SAXSdb — 6erq

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transcription factor A, mitochondrial

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 3 DNA 2	Non-Template DNA × 1 Template DNA × 1 DNA-directed RNA polymerase, mitochondrial × 1 （O00411） Dimethyladenosine transferase 2, mitochondrial × 1 （Q9H5Q4）	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 3 DNA 2	Non-Template DNA × 1 Template DNA × 1 DNA-directed RNA polymerase, mitochondrial × 1 （O00411） Dimethyladenosine transferase 2, mitochondrial × 1 （Q9H5Q4）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TFAM_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 3–205； UniProt 43–245 作者链 G； PDB构建体 3–205； UniProt 43–245

DNA-directed RNA polymerase, mitochondrial

Homo sapiens

UniProt O00411

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 3 DNA 2	Transcription factor A, mitochondrial × 1 （Q00059） Non-Template DNA × 1 Template DNA × 1 Dimethyladenosine transferase 2, mitochondrial × 1 （Q9H5Q4）	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 3 DNA 2	Transcription factor A, mitochondrial × 1 （Q00059） Non-Template DNA × 1 Template DNA × 1 Dimethyladenosine transferase 2, mitochondrial × 1 （Q9H5Q4）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPOM_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–1128； UniProt 105–1230 作者链 B； PDB构建体 3–1128； UniProt 105–1230

Dimethyladenosine transferase 2, mitochondrial

Homo sapiens

UniProt Q9H5Q4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 3 DNA 2	Transcription factor A, mitochondrial × 1 （Q00059） Non-Template DNA × 1 Template DNA × 1 DNA-directed RNA polymerase, mitochondrial × 1 （O00411）	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 3 DNA 2	Transcription factor A, mitochondrial × 1 （Q00059） Non-Template DNA × 1 Template DNA × 1 DNA-directed RNA polymerase, mitochondrial × 1 （O00411）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TFB2M_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 3–377； UniProt 22–396 作者链 J； PDB构建体 3–377； UniProt 22–396

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6erq
沉积日期 deposition_date	2017-10-18
结构标题 title	Structure of the human mitochondrial transcription initiation complex at the HSP promoter
关键词 keywords	Mitochondria, Transcription, Initiation, Polymerase; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6erq__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6erq__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6erq__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	42.89 Å
Rg（电子密度）	42.37 Å
总 Rg	42.65 Å
原子数	13791
残基数	1573
排除体积	240340 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6erq__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6erq__assembly_2__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Transcription factor A, mitochondrial
分子量 formula_weight	24516.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G
原子数 atom_count	27643

NASSVLASSPKKPVSSYLRFSKEQLPIFKAQNPDAKTTELIRRIAQRWRELPDSKKKIYQDAYRAEWQVYKEEISRFKEQLTPSQIMSLEKEIMDKHLKRKAMTKKKELTLLGKPKRPRSAYNVYVAERFQEAKGDSPQEKLKTVKENWKNLSDSEKELYIQHAKEDETRYHNEMKSWEEQMIEVGRKDLLRRTIKKQRKYGAEE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Non-Template DNA
分子量 formula_weight	15104.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D,H

CACCGCTGCTAACCCCATACCCCGAACCAACCAAATTATCCCGACAGGCC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Template DNA
分子量 formula_weight	15702.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E,I

GGCCTGTCTTTGGGGTTTGGTTGGTTCGGGGTATGGGGTTAGCAGCGGTG

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase, mitochondrial
分子量 formula_weight	127904.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B

