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6fb8

Crystal Structure of the I-CreI Homing Endonuclease D75N variant in complex with an altered version of its target DNA at 5NNN region in the presence of Magnesium

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA endonuclease I-CreI

Chlamydomonas reinhardtii

UniProt P05725

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 同源多聚体 蛋白 2 DNA 2 ;DNA (5'-D(*TP*CP*AP*AP*AP*AP*CP*GP*TP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*CP*AP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*A)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(*TP*CP*AP*AP*AP*AP*CP*TP*GP*CP*GP*TP*AP*CP*GP*AP*CP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*A)-3') ; × 1 MAGNESIUM ION × 4 S-1,2-PROPANEDIOL × 4 water × 4 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体
1af5 2o7m

共 2 个 assembly

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
1bp7 1bp7 1g9y 1g9z 1n3e 1n3e 1n3f 1n3f 1t9i 1t9j 1u0c 1u0d

共 29 个 assembly，这里只显示前 12 个

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DNE1_CHLRE
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–152； UniProt 2–153 作者链 B； PDB构建体 1–152； UniProt 2–153

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6fb8
沉积日期 deposition_date2017-12-18
结构标题 titleCrystal Structure of the I-CreI Homing Endonuclease D75N variant in complex with an altered version of its target DNA at 5NNN region in the presence of Magnesium
关键词 keywordsChlamydomonas reinhardtii, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6fb8__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6fb8__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6fb8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）24.77 Å
Rg（电子密度）24.20 Å
总 Rg24.92 Å
原子数3489
残基数355
排除体积59672 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 6fb8__assembly_1__model_1 tetrameric （4） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id6fb8A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology28 — Endonuclease I-creI
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Homing endonucleases
结构域编号 domain_id6fb8B00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology28 — Endonuclease I-creI
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Homing endonucleases
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7. 引用文献 (1)