 Rg shell_rg	127.70 Å
包络 Rg envelope_rg	118.50 Å
形状 Rg shape_rg	122.20 Å
总 Rg total_rg	122.30 Å
总原子数 total_atoms	321186
残基数 n_residues	41600
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	324.0 Å
Rg (实空间) rg_real	117.40 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.81 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.8040e+11
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.2020e+09
Rg (倒空间) rg_reciprocal	123.80 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	296000000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9115
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	149.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.178
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.451
角度范围 angular_range	— – 0.0650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.9056
最高正则化参数 α highest_alpha	12160000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	14
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.005; Oscil: 0.989; Stabil: 0.963; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
分子量 formula_weight	53031.3 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.1.39
突变 mutation	F345I / P415A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	80

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	;A1,A2,A3,A4,A5,A6,A7,A8,C1,C2,C3,C4,C5,C6,C7,C8,E1,E2,E3,E4,E5,E6,E7,E8,G1,G2,G3,G4,G5,G6,G7,G8,I1,I2,I3,I4,I5,I6,I7,I8,K1,K2,K3,K4,K5,K6,K7,K8,M1,M2,M3,M4,M5,M6,M7,M8,O1,O2,O3,O4,O5,O6,O7,O8,Q1,Q2,Q3,Q4,Q5,Q6,Q7,Q8,S1,S2,S3,S4,S5,S6,S7,S8 ;
原子数 atom_count	321799

MAYTQSKSQKVGYQAGVKDYRLTYYTPDYTPKDTDILAAFRVTPQPGVPFEEAAAAVAAESSTGTWTTVWTDLLTDLDRYKGCCYDIEPLPGEDNQFIAYIAYPLDLFEEGSVTNMLTSIVGNVFGFKALKALRLEDLRIPVAYLKTFQGPPHGIQVERDKLNKYGRPLLGCTIKPKLGLSAKNYGRAVYECLRGGLDFTKDDENINSQPFQRWRDRFLFVADAIHKAQAETGEIKGHYLNVTAPTCEEMLKRAEFAKELEMPIIMHDFLTAGFTANTTLSKWCRDNGMLLHIHRAMHAVMDRQKNHGIHFRVLAKCLRMSGGDHIHTGTVVGKLEGDKAVTLGIVDLLRENYIEQDRSRGIYFTQDWASMPGVMAVASGGIHVWHMPALVDIFGDDAVLQFGGGTLGHPWGNAAGATANRVALEACIQARNEGRDLMREGGDIIREAARWSPELAAACELWKEIKFEFEAQDTI

来源 Source

来源生物 organism	Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	197221
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DnaJ/Hsp40 cysteine-rich domain superfamily protein
分子量 formula_weight	8355.5 kDa
突变 mutation	K56M
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	80

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	;B1,B2,B3,B4,B5,B6,B7,B8,D1,D2,D3,D4,D5,D6,D7,D8,F1,F2,F3,F4,F5,F6,F7,F8,H1,H2,H3,H4,H5,H6,H7,H8,J1,J2,J3,J4,J5,J6,J7,J8,L1,L2,L3,L4,L5,L6,L7,L8,N1,N2,N3,N4,N5,N6,N7,N8,P1,P2,P3,P4,P5,P6,P7,P8,R1,R2,R3,R4,R5,R6,R7,R8,T1,T2,T3,T4,T5,T6,T7,T8 ;

MAANNNPQGTKPNSLVCANCEGEGCVACSQCKGGGVNLIDHFNGQFKAGALCWLCRGKKEVLCGDCNGAGFIGGFLSTFDE

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	Mouse-ear cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	160

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	613

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	217.918 Å
晶胞边长 b length_b	218.592 Å
晶胞边长 c length_c	310.273 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	69.40 °
晶胞夹角 β angle_beta	81.51 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	65.50 °
晶胞分子数 Z z_pdb	80

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.630 Å
最低分辨率 resolution_low	50.010 Å
R 因子 r_factor	0.2375
R_work r_work	0.2355
R_free r_free	0.2742

fit	/app/data/saxs_computation/ek/6ekc/6ekc.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ek/6ekc/6ekc.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ek/6ekc/6ekc.dat

Crystal structure of the BSD2 homolog of Arabidopsis thaliana bound to the octameric assembly of RbcL from Thermosynechococcus elongatus

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribulose bisphosphate carboxylase large chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DnaJ/Hsp40 cysteine-rich domain superfamily protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)