NARKVQMGAKDATPVPCGRWAKILEKDKRTQQMRMQRLKAKLQMPFQSGEFKALTRRLQVEPRLLSKQMAGCLEDCTRQAPESPWEEQLARLLQEAPGKLSLDVEQAPSGQHSQAQLSGQQQRLLAFFKCCLLTDQLPLAHHLLVVHHGQRQKRKLLTLDMYNAVMLGWARQGAFKELVYVLFMVKDAGLTPDLLSYAAALQCMGRQDQDAGTIERCLEQMSQEGLKLQALFTAVLLSEEDRATVLKAVHKVKPTFSLPPQLPPPVNTSKLLRDVYAKDGRVSYPKLHLPLKTLQCLFEKQLHMELASRVCVVSVEKPTLPSKEVKHARKTLKTLRDQWEKALCRALRETKNRLEREVYEGRFSLYPFLCLLDEREVVRMLLQVLQALPAQGESFTTLARELSARTFSRHVVQRQRVSGQVQALQNHYRKYLCLLASDAEVPEPCLPRQYWEALGAPEALREQPWPLPVQMELGKLLAEMLVQATQMPCSLDKPHRSSRLVPVLYHVYSFRNVQQIGILKPHPAYVQLLEKAAEPTLTFEAVDVPMLCPPLPWTSPHSGAFLLSPTKLMRTVEGATQHQELLETCPPTALHGALDALTQLGNCAWRVNGRVLDLVLQLFQAKGCPQLGVPAPPSEAPQPPEAHLPHSAAPARKAELRRELAHCQKVAREMHSLRAEALYRLSLAQHLRDRVFWLPHNMDFRGRTYPCPPHFNHLGSDVARALLEFAQGRPLGPHGLDWLKIHLVNLTGLKKREPLRKRLAFAEEVMDDILDSADQPLTGRKWWMGAEEPWQTLACCMEVANAVRASDPAAYVSHLPVHQDGSCNGLQHYAALGRDSVGAASVNLEPSDVPQDVYSGVAAQVEVFRRQDAQRGMRVAQVLEGFITRKVVKQTVMTVVYGVTRYGGRLQIEKRLRELSDFPQEFVWEASHYLVRQVFKSLQEMFSGTRAIQHWLTESARLISHMGSVVEWVTPLGVPVIQPYRLDSKVKQIGGGIQSITYTHNGDISRKPNTRKQKNGFPPNFIHSLDSSHMMLTALHCYRKGLTFVSVHDCYWTHAADVSVMNQVCREQFVRLHSEPILQDLSRFLVKRFCSEPQKILEASQLKETLQAVPKPGAFDLEQVKRSTYFFS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Dimethyladenosine transferase 2, mitochondrial
分子量 formula_weight	43383.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,J

NARFCILGSEAATRKHLPARNHCGLSDSSPQLWPEPDFRNPPRKASKASLDFKRYVTDRRLAETLAQIYLGKPSRPPHLLLECNPGPGILTQALLEAGAKVVALESDKTFIPHLESLGKNLDGKLRVIHCDFFKLDPRSGGVIKPPAMSSRGLFKNLGIEAVPWTADIPLKVVGMFPSRGEKRALWKLAYDLYSCTSIYKFGRIEVNMFIGEKEFQKLMADPGNPDLYHVLSVIWQLACEIKVLHMEPWSSFDIYTRKGPLENPKRRELLDQLQQKLYLIQMIPRQNLFTKNLTPMNYNIFFHLLKHCFGRRSATVIDHLRSLTPLDARDILMQIGKQEDEKVVNMHPQDFKTLFETIERSKDCAYKWLYDETLEDR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

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晶胞边长 a length_a	103.620 Å
晶胞边长 b length_b	197.730 Å
晶胞边长 c length_c	134.340 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	99.39 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.500 Å
最低分辨率 resolution_low	49.576 Å
R 因子 r_factor	0.2932
R_work r_work	0.2910
R_free r_free	0.3334

Structure of the human mitochondrial transcription initiation complex at the HSP promoter

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transcription factor A, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA-directed RNA polymerase, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Dimethyladenosine transferase 2, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6erq__assembly_2__model_1

6erq__assembly_2__model_1 | I(q)

6erq__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

Structure of the human mitochondrial transcription initiation complex at the HSP promoter

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transcription factor A, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-directed RNA polymerase, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Dimethyladenosine transferase 2, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6erq__assembly_2__model_1

6erq__assembly_2__model_1 | I(q)

6erq__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)